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第一节
明制：凡逢年节及皇帝天寿圣节（生日）、皇家庆典或官员向皇帝谢恩时，均要上表笺。初无定式，“凡表笺，洪武间令止作散文，不许循习四六旧体，务要言词典雅，不犯应合回避凶恶字样。仍用朱笔圈点句读，表用黄纸，笺用红纸为函，外用夹板夹护”。“又令进表笺及一应文字，若有御名庙讳，合依古二名不偏讳，嫌名不讳，若有二字相连者，必须回避，写字之际，不必缺其点画。”（《明会典》卷七五《表笺仪式》）
当时地方三司（布政使司、按察使司、都指挥使司）、府州县及卫所所上贺表，多由地方教官代为撰写。这是建国初官吏队伍文化素质不高，人才缺乏所造成的。当时地方所聘教职多为当地名儒，他们出于平时的文风，在书写贺表的时候，往往引经据典，词体骈丽，以示文采，却不想因此而罹祸。
据明人所记，其祸端始于诸勋臣之进谗：
蒋景高，象山人，元末遗儒也。内附后，仕本县教谕，罹表笺祸，赴京师，斩于市。斯祸也，起于左右一言。初洪武甲子开科取士意右文，诸勋臣不平，上语以故曰：“世乱则用武，世治宜用文，非偏也。”诸勋进曰：“是固然，但此辈善讥讪。……如张九四厚礼文儒，及请其名，则曰士诚。”上曰：“此名甚美。”答曰：“《孟子》有‘士诚小人也’之句，彼安知之。”上由此览天下所进表笺而祸起矣。（黄溥：《闲中今古录摘抄》，《纪录汇编》卷一二九，景明刻本）
此说殊不可信。景高之被杀，是否即贺表案之始，已不可考。明太祖兴文字之狱，绝非仅因勋臣之言，恐亦并非因其“学问未深，往往以文字疑误杀人”（《廿二史札记》卷三二）。究其所由，一则是因为其出身农民的自卑心理，唯恐为文人所嘲弄；一则出于其专制统治之需要。其中更主要的还是后者。明初的各地教官，多为元朝遗逸，有些亦曾在元朝做过官，他们既保留着旧日对农民军的看法，又带有旧文人对于新朝的疑虑。太祖选择这些职权卑微的教官作为打击对象，比起对于其他文人要更来得容易一些，而且同样可以起到一举两得的成效，充分显示了皇权的淫威，对文人士大夫起到了杀一儆百的作用。但是那些名列贺表案的教官，则因此而成为文化专制下的冤鬼。赵翼《廿二史札记》卷三二《明初文字之祸》等野史笔记记述甚详。
浙江府学教授林元亮，为海门卫作《谢增俸表》，以表内有“作则垂宪”四字而被杀。原因只是因为“则”字音近于“贼”，而太祖当年曾参加义军，自认即是做贼，故为大忌。
北平（今北京）府学训导赵伯宁，为都司作《万寿表》，有“垂子孙而作则”，被杀。
福州府学训导林伯璟，为按察使撰《贺冬表》，以“仪则天下”被杀。
桂林府学训导蒋质，为布政使司、按察使司作《正旦贺表》，以表中有“建中作则”被杀。
澧州学正孟清，为本府作《贺冬表》，以文中有“圣德作则”而遭诛。
又有常州府学训导蒋镇，为本府作《正旦贺表》，其中有“睿性生知”一句。但只因太祖年轻时曾出家为僧，忌言“僧”字，而“生”字音近于“僧”，故此而罹祸。
