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天启五年五月十八日，朱由校在客氏及魏忠贤陪同下，祭祀方泽坛后，到西苑游乐。客、魏二人在桥北浅水处大船上饮酒寻欢。朱由校和司礼监掌印太监王体乾，及亲信小太监高永寿、刘思源在桥北深水处泛舟荡漾，相顾欢笑，俨若神仙。忽然一阵狂风刮来，小舟倾覆，四人一起落水。两岸随从见状，顿时大惊失色。幸亏近旁的管事太监谈敬等人奋身抢救，朱由校、王体乾幸免一死，两名小太监溺水死亡。魏忠贤惊魂未定，专为此事到大高玄殿作道场法会，放河灯追荐。
朱由校虽未淹死，但受此一番惊吓，本来不佳的身体，从此每况愈下。
天启七年夏，朱由校的病情加剧，引起朝臣密切关注。七月二十八日，河南道御史倪文焕上疏：圣体欠安，是否起居失调？如果是这样，那么应该讲求清心寡欲。
到了八月十一日，内阁首辅黄立极率领文武百官到宫门问安。朱由校在乾清宫西暖阁召见大臣，待御医报告诊脉情况后，他对大臣们说：圣体素来虚弱，近来因辽东战事焦虑劳累，终于病倒。目前正在静心休养，凡是重大朝廷事务全由阁臣与厂臣计议商榷，用心赞襄。
次日，黄立极率九卿科道等官，再次来到乾清宫西暖阁拜谒皇帝。大臣们知道圣体尚未“霍然勿药”，明显感到皇上病重，却念念不忘国家大事，与以前判若两人。这也怪，身体健康时对朝政从来不感兴趣，到了生命垂危之际，竟轸念起国事来了。大概是人之将死其言也善吧！少顷，他向大臣发布了在位的最后一道谕旨，除了再次重申对王体乾、魏忠贤的信任，特地透露了昨天单独召见五弟信王朱由检的信息。
他没有透露谈话内容，用意十分明显：要大臣们知道，由信王朱由检入继大统，是他自己的安排。
朱由校何以要传位给五弟朱由检呢？实在是事出无奈，因为他本人没有子嗣。这就怪了，《明史·诸王传》明明写着熹宗有三子：慈然、慈焴、慈炅。仔细一查，原来都夭折。
他的长子慈然，是皇后张氏天启三年十月十二日所生。《诸王传》竟然糊里糊涂写道：“怀冲太子慈然，不详其所生母。”
而《明史·后妃传》在懿安皇后条写道：“（天启）三年，（皇）后有娠，客魏尽逐宫人异己者，而以其私人承奉，竟损元子。”
明白无误地指出，张皇后是皇长子的生母，怎么可能“不详其所生母”呢？令人百思不得其解。同一部书，相隔不过寥寥数页，自相矛盾一至于此，众手修史的弊端彰显无遗。幸好有其他记载可以佐证，否则岂不成了一桩无头公案！《国榷》天启三年十月己巳条写道：“皇长子慈然生，旋殇。中宫出。”
所谓“中宫出”云云，即皇后所生。其他史料也证明了这点，可谓确凿无疑。万斯同说：“熹宗皇后张氏，祥符人，以天启元年立为皇后，父国纪封太康伯。魏忠贤、客氏惮后骾直，数于帝前离间，至诬后为死囚孙二女。及后有娠，乃尽逐宫人异己者，而以其私人代之，奉御无状，胎竟殈。”
这个“殈”字，意思是鸟卵未孵成而开裂，此处所谓“胎竟殈”，可以理解为早产，并非流产。因为孩子生下来以后朝廷确实庆贺过一番：“圣嗣诞生，命国公张惟贤祭告南郊，伯张庆臻祭告北郊，驸马侯拱宸祭告社稷，祭毕，百官庆贺，谕停刑。”
