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虽然档案集中管理克服了许多分散管理的不足，在相当程度上保证了国家档案资产的完整和可用，然而，总体看来，跨机构档案集中管理工作仍然存在这样或那样的不足。
尽管成本机制是档案集中管理的第一机制，然而，这一机制并非普遍生效，尤其是各机构现行、半现行文件，多半仍由本单位保管，档案管理的外包服务尚不普遍。
我国自20世纪50年代末60年代初开始，先后酝酿发展了地方范围内和行业系统内的联合档案室，经过多年的发展，也曾得到国家档案局的高度关注和肯定，包括在全国会议上专项部署、召开专门的座谈会加以推动等，但此项工作最终沉寂下来，变得“无声无息”了。
2000年底《全国档案事业发展“十五”计划》正式提出要“研究建立基层文件中心的实施方案，在北京、青岛、深圳等地开展相应的试点工作”。1998年深圳市档案局建立“文档资料服务中心”，被誉为“全国第一个文件中心的雏形”，2002年深圳市档案局在此基础上成立“文件中心”，2004年成立“文档服务中心”，负责接收和采集市属党政机关、事业单位处理完毕应归档的纸质文件和电子文件，文档服务中心系市档案局的下属事业单位。北京市昌平区，江苏省常熟市，山东省济南市、青岛市，以及上海、天津、武汉、广州、珠海等地也相继试办了“文档服务中心”之类的文件档案服务性机构。
这些举措表明，地方政府文件中心于世纪之交开始在我国起步，本次建设的文件中心不同于地方机关联合档案室，后者多位于经济欠发达的区县级地域，而本轮建设的文件中心则在经济条件相对较好的市一级地域孕育发展。
尽管在实践层面，我国不少地方的档案部门持续探索着档案集中管理的新形式，但相比其他按兵不动的档案部门而言，仍然是少数派。国家对待这些创新成果的态度是视之为“试点”“课题研究”，并未将其固定化、制度化。在中央政府、省级政府层面，并未出现类似北美国家的文件中心。没有了制度层面的保障，这些“试点”“课题研究”很容易因为领导的变更、政策的变化而流产。
档案管理外包服务不普遍，说明我国机构层次的档案管理工作，保管空间、机构编制、专业人员等方面的资源浪费和支撑不足同时存在。在单个机构内，档案管理所需的各类资源是不足的；而对整个社会而言，有效资源又没有得到很好的整合，资源是浪费的。
因为在行政区划、行业系统两个纵横相交的方向上跨机构的档案集中管理同时存在，所以无论是国家还是地方层面，即便是非现行的、对国家具有永久保存价值的档案，其管理还是相对分散的，突出地体现在文书类档案（国家档案局第10号令《企业文件材料归档范围和档案保管期限规定》也称之为管理类档案——作者注）和业务类档案的分块管理上。其中，国家机构的行政管理类档案移交给中央或地方综合档案馆，而机构的核心业务档案，处理情况则较为多元：有些垂直移交给部门档案馆，有些滞留在本机构，有些甚至分散在形成档案的处室。这是因为部门档案馆并非普遍设立，所以并非所有核心业务档案都有确定的最终归属，某些业务档案可能处于失控状态。档案资源的分布问题一直是我国档案学者关心的问题。
即便是有归属的核心业务档案，其服务社会的程度也是受限的。根据研究小组对某市地税局的调研，在其单位内部，设立了两个档案部门：一个隶属于办公室，主要管理文书档案，文书档案定期移交给市档案馆；另一个是税务档案馆（档案处），主要管理税务业务档案，各区县税务局的业务档案最终都要移交到税务档案馆。虽然受《政府信息公开条例》制约，部门档案馆也有提供信息公开服务的义务，但是其服务宗旨主要还是满足本单位内部的工作的需要，不可能用综合档案馆和专门档案馆的尺度来要求一个非独立的部门档案馆。
上述两个方面的缺陷，表明档案集中管理的整体机制并未理顺，成本机制、分工机制、控制机制和服务机制并没有发挥其应有的作用，档案管理工作中，管理成本、管理效果并没有受到应有的重视。正是因为这些缺陷是制度性而非技术性的，因此我们可以预计，信息技术的应用并不会自动消弭这些缺陷。但是，信息技术是否会给上述问题带来其他方面的影响呢？这需要我们进一步的观察和研究。