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朱由检登极后首先要面对的棘手问题，便是如何处置专擅朝政、气焰嚣张的客氏与魏忠贤。如果听之任之，放任客、魏继续为非作歹，那么他就可能成为第二个熹宗，当一个傀儡皇帝。这是一个刚毅自强的君主所不能容忍的。而魏忠贤则试图使他成为第二个熹宗，继续玩弄于股掌之上，因此故技重演，进奉绝色女子四名，既是讨好，又是迷惑。朱由检和他的列祖列宗绝不相同的一点，就是不好女色，本想拒绝，唯恐引起魏忠贤疑心，顺水推舟收下。随即对她们搜身检查，发现每个人都在裙带顶端佩戴香丸。此物名叫“迷魂香”，它的独特功用在于：男子一接触便产生“迷魂”效应，性欲顿起。朱由检毫不犹豫毁弃这些“迷魂香”，以杜后患。魏忠贤第一招失灵，又生一计。几天后一个晚上，朱由检与大臣议论朝政后，正在静心思考，一阵阵奇异香味幽幽传来，似有若无，缕缕不绝，使他这个不好女色的人也“闻香心动”。立即命近侍太监秉烛检查，查遍了墙壁角落，一无所获。少顷，望见远处角落有微弱的火星闪烁，前往一查，是一个小太监持香端坐于复壁内。经审问，原来是魏忠贤派来的。朱由检不由得长叹一声：“皇考皇兄皆为此误！”
他不愿意如同皇兄那样，听任客、魏摆布，但是要摆脱这两个人，并非易事。
客、魏一个自称“老祖太太千岁”，一个自称“九千岁”，宫内宫外布满了亲信党羽，内外呼应，盘根错节，朝廷上下都在他们控制之下，稍有不慎，局面就难以收拾。朱由检是一个既有主见又有韬略的君主，心有城府，不露声色，以大智若愚的姿态应付自如。他需要等待时机，一方面，摆出若无其事的样子，集中精力册封后妃，筹办先帝丧葬事宜，让客、魏感到与以前没有什么异常。另一方面，一如先帝那样，继续优容客、魏，对于弹劾客、魏及其党羽的奏疏，一概置之不理，给客、魏之流造成错觉。
即位次日，他要礼部详议追尊生母贤妃刘氏的相关事宜，尽自己多年思念的一片孝心。
几天后，他又要礼部挑选吉日，册封元妃周氏为皇后。礼部遵旨议定，九月二十一日，追谥贤妃刘氏为孝纯皇太后；九月二十七日，册立元妃周氏为皇后。皇后的册封礼举行完毕，又把皇后之父周奎由南城兵马司副指挥提升为右军都督同知，任命皇后的兄长周文炳、周文燿为兵马司副指挥。与此同时，内阁大学士施凤来会同司礼监太监、工部尚书侍郎、礼部郎中、钦天监正等官员，选择大行皇帝陵墓地点。
十月十五日，朱由检自己开始接受皇帝必需的传统教育——日讲。他来到文华殿，听礼部侍郎孟绍虞、翰林院侍讲徐时泰等官员讲解《大学》《尚书》首章，以及《帝鉴图说》一则。三天后，他决定免讲《帝鉴图说》，改讲《祖训》《资治通鉴》。
一切如同往昔新皇帝登极一样，按部就班，丝毫没有什么异样。
然而，对于魏忠贤、客氏而言，这种平静似乎于无声处听惊雷，惴惴不安。九月初一日，魏忠贤率先打破沉默，向皇帝提出辞去东厂总督的职务，这显然是一种试探。朱由检为了稳住魏忠贤与客氏，明确表示不许辞职。九月初三日，客氏请求从宫中迁回私宅。客氏原先是作为熹宗乳母兼保姆的身份居留内宫的，熹宗已死，继续留在宫中已经没有丝毫理由，朱由检当即予以批准。这显然是把魏忠贤和客氏分开的重要一步，名正言顺又不露痕迹。客氏接到皇帝圣旨——“奉圣夫人客氏出外宅”，于五更起身，穿上缞服，前往熹宗灵堂祭奠一番，从一个小盒中取出黄龙绸缎包袱，把熹宗幼年时的胎发、痘痂，以及历年剪下的头发、指甲，一并焚烧，化作一缕青烟，痛哭而去。
客氏对熹宗的复杂感情，剪不断，理还乱，从此丧失“老祖太太千岁”的权位，种种失落感交织在一起，从哭声中喷发而出。
客氏的出宫是名正言顺的，对于魏忠贤的党羽来说，无疑是一大震慑。由于巴结客魏而成为司礼监掌印太监的王体乾，预感到事态的严重性，立即在次日向皇帝提出辞职请求。朱由检自然明白，这又是一次试探，不予批准。王体乾为人柔佞深险，从尚膳监太监升为司礼监秉笔太监，仍不满足。王安推辞司礼监掌印太监之职，他急忙谋求于客、魏，终于登上太监的最高职位——司礼监掌印太监，从此一心一意附和客、魏，竭力效劳。按照宫中规矩，司礼监掌印太监地位在秉笔太监兼东厂太监之上，王体乾为了讨好魏忠贤，破例把自己置于魏忠贤之下。魏忠贤目不识丁，无法代替皇帝“秉笔”，一切由王体乾代劳，做他的“谋主”，凡是“票红文书”“改票”，都出于王体乾之手。
