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这一时期，巨不肥遭遇的“滑铁卢”，比起巨人大厦的危机，显得微不足道。
在巨人大厦建设期间，珠海遭遇了几十年不遇的暴雨袭击。在海边的小山上，爆发的山洪将巨人大厦地下部分连同设备一起淹没。仅抽水一项，就花了几百万元。这无疑让回笼有困难的资金链雪上加霜。
起初，巨人每月回款的额度足以支撑巨人大厦地下部分的兴建，但建到地面以上就不够了。
巨人大厦资金短缺的情况始于1996年。史玉柱不得不把卖保健品赚来的钱全部投入到巨人大厦的建设中去，这自然影响了保健品的销售，因为过度抽血，以及管理问题的层出不穷，再加上国内保健品市场的日趋停滞，保健品业务从鼎盛时期迅速下滑并衰落到谷底。巨人集团潜藏着巨大的危机。
1997年初，巨人大厦终于停工了，由于资金链断裂，这座大厦只建到地面三层。
1996年10月时，巨人大厦承诺的完工日期一到，国内购买楼花的客户纷纷来查看，使得位于珠海市香港工业区第九厂房的巨人集团总部人头攒动，车水马龙。债权人们是来按照合同收房子的，但他们却看到大厦根本没盖起来，只刚刚在地面上露出丑陋的一截，他们顿时慌了。
种种现实，都在向他们传达一个信号：巨人可能没有实力继续建设这座大厦。
其实，当时只要有1000万元资金，巨人大厦就可以继续修建，房东们看见工地上的建设场面，情绪就会稳定下来。可这笔资金对史玉柱而言都实在“太大”。虽然巨人大厦有数亿元的楼花预售款，但巨人公司已经开不出工资来了，他个人账户上的钱也只不过区区十几万元。他和他的团队犯的一个错误是：楼花集资款只是公司的负债，不是公司的资产，但他们误以为这项负债也是他们自己的钱。
于是消息开始疯传，你来我往，如一阵凶猛的飓风，很快传遍了珠海的各个角落。投资者大多是用血汗钱买楼花的中小业主，本来想着通过投资受益，改变生活现状，眼下却落得“竹篮打水一场空”，他们岂能善罢甘休？他们像潮水一样涌向巨人总部。
媒体对巨人也毫不客气，地毯式追踪报道巨人的危机。由此，外界很快了解了巨人的财务危机和现金流断裂的情况，感觉巨人可能要倒闭了，故此有些个人或机构欠巨人的钱也不还了，这导致了巨人3亿多的应收账款全部泡汤。
1997年春，史玉柱被供货商追债，躲在巨人大厦的办公室里。记者来采访他，见他精神并没有垮掉，也未看到其有被眼前困境折磨得焦头烂额的迹象，更让人吃惊的是，他依然意气风发，与记者畅谈他的商业计划。他说，脑黄金是巨人最赚钱的产品，却因为讨债的问题可能干不下去了。他送给记者一板药片，说那是美国送给刚刚到访的中国领导人的礼物，他接下来就准备搞这个最新科技。
可是，所有的一切都在此之后戛然而止。
史玉柱平时忽视银行的作用，坚持不贷款，当危机爆发时，跟他关系并不密切的银行冷眼旁观，不想施以援手。珠海市政府虽然此前一直鼓励他大胆试验，失败也不要紧，然而此刻却也束手无措，提不出任何建设性方案。销售商们欠他的3亿元，有1.2亿是良性债权，可由于巨人的垮台，这些钱也没收回来。
史玉柱太过年轻，个性中又较为“孤僻”，只与珠海市政府碰头，不协调同银行的关系，这也是巨人倒下的一个主要因素。
当时，担任巨人常务副总裁的王建评价史玉柱，清高是他最大的弱点，与人交往是他最大的弱项，而零负债理论则是他最大的局限。
不过，史玉柱不觉得自己清高，他认为知识分子不是清高，而是不善此“道”。当然，这确实是他的一大弱项。
眼下，巨人大厦资金吃紧，史玉柱求助银行未果，只好把脑黄金已经高达1个亿的利润砸向巨人大厦的修建。可是事与愿违，巨人大厦还是无法挽救，变成了一座断壁颓垣的烂尾楼。
史玉柱把投资当成数学计算去做规划，而现实中的瑕疵和变量，让他的计划不可能像数学公式一样整洁干净。柳传志也认为，史玉柱把一切都往最好的情况去设想，才导致局面难以收拾。
