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朱元璋对军官军士是用十二分的注意来防闲的。除开在各个部队里派义子监军，派特务人员侦伺以外，洪武五年还特地降军律于各卫，禁止军官军人，不得于私下或明白接受公侯所与信宝金银段匹衣服粮米钱物，及非出征时，不得于公侯之家门首侍立。其公侯非奉特旨，不得私自呼唤军人役使，违者公侯三犯准免死一次，军官军人三犯发海南充军。后来更进一步，名义上以公侯伯功臣有大功，赐卒一百一十二人作卫队，设百户一人统率，颁有铁册，说明“俟其寿考，子孙得袭，则兵皆入卫”，称为奴军，亦称铁册军；事实上是防功臣有二心，特设铁册军来监视的。功臣行动，随时随地都有报告，证人是现成的，跟着是一连串的告密案，和大规模的功臣屠杀。
在作战时，虽然派有大将军统帅大军，指导战争进行的，还是朱元璋自己，用情报用军事经验来决定前方的攻战，甚至指挥到极琐细的军务。即最亲信的将领像徐达、李文忠，也是如此。例如吴元年（1367年）四月十八日给徐达的手令，在处分军事正文之后，又说：“我的见识只是如此，你每见得高处强处便当处，随着你每意见行着，休执着我的言语，恐伯见不到处，教你每难行事。”洪武三年四月：“说与大将军知道……这是我家中坐着说的，未知军中便也不便，恁只拣军中便当处便行。”给李文忠的手令：“说与保儿老儿……我虽这般说，计量中不如在军中多知备细，随机应变的勾当。你也厮活落些儿也，那里直到我都料定！”大体上指导的原则是不能更动的，统帅所有的只是极细微的修正权。
对待俘虏的方针是屠杀，如龙凤十一年（1365年）十一月初五日的令旨：“吴王亲笔，差内使朱明前往军中，说与大将军左相国徐达副将军平章常遇春知会：十一月初四日捷音至京城，知军中获寇军及首目人等六万余众，然而俘获甚众，难为囚禁，令差人前去，教你每（们）军中，将张（士诚）军精锐勇猛的留一二万，若系不堪任用之徒，就军中暗地去除了当，不必解来。但是大头目，一名名解来。”十二年（1366年）三月且严厉责备徐达不多杀人：“吴王令旨，说与总兵官徐达，攻破高邮之时，城中杀死小军数多，头目不曾杀一名。今军到淮安，若系便降，系是泗州头目青旖黄旗招诱之力，不是你的功劳。如是三月已里，淮安未下，你不杀人的缘故，自说将来！依奉施行者。”吴元年（1367年）十月二十四日因为俘虏越狱逃跑，又下令军前：“今后就近获到寇军及首目人等，不须解来，就于军中典刑。”洪武三年（1370年）四月：“说与大将军知道：止是就阵得的人，及阵败来降的王保保头目，都休留他一个，也杀了。止留小军儿，就将去打西蜀了后，就留些守西蜀便了。”则不但俘虏，连投降的头目也一概残杀了。
有一道令旨是关于整饬军纪的，说明了这一举措的军事理由。时间是龙凤十二年（1366年）三月：“（张军）男子之妻多在高邮被掳，总兵官为甚不肯给亲完聚发来？这个比杀人那（哪）个重？当城破之日，将头目军人一概杀了，倒无可论。掳了妻子，发将精汉来，我这里赔了衣粮，又费关防，养不住。杀了男儿，掳了妻小，敌人知道，岂不抗拒？星夜教冯副使（胜）去军前，但有指挥千户百户及总兵官的伴当，掳了妇女的，割将首级来。总兵官的罪过，回来时与他说话。依奉施行者。”男子指的是张士诚的部队，被掳是指的被朱元璋自己的部队所掳。把俘虏的妻女抢了，送俘虏来，养不住，白赔粮食，白费事看守。掳了妇女，杀了俘虏，敌人知道了，当然会顽强抵抗。为了这个道理，朱元璋只好派特使去整顿军风纪了。