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传统的杂交测序技术（sequencing by hybridization）是基于印迹杂交或核酸原位杂交途径，利用寡核苷酸探针与目标DNA杂交，其所携带的荧光基团会对DNA进行标记，识别特异序列，其特征是测序读长比较短。这一技术从20世纪90年代起出现，后来演变为芯片杂交测序技术。但以前进行杂交测序时只进行一次杂交，很难甄别非特异信号，因此可能由于一些非特异杂交而导致序列误读。国外学者一直试图从杂交信号的数学计算模型入手，提高测序的准确性。
由于测序探针是荧光素标记的，利用荧光检测设备，即可直接检测杂交染色的结果，从而完成目标序列的检测。采用数字荧光分子杂交技术，可高灵敏度地捕捉杂交测序的荧光信号变化，从而完成精确测序，由此形成了新一代的杂交测序技术，即数字荧光分子杂交/原位杂交荧光染色脱氧核糖核酸测序技术（简称“数字荧光分子杂交/杂交测序技术”）体系。
数字荧光分子杂交/杂交测序技术需要更多的模板核酸（通常不低于5000拷贝）才能完成测序，但不需要经过PCR环节。这一特点有独特的优势：①不怕污染：少量的异源DNA污染的信号很低，不会影响测序准确性，例如500个拷贝的异源DNA污染，在PCR扩增中绝对是灾难性的，但在杂交测序中，异源信号的强度不到总信号强度的10%，则可以作为本底信号而被消除；②简便：杂交测序不需要PCR扩增，因此在普通实验室即可开展，不需要PCR扩增实验室的强制认证；③简捷：杂交测序没有烦琐的标本DNA提取和PCR扩增产物提取环节，将临床标本简单处理即可进行杂交测序，因此测序速度非常快，从拿到临床标本算起，2～3小时即可报告测序结果。