如果是流产，不可能有这类祭告仪式。皇后诞生皇长子，在明代并不多见，自然非同小可，日后理所当然成为皇太子、皇位继承人。如此一个宝贝怎么会“旋殇”呢？原来是客氏、魏忠贤在捣鬼。
孕育皇长子的皇后张氏，名嫣，字祖娥，小字宝珠，河南祥符人。天启元年朱由校即将大婚，先期召选十三岁至十六岁的淑女，十五岁的张嫣体态颀秀而丰整，应召入宫。朱由校的乳母客氏年逾三十，以妖艳惑帝，见到张嫣又惊又忌，执意反对。无奈朱由校早已看中，四月二十七日册立为皇后。当时客、魏恣睢跋扈，玩弄皇帝于股掌之上。张皇后有所察觉，经常指责客、魏变乱宫中规章，客、魏既忌惮又怨恨，多次欲加陷害。
天启三年，张皇后怀孕，倘生一子，皇后的地位更加不可动摇。客、魏二人设计陷害，把皇后身边的宫女全部驱逐，代之以自己的亲信宫女，伺机下手。
十月十二日，皇后分娩，果然是一个男孩，因为早产，不久就夭折。这是客氏与魏忠贤一手策划的阴谋，万斯同《明史》与张廷玉《明史》都如此说，其他史书也证实了这一点。比如抱阳生《甲申朝事小纪》说：“天启时，客氏以乳母擅宠，妒不容后有子……及张氏有孕，客氏暗嘱宫人，于捻背时重捻腰间，孕坠。”
纪昀《明懿安皇后外传》说：“天启三年，后有娠，客、魏尽逐宫人之异己者，而以私人承应。后腰胁偶痛，召宫人使捶之，宫人阴欲损其胎，捶之过猛，竟损元子焉。”
此事宫内外都有传闻，故而天启四年六月，左副都御史杨涟弹劾魏忠贤二十四大罪，这一阴谋成为第十条罪状：“中宫有庆，已经成男，凡在内廷当如何保护。乃绕电流虹之祥，忽化为飞星堕月之惨。传闻忠贤与奉圣夫人实有谋焉。以皇上麟趾呈祥，何妨斯男则百，而忠贤包藏祸心若此，是皇上亦不能自保其第一子矣。”
朱由校的第二子慈焴，比长子迟十天出生，时为天启三年十月二十二日，生母是天启二年册封的慧妃范氏。皇长子夭折后，又降生一子，朱由校喜出望外，闰十月十六日以皇次子诞生，大赦天下，诏书中洋溢着“所望早昌嗣续，以慰在天之灵”的激动心情。
不久，进封范氏为皇贵妃，为皇次子成为皇太子创造条件。可是好景不长，皇次子慈焴就在次年六月死去，活了不到一年。
天启三年五月，册封的裕妃张氏怀孕了，皇帝特地为她举行了铺宫礼。
性情刚烈的裕妃无意中得罪了客、魏，被他们视为眼中钉，假传圣旨，把她幽禁于宫中，关闭宫门，驱逐身边宫女，断绝水火。一个下雨天，饥渴的裕妃爬到屋外，匍匐在地上啜饮屋檐滴下的雨水，慢慢气绝身亡，腹中的胎儿就此夭折。此事朝廷上下人所共知，成为杨涟弹劾魏忠贤二十四大罪的第九条罪状：“裕妃以有喜传封，中外欣欣相告矣。忠贤以抗不附己，嘱其私比，捏倡无喜，矫旨勒令自尽，不令一见皇上之面。昔尧以十四月而生，假令当日裕妃幸存，安知不为尧母？是皇上又不能保其妃嫔矣。”
慧妃范氏因皇次子慈焴夭折，逐渐失宠。朱由校召成妃李氏侍寝，成妃在皇上面前代范氏乞怜。此事被客、魏侦知，假传圣旨革去范氏的皇贵妃封号，把她幽禁于别宫，断绝饮食。幸亏范氏鉴于裕妃张氏的先例，预先储存食物于壁间，苟延残喘。后来客、魏怒气稍解，把她降为宫女，得以不死。
