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正如之前所述，中国共产党在寻求和维系其对政府的主导上，比中国历史上的任何一个皇帝都更有能力。在中国的治理体系里，自中央到省（市）、县、乡镇有两套平行的系统，也就是党和政府这两套系统。前者是党务系统，后者是政务系统。在中国的政治制度里，党和国家（政府）之间的关系是最为重要的。将党与国家的关系类比为所有者和管理人的关系，对于我们理解当代中国党对国家的主导，具有启发意义。党（产权所有者）对国家的主导，似乎是非常自然和符合逻辑的。改革开放以来快速的经济发展，为中国共产党创造了一个新的社会—经济环境。为了在这个新的环境中生存下来，中国共产党一直重新调整其与行政机构（国家）的关系。中国要想成功地向现代的有效治理转型，依然有赖于这些变化中的党—国家关系。由于党—国家关系一起构成了中国最重要的一组政治—制度基础，因而它们是所有政治活动的核心。党和国家的关系是理解中国政治的关键。无须多言，理解中国共产党及其在中国的未来也很重要。学术界作出了许多努力，将党和国家作为相互分离的政治组织进行研究，并探索它们二者之间的关系。出于分析的便利，学者们往往只是简单地将中国认为是一个“党国”。尤其是在国家—社会关系的框架下检视中国政治时，这一范式在中国研究领域主导了几十年。将党和国家作为一个实体来研究无可厚非，不过，在将党—国家关系进行分解研究的时候，我们会发现，党对国家的主导并非总是如此绝对的。党与国家之间的许多因素，例如功能分化，以及国家所具有的专业主义，都表明国家在党的面前并非一个无助者。国家的权力不单单是由党委派的；相反，国家拥有其自身的权力“场域”。
正如在之前的章节中所论述的，从严格意义上说，中国共产党不是西方意义上的“政党”。在现代国家，政党是通过选举获取资格，以竞逐公共职位的政治团体。大多数情况下，政党是国家结构里的一部分；也就是说，政党只是国家的机构。但是在中国，中国共产党被视为是与国家本身相分离的，党领导一切。中国共产党的这一特殊角色，是由中国独特的历史经验所决定的。中国一直以来都是一个陆地强国。历代统治者不得不高度依赖于思想灌输和地方乡绅来维系统治。出于这一缘由，政治中心的权力通常是不固定的，也是非制度化的。现代威斯特伐利亚国家的中央权力在其境内疆域是均质的。与这种特质不同，中国的历史经验则是，中央权力呈现同心圆的等级结构，从中心向外围辐射。尽管中国作出了许多尝试来建立现代国家，但是中国依然远不是一个西方意义上的现代国家。中国缺乏现代国家的明确特征：法治。很大程度上，国家不能够执行赋予它的管理功能。在这种情况下，中国共产党成为支撑这一形似现代国家的最重要支柱。换句话说，中国共产党是中国国家的支柱。
中国共产党的一元化统治，或者说党对国家的主导，是党的历史发展的结果，因为党所领导和从事的革命和战争，要求党成为一个高度中央集权的组织。从1921年成立到1949年建立中华人民共和国期间，中国共产党是一个反对党。在1949年以前，尽管中国共产党在其事实上的管辖区内像政府一样运作，但是从根本上说，它是一部革命和战争机器。1949年掌权后，党的领导层开始探索党和政府之间的合理关系。在领导人看来，党的角色是进行政治领导，而政府的角色是进行治理。例如，根据时任全国人大常委会副委员长彭真的看法，党对政府的领导是一种政治领导，政府对党没有组织上的从属关系。时任中国人民政治协商会议副主席的董必武也指出，“各级党委对各级政权机关的领导，应经过在政权机关中工作的党员来实现；其中如有党员三人以上，应组成党组以保证党的领导”。