据黄溥《闲中今古录》所载，杭州教授徐一夔作贺表，中有“光天之下，天生圣人，为世作则”等语。太祖览之大怒道：“生者，僧也。以我尝为僧也。光则剃发也，则字音近贼也。”遂将一夔斩首。此案《明史》中不记。据《明史·文苑传》，一夔曾与修礼书，有荐修《元史》，辞而不至，任杭州府学教授后，应诏修《大明日历》，将授翰林院官，“以足疾辞，赐文绮遣还”。后人有考其生平者，如清光绪间丁丙编校《始丰稿》，卷后跋曰：“世因《翦胜野闻》称表文忤旨收捕斩之之诬，几疑不克令终于官，岂非大谬哉。”今陈学霖教授亦有补证：徐氏《故文林郎湖广房县知县齐公墓志铭》，文成于建文元年（1399年），以证野史所记其斩首之误。
祥符县学教谕贾翥，为本县作《正旦贺表》，以“取法象魏”四字致祸被诛。盖因“取法”音近“去发”。
尉氏县教谕许元，为本府作《万寿贺表》，表中有“体乾法坤，藻饰太平”之句。太祖以“法坤”嫌于“发髡”，“藻饰太平”嫌于“早失太平”，命将许元处死。
德安府学训导吴宪，为本府作《贺立太孙表》，其中有“永绍亿年，天下有道，望拜青门”之句而被杀，也只是因为其中的“有道”音同于“有盗”。
怀庆府学训导吕睿，为本府作《谢赐马表》，内有“遥瞻帝扉”之句，因“帝扉”音近于“帝非”而被诛。
此外还有陈州州学训导周冕，为本州作《万寿表》，因有“寿域千秋”一句而被杀，终不知何故，或不当书千秋，而当书万岁，尚未可知。
亳州训导林云，为本府作《谢东宫赐宴笺》，以“式君父以班爵禄”而遭诛杀之祸，史称亦不甚明其缘由，或即以“式君父”音同于“弑君父”。
当时有翰林编修张某，以直言被黜为山西蒲州学正，照例为庆贺撰表，表中有“天下有道”，又有“万寿无疆”之句。太祖阅之而识其名，因怒道：“此老还谤我！”盖以其中“疆”字作“强”，“道”则音同于“盗”，合之而为“强盗”。即命逮送法司。曰：“汝更何说？”张某答道：“臣有一言，就毕就死。陛下有旨，表文不许杜撰，务出经典。臣谓‘天下有道’乃先圣孔子之格言，臣谓‘万寿无疆’乃《诗经》臣子祝君之至情。今谓臣诽谤，不过如此。”太祖闻其说良久曰：“此老还嘴强。”放去竟不问。左右相谓道：“数年已来，才见容此一人而已。”（李贤：《古穰杂录摘抄》，《纪录汇编》卷二三）
数年间才见容此一人，足见数年间罹祸者之众多。以上诸例，仅散见于野史笔记中的记述，事实上当然非仅如此。频繁的文字狱案造成了官吏中的普遍疑惧，礼臣因此而上疏请降表式，太祖于是亲自为文播示天下。而这时候已经是洪武末年，“二十九年，以天下诸司所进表笺，多务奇巧，词体骈丽。令翰林院撰庆贺谢恩表笺成式，颁于天下诸司，令如式录进”（《明会典》卷七五《表笺仪式》）。
明朝所规定的表笺格式，不仅包括地方诸司的上表，也包括诸王上表格式。诸王的格式与群臣不同，大约亦定于此时。启奏题本格式的规定，早于表笺式，是为公文行文规范之用的。
制造表笺案是明初专制政治的需要，而确定表笺式，又是当时行政的必要手段。明太祖用这样的方法去限制文人们的自我文化表现，使文人们的行为更加行政化，成为君主专制的工具，不过从此以后，明人的表笺文字便都出于一体，明太祖也不必再去一一读它们了。
诗文案是指那些因作诗文而引发的文字狱案，这在明代文字狱案中也是相当突出的。
