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17世纪的哲学家勒内·笛卡尔（René Descartes,1596——1650）是心灵哲学之父。在他最著名的作品《第一哲学沉思录》（Meditations on First Philosophy）中，笛卡尔思考这样一种可能性：一个力量强大又狡猾无比的恶魔骗他说外部世界是存在的，他的身体也是真实存在的。电影《黑客帝国》（The Matrix）就是以这个设想为前提，主人公尼奥（Neo）过着平常人的生活，他一直认为自己生活在20世纪美国的一个城市里，直到有一天从漫长的梦境中醒来，发现自己其实一直生活在一个由计算机所创造的虚拟世界，是计算机将虚拟世界的信息植入他的大脑。
但是，笛卡尔认识到，不管这个恶魔有多狡诈，有一块思想领地是确定的、不受恶魔假象影响的，那就是他自己作为一个思考主体的存在。你可能会像电影中的尼奥那样，被蒙在鼓里，因而傻呵呵地以为自己就是那个真实的自我，实际上是计算机将各种感觉传递到你的身体里。尽管如此，有一点是计算机的邪恶力量无法做到的，即在你自身的存在这个问题上欺骗你。这里有两种选择：如果你相信自己的存在，从逻辑上说你肯定是存在的（至少是作为某种有意识的生命体存在），因为只有有意识的生命体才能做出相信这一行为；如果你试着不相信自己的存在，那么怀疑这一行为本身就证实了你的存在，因为怀疑的行为需要一个有意识的生命体来完成。因此，仅仅通过思考这一行为（怀疑只是思考的一种形式），我们就明白一定存在一个有意识的实体，而那个实体就是我们自己！
通过苦思冥想，笛卡尔清晰地表述了如下观点：“我最后总结出这个命题：我活着，所以我存在（I am,I exist）。不管是被我提出来还是存在于我的思想中，这个命题都是正确的。”笛卡尔在《方法论》（Discourse on the Method）一书中将这一命题更简洁地表述为："Cogito ergo sum"（“我思故我在”）。
在笛卡尔证明身心二元性的主要论据中，其中一个论据的正确性很值得怀疑。这个论据看似简单也很有说服力：我们很容易就怀疑自己身体的存在，但却从来没有怀疑心灵的存在；由此可见，心灵是完全独立于身体存在的，与身体无关（按现代的说法，这句话中的“身体”应该被“大脑”代替）。
笛卡尔的观点马上遭到杰出的哲学家、数学家和逻辑学家戈特弗里德·威廉·冯·莱布尼茨（Gottfried Wilhelm von Leibniz）的反驳（莱布尼茨出生时，笛卡尔将近离世）。莱布尼茨指出：笛卡尔实际上只是表明，他可以思考他的意识与身体无关。显然，笛卡尔没有证明任何事情。莱布尼茨的评论可通过一个众所周知的例子来阐明，虽然这个例子的原意被稍稍歪曲了。比如说，我正走在大城市的街道上，远远地看到一个身强力壮的高个子男人匆匆地跑进小巷的电话亭，这个男人戴的眼镜又厚又难看。我的朋友告诉我，这人是《星球日报》的记者克拉克·肯特。忽然，在街道的另一头，五个持枪歹徒从一辆警车中下来，企图抢劫数十万美元。我感到既害怕又兴奋，心想他们肯定能抢劫成功。这时起了一阵旋风，超人奇迹般地出现了，在我面前一闪而过，奔向那帮歹徒。一眨眼的工夫，超人就解除了歹徒的武装，还把他们用绳子捆了起来。我的朋友看看我，然后一歪头，问我：“你觉得有没有可能……克拉克·肯特就是超人？”这太荒唐了吧，我马上反驳道：“听着，我很清楚超人长什么样，好多次我看见他飞来飞去的，我甚至采访过他两次。虽然我不大认识这个克拉克·肯特，但是刚才瞟了他一眼，他戴着眼镜，与超人很不一样。因此，我敢肯定克拉克·肯特与超人是完全不同的两个人。”我朋友点点头，被我无懈可击的逻辑说服。我很开心，为再次证明自己的智力高人一等而洋洋自得。
这个例子中的“我”犯了两个错误。第一，他认定自己对超人（克拉克·肯特）的认识是符合实际情况的；第二，他根据超人与克拉克外表的差异，就认定是两个不同的人，而非同一个人的两种装扮。但如果他是个称职的专业记者，像警犬似的查找确定证据，他对超人和克拉克的认识就会完全不同。如果他注意到克拉克频繁进出电话亭的奇怪举动，还注意到超人总是在克拉克进去后不久就忽然从电话亭里出来，如果他还发现克拉克平常穿的衣服里面还穿着超人的衣服，如果他知道克拉克不戴眼镜的模样，等等，那么他就会发现超人与克拉克明显就是同一个人。
笛卡尔在对大脑一无所知的情况下得出结论，加上不愿意去探究证据，使得他更顽固地坚持自己的看法。要全面地检验他的观点，我们就必须对大脑和意识有一个透彻的认识，如同上述例子中的旁观者需要仔细观察超人和克拉克的一切细节。如果出现这样的情况：意识忽然改变了，但大脑活动没有变化，只有在这时，我们才能说意识是独立于大脑存在的。到目前为止，所有的大脑扫描实验都显示：即使是最细微的意识变化，都是由大脑活动的变化引起的。所以比起那种认为意识独立于物质世界的观点，另一种观点——认为意识是大脑活动的结果，是一种物质的处理过程——显然更有道理。
但是笛卡尔同时声称，我们的心灵必然是隐秘的、主观的，是他人无法体察的。这个观点值得我们深思。当我看着广阔的大海，听着海浪的呢喃，感到平静、满足，在那一刻其他人无法真切地体会到我的感觉。从绝对意义上看，我好像真的陷进那种感觉中，只有我自己一个人清楚那种感觉，科学无法改变这一点。将笛卡尔的观点应用于现代：大脑扫描仪也许可以粗略地捕捉到我们的意识，但是它能使别人体验到和我完全一样的感受吗？这个问题反映了主观感觉有一种神秘性，这种神秘性一直激发现代人去证明心灵的存在独立于大脑。
最后要指出的是，笛卡尔连同一个世纪之前的人们都认为心灵世界仅仅包括他们能意识到的东西。笛卡尔很可能会把无意识看成是自相矛盾的概念，当然他也不可能接受无意识可以影响意识的观点，而这一观点现今已被广泛认可。需要明确指出的是：从现在开始，我提到名词术语“心灵”（mind），或者谈论“心理状态”（mental states），指的是所有的认知过程，包括意识和无意识。
尽管当代批评家认为心灵仅仅只是大脑活动的产物（其中最著名的是英国哲学家托马斯·霍布斯（Thomas Hobbes）），但笛卡尔的身心二元论几个世纪以来一直被很多人（甚至包括一些哲学家）认可。