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上一节的观点让人觉得前景黯淡，但另外一些研究让人更为不安。其中一项研究认为我们做所有的决定都必然是无意识的，尽管我们自己认为做某些决定是有意识的。
20世纪80年代早期，本杰明·里贝特（Benjamin Libet）十分清楚地表达了上述观点，这让心理学家和哲学家烦恼不安。本杰明的实验如下。要求实验参与者在做脑电图扫描时自发地抬起一个手指头，任何时候都可以，然后准确地说出他们决定做这个动作的时间。由于讲话也是一种动作，参与者说“现在”的时刻并不是他做出决定的时间，因为说“现在”这个动作有一个初始过程，当参与者说“现在”的时候要迟于他做决定的时间（可能延迟了1/3秒）。里贝特想了一个巧妙的方法，使得参与者可以准确说出做决定的时间：让参与者看一个特殊的时钟，这个时钟和普通的钟一样标有数字，但只有一个快速转动的指针。当参与者做决定时，记住离指针最近的数字。当抬起手指的动作结束后，再说出他们记住的数字。
利用这个特殊的时钟，里贝特可以知道参与者做“抬起指头”这个有意识的决定发生的时间。里贝特发现，在抬起手指之前1/5秒参与者已经做出了决定。这并不奇怪。但是脑电图却显示了完全不同的结果：在参与者决定要做抬起手指的动作前1/3秒，与这一动作相关的大脑活动已经开始活跃并逐渐增强（有时候大脑活动甚至在1秒之前就开始活跃）。
这是不是意味着我们最简单、最乏味的选择也是由无意识决定的，我们仅仅是旁观者，只是自己相信有控制权，因为大脑让我们产生这样的想法？很多科学家和哲学家都试图反驳这个令人不快的结论。而实验的发起者里贝特声称，我们仍然有自由的意志，因为我们会有意识地否决自己的选择。不幸的是，越来越多的证据表明，甚至连否决也是源于无意识。
另一个为自由意志辩护的哲学家是丹尼尔·丹尼特（Daniel Dennett），他认为当我们过于准确地衡量一件事情时，就会出现差错。例如，如果将剑桥大学的位置精确地定位在国王学院前门上的王冠石像上，那将会很可笑（尽管这是这所庄严的大学的中心位置）。事实上，剑桥大学由坐落于剑桥镇的上百所学院、系所、行政楼构成。
同样的道理，丹尼特指出，在里贝特做的实验中，意识的作用之所以受到质疑是由于时间差（可能是1/2秒的时间差），然而像里贝特那样认为意识有一个精确的时间坐标的想法是不可行的。丹尼特的想法从某些方面看有其合理性：意识的产生需要大脑各个区域大量的合作，毫无疑问是个复杂甚至有点笨重的过程。所以认为意识的时间尺度是模糊的想法很有道理。
最近由斯坦尼斯拉夫·尼古罗夫（Stanislav Nikolov）与他的同事提出的计算模式为丹尼特的论点提供了一个很好的注脚。根据这种计算模式，大脑能在神经元的随机运作之外辨识重要的神经活动。尼古罗夫的模式理论认为，大脑活动从最基本的随机运作逐渐升级，此时来判定决定产生的时间只会得到相反的结果。由于大脑的运作处于一种吵闹的、半混乱的状态，因而神经活动也是起落不定的。大脑需要做的是对其活动进行可靠、谨慎的统计测试，只有当大脑各部分的活动都很活跃，明显超出随机运作的状态之后所做的决定才是可信任的。而这个时刻要晚于大脑活动逐渐升级的过程。也就是说，大脑可能经常把混乱的吵闹误认作有重要意义的活动。
打个比方，在19世纪初期的一次战争中，由你负责看管一艘军舰的瞭望台，任务是当有敌舰接近时发出警报。一种做法是：当海平面上出现任何波动时，你都会很兴奋，马上向船长汇报有敌人来了。但是，大多数的结果是：在传达了可怕的警报后，你才发现原来远处出现的只是一只鸟，或是一只海豚，或者只是一个高高卷起的浪花，又或者是你的眼睛进了颗灰尘而看花眼了。由于你的警报，船上全体成员一天内要进入100次战备状态，而当敌人的军舰真正来临时，船员已经精疲力竭、无法作战了。相反，你可以采取另外一种做法。在紧紧守住瞭望台的同时，制定一项标准：只有当你很确定有敌舰出现时才向船长汇报。按照这种做法，敌舰真正来临时你只是少了几秒钟的准备时间，但是船员进入备战状态的次数只要一次，就是在敌舰真的出现的时候，这样就可节省许多集体的力量。
同样的道理应用到里贝特的实验，我们就会发现，一个人决定做抬起手指头的动作，明显是在大脑无意识地选择做这个动作之后发生的。根据尼古罗夫的计算模式，只有在大脑活动升级达到一定程度时，大脑才能确定已经做出决定，而这个时刻很可能就是参与者说自己决定要做这个动作的时刻。换句话说，根本没有无意识做决定这回事，只是在神经活动达到足够激烈的程度，才能说一个决定真正产生了。
最近由约翰·迪伦·海恩斯（John-Dylan Haynes）和他的同事做的一个功能性磁共振成像实验表明，前额叶皮层的前段的活动能够区分我们在实验过程中选择抬起左手指还是右手指。这一发现已经够让人激动了，但是更为惊奇的是，这种活动是在大脑做出有意识的决定之前的10秒钟就已经开始了。
然而，我们也可以反驳海恩斯的实验：在这10秒钟内，大脑活动逐渐升级与大脑神经元的随机波动难以区分，也可能只是随机波动的延续，因而不能确定大脑在这时做出了决定。显然，要厘清这个问题，还需要做更深入的研究。但是那种认为我们做的每一个决定都是无意识事先设定好的观点，确实值得重新考虑。
有很多情况都表明，意识在我们做决定时起了关键作用，尤其是从全部的决定来看，而不只是关注那些简单的、任意的选择。重要的区别在于我们做的决定是习惯性的选择还是新的选择。那些习惯性的、重复的决定看起来是不自觉的、无意识的，但是在最初的时候，也是经过有意识的思考才形成的，只是我们已经忘了这个思考的过程（就像我们记不清楚当初是如何学习网球的正手反击，但现在仍能熟练做这个动作）。比如，我很少思考早餐吃什么，一般就那么几种选择，因为在过去某段时刻我确实仔细考虑过这个问题，并试验过几次，然后才选择几种健康的、自己喜欢的样式。就我个人而言，如果某些习惯在一开始的时候是根据直觉任意选择的，我会担心这种习惯是否健康，然后重新做选择。
但是如果是新的决定呢？运用意识来决定什么时候抬起手指头是种资源的浪费，但是如果是决定要攻读何种学位，选择何种职业呢？那就需要花几个小时来思考这些问题。如果把这些思考写入日记，就会更加清楚地看到意识在思考过程中的作用：分析各种符合逻辑的理由，衡量利弊，等等。无意识无法进行这些具有结构性的、高级的思考，因此在做这些重要的复杂决定时，意识起了不可忽视的作用。