因诗文而招致杀身之祸的事例中，最突出的莫过于明初的才子高启。《明史·高启传》记：
高启，字季迪，长洲人。博学工诗。……启尝赋诗，有所讽刺，帝嗛之未发也。及归，居青丘，授书自给。知府魏观为移其家郡中，旦夕延见，甚欢。观以改修府治，获谴。帝见启所作上梁文，因发怒，腰斩于市，年三十有九。
这里提到高启获罪于一诗一文，其诗见于《高青丘集》卷一七，名《宫女诗》：
女奴扶醉踏苍苔，
明月西园侍宴回。
小犬隔墙空吠影，
夜深宫禁有谁来？
诗写宫中妃嫔之生活，令人回味之处在后两句，似是暗指当时的宫阃不严。这类漫写宫中生活的绝句，本来有些像宫词之类的作品，倘若没有后来高启的被罪，人们也许还不会有过多的联想，但后来的事态发展却使人感到了这首诗似确有所指，而并非无稽之谈。明清之际钱谦益为此诗作注云：“《吴中野史》载季迪因此诗得祸，余初以为无稽。及观《国初诏示》诸录所载李韩公子侄诸小侯爰书，及高帝手诏豫章侯罪状，初无隐避之词，则知季迪此诗盖有为而作。讽喻之诗，虽妙绝古今，而因此触高帝之怒，假手于魏守之狱，亦事理之所有也。”（钱谦益：《列朝诗集注》）
李韩公，即韩国公李善长。豫章侯，即胡美。善长子李祺配临安公主，拜驸马都尉，侄佑为丞相胡惟庸从女婿，善长因此坐胡惟庸党案。然其乱宫之事，史书多讳言无记，或语焉不详。仅清初吴乔《答万季野诗问》记：“太祖破陈友谅，贮其姬妾于别室，李善长子弟有窥觇者，故诗云然。李、高之得祸，皆以此也。”窥所获陈友谅之姬妾即谓乱宫，言之过矣。友谅姬妾后有为朱元璋所收入宫者，估计其所谓窥视宫禁者当指此。另外还有胡美事见于本传：“胡美……十七年坐法死。二十三年，李善长败，帝手诏条列奸党，言美因长女为贵妃，偕其子婿入乱宫禁，事觉，子婿刑死，美赐自尽云。”（《明史·胡美传》）胡美长女为贵妃者，即顺妃，太祖十二子湘王朱柏之生母。顺妃未入《明史·后妃传》，其事迹仅见于《太祖实录》卷一〇上。
高季迪被腰斩于洪武七年（1374年），胡美被赐死于十七年（1384年），湘王朱柏生于四年（1371年），胡顺妃入宫必早于此。十多年间，宫阃不严，岂有无人议论之理？不过季迪以才子卖弄于诗文之间罢了。观季迪之经历，初以荐授翰林院国史编修，与修《元史》，又教诸小王于宫中，耳闻目睹宫中的事情当是比较多的。三年（1370年）秋，擢其户部右侍郎，自陈年少，不敢当重任，赐白金放还。此时已有赋诗之事，明太祖隐忍不发，数年后复有上梁文之事，于是二事并治，终致杀身之祸。季迪的上梁文乃是为当时苏州新建府衙而作的：
苏州郡衙，自来本在城之中心，僭周称囯，遂以为宫，颇为壮丽。元有都水行司在胥门内，乃迁衙居焉。及士诚被俘，悉纵煨焰，为瓦砾荒墟，方版图始收兹地。
……
蒲圻硕学夙充，性尤仁厚，贲临之久，大得民和，因郡衙之隘，乃按旧地而徙之，正当伪宫之基。初，城中有港曰锦帆泾，云阖闾所凿，以游赏者，久已湮塞，蒲圻亦通之。时右列方张，乃为飞言上闻，云：“蒲圻复宫开泾，心有异图也。”……乃使一御史张度觇焉。御史至郡则伪为役人，执搬运之劳，杂事其中，斧斤工毕，择吉构架，蒲圻以酒亲劳其下人予一杯，御史独谢不饮。是日，高太史为《上梁文》。御史还奏，蒲圻与太史并死都市，前工遂辍。（杨循吉：《吴中故语》）
