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和东晋前、中期高级士族操纵朝政相比，南朝的最大特点便是高级士族的没落、寒族的兴起，以及与之相适应的皇权伸张。这种变化导致了包括中央官制、地方官制、监察制度、考选制度、军事制度、刑法制度等一系列政治制度的变化。这些变化有的是从刘宋时开始的，有的则在东晋末期就有了。
秦汉时期，中央官制中的最高官员是三公，西晋时增扩至八公，但也是从西晋起，三公、八公成为尊宠之位，不承担朝政。东晋时，一般由两种人充任此职，一是功高望重者，尤其是高级士族的主要代表人物；一是皇族，也许他们年纪轻，不具备拜三公的条件，但为了尊宠皇族，必须这样做。刘宋时期，这两种形式都处于发展中。宋皇室之升迁，比东晋要快得多，往往年纪甚小，已拜三公。如孝武帝子新安王刘子鸾兼司徒时，年仅八岁。这说明宋急于提高皇室声望。刘宋皇族本非高门，在高级士族影响大、基础厚的社会里，要加强皇权，想法尽快让皇族升迁，直至位居三公，实有必要。
秦汉时期，国家权力组织形式是三公九卿制，隋唐则为三省六部制，这两种形式之间的过渡、酝酿是魏晋南北朝时期。虽然对秦汉权力形式进行大规模的改造开始于魏晋，但南朝承继了这一成果，并进一步拓展，这就保证了三公九卿制的彻底蜕变。在刘宋初期，沿东晋之制，录尚书事权力很大，基本上是由皇族担任。但这一相权也很快地与君权产生矛盾，并逐步尖锐。在宋文帝把刘义康的势力消灭之后，情况有了变化，刘义恭被委任为司徒、录尚书事，刘义恭吸取刘义康败亡的教训，仅“奉行文书而已”。孝武帝即位，拜刘义恭为太尉、“录尚书六条事”，以降低其规格。不久又示意刘义恭主动提出废除录尚书事制度。其后除孝武帝时一度恢复了录尚书事三个月，以及宋末萧道成篡位前因已掌握全部大权而自封录尚书事外，二十余年一直维持这种状态。
在录尚书事权力被缩小的同时，尚书令、仆射的权力有所扩大，其宰相之称呼便进一步为人们承认。就尚书省的专官而言，尚书令乃一省的最高长官，任总机衡；尚书仆射为尚书令之副，常置两人，分左右。尚书令暂缺，则以左仆射为省主代之。仆射之下有左、右丞，佐令、仆射知省事。刘宋时，左丞主台内禁令、宗庙祠祀、朝仪礼制、选用署吏、纠弹不法，右丞掌台内库藏庐舍、器用之物及刑狱、兵器。从主管的范围而言，左丞职重于右丞。平时，主持尚书省政务的就是左、右丞。左、右丞之下有都令史，为丞之佐吏，位低而职重，其地位实际与丞同等重要。
虽然尚书省成为国家最高行政机关，尚书令居于相位，但刘宋诸帝猜忌心重，为尚书令、仆射者害怕权盛招祸，多不以事务为怀，何尚之、王景文、袁粲等莫不如此。
东晋时，尚书台有五曹，即吏部、祠部、五兵、左民、度支，刘宋加都官一部，成六曹。诸曹尚书之下为尚书郎，承担各曹具体事务。
中书省取代尚书省而掌握政治实权是在魏晋时期，到了刘宋，又有了新的变化。一是中书省的最高官员中书监、令逐渐演化成清闲无事的荣誉头衔，起草诏令之权多转归中书侍郎手下。二是自刘宋中期以后，中书侍郎又成为清美之选，掌诏命之权又被中书通事舍人夺去。如孝武帝时戴法兴、巢尚之等为中书通事舍人，拥有很大的权威，凡诛赏处分、内外诸事均参决于中；废帝时，戴法兴更有“真天子”之称。但是，这些舍人毕竟地位不高（仅七品），又没有良好的文化素养和儒学基础，擅长的只是吏事，虽迎合了时主的心意，赢得了一时恩宠，“参决于中”之权却始终不为整个社会所首肯、公认，没有在制度上固定下来。
