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东密与藏密最大的差别，就是对身密修持方法的不同。东密所传对身密修持的方法，大多都是配合梵文字轮的观想，布满身体内外的各部分，它仍是利用心意识趋向“专一”的定境。藏密对于身密修持的方法，除了一部分仍然保持字轮的观想，配合身体内外各部分的作用以外，它唯一的特点，就是特别注重气脉的修持。这在原始密教所传的经典文献中，几乎是找不出同样的根据，显见它与东密是另一传承。所以东密原始传统尊重龙树或龙猛。藏密的原始传统，却别树一帜，推尊莲花生大师。但因藏密传承，特别注重气脉的关系，它与中国道家的修炼方法，有许多地方非常相似。因此便有人怀疑藏密的修法，实含有道家的成分。甚至，也有人干脆认为藏密之中的有关身密的修法，便是道家丹道方术的变相。并且因藏密的弘开，以及传说莲花生大师入藏传授密教的时期，正当初唐的时代，也便是唐文成公主下嫁藏王松赞干布和蕃之后。而当文成公主入藏的时期，她曾经带去道士及儒生各若干人。于是就以此事作为有力的证据，认为藏密对于身密的修法，实在是与道家的丹法有关。相反的，有人认为道家丹法的修炼方法，实含有佛教密宗的成分。甚至，还有人认为道家大部分的方术，都从印度神秘学派等传进来的。因为在秦、汉以前的道家修炼方法，与汉、魏以后，显然是有区别的。但在秦始皇时代，所谓梵僧——婆罗门，已经有人到过中国。这事在《佛祖历代通载》上，也曾经有过记载，因此特别提出作为证明。
这些有关文化历史考证的事故，确实很难断定，在此只列举双方的论据要点，稍加牵涉而不愿再作深入的探讨。不过，在过去的西藏，的确早有“太极图”的标记，而且喇嘛们运用念佛珠等的占卜方法，大体上，与中国的天干、地支的占卜方术，也实有相同之处。究竟是“老子化胡”，或“迦叶变老子”，我认为与真正修持的经验谈，都不关紧要。关于这些问题，正如清初诗人吴梅村所谓：“故留残阙处，付与竖儒争。”所谓“古今多少事，都付笑谈中”而已。
无论东密或藏密，对于身密做如何的争辩，但密宗之所以成为神秘的特点，它最重要的部分，便是神咒“声密”的秘密。这里所谓的“声密”，就是密宗所称三密之一的“口密”，也便是一般人所谓的“咒语”。
关于神秘的咒语问题，这是人类文化史上非常有趣，而且也很重要的事实。世界上富有历史性的神秘古国，如埃及、印度与中国的文化中，都认为它与原始的语言、文字，几乎是不可分离的文化重心。甚至，还有人认为它的历史重要性，也早在文字语言之前。但因为人类有了实用文字的进步之后，对于音声的研究，除了应用在文字言语的结构以外，便把有关于音声的神秘部分，轻轻松松地归到神秘的迷信里去，而留给巫师们作为巫术的神奇运用了！只有佛教的密宗，还比较有系统地保留了印度神秘的传说，特别形成了密教的中心。但随时代的推进，就此残余仅有的密教，也将随历史文化的变迁，快要成为过去，而只有留待未来的科学去研究了。
早在释迦牟尼之前，印度传统文化的重心——婆罗门教，素来便很重视咒语的神秘性。他们也和密教瑜伽士们的信念一样，认为咒语的作用，可以与形而上天神的心灵，直接感应而发生效力。等于修持密法念诵咒语的人，认为咒语便与佛菩萨的电报密码相似，可以呼应通灵，互相感召。因此，念诵咒语，绝对用不着去运用思维，只须深具信念，专心一志去念就好了。上古的印度，不但婆罗门教，佛教如此，其他如瑜伽术以及任何教派，大体上也都相信咒语具有神奇的能力。如果从释迦牟尼所传“显教”的经典而言，他是极力破除迷信，提倡智慧上的正思维。但是积重难返，因此大乘的经典中，有时也利用梵文字母音声的作用，阐扬教义的重点。例如，在中国佛教的显教中，普通最为流行的观世音菩萨所说的《心经》，其末了的一段，便是采用这种方法，利用一般人习惯的观念，强调地宣说般若（智慧）的解脱法门，就是至高无上的咒语。如云：
