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顾名思义，形而上学研究的是超验的或超自然的对象，其对象同时也是经验或自然的基础、前提和根据。正如本体论的本义，形而上学应该是研究“存在”的学科。在哲学家看来，所有存在着的东西皆以存在为前提和基础，相对于所有研究存在着的东西的学科，形而上学研究作为存在物的基础的存在。自亚里士多德以后，关于终极原因或第一原理的研究与研究“最高的存在”或“不动的动者”的“神学”往往合而为一，因而形而上学或本体论主要表现为两个方面，一是研究作为世界的逻辑结构的范畴体系，一是研究超验的实体的理论。由此，我们可以一般地把形而上学的问题分为两类：一类问题涉及作为诸存在物之本质系统的逻辑结构，一类问题涉及作为整体的宇宙之统一的存在根据。简言之，作为西方哲学的一个主要或核心的部门或学科，形而上学通常意指哲学中关于宇宙万物之最普遍、最一般、最根本、最高的根据、本质或基础的知识或理论。由于哲学家们对于形而上学的对象有着不同的理解和规定，因而形而上学的对象既可以是“存在”，也可以是“实体”或“本体”，从性质上讲它的对象有时被理解为“理性”（nous），有时被理解为“精神”，亦被理解为“绝对”。不仅如此，关于“存在”、“实体”、“本体”或“绝对”究竟是什么，哲学家们并没有一致的意见和共通的规定。由此可见，形而上学所研究的问题不是一个问题，而是一组问题或一系列问题，或者说形而上学问题是一个“问题域”，哲学家们在不同的历史时期所关注的问题有所不同，因而形而上学问题的演变与形而上学的历史演变密切相关。本节着重讨论形而上学所研究的问题，而下一节则意在梳理形而上学的历史演变。这两节在内容上之所以有些重复，是因为讨论形而上学的问题不可避免地将涉及形而上学问题的历史演变。
在西方哲学史上，巴门尼德是广义的形而上学的奠基者，他第一个将“存在”看作哲学的研究对象，后来智者高尔吉亚对此提出了他的著名的诘难：第一，无物存在；第二，如果有物存在，它们也无法为人所把握；第三，即使它可以为人所把握，也不可能把它说出来告诉别人。这可以说是对于形而上学问题的最早的比较集中的表述，它涉及究竟有没有真实的存在，我们能否认识它以及我们的语言能否表述它等等问题，而这些问题始终是令哲学家们争论不休的难题。在某种意义上说，这三个问题既是形而上学要解答的问题，同时也是形而上学自身所面临的问题。早期希腊自然哲学从宇宙生成论的角度追问自然万物的“本原”（arche）问题，试图把握变中不变以及多中之一，巴门尼德视面向多种多样的事物的感觉经验为“意见之路”，主张存在是一，是不动不变的，从而凸显了一与多的关系问题。苏格拉底—柏拉图将巴门尼德通过思想把握存在的思路具体化为追问“是什么”亦即本质概念或共相的问题，存在之“一”与万物之“多”的关系问题则转换为一般与个别、共相与殊相的关系问题，此问题在中世纪经院哲学中得到了广泛深入的讨论。
亚里士多德对形而上学所研究的问题进行了非常详细的分析，他在《形而上学》第三卷中列举了十几个形而上学应该解答的难题。
自亚里士多德详细讨论了形而上学问题之后，在西方哲学史的不同历史时期，由于种种原因，形而上学的研究对象和问题也在演变之中。不过一般地说，形而上学涉及一系列的哲学问题。
一提到形而上学，首先使人们想到的是关于现象与实在（本质）的关系问题。自从巴门尼德区分了意见之路与真理之路以后，尤其是柏拉图区别了可感世界与理念世界之后，现象与实在（本质）的区别就成了形而上学的出发点。哲学家们意识到，我们所面对的自然万物都处在生灭变化之中，如果世界是永恒存在的，那么在生灭变化的事物背后应该有永恒不变的东西，这种永恒不变的东西是生灭变化的事物（现象）的存在根据（实在）。相对于从自然事物中寻找永恒不变而且在时间上最古老的“本原”的宇宙生成论，形而上学追问的是从逻辑上、本质上构成世界存在之基础和根据的“存在”或“实体”。因而，与现象相区别的实在具有“本质”的特征，由此哲学家们区别了现象的世界与本质的世界。任何生灭变化的事物都有其本质作为存在的根据，而诸本质就构成了一个本质的世界。于是，哲学家们便须面对本质与本质之间的关系问题、本质所构成的世界如何是一个统一的系统、统一的本质世界的最高根据是什么，这个最高的根据与诸本质之间的关系，以及本质与事物之间的关系等一系列的问题。不仅如此，哲学家们还需要面对一个关键问题：我们如何能够认识事物的本质？更进一步的问题是：形而上学如何为人的存在提供根据？由此可见，形而上学的问题并非纯粹的形而上学问题，而是与认识论和伦理学等哲学的分支相互缠绕，密切相关。
