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本书根据临床实际需要并考虑多方面因素，选录 《本经》中最常用本草百种。
本草名称均用当今规范正名，主要依据是 《中国药典》及 《中药大辞典》《中华本草》《中医大辞典》等工具书、辞书、《中药学》教材。异名附于正名之后的括号内。
本书目录仍按三品分类法，药物按照 《本经》原顺序排列。
正文先录 《本经》原文，标注出处。各注家首引 《本经》原文内容删除不录。
各注家按历史顺序排列，依次为缪希雍、卢之颐、徐彦纯、张志聪、姚球、徐大椿、陈修园、邹澍、叶志诜、黄钰。每家注释标注出处，便于参考原书。
各家注释并非全文照录，其内容与前人重复者不录，冗杂者不录，非密切相关者不录。
各家注释中所涉禁用药，因系古籍整理，不便改动，如需应用，当代以他药。