朱由检深知王体乾与魏忠贤二人之间的关系，暂时不动王体乾，也就稳住了魏忠贤。
对于政治动向十分敏感的官员，嗅出了政治气候的微妙变化。九月十四日，由都察院右副都御史调任南京通政使的杨所修，弹劾魏忠贤的亲信：兵部尚书崔呈秀、工部尚书李养德、太仆寺少卿陈殷、延绥巡抚朱童蒙。理由是十分冠冕堂皇的，而且和天启朝的政治毫无关系。他说：皇上御极之初，首崇圣母之封，表明以孝治天下。自古求忠臣必于孝子之门，且缞绖视事殊为不祥。但是近日崔呈秀、李养德、陈殷、朱童蒙等人，父母过世，都因先帝“夺情”而留任，有悖于以孝治天下的准则，希望皇上准令他们辞官回籍守制，以明万古纲常。他还附带批评吏部尚书周应秋没有恪守职责。
醉翁之意不在酒，很明显，杨所修的言外之意是在以孝治天下的幌子下，以回籍守制的方式，削去他们的权力，试探皇帝的态度。朱由检何尝不想这样做，可惜时机还不成熟，不能操之过急。他不但没有接受这一建议，反而斥责杨所修“率意轻诋”，在圣旨中发了一通议论：“朕初御极，政当肃清。崔呈秀、李养德、朱童蒙皆先帝以殿工边警，谕使夺情料理。周应秋秉铨清慎，大计在迩，倚毗方殷。杨所修既离言职，岂得辄加轻诋，使大臣不安其位，本该降处，姑免究。以后有纷嚣乱政的，定行重处。”
遭到弹劾的崔呈秀、李养德等人毕竟心虚，陆续请求回籍守制，皇帝统统不予理睬。
老奸巨猾的魏忠贤如坠五里雾中，摸不透皇上意欲何为。为了试探虚实，九月二十五日，他向皇帝乞求停止为他建造生祠的活动。为此，不识字的魏忠贤特地请人帮他写了一本奏疏。朱由检看了他的《久抱建祠之愧疏》，轻描淡写地批复：“以后各处生祠其欲举未行者，概行停止。”
从这些话中揣摩，皇上对魏忠贤生祠似乎采取既往不咎的态度，其实不然，这不过是权宜之计，账还是要算的，只是时机未到。
阉党分子当然不会甘心束手就擒，这场斗争牵涉每个人的政治前途、身家性命，必然要继续下赌注，负隅顽抗。
吏科都给事中陈尔翼以攻为守，倒打一耙。他在奏疏中抓住前几天南京通政使杨所修弹劾崔呈秀、周应秋之事，大做文章，斥之为“播弄多端，葛藤不断”，归结为“东林余孽遍布长安，欲因事生风”，公然请求皇帝下令东厂、锦衣卫及五城兵马司严加缉访，企图再度造成恐怖气氛，钳制舆论。这种明目张胆的反扑，意在把水搅浑，以朋党之争来为阉党开脱罪责。朱由检的表态恰到好处，以表面上不偏不倚的态度，果断地制止了阉党专政再现：“群臣流品经先帝分别澄汰，业已清明，朕初御极，嘉与士大夫臻平康之理，倘有奸人诪张变幻，暗布机关，搅乱新政，缉事衙门严行缉访，确有实据，重处不宥。亦不许揣摩风影，致生枝蔓。”
对此历史学家谈迁有精彩的评论：“甚哉！佥人之过虑也。
见将销，兔窟欲避，遂以缇校钳结将来之口……（新主）幸未中其说，薄示优容，彼辈益自以为得计矣。”
所谓“薄示优容”，是指皇帝在驳斥陈尔翼主张缉拿“东林余孽”的同时，嘉奖魏忠贤、王体乾赞襄登极典礼之功，给他们的亲属恩荫锦衣卫指挥佥事；几天后又以表彰东江战功，再次嘉奖魏忠贤、王体乾及兵部尚书崔呈秀，恩荫亲属锦衣卫指挥同知。
陈尔翼的以攻为守策略无法奏效，另一个阉党分子云南道御史杨维垣施展“丢车保帅”之计。他接连上疏弹劾兵部尚书兼左都御史崔呈秀，力图把人们对魏忠贤专政的不满情绪全部转移到崔呈秀身上。他在十月十三日的奏疏中说：兵部尚书崔呈秀立志卑污，居身秽浊。初以淮扬巡方败事，舆论一时称快。及大行皇帝召环，奴颜婢膝，趋向愈下。上言大臣德政律有明禁，何况内臣！崔呈秀交结宦寺，肆作威福，因与旧辅冯铨有隙，招募吴淳夫攻讦，数月间由郎官骤跻卿贰。又勾结倪文焕为死党，报复夏之令，提拔为掌河南道御史。犹有甚者，以其弟为浙江总兵，以前曾有兄为兵部尚书而弟握兵权于外之先例否？种种欺君误国，不可枚举。令人震惊的是，杨维垣揭发一条重要信息：“当大行皇帝崩逝之日，百官闻皇上将御文华殿，急自乾清宫趋出，忽有数内臣招呼：‘兵部尚书崔家来！’闻者莫不错愕，所言公，当与众公言之，天下事岂（崔）呈秀一人所可私与者？言及此，又不觉而悚矣。”看起来声讨崔呈秀义正词严，其实不过是虚晃一枪，目的是为魏忠贤开脱而已。他紧接着说：“总之，先帝信任厂臣甚专，而厂臣亦孜孜竭力，任劳任怨，以图报称。独是误信（崔）呈秀一节，而呈秀又交结厂臣王掌家，而厂臣未之知耳。且内谀厂臣，外擅朝政，又有吏部无骨大臣周应秋，专与朋奸，而其秽状不可胜道也。”
