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从历史的角度看，形而上学问题不只是存在问题，但是它的确是从存在问题而发端的。在西方哲学长期的历史演变中，形而上学问题逐渐显露出越来越深邃、复杂、丰富的内涵。形而上学的形成以巴门尼德的存在学说为其开端，中经苏格拉底—柏拉图的理念论，在亚里士多德的形而上学中初步形成，但是经过中世纪哲学的改造，到了近代哲学那里已经发生了深刻的变化，虽然这些演变在希腊哲学中已见端倪。
如果我们承认形而上学或形而上学是西方古典哲学的主流，那么应该说西方哲学的逻辑开端不是泰勒斯而是巴门尼德，虽然任何一部西方哲学史都是从米利都学派的泰勒斯讲起的。正因为如此，黑格尔的《逻辑学》以巴门尼德的“存在”范畴作为开端。当然，我们并不想否定泰勒斯作为西方哲学的始祖地位，以他为开端的早期希腊自然哲学的确为西方哲学这一独特的哲学形态奠定了基础。但是在巴门尼德之后，希腊哲学的确发生了重要的转变，从而使西方哲学走上了形而上学的道路。
早期希腊哲学以自然作为思考的对象，这个时期通常被称为自然哲学或宇宙论时期，它的主要问题是“本原（arche）”问题。按照亚里士多德的经典规定，所谓“本原”亦即万物从那里来，毁灭之后又回到那里去，一切皆变唯它不变的“始基”，它是宇宙最原始的开端和主宰。当时的哲学家们围绕着这个问题展开了热烈的争论，他们企图以自然来解释自然，用水、火、土、气这四大元素中的一种元素来说明自然万物，以求得真理性的知识。于是，有人说本原是水，有人说本原是气，也有人说本原是火……总之，在本原问题上，哲学家们众说纷纭，莫衷一是，难以形成普遍的共识，结果离他们追求知识的理想越来越远。正是在这一背景下，巴门尼德对自然哲学的道路进行了反思。
自然哲学家们试图通过知识的方式把握宇宙自然的本原，巴门尼德对他们的批评也正在于此。在留给我们的著作残篇中，巴门尼德一开始就指出了哲学探索的两条道路：一条是以“非存在”为对象的“意见之路”，一条是以“存在”为对象的“真理之路”。在他看来，自然哲学家的局限乃在于他们对本原的探讨建立在观察和经验的基础之上，而经验的对象都是生灭变化、相对、偶然的“非存在”，对此我们只能获得各式各样不同的“意见”，而不可能达到普遍必然的“知识”，所以这条道路是行不通的。因此哲学只有一条路，那就是以“存在”为对象的“真理之路”。按照他的观点，只有存在能够被思想和述说，非存在则既不能被思想也不能被述说，所以能够被述说和思想的一定是存在的，“作为思想和作为存在是一回事”。由此，巴门尼德便将“存在”确定为哲学的对象，为后来在西方哲学史上长期占据着统治地位的形而上学奠定了基础。
巴门尼德对哲学的主要贡献在于，他将存在确定为哲学的对象，从此哲学不再过多地追问自然的本原或构成元素，而是探索宇宙之统一的、最普遍的本质，亦即决定一事物是这一事物的最根本的东西，这就为形而上学奠定了基础。与追问宇宙自然“在时间上”最古老最原始的开端的自然哲学道路不同，巴门尼德致力于探讨宇宙自然“在逻辑上”处于第一位的根据或本质，他称之为“存在”。一切存在物都存在，但是它们总有一天都将不再存在，唯有使一切存在物存在的存在本身是永恒不变的真实存在。存在之于存在物，不是“生成性”的本原，而是“本质性”的根据。不仅如此，他亦以“思想与存在的同一性”为哲学之思辨思维提供了一个最基本的“公式”：通过感觉经验不可能达到认识与认识对象的同一性，唯有在思想或理性认识中才能获得真理。以后我们将看到，尽管巴门尼德的存在学说与形而上学或本体论并非就是一回事，但实际上在他的存在学说中已经蕴涵着形而上学或形而上学的基本要素。