朱由校的第三子慈炅，生于天启五年十月初一日，生母是容妃任氏。不久，任氏因诞育皇三子而册封为皇贵妃。看得出来，朱由校连丧二子以后，对皇三子是寄予厚望的。不料，皇三子与皇二子一样，十月生，次年二月死，活了几个月。天启六年二月十八日，朱由校降旨：“朕第三子诞生，念系国本攸关，已下诏加恩，所在均庆，不意未周（岁）而旋殒，深怆朕衷，抚旧悲新，应同悯恤，兹特追谥怀献太子。”
从客氏、魏忠贤的专擅跋扈、阴险狠毒的所作所为看来，他们别有所图，不愿皇帝有子嗣，三位皇子的相继夭折，都与他们脱不了干系。为了把持内廷，他们什么事都干得出来。万斯同写道：“凡天启七年之间，（皇）后及诸后宫，生皇子三、皇女二，皆以客、魏故，致夭绝。其怀孕伤堕者不在此数。当是时，六宫咸委命客、魏，惴惴莫保朝夕……诸如胡贵人、冯贵人之属，或绝食勒死，或因其微疾杀之，偶有违言，无不立死者。而客、魏尤忌（皇）后不置，后父（张）国纪又于帝前面折其奸。帝尝至后宫，后方读书，帝问：‘何书？’曰：‘《赵高传》也。’帝默然。客、魏益怒，嗾刘志选、梁梦环复诬（皇）后非（张）国纪女，如前说。（张）国纪坐削爵，而客、魏怒犹未已。于是令壮士挟刃伏便殿，帝御殿，忠贤搜得之以闻，帝大惊，送厂卫治之。忠贤乃诬（张）国纪谋立信王，为不轨，欲兴大狱。王体乾沮之，乃杀其人以灭口，事得寝。”
因此，如果说，朱由校绝嗣是客氏魏忠贤一手造成，恐怕不算过分夸张吧！
天启七年八月二十二日，熹宗朱由校驾崩。次日，礼部接出皇后懿旨：“大行皇帝奈素秉虚弱，兼东事焦劳，得患时疾，医药罔愈，于天启七年八月二十二日申时崩逝。合行丧仪事理，着礼部便会同翰林院计议，从厚具仪来看。”
既然熹宗绝嗣，皇位继承人只能按照“兄终弟及”原则，在他的弟弟中选择。熹宗的父亲光宗生有七子，长子是朱由校，二子、三子、四子、六子、七子都已夭折，硕果仅存的只有五子朱由检，也就是说，皇位只能由朱由检继承。
朱由检与朱由校是一对同父异母兄弟，从小共同生长于父亲的太子宫中，两人相差不过五岁。朱由检的生母贤妃刘氏，初入宫时是淑女（淑女地位低于才人、选侍），万历三十八年十二月二十四日生朱由检，不久失宠被谴，郁闷而死，年仅二十三岁。
太子朱常洛悄悄把刘氏安葬于西山，告诫身边近侍不得泄露此事。当时朱由检才五岁，父亲朱常洛把他托付给选侍李氏（人称西李）抚育，西李自己生了女儿后，就把他托付给另一个选侍李氏（人称东李）抚育。东李与西李同为选侍，秉性截然不同。万历四十七年三月，朱由校的生母王氏死后，他遵父命到西李宫中生活。朱常洛即位不久病危，在病榻上嘱咐：封李选侍（西李）为皇贵妃，西李在帘后指使朱由校出来传话：要封皇后。由于大臣坚决反对，也由于光宗突然死去，册封西李为皇贵妃的事来不及办，更不消说册封为皇后了。但是她仍旧居住在乾清宫，于是在朱由校即位后引发了一场“移宫”纷争，成为日后魏忠贤整人的话柄。