整篇奏疏只字不提魏忠贤的罪状，反而为他评功摆好，错误只有一点，“误信呈秀”，而且是太监王掌家（王朝辅）误导所致，丢车保帅的意图暴露无遗。朱由检佯装不知，甚至连“车”也不让“丢”，下旨谴责杨维垣：“先帝振刷积弛，澄清流品，克副皇考尧舜之训。朕丕绍大统，亦欲中外臣工和辑安静，共臻宁一之理，屡旨自明。奏内诸臣俱经先帝简擢，杨维垣如何率意轻诋！厂臣孜孜竭力，任怨任劳，功绩彰灼，岂得轻议！念朕临御之初，优容言路，姑不深责。”
对魏忠贤、崔呈秀、周应秋不予追究。
既然皇帝声称“厂臣孜孜竭力，任怨任劳，功绩彰灼”，声称“优容言路”，十月十八日，杨维垣再次弹劾崔呈秀“通内”，基调依然是“丢车保帅”，不过这次重点是美化魏忠贤。他揭发崔呈秀担任工部尚书时，既管大工，与厂臣周旋，“时时称功颂德，私密之处，更复备极丑态。凡求拜于厂臣，呈秀尸其德；凡急于仕进者，无不奔走其门。此明白彰著，非止鼠窃行径已也。故当杨左之时，人皆以不参厂臣为罪；当呈秀之时，人又以不誉厂臣为罪。不为呈秀所惑者，满朝不过数人而已。”话说得一本正经，似乎无懈可击，不过是一个幌子，其本意是要引出下面赞扬魏忠贤的话语：“不知者谓呈秀于厂臣为功首，于名教为罪魁。臣谓呈秀毫无益于厂臣，而且若为厂臣累。盖厂臣公而呈秀私，厂臣不爱钱而呈秀贪；厂臣尚知为国为民，而呈秀惟以恃权纳贿为事。”
杨维垣兜了一个圈子，真正要讲的话无非三句：“厂臣公”“厂臣不爱钱”“厂臣尚知为国为民”。
一年后，杨维垣和杨所修都列入阉党逆案名单，明白了这一点，他们言论之形左实右就不足为奇了。
对于另一个名列逆案的贾继春，也应作如是观。十月二十三日，直隶提学御史贾继春上疏，和杨所修、杨维垣一唱一和：“人臣立朝事君，惟忠与孝。忠者洁己奉公，砥名义以奉一人；孝者明伦尽礼，敦人纪以笃天性。兵部尚书崔呈秀狐媚为生，狼贪成性，以听勘御史未及二年骤升宫保，卖官鬻爵，家累百万，种种贪淫秽迹难以枚举。堂堂盛朝，当边尘少净之时，而必藉才于苫块方新之人，吏部娓娓拥戴，知有佞而不知有君；呈秀罔罔丧心，知有官而不知有母。岂有三纲废绝人禽不辨，而望以安攘之献，可责以君父之义者乎？至若田吉，以二载曹郎而尚书极品；单明翊以作令不逾期，而督抚侍郎。此真笑破士绅之口也。”
皇帝朱由检考虑到崔呈秀的罪状已经暴露无遗，作为第一步，斩断魏忠贤的左右手，无论如何是极其必要的，所以在奏疏上批示：“令静听处分。”经过两天周密思考，他终于作出惩处阉党的第一个重要决定：免除崔呈秀兵部尚书、都察院左都御史两项职务，令其回籍守制。
魏忠贤手下掌握实权的崔呈秀，以一种体面的方式下台，官员们敏锐地察觉到，皇上打击阉党的决心已经初露端倪，在政坛上激发出强烈的震荡。
十月二十二日，工部主事陆澄源首先把矛头指向魏忠贤，“宠逾开国，爵列三等，锦衣遍宗亲，京堂滥乳臭”；“先帝不自圣，诏旨批答必归功厂臣，而厂臣居之不疑。外廷奏疏不敢明书忠贤姓名，尽废君前臣名之礼。至祝釐遍于海内，奔走狂于域中，誉之以皋夔，尊之以周孔”。已经触及魏忠贤专权乱政的实质问题，皇帝朱由检不但没有赞扬，反而严词谴责：“陆澄源新进小臣，如何出位多言，且言之不当，本该重处，姑不究，以后再有渎扰的定行重处。”
这位陆澄源颇值得注意，在阉党与东林之间不偏不倚，特立独行，所以他的言论与以上诸人截然不同。朱彝尊为他立传，特别强调他的独特政见：“有市恩修怨，举劾失平者，虽东林亦可谓之小人，不得以杨左为护身之符。有特立独行，恪共厥职者，虽非东林，不失为君子，不得以崔魏为陷人之阱。”“臣宁寡援孤立，为硁硁之小人，绝不依草附木，为疑似之君子。”
他向皇帝直陈利弊四款：正士习、纠官邪、安民生、足国用，颇有深度。比如“正士习”指出：“台省庶僚不闻靖共尔位，惟日以称功颂德为事……以周孔等王莽，称功德者至四十八万人，士大夫首上建祠之疏，以致市蠹儒枭在在效尤。木匠夫头俱为卿贰，内臣总理库藏，使户工二部司官罗拜堂下，成何体统？”稍稍触及为魏忠贤歌功颂德、建造生祠之类敏感话题。第三款“安民生”，则对阉党专政滥用刑罚提出质疑：“欲安民生，在慎刑罚，今立枷之设，罪未定，而三四日内命已绝矣。且一经厂卫捕风捉影，严刑酷拷，遂无生理。”
