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东密的身密，注重在“手印”的结合，而前图所列举的图式，只是有关“手印”的一部分姿态而已。因为密宗“手印”的种类过于繁多，暂时从略。总之，在密宗的理论里，认为双手的十指，对外则与法界佛性（宇宙本体的功能）相通，对内则与五脏六腑相通。所以修习密法时，结成“手印”，便可与法界中已经成就的诸佛菩萨的身密互相感召，增加速成的效果，同时自身也就等同有佛菩萨的神通功能。
其实，对于“手印”具有神秘效力的观念，并非佛法之密宗开始创此理论，它在印度固有的婆罗门教中，早已流行着重视“手印”的作用。中国秦汉以后的道家符箓派的方士们，也已有了“捻诀”结“手印”的玩意。甚至，有些特别崇拜道家，爱护中国文化的人士，还认为密宗的“手印”与气脉之学，乃至印度的瑜伽术，都是从中国传过去的。这就相当于北魏以后和唐末五代的道教之徒，杜撰道书经典名为《老子化胡经》，说老子骑青牛出函谷关，西渡流沙，到了印度，摇身一变，便成为释迦牟尼。同时佛教之中，也互不相让，杜撰佛经，说迦叶尊者行化中国时，便摇身一变而为老子。儒童菩萨，乘愿而来，化为孔子。这些都是基于狭隘的宗教情绪和宗教心理的作祟，自找麻烦而自成不经之谈，徒为有识者之所讥嫌。
三脉六轮图
但到了初唐时代，从莲花生大师由北印度进入西藏，传授了流布在西藏的密宗开始，对于人体身密的奥秘，忽又突出三脉七轮，或简称为三脉四轮的学说，涵盖了密宗和瑜伽术等一切修法的内容。由此发展，便构成由莲花生大师传统的藏密，对于色身（现有的身体）的修持方法，综合起来，便有“修气，修脉，修明点，修拙火（或称为灵热和灵能）”等的成就步骤。同时，对于修心的心法，综合起来，就有“加行瑜伽、专一瑜伽、离戏（戏论）瑜伽、无修无证”等的成就程序。再从色身修法部分，详细剖析气脉，由三脉四轮开始，顶轮概括三十二脉，喉轮概括十六脉，心轮概括八脉，脐轮概括六十四脉等共计有一百二十脉有关生命奥秘的精辟理论，而且认为人体气脉与宇宙的功能，实有直接关联的奥妙。
三脉四轮图（此等脉轮空通全身并通中脉旁脉）
了解了东密与藏密对于人体气脉的观念以后，由此与道家的气脉（奇经八脉）理论互相对照，配合中国固有的医理学——《黄帝内经》、《难经》等学理，再和现代生理解剖学、神经学、内分泌学等相互发明，则不但对于人体生命神秘的研究有更为深入的新发现，同时对于人类医学也必有更为重要的贡献。无奈现代的科学研究，只求科别分工的精细，不管分析以后归纳的综合研究。因此，使通于此者不能通于彼，而互以先入为主的主观成见，深闭固拒，争相攻讥，甚为可惜。可是在欧美研究神秘学者，经过一二百年的辗转传习，已把藏密部分的要义，吸收融会而变为神秘学的内容，却又自行号称来自大西洋或埃及文化的远古渊源。如今逐渐发展，已进入科学中“超心理学”范围，若更求深入的研究，其前途演变，势必大有可观之处，绝非目前闭塞于自然科学者所能推论。
此外，在佛学的范围来讲，一般修习显教各宗（当然包括禅宗）的见解，不但认为密宗之学，几乎有等同邪魔外道的嫌疑。甚至，认为学习密宗的人，便是专搞男女关系，或者是不可救药的坏种。而且根据佛学大小乘经典的学理，都认为人们的身体，只是“四大”（地：身体的骨骼等；水：血液涕唾等；火：暖力；风：气。）假合之身，仅为我暂时偶有的所属，并非真的为我之所有。而一切众生，却“妄认四大为自身相，妄认六尘缘影为自心相”，不知“四大”从缘而合，暂有还无，本自性空。而密宗的修法，恰恰与此相反，不但重视人体的气机，并且注重修炼身体，认为它是成佛的妙道。于是一般显教便视之为不经之谈。这种理论形成的观念，严格说来，对于全部佛学中，经、律、论三藏的奥义，并未透彻。而且，对于后期佛学性宗“般若学”“中观”的毕竟空，与相宗“唯识学”的胜义有，更未融会贯通，所以便不能汇通学理而造成误解。
其实，密宗的依身起修，认为“五大”（地、水、火、风、空）的自体，就是五方佛的自性，其中最高义理，并无丝毫与显教的经典相违之处。因为属于色法（物理世界的一切种子）的“四大”，它的自体本性，也就是“阿赖耶识”所属的附起功能，心物同源，互相依附而发挥它美丽的光辉。所以先从“四大”起修而了却身业的根本，进而转此心物一元而返还为大圆镜的光明清净。准此学理依据，确是契合佛学最高原理的深密。玄奘大师所著的《八识规矩颂》中，便已指出“阿赖耶识”具有“受熏持种根（人体生理的六根）、身、器（物质世界），去后来先做主公”的作用，充分显示物理世界的一切和人体生理的功能，本来便是一个同体的分歧变化。所谓“四大”本空的理论，只是从心物现象的分析而契合于实际本体的观念，并非完全推翻妙有的缘起而成为断灭论的空观。可惜一般学者，只注重“去后来先做主公”的一句，而忽略了“受熏持种”以及它能生起人类生命的生理（根和身）与物质世界（器世界）等等的作用。而且显教经论所讲的，大多都是着重在形而上本体论的辨正，以彼破除凡夫执著现象为实体的观念。如果依佛学全部的真义而论，这些都是注重于“法身”的修持，而不管“报身”与“变化身”的实证。况且一般的人，又忽略了经论所指出离欲界以后，还必须住于色界方能成就的重点，所谓“卢舍那佛”（报身佛），有必须住于色界而后方能成佛的内义。
但是这种理论，流传夹杂在中国的道家思想中，便一变再变而成为道家神仙丹法的学术。所谓修成大罗金仙以后，可以散而为气，聚而成形的随心所欲。至少亦可修到现在脱胎换骨而白日飞升。近世以来，再由藏密与道家方面，辗转流传，被欧、美的神秘学所吸引，几乎完全抹去了形而上（法身）的性空原理，而只一味追求生理本质的自性功能，特别注重神通与物理关系的实验，并且有突飞猛进，日臻玄妙的趋势。但是停留在十九世纪末期思想阶段的密宗与道家方面，却仍故步自封，闭户称尊而日趋凋零破碎，岂非东方文化的一大劫运，自取没落之道。