另一个选侍即东李（庄妃），为人仁慈，寡言笑。朱由检在东李抚育下成长，养成了良好的生活习惯，每天清晨起床后，先拜天，随即向东李请安，尊敬如生母。东李也确实以母道待之，多方调教其品德，养成独立奋斗的坚毅性格。
天启二年九月二十三日，司礼监太监王体乾向大臣宣读圣谕：“朕皇五弟今封信王，其已故生母选侍刘氏，诞育勤劬，见在选侍东李抚育有劳，朕念皇五弟已封，刘氏所有谥典，李氏应得封号，尔部便查例来行。”
当时朱由检居住在勖勤宫，常常思念生母，询问近侍太监：西山有申懿王坟吗？近侍答：有。又问：旁边有刘娘娘坟吗？近侍答：有。随后悄悄吩咐近侍太监前去祭扫。
这种浓烈的思母之情，久久萦绕在他心中。待到他即位后，不仅追封生母为孝纯皇太后，而且特地命人画了一幅生母肖像，时时瞻仰，以寄托思母之情。
天启六年十一月二十五日，朱由检由勖勤宫迁往信王府邸，正式开始了他的亲王生活。次年二月初三日，十八岁的信王举行婚礼，选南城兵马司副指挥周奎之女为王妃。王妃周氏是懿安皇后从三名候选人中选拔出来的。
朱由校这个人一向昏聩，但对于懿安皇后张氏、信王朱由检，却十分注重情义。有两件事最能说明问题。
其一，某日宫门发现匿名传单，上面列举魏忠贤种种劣迹。魏忠贤怀疑此事出于懿安皇后之父太康伯张国纪，以及被逐诸臣之手，企图抓住此事整一下张国纪，从而动摇皇后的地位，妄想用自己的侄儿魏良卿之女取而代之。顺天府丞刘志选获悉魏忠贤的意图，首先上疏诬陷张国纪，御史梁梦环和他一唱一和。朱由校出于对皇后的信任，果断下旨谴责刘志选，使得他们不敢轻举妄动。
其二，某日朱由校来到皇后宫中，看到皇后正在阅读《赵高传》，默然不语。魏忠贤以为皇后用赵高来隐喻他，怒不可遏。次日，在殿内埋伏全副武装的士兵，朱由校发现埋伏后，立即命令警卫把那些士兵押送东厂、锦衣卫处置。魏忠贤企图借题发挥，诬陷张国纪“谋立信王”，并借此镇压异己势力。司礼监掌印太监王体乾对魏忠贤惟命是从，这次却竭力阻止，因为他深知皇上脾性，说道：主上凡事愦愦，独于兄弟夫妇间不薄，如有不测，我辈没命了。魏忠贤听了大惊失色，匆匆杀了那些士兵灭口。
“凡事愦愦，独于兄弟夫妇间不薄”，寥寥数语道出了朱由校对皇后与五弟的信任，而这一点正是日后五弟在张皇后支持下入继大统的重要保障。
朱由校此次病危，果然想到了五弟朱由检，八月十一日单独召见他。朱由检与朱由校从小一起长大，自然有着同胞手足之情。当时魏忠贤专政，气焰嚣张至极，朝廷内外人人自危，身为信王的朱由检也感受到了莫名的威胁，不得不表现出淡泊权势的姿态。《崇祯长编》有一段话十分确切地透露了朱由检当时的内心世界：“帝（朱由检）初虑不为忠贤所容，深自韬晦，常称病不朝。”
这是一种大智若愚的韬晦之计，以称病的手法躲避权势倾轧，避免魏忠贤的猜忌。