季迪《上梁》一文，世卒未之见。自其门人吕勉作传及《吴中故语》《泳化类编》《七修类稿》《东吴名贤记》《续吴先贤赞》《词林人物考》《传信录》诸书相沿而述，然其文迄未见录。《高青丘集》卷一五《七言律诗》有《郡治上梁》诗一首：
郡治新还旧观雄，
文梁高举跨晴空。
南山久养干云器，
东海初生贯日虹。
欲与龙庭宣化远，
还开燕寝赋诗工。
大材今作黄堂用，
民庶多归广庇中。
诗无可讳而存。但观其所记，除去对于魏观的称诩外，对于朝廷并无一语及之，这大概也便是高启之类才子不称上意的原因所在吧。据称季迪《上梁文》中有“龙盘虎踞”之句，盖喻指张士诚旧宫，本亦无他意，而知府魏观素与右列武臣不合，至遭告讦，加之御史张度为人险刻，终酿此文字之祸。已经去官的高启，因与魏观交友，被请作上梁之文，加之前诗之怨，亦被牵于祸中。
明太祖的护短自卑固然是其制造文字之祸的原因之一，文人们对宫闱的影射摹画，也往往更加引发了这位初登皇位的农民的恼羞成怒。除高启外，另有监察御史张尚礼作《宫怨》诗：“庭院沉沉昼漏清，闭门春草共愁生。梦中正得君王宠，却被黄鹂叫一声。”（徐釚：《续本事诗》引《尧山堂外纪》）太祖以其能摹图宫阃心事，下蚕室死。文人作诗，托借宫人之心情，其实未必真的了解太祖后宫隐事，却身遭腐刑，乃至丧生，这才实在是没有人性了。
不过太祖天下得来不易，唯恐一朝便失，诛功臣，用重典，目的均在于此；又因他出身卑微，对于文人有着天生的隔阂，既有礼敬，又多猜忌，因此屡兴文字狱。可是有些文人并不惧怕。
太祖尝游一废寺，戈戟外卫而内无一僧，壁间画一布袋僧，墨痕犹新，傍题一偈云：“大千世界浩茫茫，收拾都将一袋藏。毕竟有收还有散，放宽些子又何妨？”盖帝政尚严猛，故以此讽之。急命武士索其人，不获。（徐祯卿：《翦胜野闻》）
关于此事，明人亦有记其“因尽诛寺僧”者（郎瑛：《七修类稿》卷三七）。以诗论政，乃是明太祖这类专制君主的大忌，但若因此而尽诛寺僧，则难免有暴君之嫌了。然而此类事例，明人所记也确是甚多。
佥事陈养吾作诗曰：“城南有嫠妇，夜夜哭征夫。”太祖知之，以为伤时，取到湖广，投之于水。（刘辰：《国初事迹》）
陈某于明初征战建国之际公然出此哀诗反战，当然为太祖所不容，但仅以诗句而置之死地，严猛之政实可令文人们生畏了。而那些欲以逃仕避祸，求一清静栖身之所者，结果却也难逃不测。
元末高僧一初、止庵，于明初被召至京师，授僧录司官。一初有《题翡翠》诗一首云：“见说炎州进翠衣，网罗一日遍东西。羽毛亦足为身累，那得秋林静处栖？”止庵有《夏日西园》一首云：“新筑西园小草堂，热时无处可乘凉。池塘六月由来浅，林木三年未得长。欲净身心频扫地，爱开窗户不烧香。晚风只有溪南柳，又畏蝉声闹夕阳。”太祖见诗，谓一初曰：“汝不欲仕我，谓我法网密耶？”谓止庵曰：“汝诗‘热时无处可乘凉’，以我刑法太严耶？又谓‘六月由浅’‘三年未长’，谓我立国规模小而不能兴礼乐耶？‘频扫地’‘不烧香’，是言我恐人议而肆杀，却不肯为善耶？”（《七修类稿》卷三四）两僧人皆由此获罪而不善终。