但是，毛泽东时期的“继续革命”，没能够将党从革命党转变为正常的执政党。在进行了多轮政治运动后，包括“反右派运动”、“大跃进”和“文化大革命”，中国共产党日益变得集权化和个人化。为了保证党对政府的领导，党建立了许多（党内）组织，这些组织与政府相应机构平行存在。这些组织使得党能够对相关的政府机关实行直接的控制。一个以党为中心的政治等级结构形成了：党对所有国家事务做决策，党的各级权力都集中到当地的党委书记手中。
1986年，政治改革开始成为党领导层的一项重要议程，邓小平反复强调党政分开的政治重要性。他认为：“我们坚持党的领导，问题是党善于不善于领导。”“党要善于领导，党政需要分开，这个问题要提上议事日程……党政要分开，这涉及政治体制改革。党委如何领导？应该只管大事，不能管小事……改革的内容，首先是党政要分开，解决党如何善于领导的问题。这是关键，要放在第一位。”
在邓小平改革话语中，党政分开居于中心地位。无须多言，这一论述是相当保守的，因为党政分开的目的是为了增强党领导的有效性。换句话说，它并不旨在改变党对国家的主导。这一改革话语的确立。到了20世纪90年代，如何加强党对政府的领导，成了改革话语的中心。
中国共产党打造其对国家主导的最为有力的手段，就是“党管干部”的制度，或者用西方更为熟知的术语来说，叫“干部任命制度”。干部任命制度的内容“包括了一系列的领导职位，党的机关行使权力，对这些职位进行任命或免职；包括了这些职位的一系列储备干部或候选人；还包括了作出适当人事变动的制度和程序”。这一制度建设是以苏联模式为基础，随着时间的推移而发生变化，尽管变化并不大。
干部任命制度是最为重要的组织支柱，它赋予了中国共产党在所有重要岗位上的主导性人事话语权。中国政治制度中最重要的两项原则分别是：以党领政和党管干部。中国共产党挑选出所有的政府官员；几乎所有的政府官员和所有的最高官员自身就是党员；在每个政府机关里，党员由党委组织起来，这级党委又隶属于上级党委。政府机关的等级结构上，附着着平行的党的等级结构，这使得党的领导人能够管理政府里的党员，并领导政府的工作，而不需要从外部进行干预。
现行的干部管理模式是“下管一级制度”，也就是说，每一级的党组织只负责下一级的政治任命。例如，所有副部级以上的职务（例如国家主席、国家副主席、总理、副总理、国务委员和其他职务）都处于中央政治局（更具体地说是常委会）的管辖范围内。在这种情况下，政治局首先挑选候选人，然后才提名给全国人民代表大会通过。
“党管干部”制度也是中国共产党控制国内地方主义的最为有效的手段。政治局和中组部牢牢地支配着省委书记和省长的选择和任命。为了避免省委书记和省长过度卷入地方上的既得利益，中国共产党实行了“干部交流制度”。这一制度使得中国共产党能够抑制地方主义。
改革开放之后，中国的意识形态成功地从阶级斗争的意识形态转向经济发展的意识形态，先是在邓小平手中，随后是江泽民手中；到胡锦涛时期又提出了建设和谐社会。如果没有干部任命制度，这一转变将无法实现。在改革的不同阶段，既得利益对变革的抵制必然都很强大。这一制度还使得中国共产党能够挑选出“恰当类型”的干部和政府官员，来执行其改革政策。因此，中国共产党就成为国家行政机关执行其改革政策的一个重要鞭策者。除了干部管理，中国共产党还帮助国家行政机关调动资源，这些资源是国家进行社会—经济转型所必需的。
干部任命制度代表着一种典型的弱国家和强政党现象，这对中国来说是一个两难困境。一方面，持续的一党执政抑制了强大的国家机制的发展，而强大的国家机制又是一个现代国家的前提条件；另一方面，没有党及其机关，国家行政机关就无法在任何事情上取得进展，更不用说执行改革性议程了。
虽然“党管干部”是一个总的方针，但是中国共产党也建立了各种“权力机制”，并通过它们来对政府施加主导。其中两种重要的技术和机制是：最高层级的中央领导小组，以及遍布整个制度体系的党组。