面对巨人大厦的“倒塌”，香港没多少动静，国内购买了大厦楼花的债主，却全部登门要求退款。他们天天上门，不见到史玉柱本人不罢休。媒体也以席卷之势报道巨人的财务危机，连篇累牍，声势浩大，无可抵挡。
此时的史玉柱，真可谓叫天天不应，叫地地不灵。他亲眼看着巨人大厦成了一座仅盖了三层的怪物。这座楼倾注了巨人全部的资金和力量，以及他本人的心血和热情。他不能让巨人大厦就这样倒了，于是决定到美国去拉赞助。
1997年伊始，从1月到8月，史玉柱的脚步从未踏上中国的土地，一直在美国奔走，马不停蹄地为大厦的复工筹措资金。可不知为何，美国满地是钱却没有人愿意给他投资。
事情就这样拖到了1998年10月。珠海市政府一直在想办法挽救巨人，主持召开了巨人大厦贷款现场会。梁广大作为市委书记，发动银行为巨人大厦贷款。不过，这一着未能奏效。
梁广大终究算是史玉柱的恩人，史玉柱自然对其不胜感激。然而，政界人士毕竟圆滑老到，在事情眼看就要闹大，一切即将崩塌的关键时刻，梁广大突然在两周以后闪电式宣布退休。
“如果梁广大晚退休两周，巨人大厦的结果不是今天这样。”史玉柱后来评价说。
这时，珠海市政府再次伸出援助之手。他们找来了另一个房地产开发商，撮合他接巨人大厦的盘。修改了设计，也起草了合同，政府又配送了土地。眼看一切将要有一个新的开始，可就在签字的一刹那，那个房地产开发商突然变卦，跟史玉柱说：“不行。”
史大胆此刻陡然变成了“史倒霉”，但让他自己都惊讶的是，这一刻，他却感到浑身轻松起来。他觉得，既然自己过了这么长时间的苦日子，使出浑身解数来营救巨人大厦，居然还是救不活，这说明这座大厦真的“气数已尽”了。一瞬间，他放下了心理包袱，但在他的内心深处，他始终认为巨人大厦还可以盖起来。
此前，史玉柱一直没停下拯救巨人。在财务危机被媒体曝光3个月后，他曾提出一个“巨人重组计划”，包括两个步骤，一是把巨人大厦80%的股权以8000万元的价格出让；二是合作组建巨不肥、脑黄金等项目的营销公司，让市场重新启动。可是，他跟10多家公司谈过之后，一点结果都没有。
巨人大厦，被形容是史玉柱的“滑铁卢”。后来他复出之后，在接受采访时回忆，盖巨人大厦的行为“哪儿像是办企业的人做的？更像是幼儿园一群人在那里拍板”。
巨人大厦也因此被比作“最头脑发热的烂尾楼”，有点评云：头脑发热之下，真是“人有多大胆，楼有多高层”。
自此，“巨人前传”告一段落。
巨人垮台了，史玉柱无力回天，他只能选择放弃，但他还是一心想着，以后赚了钱把债务还了。
史玉柱宛若天生的“赚钱机器”，可他把新项目——脑白金报上去审批，等来等去仍然没有结果。如果这样下去，债务的问题也还是无法解决。他真的有些泄气了。
一向忙忙碌碌，工作占用了全部时间的史玉柱，此时却成了一个大闲人。这种清闲只是身体上的；他的头脑不可能闲下来，因为还有债务没还，还有很多事情等着他去做，却一时半会做不了。
自忙碌之中抽离身体的史玉柱，想到了西藏。他很喜欢西藏，内心十分向往，从香港买来的奔驰车，这些年已经载着他走遍了中国几乎所有省份，西藏却还曾踏足，他想去看看。
高原之行，带给史玉柱的是对困惑的解答、受益良多的身心恢复。他做了深刻的反思，决定以后再不会如此急功近利，“追求冒进”。
这次西藏之旅，让史玉柱养成一个习惯，每当在事业上陷入两难的境地，就去西藏跟喇嘛聊天。他说：“一个人对自己的命运能把握的时候，最不信佛，比如数学家、物理学家；当一个人对自己的命运无法把握的时候，特别容易相信，比如出海的渔民。”
他身处的环境变幻莫测，复杂异常，不可能完全在他自己的控制之下。所以当他无法找到方向，无法把控命运时，就会给自己一些奖励，求助宗教来慰藉自身。