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中世纪形而上学是西方形而上学最典型的形态，其独特性在于整个形而上学的知识体系的最高部分是神学部分与“存在论”（一译“本体论”）的哲学部分二者结合为一体的体系。更准确地说，它是奥古斯丁的拉丁基督教神学与经过伊斯兰教重新发现的亚里士多德哲学融为一体的体系。换句话说，中世纪天主教的经院哲学是由犹太人的圣经的要素和希腊哲学要素二者共同组成。尽管它是希伯来文化与希腊文化这两种文化的融合或调和，这一古典思想体系仍然为哲学思想带来了希腊哲学所未有的新视野和新问题，其创造性就体现在它为了综合两种相互冲突的观念体系和世界观而对二者所做的推进和融通。
早在奥古斯丁时代，他从形而上学沉思的层面吸收柏拉图主义看起来并未导致特别大的困难，尤其是对柏拉图的理念说、灵魂说和回忆说的吸收。奥古斯丁之所以能吸收柏拉图主义，就在于他认为柏拉图的善与灵魂的概念与基督教神学没有任何冲突，如果他生在耶稣基督的时代，柏拉图也会是一个好基督徒。
在奥古斯丁看来柏拉图的不足在于，他那里没有“恶”和“恩典”，也就是说，柏拉图的善的理念无法解决与人的灵魂的实践问题，即幸福问题。奥古斯丁在《忏悔录》中表明，新柏拉图主义在哲学理论上已经达到了古典世界的思想顶峰，但是，它的致命缺陷是在实践上的无力，因而是保罗而不是普罗提诺使得奥古斯丁皈依了基督教。②柏拉图以及亚里士多德的灵魂概念的核心是人的理智，人的最高的德性是智慧，人最接近于神性的生活是沉思善的理念的生活。然而，善的理念以及灵魂的理智概念无法充分解释为什么人会在生活中明知道对却不去做，或者明知道不对却仍要去犯。用圣经的语言来说，希腊哲学无法解决人为什么不追求善好而自甘堕落。
为了解决善的理念所不能解决的恶的起源的问题（在基督教神学中相应于神义论问题），奥古斯丁在人的灵魂中引入了“意志”的概念。这一概念与基督教的“原罪”与“恩典”概念相关。原罪与恩典这两个概念决不可能为柏拉图和亚里士多德所设想，因此，他们也不会产生出一种人的自由意志的概念，以解决二者的冲突。看起来是柏拉图主义所难以克服的问题，或者说它的缺陷，实际上乃是基督教的原罪与恩典的概念打开了理解人的理智与德性的败坏的一个新视角，即所谓的恶与堕落的问题。从这一新视角不仅会打开一个新的问题域，而且也必然带来理解那些旧问题的新视角。这一视角将极大地修正柏拉图主义仅仅在理论上提出的善的概念和灵魂的概念，进而通过一种更富有实践性的基督教目的论和人类学，将其整合到整个基督教神学体系之中。当奥古斯丁将柏拉图的哲学完全吸纳到基督教神学体系之时，他并未意识到柏拉图的哲学如果理解成有其自身的实践诉求的自成一类的哲学立场的话，它将对从超人的视角或精神的维度来理解人事的基督教思想构成根本的挑战。
但是，到了中世纪经院哲学准备吸纳亚里士多德的知识体系的时候，几乎所有的教会和经院的神学家都感觉到了亚里士多德哲学对基督教教义和神学的尖锐挑战，因为亚里士多德的哲学肯定世界的永恒性，就等于间接否定了上帝创造世界的教义，而上帝创世论是基督教教义体系的基础。没有对创世论的信仰，也就谈不上对上帝的启示以及对耶稣基督的信仰。当亚里士多德的哲学被引入到某种神学体系中，亚里士多德完整的知识体系及其理性主义的鲜明立场就会对整个犹太教、伊斯兰教和基督教教义体系构成了巨大的挑战。法拉比、迈蒙尼德与阿奎那所面临的处境并没有什么本质上的不同。迈蒙尼德在《迷途指津》中以一种非常隐微的方式处理创世论与亚里士多德哲学之间的冲突。
阿奎那的反应方式却与法拉比、迈蒙尼德完全不同，他更为直接地采用了亚里士多德哲学的语言和基本原则，因为基督教并不排斥神学采纳哲学。当我们审视《神学大全》和《反异教大全》处理神学与哲学的关系的方式时，可以说，阿奎那试图向异教徒解释基督教教义的实质内容，实际上也就是拿基督教的教义和神学体系向异教的哲学进行自我解释，在亚里士多德的哲学权威面前来进行证成和检验，而不是通常所理解的以基督教教义给亚里士多德哲学施洗。