在中国的政治制度里，有两类领导小组，也就是中央领导小组和国家领导小组。这两类领导小组都是专门的跨部委协调和咨询机构，领导小组成立的目的是：当现有的官僚结构不能够在跨越党、政、军系统的事务上达成共识时，领导小组可以起到建立共识的作用。但是，这两类小组有着截然不同的功能。国家领导小组的重点，在于为政府协调政策执行；而中央领导小组的重点，在于为政治局提出和管理政策。通过中央领导小组，中国共产党有效地对政府施加了主导。
中央领导小组并不制定具体的政策；相反，它们通常为具体政策制定指导性原则。领导小组的任何建议，都有可能反映在决策过程中，因为它们代表了相关的党、政、军机关的领导成员的共识。
中央领导小组涵盖了广泛的重要问题领域，包括台湾问题、外交事务、财经事务、农村工作、党建工作、宣传和意识形态工作、外宣工作、党史工作和其他重要的新兴问题。因此，中央领导小组很难有固定成员。它们通常依赖于它们的办公室来管理日常运作、开展研究和提出政策建议。尽管中央领导小组的效率通常取决于其办公室的效率，但是其运作方式也为领导人个人（通常是一个特定中央领导小组的组长）提供了影响政策建议的空间。
在邓小平之后的时代，中央领导小组正成为一个日益重要的工具，用于协调多个部门的工作，以及确保党对政府行为的监督。而且，中国现在是一个多元化的社会，在作出重大决策时，不同的利益都必须予以考虑。在这种情况下，中央领导小组在协调不同的利益上起到了重要的作用。
与中央领导小组功能相似的另一个机制是系统。中央领导小组只存在于中央一级，但是系统同时还在地方层级上存在，例如省和市。和中央领导小组一样，系统的目的也是为了使党能够对政府施加主导。系统的含义是，社会被划分为不同的功能领域，党的相关职能机构和干部监督和控制着这些系统，这些系统涵盖了各级政治和社会领导层。
这里必须加以声明的是，系统也不同于党内与行政机关相对应的部门。系统里的党职领导层通常并不是正式的、法定的组织结构，一般来说，党职领导人的名字并不公开。而党内与行政机关相对应的部门，则是正式和法定结构的一部分。并且，正如他们的头衔所示，党内与行政机关相对应的部门的作用有限，也就是说，它们只是监督一个特定的行政机关。相比之下，一个系统通常监督着好几个相关的政府部委办局。
在中华人民共和国的早期，中国共产党在中央和省级建立了一系列的党的部门，例如中共中央工业交通工作部、中共中央财政贸易工作部、中共中央文教小组、中共中央农村工作部和中共中央城市工作部。这些部执行的功能和同级的政府是一致的。党内与行政机关相对应的部门完全模糊了党和政府之间的界限。政府职能被党的部门所取代。因此，在1986年到1989年间的政治改革中，党内与行政机关相对应的部门，成为主要改革目标。许多与行政机关相对应的部门被废除了，它们的职能被重新分配给相关的政府机构。这场改革对系统产生了重要影响。由于改革废除了党内与行政机关相对应的部门，党的领导层不得不加强系统在主导政府中的作用。直到今天，在党对政府的主导中，系统依然起到了关键的作用。
在中央层面上，每一个主要的系统都由一位政治局常委领导。在省一级，这一职能由省委常委的每位成员承担。主要的系统包括了：
军队系统。涵盖了所有的武装力量。
政法系统。涵盖了国家安全部、公安部、司法部和民政部；最高法院和最高人民检察院；全国人民代表大会；中国人民武装警察部队。
行政系统。政府被进一步细化为各种子系统，包括外事系统、科技系统、体育和公共卫生系统，以及财经系统。
宣传系统。涵盖了国务院的教育部、文化部；国家广播电影电视总局、国家新闻出版总署；中国社会科学院；新华通信社；《人民日报》和《求是》杂志。
统战系统。涵盖了中国人民政治协商会议；八大民主党派；中华全国工商业联合会；各种宗教、少数民族和海外华人华侨；国家民族事务委员会；国家宗教事务局；还有国务院侨务办公室、国务院台湾事务办公室、国务院港澳事务办公室。
群团系统。涵盖了中华全国总工会、中国共产主义青年团、中华全国妇女联合会，以及各下属工会、共青团和妇女组织。
