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但是，这一发展变化并不是决定性的。因为，在这里始终存在一个问题，这就是，在质料和形式之间，哪一个更为基础呢？在对实体的追寻中，应当贯彻的是一种本质主义的思路还是一种还原主义的思路呢？因为，很显然，质料和形式明显地代表着两条不同的认识路线，一条是还原主义的，一条是本质主义的。从而，在这两条认识路线中，哪一条更优越呢？哪一条更能向我们提供关于存在的基本世界图景呢？这就是亚里士多德的问题。正是这个问题把他带入到了对实体的更为深入的探索中，而这也就构成了通常被称之为《形而上学》核心卷的第七、八、九卷的主要内容。
但实际上，早在第三卷中，也就是所谓的“形而上学问题卷”中，亚里士多德已经对此作了深刻的思考。在这一卷的第三章中，亚里士多德这样问道：“在诸本原方面，究竟应当主张种是元素和本原，还是更应当主张每一个事物所由以构成的那些内在的首要的东西是元素和本原？”（998a22-24）在这里，“种”指的是一个事物的定义，而这也就是这个事物的形式规定性；而“每一个事物所由以构成的那些内在的首要的东西”则不是指别的，显然是指构成事物的质料。这样，这个问题实际上也就是在问，究竟形式更是本原，还是质料更是本原。在罗列了两种观点各自不同的理论依据后，亚里士多德明确指出，在这个问题上，不可能两种观点同时主张，因为关于实体的定义只能有一个。这样，很显然，就必须决定，在质料和实体中究竟谁更是实体。可见，这个问题是亚里士多德在建立他的实体理论的过程中的一个非常重要的问题，而这个问题的解决是在第七卷中完成的。
在第七卷第三章，在重新提出在《范畴篇》中早已明确的实体的主体地位原则，即实体是主体之后，亚里士多德核心考虑的就是这个问题，即究竟质料是实体，还是形式是实体。因为，与同样可以充当主体的个体事物相比，二者都更有资格充当主体，因而也就更是实体，但因此也就更需要给出一个明确的判断，即二者之中，究竟哪一个更是实体。从具体的行文来看，亚里士多德的态度是明确的，和在物理学著作时期他在质料与形式这二者的抉择中更倾向于质料的态度不同，在《形而上学》中，他不再赞成质料是实体的观点。他敏锐地意识到质料是实体的思路体现的是一种还原主义的思路，也就是说，对质料的寻求在根本上是一种无限后退的途径，它是不可能有终结的。因为，在原则上，所分解出来的任何一个事物的基本构成成分，都可以进一步分解为一些更为基本的构成成分，从而，即便是恩培多克勒的水、土、火、气四元素，在这种严格的还原主义方法下也并非最终的主体，仍然是可以进一步分解的。这样，如果要为这一分解寻求一个可以停止的终点，那么，毫无疑问，就必须超出这一无限后退的循环，做出一个抽象，即，设定一个最终的主体来作为一切事物的终极载体，而这也就是所谓的原始质料（prime matter），即我们通常所说的“物质”。在第七卷第三章中，通过从具体的物体中抽掉它的各种物理属性和数学属性的方法，亚里士多德得出了这个概念。他这样说：“我所说的质料是那就其本身而言既不是某个东西，也不是数量，也不是其他任何以界定存在的范畴来指称的东西。因为存在着某个东西，这些范畴中的每一个陈述它，它的存在不同于这些范畴中的每一个；因为其他东西都陈述实体，而实体却陈述质料，所以这个终极之物本身既不是某个东西，也不是数量，也不是其他任何东西，它也不是这一切的否定；因为否定也是偶性。”（1029a20-26）这样，质料在根本上就是一个抽象物，它指称的是终极的主体，从而从这个角度来看，它似乎最有资格充当实体。
但是，亚里士多德对此是不满意的。因为，原始质料这一概念只不过是一个根据推理的需要设定出来的最终主体，它的基本特征如上所述就是“无规定性”。从而，从某种意义上说，原始质料就是“无”。虽然，对它的设定是绝对必要的，因为它毕竟为生成与变化提供了一个统一性和连续性的基础，但是，它毕竟不能赋予世界以任何明确的规定性，而对于一种基础存在论来说，正是明确的规定性是重要的。所以，基于这种考虑，亚里士多德在阐述了质料的终极主体的特征之后，却明确地说：“质料是实体；但这是不可能的；因为可分离者和这一个似乎更是实体，因此形式和由这二者构成的东西与质料相比似乎更有可能是实体。”（1029a27-30）这样很显然，对于亚里士多德来说，形式，作为事物的具体的规定性，由于它将事物从本质的层面上予以了明确的规定，从而，它更有资格充当实体，是真正意义上的主体，因为，事物的各种偶性是依附于它的，是对它的陈述，却不是对质料的陈述。