故知般若波罗蜜多，是大神咒，是大明咒，是无上咒，是无上等等咒，能除一切苦，真实不虚。故说般若波罗蜜多咒。即说咒曰：揭谛。揭谛。波罗揭谛。波罗僧揭谛。菩提娑婆诃。
其实，最后的咒语自“揭谛”开始，它的内容，并非是不可明说的密意。只是不加说明，反而更为有效。这如同孔子所说“民可使由之，不可使知之”的道理一样，有时反而更有效果。但是人们的心理总很难说，永远就像一个小孩，愈是不让他知道，愈要迫切地求知。因此也有人强作解人，硬把它的内义很简单地译出说明了。所谓“揭谛”以下的意义，便是包括“自度啊！自度啊！快求自度到彼岸啊！而且要快来救度大众到彼岸啊！快快地觉悟自救吧！”等道理。但由此也可说明了印度文化中重视咒语“声密”的神奇，便早在佛教以先就已存在的有力证明。
密宗既然如此重视音声的神秘，难道音声的本身，真正具有神秘的作用吗？事实上，这是真的。综合东西双方的学问知识，人类的文化虽然有了上下五千年的成就，但对于音声的神秘功能，直到目前为止仍然还没有穷其究竟。古今中外所有的音声之学，也只是为了文字言语上的应用而加以研究，并未真能做到更进一步的探讨。在物理科学上，虽然对声学与光学的研究，已经有了超过前人的成就，但是也只应用在传播人类文化、思想、情感的作用。甚至，最新的科学，正在追求银河系统的音波作用，但所研究的目标，也还没有转移到探讨音声与宇宙万有生命关系的神秘功能。可是至少比过去大有进步，在人类的知识范围里，总算已经知道宇宙间还有许多音声的存在，而且用人类的耳朵，绝对是无法听见的事实。例如频率过高与频率太低的音波，人们都无法听到，这已是大家知道的事实。所以老子所说：“大音希声”，也很自然地恰合于科学的道理了。但是透过有形音声的作用与功能，在人类的知识范围里，已经有如上述许多的无知，更何况还有无形象可得的心声的神秘呢！
至于密宗所谓三密之一的“口密”——“声密”，就东密而言，它所根据的，是印度上古梵文字母的声母与韵母的组合（印度自古至今，始终流传着几十种文字与语言。梵文，仅是其中之一。而且梵文还有古今音声的不同。就是古代印度的梵文，约到中国唐、宋时代为止，还有东南西北中五印度发音的差别，与字体形声的不同。所以，现在世界各国有许多研究梵文，或者透过印度其他文字而研究梵文，以便了解古印度密宗所传梵文密咒的神秘，以及唐、宋以前传译过来佛学经典的真相。这种想法，我们几乎可以说它是不可思议的自我陶醉）。至于藏密方面，自初唐开始，依梵文而创造了藏文以后，它所传授的咒语，也便以藏文为根据。东密在盛唐开元时期（公元七一三—七四一年）传入中国，直到明代永乐年间（公元一四〇三—一四二四年），才被放逐出国而流传在日本，便有了东密的称呼。但是在日本高野山东密大道场所传出的咒语，大体上都已变成带有日本音的梵语了。所以现在要详实地研究密宗咒语的音韵，实在是一件非常复杂的问题。如同中国流传最久而最普遍的《大悲咒》，便有南方北方音声上的少许差别。至于密宗所观想的梵文，或藏文，同咒语的音声一样，也有古今书写方法的相异之处。