组织和人事系统。主要是党的组织部和政府的人力资源和社会保障部，或各级人事部门。它们管理着以上所有组织里的干部。
如果说中央领导小组是党在顶层设计上对政府施加主导的机制，那么党组就是党为了实现同样的目的，而在所有政府机关和部门里设置的一种机制。虽然中国是一党制，但是这并不意味着党和政府之间没有矛盾。党制定政策，而政府负责执行这些政策。在这个过程中，矛盾就产生了。正如谢淑丽所观察到的，一旦党向政府委派权力，就产生了监督问题。党的领导人如何得知政府机构是否按照党的意志来执行政策？党组在其中发挥了关键的作用。
党组有时又称为党的“派出小组”（Party“factions”）或党的“中心组”。不要把“党组”与另外一个重要的机构“党委”或“机关党委”混淆起来。中国共产党在所有的政府机关里都建立了党组和党委。党委同样存在于其他所有的社会主义国家，而党组只在中国共产党里存在。党委隶属于党组织系统而非它们所附着的政府机关。至少在理论上，党委委员是由在同一政府机关里工作的党员选举产生的。党委关注的是党务工作，例如监督在同个机关里的党员的行为，发展新党员，指导政治学习和意识形态工作，并收取党费。原则上，党委不干预政府工作。党委向上一级党委负责。
相比之下，政府机关里的党组要比党委更有权力。事实上，党委处在同一政府机关的党组指导下。换句话说，党组事实上全盘负责政府机关里的行政工作。党组成员不是由同一机关里的党员选举产生的，而是由上一级党委派出的。例如，在国务院层面，各部委的党组都是由中组部和中央书记处派出的。在下级机构里，党组是由省级和地方党委派出的。各级党组向上一级党委负责，上级党委拥有下级党组的任命权。
党组是中国共产党的独家创造。它在中国共产主义革命的早期就存在了。党组制度的建立，是为了确保党对军队的领导。可以理解，在从事革命和战争的同时，中国共产党必须高度组织化。1949年中华人民共和国成立后，党组制度继续保留下来。在中华人民共和国成立初期，中国人民政治协商会议在中国政治中起到了重要的作用。从中央到地方的许多政府部门，都由非共产党人士领衔。所有这些非共产党的党派，都在中国共产党夺取权力的道路上起到了重要的作用。因此，中国共产党必须以某种方式，与非共产党的党派一道，履行建立联合政府的承诺。然而，即便是必须与非共产党的党派组建联合政府，中共领导层也需要考虑如何真正掌握实权。在这个问题上，党组起到了重要的作用，它确保了中国共产党对政府和社会组织中非共产党党派及其党员的控制。例如，政府机关的党组书记通常也是这个机关的行政一把手。如果行政机关的行政一把手是非共产党员，那么其常务副职就必须是一位共产党员，并同时担任党组书记一职。
政府部门中的党组，通常由4到5位在这一部门中占据高位的党员构成。党组书记总是对部门的重要事务有最终发言权，并通常批准和发布重要的文件。党组的主要目的是监督它所属政府机构的一些重要举措（例如政策制定、政策执行和人事任免）。党组要确保所有这些举措都贯彻了党的意志。事实上，没有党的支持，这个政府部门就无法作出任何重要的举措。
前文提及的所有系统，都是党对政府施加主导的机制。在所有这些系统里，有两个系统对党和国家之间的关系尤为重要，也就是司法系统和军队系统。对这两个系统分别进行简要的论述，有助于我们进一步阐述党对政府的主导。为什么党要对司法系统和军队系统进行全面的领导，因为这是保证党拥有国家“产权”最为有效的工具。
中央政法委是确保中国共产党主导所有司法事务的最有权势的机制。中央政法委成立于1980年，是党内负责政法工作的特别机构。中央政法委书记由一名政治局常委担任。自从20世纪90年代初以来，政法委被高度制度化了。中央政法委书记直接向政治局常委会汇报工作，这一制度安排，保证了中央政法委通过连接党中央和政法一线，贯彻党的相关政策和协调不同政治和司法机关之间的关系，来实现党对政法工作的领导。和其他系统一样，中央政法委也行使着许多政府职能。它积极地介入司法工作，通常就案件处理给予相关法院指示。它有权与法院和检察院联合发布法律文件。在政治方面，中央政法委通常主动发起所谓的“严打”行动。