但是，在这里，依然有问题发生，这就是，同样作为事物的形式规定性，究竟是事物的种的规定性更是实体，还是事物的属的规定性更是实体？因为，前者比后者要更为具体，它是针对每一类事物的本质的具体规定，而不同于属只是对事物的普遍的类属加以说明而已。亚里士多德在《形而上学》第三卷中提出了这一问题，并且对此作了非常简明的讨论。他指出假如我们认为只有最普遍的种才是实体，那么，这就意味着，只有“存在”和“一”这两个最普遍的谓词才有资格充当实体，因为，它们是最普遍的，一切都是存在，一切都是一。但是，这样一来，很显然，我们将对各种具体的存在无所认识，也无所说明。因为，一切都将是“存在”，一切都将是“一”，而“存在”和“一”，如亚里士多德所说的，并不是种，从而，并不能够给我们提供关于事物的具体的规定性。这样，很显然，假如我们将普遍性认作是事物的实体，那么，我们势必就会陷入同在对终极质料的追求中所面临的还原主义无限后退的思想难题一样的困境之中，而最终将追溯到“存在”和“一”这样的大而无当的谓词上，导致对事物无所规定。这样，结论必然就是，只有关于具体事物的种的规定性才是真正意义上的实体，而这不是别的，就是
“是其所是”。
这个概念，英译文一般译作essence，即“本质”。从义理上来说，英译文的这一翻译是正确的，因为
这个短语的核心
“是什么”，正是就事物的本质而言的。它表明
的这个“是”不是就事物的其他偶性范畴而言的“是”，而是就事物的本质而言的“是”。在《形而上学》第七卷第四章中，亚里士多德表明了这一点。他说：“定义正像‘是什么’一样是多义的。因为，‘是什么’在一种方式上表示实体和这一个，而在另一种方式上表示每一个范畴，多少，性质，以及诸如此类的其他。因为正像‘是’属于一切，但并不相同，而是有的是在首要的意义上，有的是在次要的意义上，同样，‘是什么’在单纯的意义上属于实体，在特定的意义上才属于其他；……”（1030a17-24）这样，很显然，“是其所是”正是就事物的本质而言的。所以在第四章中，亚里士多德才指出，“是其所是”构成了对事物之自身的真正的定义，它不同于其他偶性范畴对事物的陈述，因为，其他偶性范畴对事物的陈述所陈述的不是事物之自身，而是事物的外在的特征，而只有“是其所是”才是对事物自身的揭示。而假如实体
如我们前面就其本义所分析的，所指的就是事物的本真的存在，也就是所谓的事物之自身，那么，很显然，最符合
这一特点的不是别的，就是“是其所是”。这样，在第七卷中，亚里士多德便表明了，只有“是其所是”才是真正意义上的实体，他这样说：“显然，因此，定义就是是其所是的原理，是其所是要么只属于实体，要么在最大程度上和首要而单纯的意义上属于实体。”（1031a12-14）
但是，对于亚里士多德来说，表明实体就是“是其所是”还不够，还必须考虑它和个体事物的关系。因为，对于亚里士多德来说，尽管质料和形式构成了个体事物内在的结构，而且其形式规定性构成了个体事物的本质，但是，从常识的角度来说，真正实在的并不是抽象的形式规定性，而是具体的个体事物，从而，就必须思考，“是其所是”和个体事物的关系究竟是一种同一的关系还是一种分离的关系。假如是一种分离的关系，那么，“是其所是”就仅仅在思维上具有可分离的存在，从而，它的实在性是不完全的；而假如是一种同一的关系，那么，“是其所是”在构成个体事物的本质的同时也就是个体事物之本身，从而，它便具有完全意义上的实在性，从而才是真正意义上的实体。在《形而上学》第七卷第六章中，亚里士多德以一种特殊的方式讨论了这个问题。他指出，如果我们采取了分离的主张，那么势必会导致两个不可能的结论。第一，会造成在柏拉图哲学中所特有的“第三人”问题。这就是，当我们主张个体事物和“是其所是”是分离的时候，例如，动物和动物的“是其所是”是分离的，我们就必然又要为动物和动物的“是其所是”寻求新的定义，这构成了它们的“是其所是”，但是，这个新的“是其所是”与此前的东西又是分离的，从而，又逼迫我们不得不继续追求新的“是其所是”，如此我们便又陷入到了无穷后退的困境之中。第二，会使个体事物最终成为不可认识的。因为，假如个体事物和作为它的定义的“是其所是”是彼此分离的，那么，这就意味着它们彼此之间没有任何关系，但这样也就取消了“是其所是”对个体事物之本质的定义关系，从而，个体事物并没有得到界定，而且永远也得不到界定（参考第六章1031a28以下）。鉴于这两个极端的困难，亚里士多德便明确地断定，“是其所是”必然是与个体事物相同一的，它就是个体事物之自身。他这样说：“由以上论证可知，是其所是和每一个事物自身不是在偶性的意义上是一且同一的，因为认识每一个个体也就是对是其所是的认识，……”（1031b19-22）因此显然，在首要和就自身而言的意义上，个体之所是和个体本身是一回事（1032a5-7）。这样，“是其所是”就是个体事物之自身，当我们说“是其所是”时，就是就个体事物之自身而言的，“是其所是”由于它和个体事物之自身的这样一种同一性也就获得了它的完满的实在性。这样，对于亚里士多德来说，“是其所是”就是真正意义上的实体，它构成了事物的本质。