门下省在曹魏和西晋时包括两个部门，一为侍中省，一为散骑省。刘宋时，加上西寺，统称为门下省，只是散骑省改称为集书省。随着这一名称的变化，集书省逐渐失去“掌侍从左右，献纳得失”的使命，而成为专掌图书文集的闲散之职。而侍中省的权力却进一步发展，突出表现是当时的诏令通过门下，由门下审署和下达的职权制度化。
尚书省、中书省、门下省既是中央的决策、审议、执行机关，均有宰相职任，但这一时期，宰相无常官，皇帝按其所亲、委以机密者，才能成为真宰相。
魏晋以降，承东汉末年州牧刺史职权发展的趋势，遂以州、郡、县三级制度作为固定的地方政权体制。在州郡政权机构中，军民两政，混然不分。专管民政的“单车”刺史很少。绝大多数州牧刺史，乃至郡守，既握兵符，又管民政；既有州郡佐官，复置将军幕府。由于刺史兼军民两政，州府组织也有两套班子，机构庞大。以荆州为例，宋武帝永初二年，下诏限官吏数目在二万人，说明平常必远远超过二万人。
都督同时兼任某州刺史，在西晋时已成定制，刘宋仍延续这一制度，并形成都督诸州军事所辖的军区，都督诸军事成为常职。都督可以开府置僚属，机构称府，军区也随之称府。在这种军区中，都督诸军地位最高，监诸军次之，督诸军为下。使持节为上，持节为次，假节为下。使持节“得杀二千石以下”，即在任何情况下，对郡国首长之类高官及其下官民有专杀权；持节除涉及军事得与使节具有同等专杀权以外，平时只有专杀无官位的平民之权；假节仅在军事情况下有专杀犯军令者之权。都督诸军事位尊权重，辖区广大，其军事统率权大多不限于一州，由于都督加节，有专杀特权，故其军事辖区内所有刺史不得不受其控制，实际上形成了都督统州、州以监郡、郡以莅县的地方行政体制。于是，都督区成为实力强大的方镇，特别是以荆州为中心的都督区，甲兵雄盛，常与朝廷分庭抗礼。
州以下有郡和王国两种平行政区。郡之长官称太守，京城建康所在的郡称丹阳尹；王国的行政长官称长史。由于刘宋诸王年龄尚小就至国，故长史权力尤重。王国无论大小，皆置三军；除王国官外，皇子皇弟非都督亦开府置记室参军，此为置王府官之始。
郡以下的地方行政单位为县。大县长官为令，六至七品；小县长官为长，八品。作为最基层的行政官，县令、县长职烦且重，但权责亦剧。因为中央一切政令，均要通过他贯彻于民，故贤明的令、长治县，往往能自行其志，干出一番事业。因宋时兵戈仍炽盛，县令、长除劝民农桑、惩治猾盗豪强外，也随时局变化而拥有一定的兵权，如沈攸之为武康令时曾带龙骧将军。
宋文帝时，郡、县的守、令，任期六年，刺史有的在任达十余年。孝武帝时，改为三年一任，这是前所未有的新制。由于更代频繁，地方官多无长期打算。此后，皇帝括钱心切，规定刺史任满还郡，要交纳“献奉”钱，任期愈短，皇帝得到的“献奉”的次数就愈多。因此，地方官一上任，便大肆搜括，致使吏治弊败。
县以下地方基层单位有乡、亭、里。刘宋追袭秦汉，以五家为伍，二伍为什，十什为里，十里为亭，十亭为乡。和秦汉有所不同的是，这个时期的里伍制度等级森严，士人在里伍中称“押符”，有免役特权。