天启七年十月二十五日，兵部主事钱元悫的奏疏，把弹劾魏忠贤的声浪提升到新的高度：“臣尝读《诗经》假乐之章曰：‘百辟卿士，媚于天子。’乃迩年以来，不媚天子，而媚权珰，以至仆厮贱隶夤缘扳挤，立跻要路，玷列卿贰朝署，常伯有续貂之诮，烂羊兴关内之谣。纲维既隳，廉耻日丧，于是有败伦犯义、伤坏名教如呈秀者。夫呈秀之败于贪横无忌，皆缘借厂臣魏忠贤。今呈秀虽去，而忠贤犹存，威权所在，群小蚁附，极重之势渐成难返。称功颂德布满天下，几如王莽之妄引符命；列爵三等畀于乳臭，几如梁冀之一门五侯；遍列私人分置要津，几如王衍之狡兔三窟；舆珍辇宝藏积肃宁，几如董卓之郿坞自固；动辄传旨钳制百僚，几如赵高之指鹿为马；诛锄士类伤残元气，几如节甫之钩党株连；阴养死士陈兵自卫，几如桓温之壁后置人；广开告讦道路以目，几如则天之罗钳吉网。”这篇奏疏开篇与众不同，由《诗经》入手，揭出“不媚天子，而媚权珰”的怪现象。中篇写得极有气势，一连几个排句，用历史上的奸雄王莽、梁冀、王衍、董卓、赵高、节甫、桓温、武则天，来比拟魏忠贤的专权乱政。由此转入下篇：“彼魏良卿辈既非开国之勋，又匪从龙之宠，安得玷兹茅土，从此彝章，亦宜速令解组。至如告讦获赏之张体乾，锻练骤贵之杨寰，夫头乘轿之张凌云，奉委开棍之陈大同，号称长儿之田尔耕，宁国契交之白太始、龚翼明等，与凡牙爪鹰犬，俱令廷臣明正其罪，令奸党清肃，人情安，士气振。从此平台暖阁不时宣召大臣，军国利弊臣下咸得面陈，俾假托者无所售其奸，而上下血脉常流矣。”钱元悫的奏疏写得漂亮，无奈皇帝朱由检以为时机还不到，还有待加温，淡淡地驳了回去：“这本说崔呈秀等，朕自独断，已有旨了。钱元悫小臣如何又来多言？姑不究，该部知道。”
兵科给事中许可征，弹劾魏忠贤“罪在三爵重封，生祠广建，倾动天下至举朝不敢论事”
。山东道御史吴尚默弹劾崔呈秀：“鬻身奥援之门，入宾阉寺之幕，炀灶者每假大柄以作威作福。而呈秀复假其所假，树丛者犹盗大柄以攘功。而呈秀复盗其所盗，凡负罪谴而获免者，未有不夤缘于呈秀而免者；凡邀显擢而诡得者，未有不夤缘于呈秀而得者。黄金白镪未厌，而罗奇珍以进；美珠宝玉未厌，而市丽姬以献。横开奔竞之门，广肆苞苴之窦，颠倒任意，翻覆在手。”谈了一大通崔呈秀之后，捎带提及魏忠贤：“列爵惟五而三，据之茅土，侈于一时，此尸祝而彼俎豆，庙食遍于天下。试从贼臣以问厂臣，能无
颜愧心乎？”
皇帝朱由检对这两名官员的奏疏并不满意，不痛不痒地批示：“崔呈秀已有旨了，厂臣魏忠贤事，各官不必牵扯。”
在众多奏疏中，唯独对于嘉兴府海盐县贡生钱嘉徵的奏疏比较满意。此疏题为“请清宫府之禁，以肃中兴之治，以培三百年士气”，揭发魏忠贤十大罪状：并帝、蔑后、弄兵、无二祖列宗、克剥藩封、无圣、滥爵、掩边功、朘民、通关节。这篇奏疏行文纵横恣睢鞭辟入里，它的作者钱嘉徵，字孚于，海盐人，天启元年顺天乡试，以国子监生中副榜。这样一名默默无闻之辈抨击魏忠贤，被后人视为豪杰之举，成为魏忠贤倒台的一个转折点——“自是言者相继而起，元恶乃除”。朱彝尊赞扬道：“孚于以秋试留国门，首上书论魏忠贤十大罪。自汉东京、宋南渡诸太学生后，久无此风节矣。或劝其勿上，孚于慷慨言曰：‘虎狼食人，徒手亦当搏之。举朝不言，而草莽言之，以为忠臣义士之倡，虽死何憾。’自是言者相继而起，元恶乃除，信豪杰之士也。”
我们不妨认真阅读这位草莽豪杰的文章吧：
切见权奸肘腋，道路寒心，如东厂太监魏忠贤，可容一日逭四凶之诛，窜魑魅之投畀哉？
一曰并帝。夫大行皇帝龙飞在御，天无二日，而阿附诸臣，凡有封章必先关白忠贤，至颂夸功德，必以上配先帝，及奉俞旨，必曰朕与厂臣。从来有此奏体否？此滔天之罪一也。
二曰蔑后。夫大行皇帝之中宫，天下臣民之母后也。皇亲张国纪未罹不赦之条，闻先帝令忠贤宣皇后，而忠贤灭旨不传，致皇后当先帝御前折逆权奸，遂罗织皇亲多方，欲致之死。赖先帝仁明，只膺薄谴，不然，几危中宫。滔天之罪二也。
三曰弄兵。祖宗朝不闻有内操之制，忠贤外胁臣民，内逼宫闱，操刀割刃，炮石雷击，谋图不轨。赖九庙有灵，潜消睥睨。滔天之罪三也。
四曰无二祖列宗。伏读高皇帝垂训，中涓不许干预国政，盖鉴前代之失，垂后来之戒，至法程也。乃忠贤军国重事一手障天，立仗之马必叱，吠尧之犬必庸，屠毒缙绅，株连士类。凡钱谷衙门、边腹重地、漕运咽喉，多置腹心，意欲何为？滔天之罪四也。