这次奉召入见，实在是迫不得已。朱由检进入乾清宫西暖阁向皇兄请安问疾后，朱由校直截了当地对他说：“来！吾弟当为尧舜。”这句话虽未明确表示要他入继大统，但意思已尽在不言中了。朱由检听了顿时感到万分惶惑，惧不敢当，也不敢应，不知如何回答才好。沉默一阵之后，他才回奏：“臣死罪，陛下为此言，臣应万死。”魏忠贤疑忌他的，正是这一点；他长期以来深自韬晦的，也正是这一点，不得不用坚定的口气推辞。但是，朱由校早已深思熟虑，不容他推辞，慰勉再三，然后叮嘱他入继大统后注意两件事：一是“善视中宫”，二是“忠贤宜委用”。
这前一点是不成问题的，对于皇嫂（张皇后），他一向尊如母后。这后一点却颇为棘手。自从他册封为信王后，为了避祸，总是给人与世无争的印象：“衣冠不整，不见内侍，坐不倚侧，目不旁视，不疾言，不苟笑。”
目的是消除魏忠贤对他的疑忌。现在皇兄既要他入继大统，又要他委用魏忠贤，使他感到如骑虎背，进退两难。然而皇帝主意已定，此事已成定局。
八月十二日，朱由校再次召见大臣，向大臣们透露日前召见信王的事：“昨召见信王，朕心甚悦，体觉稍安。”
明白无误地向大臣们表示，由信王入继大统，是他的既定方针，是出于自己的安排。
皇帝病危，朝廷上下一片混乱，魏忠贤及其亲信为了延长这个傀儡皇帝的生命而奔忙，他们不愿意一个难以摆布的人继承皇位，从而改变既定的权力结构。阉党的得力干将兵部尚书霍维华，向皇帝进献“仙方灵露饮”，就反映了他们病急乱投医的慌乱心态。不知霍维华从哪个道士或游方郎中那里搞来的秘方：用上好粳米淘净，放入木甑蒸煮，甑底部安放长颈大口空银瓶，接纳流下来的“灵露”。一边蒸煮一边添米，少顷，更换新米。几次更换后，银瓶中的“灵露”已满。据说，这种“米谷之精”有延年益寿之功效。朱由校服用后并无不适，却毫无疗效，身体日益浮肿，难以进食，不得不停止服用这个“仙方”。
天启七年八月二十二日，熹宗皇帝朱由校在乾清宫懋德殿逝世，年仅二十三岁。次日，礼部接到张皇后懿旨：“大行皇帝奈素秉虚弱，兼东事焦劳，得患时疾，医药罔愈，于天启七年八月二十二日申时崩逝。合行丧仪事理，着礼部便会同翰林院计议，从厚具仪来看。”
信王朱由检也发布了皇五弟令旨：“皇兄崩逝，今有文武大小官员于文华殿行问慰礼。”
大权在握的魏忠贤却秘不发丧，显然别有用心。他对于朝政久有觊觎之心，妄想再高升一步，获得“摄政”的权力。八月十九日，他向阁部大臣“吹风”，意欲把未来的皇帝当作傀儡，由他来“垂帘居摄”，仿效王莽的样子。内阁辅臣施凤来怕担骂名，期期以为不可：“居摄远不可考，且学他不得。”
魏忠贤不悦而罢。但是他并不甘心，自从皇帝召见信王以来，他就心存异志，与掌握宫廷警卫大权的锦衣卫都督田尔耕秘密商量，图谋发动宫廷政变。田尔耕一向唯魏忠贤马首是瞻，对于此种政治赌博心存疑虑，唯唯诺诺，不敢表态。魏忠贤又与掌握兵权的兵部尚书崔呈秀议论此事，崔呈秀掂量出事态的严重性，拒不搭腔，再三追问之下，才说了一句话：“恐外有义兵。”魏忠贤不得不打消了宫廷政变的念头。
关于魏忠贤心存异志，还有其他种种传闻。比如，阉党中人向他献计，诡称皇后怀孕，暗中以魏良卿之子抱入宫中，冒名顶替，然后由魏忠贤辅佐，仿效王莽辅佐孺子婴的方式，进而篡夺帝位。