这正是阿奎那以理性捍卫基督教信仰的方式。不过，中世纪以及各个时代的奥古斯丁主义者都坚定地反对阿奎那的经院哲学，因为他试图缓和启示和理性之间的冲突的做法损害了启示的前提，背离了基督教教义的基本原则而倒向了亚里士多德的哲学，而所有现代哲学家无疑又会坚决拒斥阿奎那哲学中太多的基督教启示和信仰的前提。不管双方怎么说，阿奎那以其博大的心胸和良好的平衡感，第一次天才地将西方思想中最重要的两大要素，即圣经教义和希腊哲学，完整地融合在一起，构建了一个前所未有的庞大的形而上学知识体系。
可以说，中世纪形而上学体系是以亚里士多德的哲学原则改造和重建已经日渐僵化的基督教教义和神学体系的结果。从奥古斯丁神学到阿奎那神学的发展，实际上有其思想史上内在逻辑和充足理由。简而言之，奥古斯丁从“内在的人”或心理的自我出发，论证了人对上帝的爱与认识之路。这与其说是论证，不如说是信仰的见证，因为这条认识之路的前提是上帝启示在我们心中的光。然而，若我们心中没有接受上帝的启示之光的自然能力，那么，上帝的光照也是徒然，启示就无法获得普遍性的见证。因此，阿奎那神学的进路是在“上帝的启示之光”的前提下走理性的“自然之光”之路，以亚里士多德哲学对基督教的教义和神学进行理性的论证。只有理性主义的论证才能真正地证明基督教的内在信仰和神秘主义的模式所追求的目标，即使对于异教徒也具有明确的普世性和真理性。否则的话，上帝的恩典就将冒着被教会垄断和管制成为教会的特权的危险，上帝的启示也将无法被更多的人见证。
奥古斯丁从内在的人的朝圣之旅见证了作为造物主的上帝的存在。而相对于奥古斯丁，阿奎那从恩典和信仰的精神层面重返自然和理性的理智层面，从自我和内心重返自然的世界，从上帝的光照返回到理性的“自然之光”中，从上帝的启示的真理返回到造物的自然真理。
阿奎那在宇宙论、目的论和存在论三个层面上论证了上帝的存在，确立了“上帝的存在”相对于奥古斯丁的“上帝的爱”作为上帝最重要的属性。这就是阿奎那的学说在基督教神学中所引发的范式的转折。相对于奥古斯丁的信仰主义，阿奎那这一神学范式的转折，继奥古斯丁之后第三次重新奠定了基督教的基础，确立了拉丁基督教的理性主义传统，并为西方现代理性主义确立了方向。
当然，阿奎那理性主义哲学是他的整个神学—哲学体系的一部分，他的神学并不缺少奥古斯丁式的神秘主义，甚至可以说，他的神学核心仍然是奥古斯丁主义的。但是，他的自然神学是奥古斯丁所缺乏的，当然，它不同于希腊神人同形论的自然神学，它仍然是启示神学和教义神学之下的自然神学。忽视阿奎那的神秘主义和教义神学的一面，将其视为一个西方伟大的哲学家，是对这位基督教最伟大的神学家的不公，因为他可能更愿意人们将他尊为一个神学家。不过，尽管他的学说中仍然以基督教教义和神学的内容为主，其表述形式也是典型经院哲学的辩证法的问答模式，但是其建构体系的形式原则、概念分析的术语和推理工具、理性主义的立场等却是亚里士多德式的，比如他的《反异教大全》第一部分的结构可以视为对应于亚里士多德的形而上学、自然哲学、伦理学三个部分，而《神学大全》前两部分的结构也是按照形而上学、自然哲学和伦理学这样的模式建构起来的。不仅哲学的部分大都是取自亚里士多德的术语（比如本质与存在、潜能与实现、形式与质料等），而且，他以存在论的上帝来统摄教义神学和自然神学这两部分的整个形而上学体系建构原则，也来自于亚里士多德的形而上学的理念。按照亚里士多德的形式决定内容的观点，中世纪经院哲学的知识体系决定性的因素是亚里士多德式的。可以说，亚里士多德在西方哲学中至高无上的地位是由阿奎那奠定下来的，当然，亚里士多德的哲学也受到阿奎那的牵累，因为近代哲学为了批判经院哲学首先就要批判经院哲学所尊奉的亚里士多德主义。其实到了14世纪经院哲学晚期，司各脱主义的意志论和奥卡姆主义的唯名论相继兴起，就已经在很大程度上冲破了阿奎那的亚里士多德式的形而上学知识体系的建构原则。