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近代人与自然的二元论的世界观带来哲学上的一个重要转折，就是打破亚里士多德的“理论、实践和技术”的三分法，强调只有人创造的事物才能为人所知，而物自体则不能为人所知。“通过实践和制造而认识”的新科学原理产生出理论与实践相结合的新思维方式。由此，人们厌弃经院哲学出于纯粹理智思辨的乐趣，而没有任何实践的内容，即社会的、政治的、伦理的、宗教的关怀。经院哲学枯燥烦琐的论辩和论证加强了人们对经院哲学这种纯粹理论性的思辨的鄙弃之心。的确，中世纪形而上学体系以其逻辑学和辩证法而见长，但这并不意味着这些逻辑学与形而上学的思辨无关，而那些形而上学的思辨与中世纪的具体文化生活无关，缺乏任何实践的内容和具体的生活的关切。这种脱节是现代与中古的历史错位造成的，而不是中世纪的哲学思想与其历史文化之间的实情。与宗教改革运动诞生于对教会权力和宗教文化的激烈批判之中一样，近代哲学也诞生于对中世纪经院哲学的激烈批判之中，它将中世纪神学和哲学的内容视为教会的教条和意识形态，并日益发展出一套彻底清除神学概念范畴的哲学话语体系和论证方式。于是，中世纪的形而上学的概念范畴看起来就日渐失去了其哲学的和文化的双重实质内容，那些藏在经院和修道院中汗牛充栋的经卷已经成为无人光顾的古董了。
然而，如果将中世纪形而上学及其语言置于中世纪神秘主义的历史文化语境之中，就可以看到中世纪形而上学与中世纪宗教生活和社会生活之间的密切关系更甚于现代哲学与民主社会之间的密切关系。甚至可以反过来说，中世纪形而上学是与中世纪的宗教生活形态关系最密切的哲学反思和神学表述。的确，中世纪的形而上学不是现代西方哲学，中世纪形而上学所反映的生活方式和文化模式也不是今天西方的生活方式，但这并不意味着中世纪形而上学是在象牙塔中钻牛角尖。经院哲学烦琐论辩不仅不是文字上的胡搅蛮缠，而且可以说是西方哲学的重大发展，即采用与20世纪的分析哲学类似的对术语、概念、用法、命题的细致分析技术，通过定义、分类、分层、比较、辩证等方法，以清晰简洁论证严密的命题，解决争论不休的神学教义和哲学思想的问题。
赵敦华所著的《基督教哲学1500年》是国内第一本明确地从20世纪分析哲学的视角推崇中世纪的逻辑和辩证法之作。
亚里士多德哲学大量的术语以及其逻辑学的分析和推理的工具，无疑在极大的程度上推动了经院哲学的论辩范式，在其影响下，阿伯拉尔的论辩术和奥卡姆的“词项逻辑”都算得上是对西方哲学的重要的贡献。中世纪哲学，尤其是它的辩证法和逻辑学，甚至比神秘主义、教阶制、封建制、骑士精神、哥特建筑等更能代表中世纪的文化特征，它是中世纪文化所产生的独特知识形态。对于现代人来说，它就像是一座古老的神殿，虽然已不适合居住和使用，但是其宏大的辉煌气势仍然给人以某种敬重之心。
现代人对中世纪经院哲学的厌弃的一个主要的理由是作为自由民主时代的人不能接受对思想自由的压制，不能接受“哲学是神学的婢女”。不过，对“哲学是神学的婢女”这一经院哲学的命题需要一种思想史的理解，而不是一种意识形态的批判。中世纪神学与哲学之间的关系不能简单视为两种学科之间的关系，也不能简单视为两种文明之间的关系，阿奎那《神学大全》中“信仰与理性”的关系只是说出了哲学与神学的关系的部分真理。实际上，阿奎那的立场正是我们要解释的对象，因而它不能被直接拿来作为我们理解问题的答案。
从思想—文化史的视角来看，神学与哲学的关系并不仅仅是两个学科间的“学科之争”（康德用语），而是文化母体与其文化产物之间的关系。
中世纪的哲学是在整个基督教大一统的文化母体中生长出来的。用黑格尔的话说，基督教神学是那个时代的“时代精神”和“世界精神”。当时没人能够在这一文化母体之外天马行空地进行哲学思考。“信仰与理性”的关系既不是阿维罗伊主义所说的相互独立的双重真理，也不是启蒙主义所认为的“黑暗与光明”，而是一个文化母体之中连续的部分，哲学本身就是基督教文化和教育的一个组成部分。哲学在教会的许可和监督下成为基督教思想的一个组成部分，它被视为有助于深化和护持基督教的教义和神学，因此，基督教并不排斥哲学，但是它时刻警惕哲学演化成异端。中世纪人不可能像后来启蒙时代的人一样成为一个彻底的无神论者，要求他们应该像康德那样沉思纯粹哲学问题，是现代人典型的时代谬误。中世纪思想家都真心诚意地相信，基督教的思想体系已经完备，甚至在哲学上它已经超过了希腊哲学，而作为文艺复兴和启蒙运动的继承人的现代人更愿意将中世纪形而上学和神学仅仅视为教会的意识形态工具，相反，被基督教视为异教的希腊哲学则被视为真正的哲学。从自由民主社会中哲学的存在形态去贬低哲学在中世纪所处的从属于神学的边缘地位，甚至要求哲学在非自由民主的中世纪也具有独立于当时历史文化背景的思想形态及其批判功能，这是典型的历史感贫乏的恶果。
只有抛开三个世纪以来西方狭隘的进步论的寓言图景，设身处地地置于中世纪思想的生存处境和文化视野之中，才能看到中世纪哲学相对于希腊哲学和现代哲学相对独立和完整的思想体系及其从基督教大一统的文化中产生出来的那些鲜明的特点。只有摆脱了进步论的幻象，才能更好地理解中世纪形而上学以基督教教义或神学的论题或语言所表达的思想内容的丰富性，进而能更为历史地考察它在几个世纪世俗化的进程中是如何转化成现代哲学的各种命题的，比如，原罪、堕落、救赎等神学思想内容是如何被转化为现代的自由概念的。
可以说，中世纪的形而上学的典型特征是以神学的概念和话语体系构建了一整套的对存在的秩序的哲学思考。这些哲学思辨的内容并不是以现代人所熟悉的命题方式和话语方式表达的，而是围绕基督教教义或神学的主题进行的。然而，这并不意味着它们是枯燥无聊的，烦琐空洞只是由于根本不能进入中世纪形而上学的历史文化语境而来的浅薄之见。若简单以启蒙主义的意识形态对中世纪形而上学体系进行意识形态的批判，那么，就无法将它置于其历史语境和知识传统中，真正“历史地”理解这一形而上学体系独特的“知识型”（福柯用语），探究它所设置的独特问题和解决问题的独特方式，因而，无非是加强了现代性进步论的自我偏见，而不能在一种异质文化中反思现代性自身的限度和可能性条件。我们探究中世纪形而上学并非简单出于好古博雅的乐趣，而是探究西方现代性早期思想与之决裂的那种西方古典传统。