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耐药菌的出现，是生物适应其生存环境的一种必然反映，从进化论角度讲，属于“物竞天择”。以单靶点，单途径为特点的抗生素，在起效快，作用明确的同时，存在着助长微生物提高抗药性的弊端。滥用抗生素，使致病菌长期处于一种单一刺激之下，给予其突变，自适应的环境，进而出现耐药菌。
中医认为，耐药菌既非自然界独立存在之外邪，又非人体自身所生之七情，不在外感内伤范畴，属于用药后的继发性病因，从其发病缠绵难愈，反复发作来看，又符合湿邪特点。反复难愈、好发于气阴亏虚之人，气虚多生湿饮、阴虚好生痰热，故属于内生之邪中的湿邪、热邪、痰饮，往往在正虚基础上由外伤、情志、劳倦、感寒、药物过用等多种致病因素相合而发病，发病时正邪交争，邪胜正虚，脏腑受损。
耐药菌感染后因个体差异而表现出复杂的证候，但从八纲辨证看不外虚寒、虚热两大证型，治疗上以温补、清补为主。由于耐药菌感染多发生在久用抗生素、多种干预措施（手术、化疗、放疗、介入、引流插管等）之后，正气必然受损伤，加之体质虚弱，治法上必须采取扶正为主，祛邪为辅的标本兼治法，针对虚寒证用温补法，针对虚热证用清补法，再辅以对症治疗。温补法代表方用补中益气汤、阳和汤；清补法代表方用当归六黄汤，随证加减，如兼有真菌感染者加蛇床子、苍术、补骨脂，兼见血瘀征象的加丹参、红花、当归、三七等，兼见尿频尿痛等下焦湿热证者加萹蓄、瞿麦、滑石、金樱子、茯苓等。
当然，中医的特点是经验丰富，但缺乏符合现代科学要求的有系统数据支撑的证据。目前，中医药抗耐药菌的研究，仍需进一步深入开展。
我们希望通过努力，推动中医药在抗感染性疾病方面实现跨越式发展，产出更多的成果，为世界范围内的感染性疾病防治提供中国方案，为人类健康做出贡献。