两位僧人大约确有退隐之心，否则也不会于元末逃禅了。但是既已出家，却又被征召为僧官，结果还是未能完全脱离官场，难免会说两句牢骚话，至于所谓“法网”“规模”“礼乐”“肆杀”之类，则显然是牵强附会至极了。
诗文本来便是极易曲解的，倘若再像明太祖那样去随心测度，则无诗文不可成狱。
当时有僧人来复，上《谢恩诗》，其中有“金盘苏合来殊域”“自惭无德颂陶唐”两句，因以致祸。太祖命诛来复，曰：“汝用殊字，是谓我歹朱也。又言‘无德颂陶唐’，是谓我无德，虽欲以陶唐颂我而不能也。”（《廿二史札记》卷三二《明初文字之祸》）此出于明文附会之传说。来复死于胡惟庸案，盖因政治牵连之故。是否因此而有对其诗文的追究，则未可知。
洪武以后的历代皇帝中，除去成祖是以藩王夺位登极之外，其余的均为依照皇统择立，不再是草莽出身，也不再需要以无赖手段达到逞淫威于文人之中的目的。那种于诗文引申附会导致杀身之祸的情形不复多见了，但诗文案仍时有发生。
清人赵翼记明初文字之祸，有正统末至景泰初，佥都御史张楷以“耽师玩寇”被劾罢官之事。称张楷以佥都御史监军镇压浙、闽邓茂七、叶宗留起义，至建宁后停顿不前，日置酒赋诗为乐，又攘他人之功，为人所劾。然其实张楷之获罪，却非因“耽师玩寇”，而是因其所作诗文。
正统十四年，福建剿贼都御史张楷作除夕诗云：“静夜深山动鼓鼙，生民何苦际斯时。”……又云，“庭院不须烧爆竹，四山烽火照人红。”为给事中王诏所劾罢去。宣德中，楷先为御史，作诗以献宣宗，意欲求进。罪之，赖学士陈循力救而免。至是终以诗败。（《万历野获编》卷二五《诗祸》）
当时以诗获罪者还有天顺间的罗学渊。
天顺四年，江西万安县民罗学渊进所作诗三百余首，名《大明易览》，中有《咏犬》《咏蜜》《咏虫》《嘲丑妇》及谀当道者，词多谬安。上大怒，出其诗，命下狱讯治。集诸大臣廷鞫，坐妖言律论斩。（沈德符：《万历野获编》卷二五《诗祸》）
又：
弘治十二年，云南副使赵炯作诗十二首，自序身谕孟密夷使入贡之功，以献。上怒，降为运同。（同上）
以诗寄情，有时难免会有对于时政的批评，这也是自古文人发牢骚、抒情怀的手段，并不鲜见，而明朝文人中却因此而获罪者独多，足见其文化专制之严厉。
正德中浙江佥事韩邦奇，亦以诗获罪。
时中官在浙者凡四人，王堂为镇守，晁进督织造，崔
主市舶，张玉管营造。爪牙四出，民不聊生。邦奇疏请禁止，又数裁抑堂。邦奇悯中官采富阳茶鱼为民害，作歌哀之。堂遂奏邦奇沮格上供，作歌怨谤。帝怒，逮至京，下诏狱。廷臣论救，皆不听，斥为民。（《明史·韩邦奇传》）
嘉靖四年（1525年），巡抚应天（今南京）右都御史吴廷举，升南京工部尚书。吴以为南京工部为闲职，上疏请辞，其中引用白居易诗句：“月俸百千官二品，朝廷雇我作闲人。”又引张咏诗：“可幸太平无一事，江南闲杀老尚书。”疏末又用“呜呼”二字，明显有牢骚之意。世宗怒，令其致仕，“以廷举怨望，无人臣礼”（《明史·吴廷举传》）。
因诗而致仕，尚属小事，更何况廷举确有牢骚之举，但是嘉靖中另一都御史胡缵宗以献诗得祸，并且几乎酿成大狱，便更显出当时的文化专制之甚了。