以希腊哲学为开端的西方哲学一向以重视知识为其基本特征，自然哲学家们追问“本原”的目的是为了知识，巴门尼德扭转哲学的方向也是为了知识。继巴门尼德之后，苏格拉底和柏拉图进一步开拓和发展了这条追求知识的哲学道路，把哲学研究的重心集中在了探索事物“是什么”的问题之上。苏格拉底终其一生都在追问“是什么”的问题：美是什么？勇敢是什么？正义是什么？德性是什么？如此等等。由于苏格拉底追问的是一事物就其自身而言决定它是这一事物的定义或概念，因而人们通常把他的哲学思想称之为“概念论”，柏拉图正是在这一基础之上建立了他的“理念论”（形式论）。在柏拉图看来，可感事物变动不居因而只是意见的对象，事物的普遍共相即本质才是知识的对象。相对于由可感事物构成的“可感世界”，存在着一个“理念世界”：每一类事物都有它们的类本质或共相，亦即“理念”，所有事物的“理念”就构成了“理念世界”或“本质世界”，正如可感世界以太阳为其主宰，理念世界则由善的理念所统治。于是，柏拉图将世界划分为两个世界，亦即我们所说的“现象世界”与“本质世界”，唯有“本质世界”才是哲学思考的对象。晚年的柏拉图虽然苦于无法解决这两个世界的关系问题，但是他认为就知识而言绝不能放弃理念论的立场，因而他更关注的是理念之间的关系问题，于是他尝试进一步说明理念世界的统一性。
在某种意义上说，柏拉图的理念论为西方哲学奠定了基本思路，以至于怀特海声称一部西方哲学史不过是为柏拉图作注释而已。虽然怀特海的论断有些夸张，但是柏拉图的确引发了诸如一与多、本质与现象、共相与殊相、经验与实在、感觉与思想以及共相之间的关系等一系列形而上学的问题。
亚里士多德显然不同意柏拉图关于理念与事物相“分离”的观点，他认为真正现实存在的是个别的具体事物，而在个别的具有事物中形式和质料是不可分割地结合在一起的。然而另一方面，亚里士多德主张认识所认识的乃是事物“是什么”的形式或本质，所以在认识上我们可以将事物中的形式与质料分开，以形式作为认识的对象。由此可见，就追求知识而论，亚里士多德与巴门尼德、苏格拉底和柏拉图在根本上是一脉相承的。在《形而上学》中他认为，一般的科学所研究的是存在的某一属性或某一方面，至于这些属性或方面赖以存在的存在本身它们是从不过问的，因而一定有一门学问专门研究存在本身或“作为存在的存在”，这门学问就是“第一哲学”。正如存在的各种属性和各个方面皆以存在为其基础和前提一样，第一哲学亦是一切科学的基础和前提。然而与巴门尼德不同，亚里士多德发现，“存在不是种”，作为最高的普遍性，存在不可能通过形式逻辑的“种加属差”的方式来下定义，因而我们无法直接规定存在是什么，更何况“存在有多种意义”。于是，亚里士多德以存在的“意义”来回答存在问题，他将存在的本然意义称作“范畴”（ketagoria），认为“就自身而言的存在的意义如范畴表所表示的那样，范畴表表示多少种，存在就有多少种意义”
，并以十个范畴囊括了存在的全部意义。在这十个范畴中，ousia亦即事物之“是什么”（ti esti）或“是其所是”（to ti en einai）居于中心地位，这就是后人所说的“实体”。当亚里士多德以诸范畴的体系来解决存在问题的时候，他实际上所建构的乃是“存在”的“存在之网”亦即世界的逻辑结构。显然，从巴门尼德经过苏格拉底—柏拉图到亚里士多德，他们在基本的思维方式上是一致的，这就是通过思想来把握存在，把握宇宙自然的本质，但是在如何把握存在的问题上这种思维方式得到了进一步的深化，从而形成了以存在的意义即范畴体系或世界的逻辑结构为其对象的本体论。与柏拉图等级式的世界图景不同，亚里士多德的形而上学是以“实体”为中心的“网状”的范畴体系。当然，亚里士多德的形而上学不仅仅是存在的范畴体系，也包括对于不动的动者即“神”的研究，这方面被后人称为“神学”。
