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大体了解了唯识学上对于“意识”的认识和作用以后，进一步，便须讨论“意识”的本身，它究竟是实际存在的，或是虚幻不实的呢？它是否具有神秘的功能？它与灵魂的作用有何关系？
根据现代一般学识的观念——包括心理学等的知识，所谓“意识”只是人们活着有生命存在时的主要作用。在特别心理学的范围，有时提到“灵感”、“第六感”等的名词。严格说，那也都是“意识”的一种特别功能而已。人死以后，“意识”涣散，是否“意识”转为“灵魂”，那是灵魂学的问题，从现代心理学的立场来说，根本是两回事，毫不相关。而且灵魂学还正在萌芽阶段，尚未在学术界占一正式的席位。“意识”在活人的生命中，是思想、感觉、知觉的泉源，也是人们感觉我的存在之根本。所谓“我思则我存”便是认定意识的思维作用，就是人我生命的主要中心。至少，在现实的生活中，一般都认为它是实际的存在。
但从大小乘佛学的基本观点来说：大致都认为“意识”，只是虚幻不实的妄想思维所形成；它如平静无波的水面上偶然起灭的浪花，根本上并无什么实质的存在，也没有什么实体可得。因此，所有大小乘佛学修证的方法，大致都以破除妄想，空了“意识”为究竟。所以如果借着执行虚幻不实的意念来修习佛法，大体都认为是不对的。
但是密宗修法中的“意密”，主要是运用“意识”来作“观想”。要从“本无”而构成“现有”的观想境界，这是全凭“意念”的功能。如果依照显教大小乘的理论，简直有离经叛教的嫌疑。因为一般学习显教的人，不明白密宗学理的根据，不了解“空”“有”双融和唯识学的真义，当然便误会密宗是近于魔道或外道的修法。殊不知印度后期的佛学，以及西藏密教的学理，早在一千多年前，便有性宗的“毕竟空”和相宗的“胜义有”之论辩，也正是关于佛法修证方法的辨正。
唯识学将“心”的作用和功能，分作八个部门来解释，虽然说“识”的作用，只是虚幻不实的分别妄想，但是追究八个识的本身根源，却都是超现实的存在。所谓“胜义有”，也便是这种意思。“意识”是八识的中坚分子，当然更不例外。只要把分别妄想的作用，扭转返还于原始静态的如如不动的功能，这便是“转识成智”修证成佛的基本效果了。
了解了以上所说一般世俗的学理和大小乘佛学的简要理论之后，推开这些不谈，但从“三界唯心”、“一切唯识”和意念的现存作用谈起，便可知道密宗三密的“意密”，它确是具有很深奥的秘密内义。同时也可由此而了解西方神秘学的路线，正与此相通。显教所包括一般大小乘佛学的空相，大体上都是注重把“意识”所生起的妄想幻灭以后，遗留下的那段状如无物无思的空灵境界，而自认为如此即是“空”相。殊不知这个空灵无物无思的情况，正是平静“意识”的一个基本境界。换言之，自己了知即此一念的平静无波，这便是“意识”真正的“现量”境界。自己认为这就是“空”，其实，此“空”也正是一种“幻有”的现象，也只是“意识”幻现的空灵感觉而已。除此以外，又何尝真有超越“现量”以外的“空”相可得呢？如果坚执这种空灵的境界就是究竟，而尽力保持修证，充其量，也只是小乘偏空的果位，并非真正的究竟解脱。
因此可知密宗的修法（包括东密和藏密），便是直接运用“转识成智”的原理，引发“意识”潜藏的无比功能，转变世俗的习染而更换为超然物外的境界。初由“意识”的一念专精而作“观想”开始，再渐渐地转变固有的习气，构成自我超越现实的精神世界，中国佛法的宗派中，由晋代慧远法师所创立的“净土”修法，也便是同此原理。但是藏密自中唐以后，又更进一步，把密宗观想成就的方法，划分为两部分，初由“观想”成就开始，作为密宗修法的“生起次第”。再由“观想”成就而返还于“性空自在”，才是密宗修法的“圆满次第”。后来藏密不同于东密的最大特点之一，便是把每一个修法，都区分为“生起次第”和“圆满次第”。因此而使“空”“有”双融，贯通了“胜义有”与“毕竟空”，而成为“中道观”的“不二法门”。这也可说是密宗由印度传到西藏以后，在修证方法和佛学理论上的一大进步，决非东密的同一路线。
但无论修习东密或藏密的人，能否真正在一念之间，便自作到“观想”的成就呢？那就是大问题了。东密的修法，说“观想”只是“观想”而已。关于“观想”的时效，并无严格的说明，不像有些藏密修法，谨严的规定，要在一念之间便须完全“观想”得起来。
例如黄教修法之一的“十三尊大威德金刚”仪轨，要学者在一念之间，便“观想”成就为九个头、十八只手、三十六只足。每头又有三眼，两角和项、臂、腕等所带的钏、镯及璎珞，乃至足下所蹴踏的毒蛇、猛兽、人、鬼、罗刹等等，不一而足。因此，有些人虽然学习密宗修法多年，甚至，修了一辈子，也没有“观想”完全，哪里还谈得到只在一念之间，便能完成“观想”成就呢？这便是学者的不明学理，不通禅定“止”“观”的真实境界，所以往往徒劳无功，反而陷于矛盾，甚至落入神秘的魔障，变成类似神经病和精神病态，或者可说是宗教性变态心理病的症状，实在深可叹息。
又例如白教修法之一的“亥母”之仪轨，倘使根据严谨的传授法则，也必须在一念之间，便“观想”自己转成为“亥母”之身，三脉（中蓝、左红、右白）四轮（或七轮），以及各个轮位之间连带的气脉；如顶轮三十二脉的向下盖垂，喉轮十六脉的向上承张，心轮八脉的垂苏下向，脐轮六十四脉的自下承上，必须一一分明，色相明白。同时海底与脐轮的“拙火”灵能，亦须同时燃起，配合意念和气脉，用到“心气”合一的境界。如此这般，又有多少学者真能在一念之间，“观想”成就而得如愿以偿呢？当然，如果修学密宗的修法，在一念之间的“观想”成就还不能做到，那就根本谈不到有“生起次第”的成就了。换言之，对于这种“生起次第”的效验不能出现，当然是由于不能做到真正“止观双运”的初步基础。譬如读书，不能做到“过目不忘”，或“博闻强记”，不是脑力不够，缺乏记忆力的训练，便是心思散乱，意志不能集中的关系。此外，又如一般学习道家的“符箓”，以及神秘学的基本修法，也是同这样的初步原则一样，如果不能做到意念绝对专一的境界，那也只是一种魔术的游戏而已，绝对不能体验到“心”“意”“识”确是具有无限的神秘功能，和它实存“现量”的“意密”的“密意”了。