五曰克剥藩封。夫桐封大典皆金枝玉叶，自宜从厚，以体祖宗之心，以光先帝孝治者也。今三藩一时之国，其庄田赐赉合三藩不及福藩之一，而忠贤封公侯伯之田土，拣选膏腴不下万顷。是祖宗本支百世之亲，反不若一豪悍之家奴。滔天之罪五也。
六曰无圣。夫至圣先师为万世名教，主配天而享太牢，虽历代帝王践祚，必先躬亲释奠。忠贤何人，而敢建祠太学之侧？实逼处此以刀踞之余孽，而拟洙泗之俎豆。八月二十一日陆万龄等起工营祠，而先帝遽以次日傧天，亦可为凛凛矣。滔天之罪六也。
七曰滥爵。夫非军功不侯，古制凛然。祖宗册封公者，除魏国、定国、英国、黔国、成国外，虽开平伟迹，亦止封侯。今忠贤竭天下物力佐成三殿工，至激变江南，几成斩木揭竿，损朝廷威望。而公然袭上公之封，
不知省。滔天之罪七也。
八曰掩边功。自奴酋犯顺以来，堕名城，俘士女，杀大将，神人共愤。今未恢尺寸地，即锦宁之捷，差强人意。袁崇焕舒十年未雪之愤，而忠贤虚冒边功，封公封侯封伯。假使辽阳、广宁、开铁复归版籍，又何以酬忠贤功乎？且文武诸臣出死力以捍国，忠贤居樽俎以冒赏，致豪杰短气。滔天之罪八也。
九曰朘民。夫国课岁额不过四百九十万，况经连年水旱，东西交讧，或流离，或哨聚，以致仰屋司农泣告水府。而天下之请建祠百余所，计一所之费不下三万金，是岂四民所乐输，皆阿附之奸挨门敲剥而出之者……滔天之罪九也。
十曰通同关节。设科取士而揭榜在二十六，拆卷在二十四日，为忠贤所私者贴出三名，复上贤书，夤缘要结，不可胜数。此下第之刘蒉吁天叩阍，冀援祖宗朝考官刘三吾等故事，翘首皇上覆试，而逡巡踌蹰者。滔天之罪十也。
凡此十恶，有一于此，骈首夷族，况种种无法无天。社佣灶养，叨世袭于皇家；干儿荫子，滥襟裾于绅族……试询忠贤，弥留之旨何人伪传，大府之藏何故若扫？
因此，钱嘉徵请求皇上将魏忠贤交付法司明正典刑，以雪天下之愤，以彰正始之治。
皇帝朱由检对这本奏疏颇为欣赏，认为向魏忠贤摊牌的时机到了，命他听内侍朗读钱嘉徵的疏文。
内侍用尖细嗓音读出来的每一句话，都直刺魏忠贤的要害，令他惊慌失措，汗流浃背。奇怪的是，皇帝对于钱嘉徵奏疏的批示，竟然是一如既往的调子：“魏忠贤事体，廷臣自有公论，朕心亦有独断，青衿书生不谙规矩，本当重处，姑饶一遭。”
这显然是引而不发的策略，所谓“廷臣自有公论”，意在借助舆论的强大压力，迫使忐忑不安的魏忠贤自己表态。
果然，群臣的“公论”接二连三而来，锋芒毕露，主张立即将魏忠贤明正典刑。刑部员外郎史躬盛的奏疏题为“直发欺君误国之奸，恳祈速正典刑，以光圣治”。其中写道：“切惟上所驭下者权，权不容轻假；下所自安者分，分不可僭逾。盖自忠贤以阉宦窃国柄，而朝野并归决裂。”史躬盛用五句话来形容“朝野并归决裂”的状况：
——举天下之廉耻澌灭尽矣；
——举天下之元气剥削尽矣；
——举天下之官方紊乱尽矣；
——举天下之生灵鱼肉尽矣；
——举天下之物力消磨尽矣。
然后逐条予以解释：
何谓澌灭廉耻？夫赏足劝善，罚足惩贪，则廉耻生。夫既羶其途以为招，复严其绳以钳吓，彼以羽毛疮疴，供倏喜倏怒之资，人遂奴颜婢膝，效趋荣避祸之计。试想今日之官僚行径，其昼可告妻子，夜不愧衾影者，曾几人几事也！宁复有廉耻耶？
何谓剥削元气？国之有才品，其原委则祖宗培植之，起家则科名策励之，其入仕路也，则爵禄功名鼓舞之。况国家功令考核，年例森然，或降或推，亦宜还以应得之名目。乃魏忠贤意少不合，概曰久依门户，削职为民，追夺诰命。问其门户者何人，所依者何事？无论旁观骇然，即身受削夺者亦莫不自讶其无因。此不过悬坐之题，陷人之局也。致令孝子伤心，劳臣丧气，而宁复有元气耶？
何谓紊乱官常？臣该《会典》嘉靖十年准兵部官推曾按边邮练军务，或曾任兵备等官有将略才望者，疏请简用。彼（崔）呈秀有一相合者否？以一听勘之台臣骤躐崇阶于司马，至母死半年仍恋鹰犬于权门，任逍遥于蟒玉，笑骂由人，禽行自认，长安三尺儿童谁不掩口而笑……且令一部缙绅几成戏局。滥觞至此，良由忠贤欲自为地，假朝廷之名器，借破例之私恩，成其僭逾之志。试问忠贤有何开国元勋，乘先帝大渐之时，急急分茅胙土，券荫列侯。列圣章程委之无用，而官方宁不陨越耶？
何谓鱼肉生灵？国家设三法司以惩不轨，古之帝王必于万死之中求一生之路。乃忠贤则有异焉，广布缉番托名访缉，彼贪功图利者捉影捕风，迨至参进刑部，而苦拷之下罗织既成，肢体残极矣。大工兴建以来，财用万分告匮，加派不已，继之搜括，搜括不已而通融事例。小民剜肉医疮，当事捉襟露肘，亦自夸功尸祝……自有忠贤以来，而数百年整齐之世界，翻为混浊之世界，真天下万世之罪人也！