嘉靖十七年，上幸承天府，都御史胡缵宗作诗纪上南巡。末句云：“穆王八骏空飞电，湘竹英皇泪不磨。”又云，“东海细臣瞻巨斗，北枢中夜几曾移。”自刻而勒之石。后为仇家任邱王联所讦，指为诅咒讥讪。上震怒，逮下诏狱，拷掠论死，后宥戍极边。（《万历野获编》卷二五《诗祸》）
这里所说的仇家王联，原为阳武知县。胡缵宗为河南巡抚时，曾以事笞王联。后王联因殴打亲父，被巡按御史陶钦夔劾罢入狱论死。其父为之请，得释出，又因杀人再次论死。王联知世宗喜告讦，于是以胡缵宗迎驾诗“穆王八骏”等为谤诅，称缵宗命其去为刊刻，又因其不从，乃使陶钦夔弹劾，罗织罪名至论死。王联还使其子诈为朝官，临阙称冤，凡其所恨者，悉构陷于其中，如副都御史刘隅，给事中鲍道明，御史胡植、冯章、张洽，参议朱鸿渐，知府项乔、贾应春等，共百十人。幸有刑部尚书刘讱持法而断，将王联父子斩首。而世宗仍心忌胡缵宗之诗，竟革其职，刘讱亦受牵除名。事详《明史·刘讱传》。
世宗朝诗祸颇多，或因其以外藩入继，心多疑虑，并以此立威。时人又记：
嘉靖间，又有锦衣经历沈炼以劾严嵩编置保安，亦作诗讥督臣杨顺，被诬勾，坐斩。至穆宗初昭雪，加恤翰林院编修。赵祖鹏罢官居家，被宗人赵驯讦其作诗讪上，下诏狱论死。亦至隆庆元年始得释。二人俱浙产。其人虽薰莸，然以诗得祸则一也。（《万历野获编》卷二五《诗祸》）
据明朝人记述：“古来人主多拘避忌，而我朝世宗更甚。当辛巳登极，御袍偶长，上屡挽而视之，意殊不惬。首揆杨新都进曰：‘此陛下垂衣裳而天下治。’天颜顿怡。晚年在西苑，召太医院使徐伟察脉。上坐小榻，衮衣曳地。伟避不前。上问故。伟答曰：‘皇上龙袍在地上，臣不敢进。’上始引衣出腕。诊毕，手诏在直阁臣曰：‘伟顷呼地上，具见忠爱。地上人也，地下鬼也。’伟至是始悟，喜惧若再生。”（《万历野获编》卷二《触忌》）
专制君主的忌讳，是造成诗文案的直接原因，而诗文是最禁不起推敲曲解的，这也便给那些以陷构为业的小人们提供了机会。在那充满险恶的专制社会里，人们必须学会谨小慎微地生活，这实在是中国人的悲哀。
到明末天启年间，太监魏忠贤专权，有知府刘铎以诗致祸。
铎，庐陵人。由刑部郎中为扬州知府。愤忠贤乱政，作诗书僧扇，有“阴霾国事非”句。侦者得之，闻于忠贤。倪文焕者，扬州人也，素衔铎，遂嗾忠贤逮治之。（《明史·刘铎传》）
其实刘铎的诗句在当时并不是什么激励之辞。那时候的官吏军民，无不对魏忠贤、客氏及其阉党切齿痛恨。当时北京有民谣：“委鬼当朝立，茄花遍地开。”委鬼即魏，茄花即客（音近客）。又传：“八千女鬼乱朝纲”，“八千女鬼”合而为魏字。此谣传至宫中，魏忠贤空有淫威却无可奈何。
这时已是明朝末年，十几年后，明朝的专制统治便在天怒人怨中灭亡了。
书院自古即为学者论道讲学之所，与官办的儒学不同，亦有别于进行启蒙教育的乡间私塾。正因为如此，书院便往往成为文人学者们自由抒发学术思想的场所，也因此而有悖于专制政治。
书院之制，昉自石鼓、岳麓、白鹿、睢阳，皆硕德鸿儒讲道明教之地，世所谓四大书院者是也。厥后书院遍天下，日增月益，星罗而鳞次，然多尚虚名，而实学荒矣。（王圻：《续文献通考》卷六一《学校·书院》）