魏忠贤向皇后建议，要她假称怀孕，然后把魏良卿之子作为自己的儿子，继承帝位，遭到皇后的断然拒绝。
又比如，魏忠贤想拥立福王朱常洵入继大统。
这些都是传闻之辞，真假参半，不必当真。不过由此反映了魏忠贤在由谁入继大统问题上，确实心存异志，他不愿意看到他无法控制的信王朱由检登上皇帝宝座，是不争的事实。
毕竟有熹宗遗言在先，魏忠贤及其亲信不敢轻举妄动。何况皇后张氏十分坚定地支持信王入继大统。据说，魏忠贤曾派人向皇后“吹风”，意欲阻止信王继位，皇后明知安危操于魏忠贤之手，仍毫不犹豫地拒绝。她对来人表示：从命是死，不从命也是死，一样是死，不从命可以见二祖列宗在天之灵。
皇后随即规劝皇帝尽快召见信王，由他入继大统。皇帝对她说：忠贤告诉我，后宫有二人怀孕，他日生男，作为你的儿子，立为皇储。皇后断然拒绝，晓之以理，皇帝方有所悟，秘密召见信王，要他接受遗命。信王欲推托，皇后从屏风后面走出，对信王说：皇叔义不容辞，而且事情紧急，恐怕发生变故。信王这才欣然拜受遗命。朱由校指着皇后相托：中宫配朕七年，常正言匡谏，获益颇多。今后年少寡居，望吾弟善待。
八月二十二日，熹宗驾崩，皇后立即传遗诏，命英国公张惟贤等迎立信王即位。魏忠贤无可奈何，不得不在次日向外宣布皇后懿旨：“召信王入继大统！”
由此可见，《明史·后妃传》所说“及熹宗大渐，折忠贤逆谋，传位信王者，后力也”
，是确有所据的。
紧接着颁布熹宗遗诏：“若夫死生常理，人所不免。惟在继统得人，宗社生民有赖，全归顺受，朕何憾焉？皇五弟信王由检聪明夙著，仁孝性成，爰奉祖训兄终弟及之文，丕绍伦序，即皇帝位。”
于是乎内阁辅臣施凤来、黄立极和英国公张惟贤等元老重臣遵照大行皇帝遗诏和皇后懿旨，前往信王府“劝进”。按照惯例，“劝进”必须三次，“劝进笺”也必须递交三次，以示劝进者的诚意，以及被劝进者的谦让。信王朱由检对第一道劝进笺这样答复：“览所进笺，具见卿等忧国至意，顾予哀痛方切，继统之事岂忍遽闻！所请不允。”对第二笺的答复也一样：“卿等为祖宗至意，言益谆切，披览之余愈增哀痛，岂忍遽即大位！所请不允。”待到第三笺呈上，朱由检才表示同意：“卿等合词陈情至再三，已悉忠恳。天位至重，诚难久虚，遗命在躬，不敢固逊，勉从所请。”
虽然群臣再三劝进，但对于朱由检而言，通往登极的道路还会发生什么波折，尚难预料，似乎有点如临深渊如履薄冰的感觉。魏忠贤派遣忠勇营提督太监涂文辅前往信王府迎接他进宫时，他念念不忘的是皇后张氏的秘密告诫：“勿食宫中食！”
他是带了自家制作的麦饼，放在袖子里，跟随涂文辅进宫的。这一细节，反映了当时的形势十分微妙，张皇后和朱由检都感受到了来自魏忠贤的无形压力，又不能挑明，只能暗中提防。从王世德的记载可以看到，危险确实存在：“熹宗大渐，上（指朱由检）入内，忠勇营提督涂文辅魏党也，帅兵护卫。后（涂）文辅告人曰：‘当日天命未改，魏忠贤不敢有逆谋，否则王之命悬于俄顷耳。’”