为了加强对边疆少数民族的统治，宋在各级政权机构中设立了专门的管理机构和官员。在中央机构中，尚书台中设有客曹尚书。在地方机构中，置平越中郎将、南蛮校尉、西戎校尉、宁蛮校尉、南夷校尉。校尉府皆设长史、司马、参军。泰始五年（469），分荆州、益州五郡置三巴校尉，治荆益二州蛮僚，并安置安蛮校尉，治豫州蛮人。后又置西江督护、南江督护，以统摄广州西南二江俚人。
刘宋时的选官制度较两晋也有所变化。首先，中正定品第，由州郡擢用或由州郡察举秀才、孝廉，再经策试做官，变得重要起来。由于阶层结构的变化，州举秀才仍为士族出身，但郡举的孝廉，出身为寒素的人物日渐多了。其次，自武帝起，强调秀、孝的策试，并形成制度化。宋武帝曾亲临延贤堂，策试诸州郡秀才、孝廉，规定策试通过了，由吏部叙才铨用；没有通过的，要受处罚。孝武帝时又重申宋初之制，禁锢那些虚窃荣荐、实无才识之人。明帝时，还对对策的标准作了规定：五问并得为上，四三为中，二为下，即使为下，尚可除署。但只答对了一问，或一问都答不了，那叫“不合与第”，就要遣还田里，加以禁锢。这种赏罚，对于进贤才、退不肖，无疑是有利的。
寒人势力的兴起后，为巩固自己已获得的地位，并争取更大的权益，迫切要求在选官制度上能享有与士族同等的待遇。从刘宋中期起，寒人承担的中书通事舍人已掌握了部分选举权，但制度上尚无与士族享有同等机遇的正式规定。
为了巩固朝廷的地位，自宋武帝时起在军事制度上就采取了加强中央直辖军队实力的政策。这种中央直辖军队主要是禁兵，即所谓中军或台军。以刘裕的嫡系部队北府兵为中坚，分为内军和外军两部分。内军略同于东晋，有左卫、右卫、骁骑、游击等军。另有屯骑等五校尉营。所有这些内军均掌宿卫宫廷，由领军将军总统领。外军掌警卫京师，又作为战略机动部队，有时奉命出征。以护军将军总统之。护军将军有直属护军营，并负责指挥京城地区禁军以外的中央直辖军。同时，宋武帝还加强了太子的东宫武装，除原有的左、右二卫率外，又增设了太子屯骑校尉、太子翊军校尉等三营。文帝时东宫武装达万人。太子刘劭藉此杀文帝而篡位。孝武帝即位后，撤销了太子屯骑校尉等三营，只保留了左右二卫率。总计刘宋中央禁兵实力，领军所统内军约两万人，护军所统外军约三万人。
刘宋军队以军为最高建制单位，主将、副将分称军主、军副，步兵一军约三千人，骑兵一军约一千人。基层组织为队，长官称队主、队副，一队约二百人。除步骑兵种外，刘宋尚有水军和其他特种（专业）兵。
刘宋的兵源除世兵外，募兵和征兵也是这一时期保证兵源的重要兵役制度。宋文帝和孝武帝时都曾下令征平民为兵，标准是每户五丁，征发三人，即所谓的“三五民丁”，平时，平民中有马步众艺武力之优者，一并召募入军中。此外，刘宋还强迫少数民族民众为兵，如以伐蛮建功的沈庆之，前后所获“蛮”不下二十余万，“并移京邑，以为营户”。
刘宋是南朝军力最强的王朝。虽然朝廷采取了种种措施，以保证兵权集中于中央，但由于实行宗室诸王出镇，地方强镇仍拥有重兵，并在同室操戈中扮演着重要角色，从而使整个军力大大地内耗了。
在法制建设上，刘宋一朝沿用晋律，甚少建树。当时的社会风气是崇尚释老，轻视名法，以清高为高逸，以法理为俗务。宋文帝企图利用佛教，以图行善去恶。因此，对国家立法，无所事事。但刘宋的监察制度有了一些新的内容，一是御史中丞的权位甚重，自皇太子以下百僚皆得纠劾，并为寒人所专；二是出现了地方特察制度，以“行事”和典签监督地方长官，并代掌地方军权实权。这一情况出于刘宋中期，并为萧齐所承继。