此外，大多数法院干部也是中国共产党党员，除了干部的党员身份，党在法院和检察院里也有党委和党组。还应当指出的是，中纪委和监察部合署办公，也就是说，自从1993年以来，两个机构是一套人马，两块牌子。因此，在司法系统里，党和政府之间没有真正的界限区分。
当我们检视党如何维系其对政府的主导时，党—军关系值得大书特书。很多人都感到很困惑。然而，有一点是明确无误的，那就是军队不属于政府。在中国社会，时不时有“军队国家化”的声音，意思就是军队应该处于政府的管辖之下，而不是在党的管辖之下。西方的学者也认为，没有军队国家化，中国就没有可能产生有意义的政治改革，尤其是不可能实现民主化。然而，如果我们仔细观察党、政府和军队的三角关系，就会发现问题不是那么简单。而对中国的许多学者来说，考虑的主要问题不是军队是否应当国家化，而是文官力量（党和政府）是否有能力继续对军队施加有效的控制，以及个人对军队的掌控是否能转变为制度性的掌控。
长期以来，党—军关系被认为是一种共生关系。这两个最有权势的政治组织之间的紧密关系，具体表现在许多明确的特征上，例如它们共同的意识形态和革命热情、它们相同和重叠的人事结构、几乎同等的政治地位，以及对政府和既得利益的共同心态。
这些特征是在党长期夺权的斗争中形成的，在革命和战争年代的生存和发展过程中，这些特征成了党组织的必然特征。共生关系的基础是意识形态，并强调社会的革命性变化。自从改革开放以来，共生关系中又加入了新的动力，中国共产党从一个革命党转变为一个正常的执政党，而军队现代化则将军队推向专业化和正规化。
相同且相互交叉的人事结构，为党对军队的领导提供了渠道，也为军队干预文官事务开辟了渠道。从领导层交替到对政府的影响，再到社会稳定，这些中国政治的许多关键领域里，都能够看到军队的身影。在后毛泽东时代，所有的文职领导人都必须动员不同的力量来源，以对军队施加影响。
1997年，中国通过了《中华人民共和国国防法》，这一法律的通过，毫无疑问进一步加强了文官政府对军队的控制。然而，这并不意味着文职领导人就真正掌握了枪杆子。在1992年召开的中共十四大上，刘华清将军从政治局常委会的位置上安然退出。从此以后，再也没有军方人士进入过这个最重要的决策。后邓小平时代的所有军事改革，在很大程度上都将文官—军队关系制度化了，并使得党的领导人对军队施加了有效的控制。
军队的职业化使得中国人民解放军和西方的其他军事力量很相似。在民主国家，在事关国家安全和国防事务上，军队也对决策过程施加有力的影响。然而在中国，问题则在于，这是否将会最终产生政治上中立的国家化军队和军人。尽管这是一个合理的问题，但是探寻其答案还为时过早。在可预见的未来，党的领导人的任务，依旧是建立制度，以使得党能够对军队施加有效的控制，同时将党—军关系制度化。
尽管党维系着对政府的主导，但是它也尽力将二者之间的关系合理化。多年来，党和政府对二者之间现有的关系结构并不满意。党和政府从中央到地方的平行架构，导致了政治低效和行政低效。因为党和政府之间界限不明，也就导致了二者之间的责任不明。党采用了许多措施来将党—国家关系合理化。同时，这些改革也旨在建立一种领导关系，使得党依旧维系其对政府的主导。
三位一体制度指的是，国家主席职位和中央军委主席职位，都交由党的总书记出任。今天，总书记（执政党的领袖）同时也是国家的领袖（国家主席）和最高军事指挥官（中央军委主席）。
