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1.5 多人在线协作R开发RStudio Server

问题

R语言开发,哪个工具最好用?

引言

RStudio是R语言开发中的利器,是最好用的R语言IDE集成环境。RStudio Server更是利器中的神器。不仅提供了Web的功能,可以安装到远程服务器上,通过Web进行访问,还支持多用户的协作开发。如此神器,快来动手试一下吧。

1.5.1 RStudio和RStudio Server

RStudio是一个强大的、免费的、开源的R语言集成开发环境的应用软件,可以安装在Windows、Linux和Mac不同操作系统上。RStudio Server是一个基于Web访问的RStudio云端开发环境,需要安装在Linux服务器上面,支持多用户远程访问使用。

1.5.2 RStudio Server安装

本文使用的系统环境是:

·Linux:Ubuntu Server 12.04.2LTS 64bit

·R:3.0.1x86_64-pc-linux-gnu

·IP:192.168.1.13

RStudio Server只支持Linux系统环境。下载最新版本RStudio Server的地址是http://www.rstudio.com/ide/download/server.html。

在Linux Ubuntu环境中,下载并安装64位的Rstudio Server:


~ sudo apt-get install gdebi-core
~ sudo apt-get install libapparmor1 # Required only for Ubuntu, not Debian
~ wget http://download2.rstudio.org/rstudio-server-0.97.551-amd64.deb
~ sudo gdebi rstudio-server-0.97.551-amd64.deb

安装后,RStudio Server会自动启动运行。


~ ps -aux|grep rstudio-server # 
查看RStudio Server 
运行进程
998       2914  0.0  0.1 192884  2568 ?        Ssl  10:40   0:00 /usr/lib/
rstudio-server/bin/rserver

可以看到,RStudio Server的服务已启动,8787端口被打开。

1.5.3 RStudio Server使用

通过浏览器,我们访问RStudio Server:http://192.168.1.13:8787,IP地址为RStudio Server服务器的地址,如图1-6所示。

图1-6 RStudio Server登录界面

RStudio Server登录需要用Linux系统的用户账号。如果想增加或减少用户,直接对Linux系统用户进行操作就可以了。我的环境中用户登录,用户名是conan,密码是conan111。登录之后看到的界面如图1-7所示。

图1-7 RStudio Server的Web界面

1.RStudio Server的系统配置

RStudio Server主要有两个配置文件,默认文件不存在。


/etc/rstudio/rserver.conf
/etc/rstudio/rsession.conf

设置端口和ip控制:


~ vi /etc/rstudio/rserver.conf
www-port=8080 # 
监听端口
www-address=127.0.0.1 # 
允许访问的IP 
地址,默认为0.0.0.0

重启Rstudio Server服务器,配置生效:


~ sudo rstudio-server restart

会话配置管理:


~ vi /etc/rstudio/rsession.conf
session-timeout-minutes=30 # 
会话超时时间
r-cran-repos=http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/ # 
设置CRAN 
资源库

2.RStudio Server 的系统管理

启动、停止、重启RStudio Server服务器的命令如下:


~ sudo rstudio-server start   # 
启动
~ sudo rstudio-server stop    # 
停止
~ sudo rstudio-server restart # 
重启

查看运行中的R进程:


~ sudo rstudio-server active-sessions
PID     TIME COMMAND
6817 00:00:03 /usr/lib/rstudio-server/bin/rsession -u zd

指定PID,停止运行中的R进程:


~ sudo rstudio-server suspend-session 6817
~ sudo rstudio-server active-sessions # 
再次查看进程
  PID    TIME COMMAND

停止所有运行中的R进程:


~ sudo rstudio-server suspend-all

强制停止运行中的R进程,此操作优先级最高,立刻执行。


~ sudo rstudio-server force-suspend-session <pid>
~ sudo rstudio-server force-suspend-all

RStudio Server临时下线,不允许Web访问,并给用户友好的错误提示:


~ sudo rstudio-server offline
rstudio-server start/running, process 6880

RStudio Server上线:


~ sudo rstudio-server online
rstudio-server start/running, process 6908

RStudio Server的其他操作和单机版的RStudio一样。

1.5.4 RStudio Server多人协作

1.增加新用户和新用户组


~ sudo groupadd hadoop # 
创建Hadoop 
用户组
~ sudo useradd hadoop -g hadoop # 
创建Hadoop 
用户并加入到Hadoop 
用户组
~ sudo passwd hadoop # 
设置Hadoop 
用户的密码
~ sudo adduser hadoop sudo # 
增加Hadoop 
用户到sudo 
组
~ sudo mkdir /home/hadoop # 
创建Hadoop 
用户的home 
目录
~ sudo chown -R hadoop:hadoop /home/hadoop # 
给/home/hadoop 
目录及子目录,设置用户权限

以Hadoop用户登录,检查用户是否设置成功


~ ssh hadoop@localhost # 
通过 ssh 
远程登录
~ bash
~ pwd # 
查看登录后的访问目录
/home/hadoop

新打开浏览器窗口通过Hadoop账号登录,如图1-8所示。

图1-8 以Hadoop账号登录

2.Git代码共享

首先安装Git:


~ sudo apt-get install git
~ ssh-keygen -t rsa # 
生成rsa 
密钥对
~ cat /home/conan/.ssh/id_rsa.pub # 
查看公钥
ssh-rsa
AAAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABAQDMmnFyZe2RHpXaGmENdH9kSyDyVzRas4GtRwMNx+qQ
4QsB8xVTrIbFayG2ilt+P8UUkVYO0qtUJIaLRjGy/SvQzzL7JKX12+VyYoKTfKvZZnANJ414d6oZpbDw
sC0Z7JARcWsFyTW1KxOMyesmzNNdB+F3bYN9sYNiTkOeVNVYmEQ8aXywn4kcljBhVpT8PbuHl5eadSLt
5zpN6bcX7tlquuTlRpLi1e4K+8jQo67H54FuDyrPLUYtVaiTNT/xWN6IU+DQ9CbfykJ0hrfDU1d1LiLQ
4K2Fdg+vcKtB7Wxez2wKjsxb4Cb8TLSbXdIKEwSOFooINw25g/Aamv/nVvW1 conan@conan-deskop

接下来,我们需要把本地项目上传到Github。首先在Github上创建一个新的项目rstudio-demo,地址为https://github.com/bsspirit/rstudio-demo,通过下面的操作上传本地目录到rstudio-demo项目。


~ mkdir /home/conan/R/github # 
创建rstudio-demo 
项目目录
~ cd /home/conan/R/github
~ git init # 
初始化Git
~ git add # 
增加当前目录及子目录到本地Git 
库
~ git commit -m 'first comment' # 
在本地Git 
库提交
~ git remote add origin git@github.com:bsspirit/rstudio-demo.git
# 
绑定当前目录和github 
的项目
~ git push -u origin master # 
上传本地Git 
库中的代码到Github

打开RStudio设置到/home/conan/R/github目录,tools–>version control –>project setup,如图1-9所示。

图1-9 在RStudio中,配置Github地址

在RStudio中修改sayHello.r的代码:


sayHello<-function(name){
  print(paste("hello",name))
}


sayHello("Conan")
sayHello("World")

点击tools–>version control–>commit提交,如图1-10所示。

图1-10 通过RStudio进行Git操作

上传到Github,只需要点击tools–>version control–>push,如图1-11所示。

图1-11 在Github上查看提交的操作

RStudio有如此强大的功能,极大地降低了编程的门槛。还没有用过的同学,赶紧去体验一把极客的感觉吧! N3z9wqC6yxF7Vyrm6pRrBax24117YIYdaBa5wW4pYj2Q3THLd5OyzVCb494IzXoY

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