以下我们准备从两个方面来说明形而上学研究的问题，然后简略说明当代哲学的形而上学研究。
如前所述，从亚里士多德深入探讨存在的意义即范畴开始，从范畴体系的方面规定世界的逻辑结构构成了哲学家们的重要工作。本体论是研究存在的理论。在近代哲学以来，哲学家们通常将最高的存在称作“实体”，因而我们可以把研究存在的逻辑结构即范畴体系的学科称作本体论，将研究最高的存在或实体的学科称作实体论。形而上学之所以研究范畴，其主旨是为了描述或说明世界的逻辑结构，这项工作不可能由任何一门具体科学来完成。它所面临的问题是，当我们把世界看作一个成系统的整体的时候，如果我们用范畴来规定这个系统的本质要素，可以由多少范畴构成世界的逻辑结构，范畴与范畴之间具有怎样的逻辑关系，它们如何构成一个范畴体系，以及作为事物的存在根据的范畴与事物之间的关系是怎样的，如此等等。
虽然柏拉图已经开始探讨理念与理念之间的关系即“通种论”，不过对于范畴之间的关系进行深入探讨并且提供了一个完整的范畴体系的是亚里士多德。在《形而上学》第四卷中，亚里士多德提出了研究“作为存在的存在”的任务，并且主要是循着分析存在的意义即范畴而展开研究的。在《范畴篇》中，亚里士多德概括了以实体为核心的十个范畴：实体、数量、性质、关系、地点、时间、状态、动作、所有、承受。在他看来，“就自身而言的存在的意义如范畴表所表示的那样，范畴表表示多少种，存在就有多少种意义”
。宇宙万物千差万别多种多样，都可以通过这十个范畴得到说明。因而在某种意义上说，亚里士多德的范畴体系乃是“存在之网”亦即世界的逻辑结构。具体科学研究的是存在的某一方面或者某种性质，哲学研究的则是“作为存在的存在”即存在本身，它以范畴体系的方式描述世界，亦为所有科学提供基础性的根据。亚里士多德的范畴理论通过中世纪早期的一些解释工作对经院哲学产生了深刻的影响，而按照亚里士多德的思路展开其范畴理论的主要是康德和黑格尔的贡献。
康德对于范畴理论的贡献主要体现在两个方面，其一是强调范畴不是世界自身的逻辑结构，而是我们认识世界的认识形式，他称之为“内在的”形而上学；其二是对亚里士多德范畴体系进行了改造，形成了量、质、关系和样式四组十二个范畴。黑格尔则力图恢复范畴的客观性，并且描述范畴体系的逻辑演进，以辩证法作为构成原则形成了一个严密的范畴体系。他将认识论、本体论和逻辑学统一起来，以历史与逻辑同一的原则，从人类精神对宇宙自然的认识过程中“提炼”出了他的范畴体系。一方面，黑格尔完善了从费希特和谢林就已经开始的范畴推演工作，另一方面，他通过辩证法使整个范畴体系体现为自我推演、自己完成自己的过程。仅就古典形而上学的任务而言，可以说黑格尔哲学标志着形而上学的完成。由于现代哲学发生了“语言的转向”，经过激进的反形而上学阶段之后，英美语言哲学恢复了形而上学的研究，哲学家们不再关心终极实在的形而上学问题，形而上学研究更多地表现为本体论的研究，只不过他们所研究的不是世界自身的逻辑结构，而是我们的语言世界的逻辑结构。而与此形成对照的是，海德格尔重提存在问题，指责以往形而上学的历史是一部“在的遗忘史”，而“存在”在他那里不是认识的对象，而是通过人的存在（此在）的生存活动而得以显现，因而他主张通过对此在的生存论分析构建“基础存在论”，后期的海德格尔则尝试了不同的方式以通达“存在”的源始境域。我们注意到，英美语言哲学和海德格尔的存在哲学在研究的方式和思路上存在着巨大的分歧，但是本体论问题仍然是它们关注的重要问题之一，它们都在研究“存在”或“是”的问题，不过对问题的理解不同于传统哲学。
实体（ousia）这个概念原本是亚里士多德范畴体系中的核心范畴，后来经过中世纪拉丁文的翻译，逐渐从范畴体系中独立了出来，成为近代形而上学研究的主要问题。在某种意义上说，在亚里士多德形而上学中研究终极原因和第一原理的科学，与研究最高存在的神学，在近代哲学中集中体现在关于实体的研究之中。
