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治疗过程可分为三期：初期阶段首先是让来访者熟悉认知治疗，建立求助的动机，向来访者展示认知与情绪行为的关系；其后是引出自动思维，在现实生活中加以检验、修正，提高社会适应能力；后期要进一步挖掘产生自动思维的认知方式，替换能适应现实环境的认知方式，并加以强化。鉴于现代人生活节奏的加快、时间的限制，常常每次治疗中将这三个步骤整合在一起。认为一般对抑郁症的治疗大约需要15～20次，每周1～2次，持续12周以上。一般来讲，单纯使用认知疗法5～7周后（每周2次）可取得明显效果。在取得满意效果后再进行每月1～2次的维持治疗，持续6～12个月。其他疾病、问题的治疗时间不等。
可使用ABC技术来发觉自动思维及给予应对，调整错误歪曲的核心信念，并进行适当的行为操作。
常见的错误信条有：
对环境及事件发生前危险度的估计因人而异，估计过高会产生不必要的紧张焦虑，使行为受限（如恐怖症、强迫症）；估计过低，则易发生意外。临床常见的为过高估计危险度，治疗时要向来访者指出这种过分不安全感的危害性，易造成紧张或人际交往困难，产生适应不良行为。
这常常是两种极端情绪化反应，也基于相应认知过程。例如要幸福必须事事成功；如果不同意我的看法，就是不喜欢我；也称此为“非此即彼”，又称“全和无”观念。治疗者应该使来访者明确“世上事并非十全十美”，不能事事都背水一战，必须经常调整目标及期望值，提高对挫折及失败的耐受力。
来访者的内心价值体系中总有一些“应该”与“不应该”的人生守则，如我应该永不疲劳，保持旺盛的精力；我应该做个好人、好朋友、好父母、好老师、好学生；别人不应该这样对我等。目的达到了，认为“应该如此”，达不到则认为失败，目标过高会不堪负荷，对待别人则难以宽以待人，造成人际关系紧张。治疗者要指出这一信条的非现实性及局限性，使来访者的待人处事律己会更现实、更富有弹性。
左栏列出自动思维，中间一栏指出此自动思维的认知歪曲，右栏则代以合理的思维。不断地训练，增强来访者对自动思维的察觉及自我矫正的能力，作为家庭作业，治疗时可带给医生看。
现在让我们来想一下自己的脑海是否也存在些“不合理的信条/信念”。譬如一个高中生是一个完美主义者，认为每一门课的成绩都要得第一名，因此他只要有一门成绩不如其他同学，就会认为自己是一个失败者，变得极端的焦虑与不快乐。这时可以问自己以下的问题，并且仔细诚实地回答：
1.评价你对信念的相信程度，识别你的情绪并评价情绪的强度。
2.这样的想法从何而来？仔细想想第一次你有如此的想法是什么时候？
3.你是怎样定义“失败者”的？“失败者”的反面是什么？有什么证据表明每门课的成绩一定都要得第一名才是成功者？
4.你可不可以想到有些别的证据来反驳你的想法？你怎样证明你的想法是错误的？有没有一些成功的伟人在念书时并没有每一门课的成绩都是第一名？
5.你这样完美的要求对你有什么样的影响？有什么好的影响和坏的影响？
6.如果你降低对自己的要求会如何影响你每天的心情？会不会改变你的生活与健康？
7.每个人都会用这样一种消极方式给自己贴标签吗？为什么不会？
诸如这样促使来访者去监视那些伴随产生烦恼的想法，确保来访者用积极的解决问题的自我对话替代负性自动思维，能促成不合理信念的改变。