这篇奏疏对魏忠贤的批判，鞭辟入里，皇帝的批示竟然是寥寥七字：“魏忠贤已有旨了。”
礼科都给事中吴弘业的奏疏题为“权奸既去，公论渐伸，更祈圣明澄清仕路，以增新政之光”。一则说：“大行皇帝以冲龄践祚，一切机务独任厂臣魏忠贤，而威福渐以下移。忠贤又偏听一（崔）呈秀，而是非惟其倒置，致今朝纲不砺，廉耻不惜，窃八柄以饵人，营三窟以谋利。”再则说：“独有一无骨大臣如冢臣周应秋者，即为呈秀作买卖之人也，弹射纷纭，褎如充耳。秉铨以来，非呈秀欲用之人，一推不得，三四人七八人而亦不得。”三则说：“今天下众怨所归，谓拆毁民居，败坏公所，逼处陵寝孔庙，而大干公牍者，非创建生祠耶？向谁首先献谀作此厉阶者，非南京兵部右侍郎原任浙江抚潘汝祯耶”？四则说：“科场试卷弊端皆礼部与职科覆阅之责也。先是顺天场事揭晓后，人言啧啧，谓崔呈秀之子崔铎只三篇半文字，已贴而复中，心甚讶之。”
这篇奏疏并无新意，皇帝朱由检的批示却分外认真：“所奏崔呈秀事情，着九卿科道从公会勘具奏。其子崔铎着覆试定夺。潘汝祯首倡生祠献媚，显是患失鄙夫，着行削籍，追夺诰命，以为佞臣之戒。其各处生祠，抚按尽行拆毁，变价解京助边。魏忠贤已有旨了。”
这是朱由检即位以来对于阉党最为明确的表态，有几点值得注意，一是要有关部门审查崔呈秀，二是潘汝祯罢官削籍，三是拆毁各处魏忠贤生祠。尤其令人关注的是“魏忠贤已有旨了”七个字，此前对于钱嘉徵奏疏的批示，说到“魏忠贤事体廷臣自有公论，朕心亦有独断”，什么“独断”没有明说；对于史躬盛奏疏的批示已经说过“魏忠贤已有旨了”，究竟是何“旨”，颇费猜测。对于魏忠贤而言，这七个字无疑是悬在头顶上的达摩克利斯剑，性命交关！
一向专横跋扈的魏忠贤顿时失魂落魄，急忙去找他的密友，当今皇上的亲信太监、先前的信王府太监徐应元，打探消息，商量对策。这个昔日不可一世的大人物，此时低声下气地与徐应元称兄道弟，送给他大批珍珠宝贝，请求他从中斡旋。徐应元给他出了个主意：辞去东厂总督之职，暂避锋芒。
十月二十九日，魏忠贤正式向皇帝提交辞呈，理由是“衰病难堪”，不能继续担当重任。皇帝朱由检立即予以批准，措辞十分委婉：“尔奉祀先帝，历练有年，殿工边务多方拮据，剔奸厘弊，夙著勤劳，朕所鉴知。有旨慰留，乃屡疏引疾求去，情词恳切，至义不可强，准回私宅调理，以成尔恬退之美。”
魏忠贤又请求收回“世爵成命”，皇帝降旨：“尔奉祀先帝，爵赏优隆，今退归私宅，控辞三爵，具见诚恳，准改公为锦衣卫指挥使，侯改指挥同知，伯改指挥佥事。”
魏忠贤原以为皇上或许会温旨挽留，没有想到那么干脆：“许太监魏忠贤引疾辞爵！”
皇帝得知魏忠贤辞职的主意是他身边的太监徐应元出的点子，勃然大怒，一面斥责徐应元，把他贬到显陵当差；一面以迅雷不及掩耳之势，在十一月初一日作出勒令魏忠贤到凤阳祖陵司香的谕旨，
粉碎了魏忠贤继续留在宫中徐图进取的幻想。江山易改本性难移，魏忠贤这个政治暴发户在离京时，依然摆出威风凛凛的架势，俨然昔日九千岁模样，卫队亲信前呼后拥，平日豢养的私家武士押着装满金银珠宝的四十辆大车，呼啸而去，给人意气扬扬雄心未已的印象。官员刘应遇向皇帝揭发：“（魏忠贤）籍没既尽，自当还之大内。但凤阳蒙遣之日，尚买布袋千余，所装何物？南来商民见其车载百辆，骡载千骑，此非内帑积贮，亦民间膏血乎！闻忠贤欲归河间，彼造有砖城万雉，第宅连云，恐以饱飏之鹰，为负隅之虎，是以重资借寇者也。”
朱长祚说：“慨自逆珰事败而伏国宪也，犹荷圣明宽厚，姑置凤阳。然怙恶不悛，仍悻悻就道，拥护几及千人，皆素所蓄壮士，身佩短兵，满载金珠奇玩四十辆，骡马数百骑，意气扬扬，雄心未已。”
这一消息传入宫中，激怒了皇帝。十一月初四日，他向兵部发出谕旨，严厉谴责魏忠贤：“朕御极以来，深思治理国事。有逆恶魏忠贤擅窃国柄，妒盗内帑，诬陷忠直，草菅多命，狠如狼虎。本当肆市，以雪众冤，姑从轻处，降发凤阳。岂巨恶不思自改，辄敢将畜亡命之徒，身带凶器不胜其数，齐拥随行，势若叛然。朕心甚恶，着锦衣卫差的当官旗前去扭解，押赴彼处交割明白，至经过地方着各该抚按官等多拨官兵，沿途护送。所有跟从群奸即就擒拿具奏，勿得纵容遗患。若有疏虞，责有攸归。尔兵部马上差官夜传示各该衙门，特谕。”
