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医院管理及制度方面的缺陷可以导致严重的潜在的医疗系统性风险，其危害远大于某个诊疗环节的风险，是整个医疗风险防范的重点。
主要表现为医疗管理组织机构不健全，工作不到位；管理制度建设不完善，或流于形式，执行力差，落实不到位。
1.院科两级医疗质量管理组织不健全，质量管理和风险管理工作不到位。
2.各类疾病收住院标准、治疗标准、程序不健全，不能使医疗工作按部就班、有章可循。
3.“三基三严”及核心制度的培训、考核制度不完善，直接影响医疗工作质量，形成医疗风险。
4.感染控制工作不到位，无菌意识差，手术器械、腔镜、器械的清洗、消毒不符合规定；病房、治疗室消毒不及时，存在院内医源性感染风险。
5.病案书写不规范 门诊病历书写项目不全、住院病历书写科学性不强、检查结果在病程记录中无分析及相应处置、护理记录单不规范。病案是医院最为重要的医疗文书，发生医疗纠纷时，法院要求举证倒置，病案书写不规范成为一项重要的风险因素。
6.医疗新技术、新药物、新设备使用和临床实验研究管理不到位 表现为新项目开展缺乏足够的论证，无审批文件，缺乏可能产生意外情况的应对措施等，导致医疗风险的发生。
7.医技管理存在问题，如影像科室诊疗许可证、大型设备上岗证，存在混岗现象，重症患者检查的急救措施落实不到位等。
8.管理知识、法律法规培训不够，大部分领导、中层干部没有接受过系统的管理知识培训，难以满足现代医院管理的要求，不能有效规避和正确处理医院面临的风险。医护人员的卫生法律法规知识匮乏，导致依法管理、依法治院、依法执业意识不强，是医疗风险发生的重要因素。
首诊负责制、三级医师查房制度、疑难病例讨论制度、会诊制度、危重患者抢救制度、手术分级制度、术前讨论制度、死亡病例讨论制度、分级护理制度、查对制度、病历书写基本规范与管理制度、交接班制度、临床用血审核等十三项制度，是保证医疗质量和医疗安全的核心制度，必须认真执行。
医院管理者要把核心制度的执行情况作为重点检查和监管内容，及时发现医疗质量和安全隐患，对有效防范和控制医疗风险、持续提高医疗质量和医疗安全具有重要意义。
风险管理制度是落实风险管理内容的重要保证，在认真执行医疗质量、医疗安全的十三项核心制度的前提下，医院要建立针对性的风险制度或医疗风险管理办法与责任制，其内容丰富、复杂多样，大体可归纳如下：
1.专业教育与培训制度 在技术推广和医院招聘医务人员时，要进行严格审查，必须选聘具有适当专业学历和专业资历的临床医务人员，除对在职医务人员进行持续的医疗教育和培训外，还要进行为期四周的肺灌洗专业技术培训，才能实际参加肺灌洗治疗工作，并且在工作中不断学习，积累经验。
2.医疗风险保险制度 学习国外经验，由医疗机构向保险公司购买医疗风险保险，一旦发生风险，经法院判决经济赔偿后，由保险公司出面负责赔偿。
3.制定大容量全肺灌洗术风险知情同意书，履行告知义务，达到医院和患者共同承担医疗风险。
4.建立大容量全肺灌洗术风险评估和核查制度 为保证全肺灌洗医疗质量，保障患者生命安全，使肺灌洗手术风险得到科学、客观地评估和有效地防范，保障每一位接受肺灌洗治疗患者的生命安全，减少或避免并发症的发生，参照中国医院协会发布《手术安全核查表与手术风险评估表》（医协会发〔2009〕7号），制定大容量全肺灌洗术风险评估和核查制度，制定WLL手术风险评估表与WLL手术安全核查表。
5.医院的临床督导和审核制度 制定并实施临床督导制度和审核制度，由资深的高级临床医务人员向初级临床医务人员提供指导，如加强对肺灌洗医疗过程的检查，对医务人员专业知识和水平的定期考核，对临床医务人员服务态度满意度的测评等。
6.差错、事故报告制度 确保所有涉及法律方面的医疗护理差错、事故都能逐级上报，对所有报告的个案都要进行调查，及时采取有效措施补救。医院须向患者及其家属报告这类事故，并进行讨论。按照规定向当地卫生行政主管部门报告。
7.以患者为中心的服务制度 把“以患者为中心”作为医院的办院宗旨，全面提高服务质量，最大限度减少医疗风险。
8.处理公众意见和投诉制度 对公众意见的收集有助于改善服务质量，香港许多医院设立公众投诉委员会，设有特定人员负责处理公众投诉，并在各种公共场所设立公众投诉箱，规定每周、月设院长、医务部主任接待日，以收集公众意见。处理公众意见和投诉管理的内容有：设立药物咨询电话热线；制定投诉和反馈机制，有效监督服务质量；进行有关患者的权利和义务教育；通报公众投诉摘要和患者建议。
医院内实行三级负责制。医院成立医疗安全工作领导小组，并下设办公室，办公室负责日常医疗安全管理、协调和督察工作。将医疗风险防范和医疗安全纳入全院和科室年度目标责任制考核主要内容。科室实行医疗安全主任负责制，根据岗位不同设立若干个医疗风险监督员，由不同岗位负责人、护士长担任。
风险管理的职责：进行风险管理教育，提高防范意识；制定涉及法律责任的医疗风险管理措施及加强肺灌洗医疗安全的管理办法（包括奖惩办法）；对医务人员加强沟通能力的培训；制定医疗资料保密制度，信息数据保护和信息安全管理培训；推行医务人员行为守则，医务人员违纪管理；检查十三项核心制度和《大容量全肺灌洗术医疗护理常规及操作规程》执行情况；负责医疗纠纷、医疗差错和医疗事故的处理。