中世纪经院哲学作为柏拉图主义和亚里士多德主义的混合物，致力于通过亚里士多德的逻辑方法来论证上帝的存在，这就使形而上学范畴体系中的实体变成了哲学的最高对象。Ousia在亚里士多德的范畴体系中的确处于中心地位，但它并不是超越于其他范畴之外的独立存在。而中世纪的经院哲学为了与上帝的地位相应，便使实体从范畴体系中独立出来，成了形而上学的独立对象。与此同时，经过拉丁语的翻译，希腊哲学的概念也发生了不同程度的变形。而近代哲学在希腊哲学和基督教哲学的双重影响之下，形成了富于近代特色的形而上学。
如果说古代形而上学主要关心的问题是“存在是什么”，那么可以说在近代哲学中，哲学家们意识到我们关于事物的知识与事物之间的差别，从而开始关注“我们能够认识什么”的问题，这就是所谓的“认识论的转向”。古代哲学在一定程度上尚未从理论上将思维与存在区别开，哲学家们相信事物就像我们所思想的那样。随着人类认识活动的深化和发展，近代哲学意识到我们所认识的事物与事物自身可能是不一样的，因而哲学家们开始深入地分析知识和我们的认识能力，并且把认识主体确立为认识的逻辑前提。在近代哲学的奠基者笛卡尔那里，不是“存在”而是“我思”构成了形而上学的“第一原理”或基本出发点，并且在此基础上形成了形而上学的主要对象，即上帝、我思和物体等三个实体。由于近代哲学主体性原则的限制，使他们难以解决思维与存在的同一性问题，康德把近代哲学的二元论推到了极致，通过对理性的“批判”划分理论理性与实践理性的范围，一方面以知性的范畴体系重构了“内在的”形而上学，另一方面把“超验的”形而上学转移到了伦理学的领域。而黑格尔则试图重建形而上学的统一体系，他在融合古代哲学客观主义立场与近代哲学主体性立场的基础上恢复了亚里士多德的形而上学理念，以“实体即主体”为核心，以认识论、本体论、逻辑学同一的原则建构了一个包罗万象、庞大恢弘的形而上学体系。在某种意义上，黑格尔哲学既标志着古典形而上学的完成，亦象征着古典形而上学的终结。
现代西方哲学是从反形而上学起家的，形而上学问题在此显得更加复杂了。经过19世纪末20世纪初激进地反形而上学的浪潮之后，形而上学在现代哲学中以不同的方式重新受到哲学家们的重视，当然他们的研究是在深入反思西方哲学传统观念的基础上进行的。
在现代哲学中，海德格尔独树一帜，批评传统形而上学的科学思维方式“遗忘了存在”，要求重提存在问题。他从现象学的立场出发，试图克服主客二元式的认识论局限，通过对人的存在即“此在”（Dasein）的生存活动的生存论分析，将“存在”带到敞亮之所，回归哲学的本源之处。而英美分析哲学或语言哲学主要关注的问题不再是存在问题或认识问题，而是语言问题，亦即语句陈述的意义问题，这就是所谓的“语言的转向”。在某种意义上说，斯特劳森通过“描述的形而上学”与“修正的形而上学”的区别，在分析哲学中恢复了形而上学的研究。现在，形而上学仍然是英美哲学界的基础研究之一，只不过所研究的不再是关于世界本身的逻辑结构，而是我们的语言世界的逻辑结构。
以上我们简要回顾了西方哲学形而上学的历史演变，我们可以清楚地看到，从巴门尼德的存在论经过苏格拉底—柏拉图的理念论形成了亚里士多德的形而上学，经过中世纪经院哲学的变形和近代主体性原则的崛起形成了近代哲学的本体论，黑格尔则通过恢复古代形而上学传统的方式使形而上学得以完善，而语言的转向亦使语言问题成为现代哲学思考形而上学问题的基点。由此可见，不恰当地说，西方哲学形而上学问题的历史演变大致走了一条从存在到认识而到语言的过程。如果我们从广义上理解形而上学概念，那么可以说形而上学应该包括巴门尼德的存在论、亚里士多德的形而上学和近代本体论，也应该包括现代哲学对语言问题的思考。