都察院左副都御史兼工科都给事中郭兴言上疏，题为“君侧之巨奸虽除，祖宗之大法未正，谨再悉罪状，以祈圣断”，历数魏忠贤之罪当立即处死的五条理由：一，忠贤修怨，以缙绅以攻缙绅，大权一入，牢不可出，中官擅预国政；二，非军功擅荫公侯伯爵；三，欲杀皇亲张国纪；四，皇亲李承恩乃世宗宁典公主驸马李和之子，袭锦衣卫加升都督，无大罪过，只因得罪魏忠贤而冤死；五，耿如杞、胡士容不拜生祠，置之大辟。皇帝批示：“所列忠贤五罪，甚快人心，堪称权奸铁案。”
随即向礼部发出圣旨：“原封成妃李氏，因逆党魏忠贤窃弄国柄，矫旨革夺，衔冤未雪。朕思皇兄在天之灵，仍复成妃。”又向文书房发去圣旨：“籍没犯人魏忠贤及客氏家私，着秉笔太监张邦纪等跟同厂卫及五城御史等官打点，勿得隐匿。”向兵部发去圣谕，将魏忠贤派往各处的镇守太监全部撤回，“谕到之日，各内臣即着作速驰驿回京，将原领在官器械、马匹如数并交与督抚官，分给诸将以备战守”。
这些谕旨，既是表明态度，又是防范不测，保证惩处魏忠贤不致引出意外。
一切准备妥当之后，皇帝向锦衣卫发去圣谕，历数魏忠贤的种种罪行，表明严加惩处的决心：
朕闻之除恶务尽，御世之大权，人臣无将有位之炯戒。我国家明悬三尺，严绳大憝，典至重也。朕览诸臣屡疏陈列逆恶魏忠贤滔天罪状，具已洞悉。切思先帝以左右微劳，稍加恩宠，忠贤不思尽忠报国，以酬隆遇，专一逞私植党，怙恶作奸，盗弄国柄，擅作威福，难以枚举。略举数者：
将皇兄怀宁公主生母成妃李氏，假旨革夺，致令含冤未雪；
威迫已封裕妃张氏，虽死九泉，其目未瞑；
擅将敢谏忠贞之臣罗织削夺，惨毒备至，又复串同腹心酷刑严拷，诬捏赃私，立毙多命；
他若蹇谔痛于杖下，柔良苦于立枷，臣民重足，道路以目，而奸恶身受三等爵崇五等，人臣未有之荣；
通同客氏，表里为奸，当先帝弥留之时，犹复加恩晋秩，竟无纪极。
今赖祖宗在天之灵，海内苍赤有幸，天厌巨恶，神夺其魄，二犯罪案次第毕露。朕思忠贤不止窥攘名器，紊乱刑章，将我祖宗蓄积库储传国珍奇珠宝金银等物，朋党盗窃，几至一空。何物神奸大胆乃尔！本当寸磔，念梓宫在殡，姑置凤阳，即将二犯家产，着锦衣卫会同五城及缉事衙门，亲诣住所，一应家私、庄田及违禁等物，尽数籍没入官，逐件从实开具来看。其原籍违制服舍等项着落，有司亲查的确具奏。如有隐匿蒙蔽等情，许据实纠参，一并连坐，亦不得株连无辜。其冒滥弟侄亲属，俱发烟瘴地方永远充军。
呜呼！大奸脱距，国典用彰，自罹上辟，情罪允孚。
殊不知，发出这道圣谕时，魏忠贤已经一命呜呼了。
且说魏忠贤经由良乡、涿州、新城、雄县、任丘、河间、献县，于十一月初六日抵达阜城县南关，找了个旅舍宿夜。这时他已获悉，皇帝派来逮捕他的官旗，正在赶来的途中，料想此去必无生还可能，顿时惶惶然不知所措，长叹僵卧。左思右想，与其扭解回京领受极刑，还不如自寻了断。半夜起身，解下裤带，悬梁自尽。他的贴身随从李朝钦梦中惊醒，看到主子已死，随即上吊殉葬。
隔了几个时辰，家丁听不到房中动静，开门一看，两人早已气绝僵硬，急忙报告知县衙门。消息传出，远近为之震动，看热闹的，浑水摸鱼的，拥挤杂沓，四十辆大车的行李大多在混乱中散失。树倒猢狲散，随从人员害怕当作“跟从群奸”捉拿归案，纷纷四出逃亡。朱长祚描述当时的情形颇为生动：“行至阜丘，就旅舍宿，忽有心腹密传杨通政上言云云，旦夕祸且不测矣。于是忠贤长叹僵卧，戒左右歇息，明日早行。听壁厢人静，夜半自起，随解所系之带，悬于梁上。其所亲爱小中贵李朝钦，梦中惊起，亦自经。逾时，家丁六十儿不闻其声息，启户视之，二人皆气绝矣。急报县尹，震动一方，观者杂沓，行李散失，舆从逸去。”
据说，魏忠贤自缢那天晚上，有一个北京来的白姓书生，在旅店外面唱一首《挂枝儿》小曲，为他催命：
听初更，鼓正敲，心儿懊恼。想当初，开夜宴，何等奢豪。进羊羔，斟美酒，笙歌聒噪。如今寂寥荒店里，只好醉村醪。又怕酒淡愁浓也，怎把愁肠扫？
二更时，展转愁，梦儿难就。想当初，睡牙床，锦绣衾绸。如今芦为帷，土为炕，寒风入牖。壁穿寒月冷，檐浅夜蛩愁。可怜满枕凄凉也，重起绕房走。
夜将中，鼓咚咚，更锣三下。梦才成，还惊觉，无限嗟呀。想当初，势倾朝，谁人不敬？九卿称晚辈，宰相谒私衙。如今势去时衰也，零落如飘草。
城楼上，鼓四敲，星移斗转。思量起，当日里，蟒玉朝天。如今别龙楼，辞凤阁，凄凄孤馆。鸡声茅店月，月影草桥烟。真个目断长途也，一望一回远。