四大书院说始于宋，盖指南康之白鹿书院、湖广之岳麓书院、归德之应天书院、登封之嵩阳书院。然“书院之设，莫盛于元，而皆设山长以主之，给廪饩以养之，几遍天下”（孙承泽：《春明梦余录》卷五六《首善书院》）。明初兵燹之后，书院多毁圮，加之太祖、成祖文化专制的严禁，学者多自危，所讲不过宋儒之说，且未敢广聚徒众，故书院于明初为衰落之时。
按照习惯的说法，书院之设，盖未修庠序之教，士病无所于学，乃“相与择胜地，立精舍，为群居讲习之所”（《续文献通考》卷六一《学校·书院》）。明初太祖极重儒学，儒学盛而书院衰。然明初未有书院之禁。明朝人说：
国朝修建书院，初未有禁。至嘉靖十七年夏四月，吏部许赞言：“抚按司府，多建书院，以聚生徒，供亿科扰，亟宜撤毁。”从之。万历十年，阁臣张居正以言官之请，概行京省查革。士论纷然不平，然竟亦不能尽撤。（《续文献通考》卷六一《学校·书院》）
明代书院之禁，初禁于嘉靖间，再禁于万历间，这与明代的政治状况有着颇大的关系。明代的书院讲学之盛，始于成（化）、弘（治）间陈献章（白沙）。正（德）、嘉（靖）后，王阳明则更逾之，其后泰州学派，讲学之风波及上下，终遭当政所忌。
泰州之后，其人多能以赤手搏龙蛇，传至颜山农、何心隐一派，遂复非名教之所能羁络矣。（黄宗羲：《明儒学案》卷三二《泰州学案一》）
嘉靖朝的禁毁书院，起于十六年（1537年）二月。据明人王圻考，湛若水讲学之甘泉书院与王守仁讲学之阳明书院分建于池州府（今安徽贵池）化成寺东西。嘉靖十六年二月，有御史游居敬，上疏《乞戒邪僻大臣以端士习》称：“王守仁之学，主于致良知；湛若水主于体认天理。皆祖陆九渊而少变之，以号召好名谋利之士。然守仁谋国之忠，应变之才，犹不可泯。若水迂腐之儒，广收无赖，私建书院，其言近似，其行大非。乞戒谕以正人心。”诏下礼部议，礼官遂复奏：“王守仁既经禁革，不必更议。若水掌教南雍，间有生徒附和标榜，居敬责备太甚。若水年已七十，屡乞休致，方且慰留，可再议耶。”上谕：“若水既有成命，书院令所司毁之”（《续文献通考》卷六一《学校·书院》）。此次专毁若水之甘泉书院。次年许赞再言，遂有全面禁毁书院之令。
当时禁毁书院讲学之案，虽有端倪而未成大祸，书院讲学亦禁而未止。待到泰州学派讲学之风大兴，终致颜山农入狱、何心隐被杀。
颜钧，字山农，吉安人也。……山农游侠，好急人之难。……颇欲有为于世，以寄民胞物与之志。……然世人见其张皇，无贤不肖皆恶之，以他事下南京狱，必欲杀之。（《明儒学案》卷三二《泰州学案一》）
其弟子罗近溪变卖家产，为之营救，至不赴廷对者六年，山农终以戍出，年八十余。
梁汝元，字夫山，其后改姓名为何心隐，吉州永丰人。……心隐在京师，辟各门会馆，招徕四方之士，方技杂流，无不从之。（《明儒学案》卷三二《泰州学案一》）
其后心隐设计，用道士蓝道行以扶乩劝世宗除严嵩。张居正当政后，遂令捕杀之。“心隐方在孝感聚徒讲学，遂令楚抚陈瑞捕之，未获而瑞去。王之垣代之，卒致之。”心隐后来死于狱中，死前曾言：“公安敢杀我？亦安能杀我？杀我者张居正也。”（《明儒学案》卷三二《泰州学案一》）
