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首先削弱这一惬意共识的是大卫·休谟（David Hume）。在《自然宗教对话录》（1779年他过世后出版）中，休谟写下了一段名言。他让自己虚构出来的有神论者克里安提（Cleanthes）用雄辩有力的文字道出了来自设计论的观点：
环顾世界，想象它的整体和每一个部分，你会发现，它就是一台了不起的机器，由无限多更小的机器组成……所有这些不同的机器，甚至包括它们最微小的零件，都精确地彼此调整契合，让人只要一想起来，就忍不住发出赞叹。手段与目的的神奇匹配，超出了人类谋划、设计、思想、智慧和智力的产物。故此，我们触类旁通地进行推断，倘若结果类似，原因必定也类似。[对话录，2.5/143]
丹尼特指出，这是一种归纳推理：有设计的地方一定有设计师，一如有烟雾的地方就一定着了火。
但克里安提的对话者，同样出自休谟虚构的菲罗（Philo）对这一逻辑做了精彩的反驳。首先，它会立即引出“谁设计了设计师”的问题。“这无限的推进哪有什么喜悦可言？”接着，他又指出了循环论证：上帝的完美解释了世上的设计，而世上的设计又证明了上帝的完美。再接下来，我们怎么知道，上帝是完美的呢？在“无限的创世岁月中”，他难道不能是个“模仿他人的愚蠢技师”，“跌跌撞撞、东拼西凑”地创造了不同的世界？又或者，证明上帝存在的论点，不也可以用来证明存在多个上帝，或者一位有着人类形状的“完美女神”、一头动物、一棵树，甚至“一只蜘蛛，从肚子里织出了整个复杂的世界？”
这一下，休谟找到好玩的东西了。他呼应伊壁鸠鲁学派，开始给自然神学的所有论点挑毛病。菲罗说，一个真正的信徒会强调“人类和神的思想之间存在巨大且不可理解的差距”，所以，把神说成是平平无奇的工程师，是对神的亵渎。反过来说，无神论者说不定倒乐于承认大自然的目的性，只是会用除了上帝智慧之外的类似事物来解释它——查尔斯·达尔文最后就是这么做的。
总之，和伏尔泰一样，休谟没怎么给神圣设计留情面。等他说完的时候，他的另一个自我菲罗实际上已经破坏了设计论的整个立足点。可就在这时候，休谟看了看七零八落的战场，突然停下了攻击，松手让敌人从战场逃跑了。菲罗到最后突然认同了克里安提，这真是哲学史上最叫人失望的一刻。他说，如果我们不把至高无上的存在称为上帝，那么“我们还能怎么称呼他呢，难道叫他思想或头脑吗？”这是休谟的卢克莱修式偏离。又或者说，一切别有内情？安东尼·戈特利布认为，如果你读得足够仔细，应该看出休谟在这里埋下了“思想是物质”的微妙暗示，希望哪怕自己过世之后也不会叨扰那些虔诚的信徒。
丹尼特认为，不能用害怕遭到迫害来解释休谟在最后一刻的怯场，毕竟，他把书安排在自己身后出版。说到底，是纯粹的怀疑，让他在唯物主义的最终结论前止步。因为缺乏达尔文式的洞见，他没能看出目的源自物质的机制。
佩利很清楚菲罗会反对，却仍然推断手表的后面存在意识。佩利要说的不是手表由零件构成，也不说它的设计接近完美，或者它不可理解，这些是上一代机械唯物论者爱用的论点，休谟已经做了解答。佩利要说的是，它显然是为了完成某一桩来自古老祖先的任务而设计的。佩利换了个比喻，断言：“眼睛是为视力而制造的，一如望远镜是为了协助视力而制造的，两者存在的证据完全一样。”他指出，水生动物的眼睛比陆生动物曲度更大，两者各自适应水陆环境的不同折射率：器官适应世界的自然规律而成，而不是反过来。
但如果上帝是万能的，为什么他还要设计眼睛呢？为什么不赐给动物一种无须器官就能视物的神奇力量呢？佩利给出了五花八门的答案。上帝可以“不借助工具或手段的干预，但正是在工具的构建中，在手段的选择与适应中，看到了（上帝）造物的智慧”。上帝很高兴根据物理定律来工作，以便让我们得到理解物理定律的愉悦感。这样一来，佩利就对护神论点做了现代化的改良，日后发现的自然选择演变规律并不能用来反驳上帝。自然选择同样是上帝安排的，为的就是要让我们发现它，因它感到鼓舞。
佩利的观点可归纳为：你发现的可解释生物世界的自发机制越多，就越应该相信这背后存在智慧。面对这样的逻辑诡辩，我不禁想起了宗教歌舞片《布莱恩的一生》（Life of Brian）。布莱恩一角由巨蟒剧团（Monty Python）的约翰·克里斯（John Cleese）扮演，他拒不承认自己是救世主弥赛亚：“只有真正的弥赛亚才否认自己的神性”。