闹攘攘，人催起，五更天气。正寒冷，风凛冽，霜拂征衣。更何人，效殷勤，寒温彼此。随行的是寒月影，吆喝的是马声嘶。似这般荒凉也，真个不如死！
计六奇记录这首《挂枝儿》小曲，随后评论道：“时白某在外厢唱彻五更，形其昔时豪势，今日凄凉，言言讥刺。忠贤闻之益凄闷，遂与李朝钦缢死。”
十一月十九日，魏忠贤自缢身死的消息才传到紫禁城。直隶巡按卓迈向皇帝报告：“魏忠贤同李朝钦于十一月初六日缢于阜城县店主家，相验是实。”
负责前去逮捕的锦衣卫千户吴国安，赶到阜城县时，魏忠贤早已死了，立即上报朝廷，皇帝批示：“逆恶魏忠贤及李朝钦缢死既真，该县相视明白，姑与掩埋。其行李解河间府，同籍没家产一并具奏。随押内官唐昇，着解来司礼监究问。家人六十儿、店主、骡夫审无别情，即与释放。”
保定巡抚张凤翼负有地方之责，前往实地察看后报告了详情，皇帝再次批示：“魏忠贤、李朝钦缢死既真，姑着相埋。其行李，该地方官公同查点，与他见搜赃物进奏。”
崇祯元年二月十一日，巡按卓迈等官遵照皇帝圣旨，“将逆贤原尸磔之，枭首于河间府西门之内”
。开棺戮尸时，李朝钦尸体已经腐烂仅存残骨一具；魏忠贤尸体不化，似乎是在等待“天刑行戮”，随即寸磔于市。
魏忠贤这个河间府肃宁县的市井无赖，荣耀了一阵之后，居然死在老家南面数十里的阜城县，是他自己始料不及的。正如民间俗语所说：善有善报，恶有恶报；不是不报，时候未到；时候一到，统统都报。
这当然是一种规律。但是，要和这种人较量，并不是每个人都能稳操胜券的。此前几年，试图扳倒他的正人君子，无不死在他的手下。真是应了“不是不报，时候未到”这句老话。崇祯皇帝朱由检深知其中三昧，不急于求成，先是大智若愚，顾左右而言他，等待时机成熟，一举发力，罢官、遣戍、抄家，直至置之死地。这不仅需要地位与权力，更需要胆识、魄力与韬略。在同魏忠贤较量中，朱由检确实不同凡响。明末清初知名人士对此无不一唱三叹，各有精彩至极的评论。
夏允彝说：“烈皇帝不动声色，逐元凶，处奸党，宗社再安，旁无一人之助，而神明自运。较之世宗之中兴为更难矣。时在朝者皆魏党，莫能发其奸。杨维垣实首纠（崔）呈秀，始自相携贰。然于珰仍不敢致讯也。陆澄源、钱元悫乃直指珰罪，至钱嘉徵所言十大罪，乃详尽。珰不胜愤，哭诉于上，愈触上怒，始放之出。至中途，言者益甚，珰知上必重处之，遂自缢于旅店中。”
谈迁对此击节赞叹：“逆阉在于肘腋，若急霆迅雷以处之，事或叵测，唯探骊如睡，市虎不惊，彼志渐安，疑忌稍泯，思长保郿坞，当不失为富家翁。始出之外宅，寻置中都（凤阳），纡徐容与，然后司寇操三尺以律之。”
文秉也有不俗的看法：“上既登极，所以优容客魏者一如熹庙，而信邸承奉尽易以新衔，入内供事。后将李朝钦、裴有声、王秉恭、吴光成、谭敬、裴芳等，次第准其乞休，逆贤羽翼剪除一空，复散遣内丁，方始谪逐逆贤。肘腋巨奸，不动声色，潜移默夺。非天纵英武，何以有此？”
他们的评论并没有夸张失实。即位还不到三个月，朱由检就如此干净利落除掉了魏忠贤这个肘腋巨奸，与列祖列宗相比，确实不同凡响，勇气胆略与权谋术数兼而有之，或许前者更为重要。
魏忠贤生前倒行逆施，残害忠良，人们对他恨之入骨。他死后，民众的愤恨之情喷薄而出，其中一个表征便是以魏忠贤为题材的文学作品纷纷问世。最早的是《警世阴阳梦》，从题为“戊辰六月砚山樵元九题于独醒轩”的序言看来，此书出版于崇祯元年六月，距离魏忠贤之死仅仅半年，反应不可谓不快。继之而来的有《峥霄馆评定新镌出像通俗演义魏忠贤小说斥奸书》八卷，《皇明中兴圣烈传》五卷，《新镌魏监磨忠记》二卷等。于此相呼应，纪实性的史著也陆续出现，为惨遭魏忠贤迫害的仁人志士鸣冤昭雪，例如《玉镜新谭》《杨大洪先生忠烈实录》《周吏部纪事》等，都在崇祯年间广为流传。
《玉镜新谭》史料详实，笔底洋溢感情，他写到魏忠贤寸磔后，评论道：“逆珰已矣，富贵其可久享乎？奸雄其可长保乎？今日再能威劫海内乎？死后可免千秋遗臭乎？果忠乎？果贤乎？何以见先帝乎？何以对诸忠臣烈士乎？以三尺绳而能饶汝寸磔乎？我以草莽中人，不能效杨（涟）都宪之论汝于凶锋烈焰之时，而骂汝于千刀万剐之后，我亦自愧矣，第编此帙以昭万恶，供世之笑骂云尔。”
一连串责问，咄咄逼人，气势凌厉，蓄积已久的怨气喷涌而出，痛快之极！