按照我们的规定，本体论研究的是存在的范畴体系或逻辑结构，不过它不可避免地关涉到形而上学另一方面的问题，即关于终极原因、第一原理和最高存在的问题，这实际上与形而上学的根本旨趣有关。由于在形而上学的历史演变中这方面的问题归结为实体的问题，所以我们称之为实体论的问题。
近代哲学的创始人笛卡尔把实体规定为能够自己存在而其存在不需要别的事物的东西。真正符合他的实体规定的只有上帝，不过就思维与广延各自相互独立存在而论，也可以把思维和广延看作有限的实体。于是，我思、上帝和物体构成了笛卡尔形而上学的三条基本原理。斯宾诺莎试图克服笛卡尔的二元论，他以实体、属性和样式为核心构造了一个一元论的形而上学体系。对斯宾诺莎来说，神即实体，而神是世界的内因，因而哲学不需要一个超越于世界之外的上帝，一样可以有效地说明世界。显然，就哲学家的追求而论，形而上学应该是一个统一的体系，因而有必要将本体论与实体论统一起来，亦即将关于世界的逻辑结构的描述与关于世界的终极原因、第一原理和最高的存在融合为一个体系，而这项工作最终是通过黑格尔哲学完成的。黑格尔以“实体即主体”为原则，为斯宾诺莎的实体融入了能动性的因素，构造了一个包罗万象的庞大的哲学体系。
我们不难发现，在上述形而上学问题中，有许多是成问题的，它们关涉到问题的真假、问题的提法、问题的可解答性等等。例如“宇宙万物中包含有永恒的存在作为其存在的根据”、“宇宙是可以为我们认识的统一的、有秩序的、合理的整体”等等，这些问题在长期的历史演变之中，逐渐受到了哲学家们的质疑。在某种意义上说，当希腊人开始哲学思考的时候，上述这些问题构成了他们尚未自觉的潜在前提。如果希腊人从一开始就怀疑宇宙万物是否是一个统一的、有秩序的、有统一根据或本质的、可以为人所知的整体，或许哲学思考就不可能开始。然而，当人们意识到，宇宙万物实际上是盲目的、非理性的，以往的哲学所构造的一个个精致的形而上学体系便动摇了根基，它们的崩溃则导致了哲学的转向。尽管形而上学仍然是现代哲学的研究内容，但是在性质上区别于古典形而上学。
在某种意义上说，古典形而上学体现了西方哲学传统的科学思维方式，而现代哲学关于形而上学问题的研究表现为两种不同的思路，其一是以海德格尔为代表的思路，试图克服传统的科学思维方式，不是以理性认识的方式，而是以在他看来更为基础和本源的非科学的方式面向存在的问题；其二是以英美语言哲学为代表的思路，仍然延续传统的科学思维方式，不过把形而上学的研究限制在我们对世界的描述即关于语言世界的研究。
海德格尔试图通过克服形而上学来拯救形而上学问题——存在问题。存在与存在者或存在物有着存在论上的差别，然而当传统形而上学试图以科学思维方式解决存在问题的时候，实际上是把研究存在物的科学思维方式拿来去解决存在问题，混淆了存在与存在物的差别，这就造成了“存在的遗忘”。前期的海德格尔试图克服主客二元式的认识论模式，通过描述此在即人的存在的生存活动揭示存在的显现。后期的海德格尔则宣称作为科学的哲学或形而上学的终结，而提出了思的任务，试图深入到“本源境域”，寻找直接面向存在的各种可能的方式。就此而论，海德格尔的目的是通过克服形而上学而拯救存在问题。
英美语言哲学与海德格尔一样面对存在问题，不同之处在于他们把存在问题转化成了语言问题。经过针对传统形而上学的激进批判阶段（逻辑实证主义），英美语言哲学逐渐恢复了对形而上学的研究，例如蒯因将本体论的问题归结为“何物存在”的问题，以“本体论的承诺”有条件地恢复了形而上学的研究，而斯特劳森则明确区别了“描述的形而上学”与“修正的形而上学”，在语言哲学的视野中恢复了“描述的形而上学”的研究。于是我们发现，当今英美哲学的形而上学研究的问题似乎与传统形而上学的研究是一样的，例如存在、共相与殊相、表象与实在、真理、人格同一性、自由与决定论等等，然而所有这些问题基本上都是围绕语言问题展开的。如果说传统形而上学研究的是世界的逻辑结构，那么当代英美哲学研究的则是语言世界的逻辑结构。
哲学史是问题史。围绕形而上学问题的产生、形成和演变，形而上学呈现出了复杂的历史演变过程。