为了试图将党—国家关系合理化，现在，国家主席和国家副主席成了中国领导层最重要的职位。尽管“党指挥枪”的基本原则大致上没有改变，但是这一权力现在以正式的公职固定下来了，并代表党来行使这一权力。这在中央军委这一制度安排上显而易见。尽管中央军委是一个机构，但是它有两块公开的牌子，也就是中共中央军事委员会和国家军事委员会。国家主席的职位和中央军委主席的职位，给予了党的总书记及其办公室执行政府职能的合法基础。在国家主席办公室和国务院总理办公室之间，存在着一种非正式的“职能分工”。国家主席办公室负责外交事务、国防事务、国家安全和公共安全；而国务院则负责经济和民政。像国防部、国家安全部、公安部和外交部这样的部门，虽然位于国务院系统，但是却是处在国家主席办公室的管辖之下。这意味着这些领域的重要决定，都是由党（总书记办公室）以国家主席办公室的名义作出的。当然，国务院必须负有执行这些政策的责任。
在省一级，党委书记同时兼任人大常委会主任。这一制度现在在绝大多数的中国省份和城市中得以确立。尽管通常将这一制度安排视为党增强对人大控制的努力，不过这背后所蕴藏的意味，也可以被理解为党—国家关系的合理化。
在20世纪80年代有关政治改革的讨论中，党政分开成了主题。如果党和政府变成了两个分开的主体，那么问题来了：党如何能够对政府施加领导？从这个意义上说，党和全国人大（以及地方人大）有着相似的功能。因为根据中国的宪法，全国人大和地方人大的任务是监督各级政府。因此，通过积极地介入全国人大和地方人大的活动，各级党委就建立起了一个合法的渠道，来“监督”政府并维系其对政府的主导。因此，这种新型的绑定关系，一方面使得中国共产党对省人大施加直接的领导，另一方面，毫无疑问，代表中央领导的省委书记，现在得以直面地方上的人民代表。在省委作出重要决定前，省委书记现在需要倾听代表们的意见，并对他们提出的意见予以考虑。
在政府官员队伍中，意识形态上的可靠逐渐让位于专业主义。为了推动有效的治理，自20世纪90年代中期以来，中国共产党逐渐放松了对国家的影响，在国家的日常运营管理上，让专业人士享有更多的自主权。换句话说，国家在其自己的“场域”里变得有权力了。
多年来，国务院成为一个由专业人士执掌经济事务和社会管理的机构。总理、副总理、国务委员、部长和副部长们，现在都由专业人士出任。尤其是部长和副部长的职位更是如此。专业主义的兴起，很大程度上反映了在应对复杂的新社会和经济问题上，需要有专门技能的人才。
专业主义也同样被注入全国人大和地方人大。在很大程度上，全国人大的规模过于庞大，包括了3000多名的代表。它每年集中开会的时间很短，年会的时间通常是10天到14天。此外，会议的结构全程都是全体大会，并不适于冗长的商讨。为了克服这些不足，全国人大自20世纪90年代初以来进行改革，聚焦于扩大常委会和专门委员会。扩大后的全国人大常委会就像一个“缩小版的全国人大”一样运作。它较小的规模，使得其相比整个全国人大而言，可以进行更频繁和更有效的商议工作，而其规模又大到足以容纳不同的社会和政治基础，尤其是那些非共产党员的参与。这些人构成的团体，提高了每年向全国人大提交讨论的议案的质量，并在有需要的时候对全国人大的决议做进一步跟进。
同时，全国人大还有9个专门委员会，分别是民族委员会、法律委员会、内务司法委员会、财政经济委员会、教科文卫委员会、外事委员会、华侨委员会、环境与资源保护委员会和农业与农村委员会。专门委员会的人数还在继续增加。专门委员会的人员通常来自两个渠道：一个是之前在国家各个机关工作过的政府官员；一个是特定领域的专业人士。在立法过程和监督政府（国务院及其各部委）的日常运作中，这些专门委员会提供了专业意见和公职经验。专业主义使得全国人大成为一个有能力监督政府运作的机构。
中国共产党坚持不懈地在寻找一个可行的方案，来将其与国家的关系合理化。迄今为止，用“刚性灵活”一词能够最好地概括中国共产党的整体演进：其整个结构依旧维系不变，而它的内容则不断地历经着变化。因此，重要的是，尽管一党制的结构似乎没有变化，但我们却要根据其内容的变化，来观察中国新的党—国家关系。