此事在万历七年（1579年）三月至九月间，至十年，张居正以言官之请，再申禁令。可见其非仅因与何心隐的旧日之恩怨。史称“而心隐故尝以术去宰相（按指计除严嵩事），江陵（张居正）不能无心动”（同上）。但实际恐非如此。颜山农、何心隐所代表的书院讲学风气，对于时政是一种强有力的冲击，甚至于危及当时的专制政体，作为执政者的张居正当然不能容忍这种风气的蔓延。万历十年（1582年）正月，遂有诏毁天下书院。
先是原任常州知府施观民，以科敛民财，私创书院，坐罪褫职。而是时士大夫竞讲学，张居正特恶之，尽改各省书院为公廨。凡先后毁应天等府书院六十四处。（夏燮：《明通鉴》卷六七）
但正如当时人王圻所称：“士论纷然不平，然竟亦不能尽撤。”
在当时，士大夫们讲学成风，被斥削职官员更多行此道。十年之后，至万历二十一年（1593年），大计京察，文选郎中孟化鲤支持主察官员孙鑨、赵南星、顾宪成等人，后被斥为民。“既归，筑书院川上，与学者讲习不辍，四方从游者恒数百人。”（《明史·孟化鲤传》）
不久，顾宪成亦被削职。万历二十六年（1598年），宪成于无锡二泉会吴中诸君子，遂有东林书院之议。“邑故有东林书院，宋杨时讲道处也，宪成与弟允成倡修之，常州知府欧阳东凤与无锡知县林宰为之营构。落成，偕同志高攀龙、钱一本、薛敷教、史孟麟、于孔兼辈讲学其中，学者称泾阳先生。”（《明史·顾宪成传》）当时四方亦多有闻风而起，设立书院者，如毗陵之经正堂、金沙之志矩堂、荆溪之明道书院、虞山之文学书院。而顾宪成等皆以正人被斥，“当是时，士大夫抱道忤时者，率退处林野，闻风响附，学舍至不能容。宪成尝曰：‘官辇毂，志不在君父；官封疆，志不在民生；居水边林下，志不在世道，君子无取焉。’故其讲习之余，往往讽议朝政，裁量人物。朝士慕其风者，多遥相应和。由是东林名大著，而忌者亦多”（《明史·顾宪成传》）。而明清之际黄宗羲更称其裁量人物，訾议国政，“亦冀执政者闻而药之也。天下君子以清议归于东林，庙堂亦有畏忌”（《明儒学案》卷五十八《东林学案一》）。这便是后来东林之祸的根本原因。
以讲学而立党，以立党而干政，这远远超过了泰州学派对于当政者的威胁。
万历末至泰昌间的明宫三案发生时，顾宪成虽已病卒，然而东林诸君子都直接参与其中，这时候他们已不再像顾宪成那样为当政者提供良药，而是开始直接当政。《明史》称：
初，神宗在位久，怠于政事，章奏多不省。廷臣渐立门户，以危言激论相尚，国本之争，指斥宫禁。宰辅大臣为言者所弹击，辄引疾避去。吏部郎顾宪成讲学东林书院，海内士大夫多附之。“东林”之名自是始。既而“梃击”“红丸”“移宫”三案起，盈廷如聚讼。与东林忤者，众目之为邪党。天启初，废斥殆尽，识者已忧其过激变生。及（魏）忠贤势成，其党果谋倚之以倾东林。（《明史·魏忠贤传》）
至天启四年（1624年），汪文言狱兴，东林杨涟、左光斗等与魏忠贤及其阉党更成水火之势。于是阉党复起大狱，逮杨涟、左光斗、魏大中、周朝瑞、袁化中、顾大章等六人，掠治死于狱中。此时顾宪成虽已卒，亦被追削籍，终于造成了明末迫害正人的第一大惨案。