张岱的记载则从另一个侧面印证当时的情况颇多变数：“上崩，魏忠贤自出迎（信）王入，遍召百官，中外岌岌，恐有他变。百官迟疑，厥明始至殿门，宦者持门，不得入，告以宜服缟。既服缟，又言未成服，宜如常。群臣奔走出入者三，气喘且不续，哀诉宦者，乃得入。既哭临，司礼监太监王体乾及忠贤在丧次，独体乾语礼部备丧礼。忠贤独呼兵部尚书崔呈秀入，屏人语，移时，面奏信王曰：大行皇帝某贵妃有遗腹未诞，请宽登极之期。”信王霁颜许之，暂受监国，以俟圣嗣诞生。诸大臣争之力，乃即以二十四日践天子位，受百官朝，毋贺。”
当时宫中形势确实有点紧张，朱由检知道魏忠贤心狠手辣，什么事情都干得出来，抱着一种警惕心态静观事态变化。入宫后，一夜未眠，秉烛而坐，做好应付事变的准备。一名佩剑的巡视太监走来，朱由检和他攀谈，把他的佩剑取下，佯装观赏，留在桌上，许诺给予重赏。他为了应付不测事件，主动与巡逻的警卫人员搞好关系，叫近侍太监从光禄寺取来酒食犒赏警卫人员，众人欢声如雷。
信王妃周氏没有跟随入宫，在信王府邸暗暗祈祷平安，正如文秉所说：“周后在外邸，祷卜无虚晷，亦虞入朝有他变也。”
由此可以感受到，阉党专政所造成的恐怖气氛已经严重到何种程度，连皇位继承人都如此胆战心惊，遑论其他！
朱由检以兄终弟及方式入继大统，想不到竟然在战战兢兢的氛围中进行。如果他是一个谨小慎微的平庸之辈，日后不是成为傀儡，便是被废。然而朱由检并非等闲之辈，他有胆识魄力，在度过即位危机，站稳脚跟之后，给魏忠贤及其党羽迎头痛击，是势所必然的。目前时机还不成熟，他必须巧妙应付，韬光养晦。
八月二十四日，信王朱由检在皇极殿举行即位仪式。宫中三大殿，从万历二十五年遭灾以来，直到天启七年八月二十日才修复完毕。两天后就举行登极大典，令鸿胪寺官员茫然不知所措。因此仪式搞得匆忙凌乱，礼部堂上官、侍班史官、导驾科员、殿班御史一行人等，分东西两行排列未定之际，新皇帝已经身着冠冕来到建极殿。这时奉遣南郊的魏忠贤侄子魏良卿正好返回禀报，朱由检大声回答：知道了！语音震肃严厉。随即宣布：百官免贺免宣表。在一行人等拥护下，朱由检从建极殿经过中极殿来到皇极殿。侍班官两旁面驾一躬，侍立于帘下，帘子卷起，朱由检从中径登上九级宝座，座旁站立的两名太监在新皇帝的呵斥之下悄然退去。
八月二十六日，朱由检颁布即位诏书，向天下臣民宣告：“惊闻凭几之言，凛念承祧之重，而文武群臣及军民耆老合词劝进，至于再三，辞拒弗获，乃仰遵遗诏，于八月二十有四日祗告天地、宗庙、社稷，即皇帝位。”
并宣布以明年为崇祯元年。关于年号的选择，经过一番斟酌考虑。八月二十三日，内阁呈上四个年号供他选择：一是“乾圣”，朱由检说“乾为天，圣则安敢当”；二是“兴福”，朱由检说“中兴甚好，亦不敢当”；三是“咸嘉”，朱由检说“咸旁为戈，今方欲息干戈，勿用”；四是“崇祯”，被他选中。
受命于危难之际的朱由检在位十七年，试图挽狂澜于既倒，缔造中兴局面，虽然出现了转机，终究未能成功。在内忧与外患的两面夹击下，演出了一幕并非亡国之君的亡国悲剧，以身殉国。南明弘光朝追谥他为思宗烈皇帝，清朝则追谥他为怀宗端皇帝。