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高校思想政治理论课课程改革新方案于2005年出台了。新的课程方案有一些新的特点，其中很重要的一点是综合性，旨在帮助大学生从整体上把握马克思主义。了解这一点，对于我们准确把握和实施好新方案具有重要意义。
从整体上把握马克思主义是由马克思主义理论的整体性决定的。马克思主义是一个完整的理论体系，它的本质和精髓体现在它的整体性之中，体现在它的基本立场、观点和方法中，离开了马克思主义的整体性，即使学习了马克思主义的某些内容，也不能对马克思主义有完整的了解和准确的掌握，不能掌握马克思主义的精神实质。因此，马克思主义理论教育不是一种分门别类的专业教育，而是一种系统性教育，不能搞得支离破碎。
从整体上把握马克思主义也是由高校思想政治理论课的目的决定的。马克思主义不是一个中立的知识体系，而是一个以科学知识为基础的价值观体系。高校开设思想政治理论课的目的不是单纯的知识灌输，而是着力让学生通过学习马克思主义的基本知识来树立科学的世界观、人生观和价值观。因此，不能走知识灌输的路子，而应突出马克思主义的思想性，把着眼点放在帮助学生掌握马克思主义立场、观点和方法上面。马克思主义是朴实的道理，我们应该能够用简短的话语说清马克思主义究竟是什么、到底要干什么。要努力避免把马克思主义搞成烦琐哲学，避免让学生在学习马克思主义时淹没于知识的海洋。
从整体上把握马克思主义是由马克思主义内容的丰富性与高校公共课课时有限性的矛盾所决定的。大学里用来学习公共课的课时是有限的，不能无限膨胀，但又不能因此就降低大学生学习马克思主义的要求。怎么办？只能从整体性上考虑，让学生从整体上把握马克思主义，掌握马克思主义的基本立场、观点和方法，掌握马克思主义的精神实质。
从整体上把握马克思主义也是当代大学生全面准确地学习和把握马克思主义的要求。当代大学生有学习了解马克思主义的愿望，也有一些马克思主义的知识，但对马克思主义的整体和本质特征往往缺少全面准确的把握。帮助学生从整体上了解马克思主义，有助于他们对马克思主义有全面正确的认识，避免和减少片面性。
新的课程方案的设置，体现了马克思主义的综合性和整体性。新方案在原方案的基础上，做了较大的整合工作，形成新的四门课程。
“马克思主义基本原理”课集中体现了新课程方案的综合性，该课是原“马克思主义哲学”和“马克思主义政治经济学”的综合，而且在新课中补充了原来缺少的科学社会主义部分的内容，是对马克思主义基本原理的综合介绍。《〈中共中央宣传部 教育部关于进一步加强和改进高等学校思想政治理论课的意见〉实施方案》在设置“马克思主义基本原理”课基本内容时，明确要求“着重讲授马克思主义的世界观和方法论，帮助学生从整体上把握马克思主义，正确认识人类社会发展的基本规律”。这门课应从三个方面体现马克思主义的整体性：一是在导论中应该对马克思主义的本质特征做出集中概括，使学生一开始就对马克思主义有一个大致的整体性了解。二是应在导论中对马克思主义的发展历程做一综合的介绍，使学生了解马克思主义产生一个半世纪以来的基本过程。三是应在授课时系统展示马克思主义的基本原理。另外，每部分内容的设计安排都应从整体出发，体现理论、历史与现实的综合，使学生用理论与实际相结合的方法来学习、掌握和运用马克思主义。
“毛泽东思想、邓小平理论、‘三个代表’重要思想概论”课将马克思主义中国化的三大理论成果综合在一起，也具有很强的综合性。应该说，不论是毛泽东思想，还是邓小平理论和“三个代表”重要思想，都具有相对完整性的理论形态，都综合地反映了马克思主义与中国实际相结合一定历史时期所取得的多方面的经验和理论成就，本来有必要对它们分别地进行学习和研究，但更要看到，这三大理论成果都是马克思主义中国化这一历史过程的结果，它们之间是一脉相承又与时俱进的关系，更应该从它们的联系中系统学习这一历史进程及其成果。特别是作为高校公共课程，更应该将三大成果的内容加以整合，形成一门完整的综合性课程。
“中国近现代史纲要”作为新增的课程，具有两个方面的突出功能：一是为马克思主义理论特别是中国化马克思主义理论的教育提供历史的依据；二是为社会主义思想道德和法制教育提供历史依据，特别是为爱国主义教育提供历史依据。也就是说，这门新课，可以为其他三门课程提供历史的依据，因而是很重要的。这门课程也具有明显的综合性，体现在三个方面：一是近代史与现代史的综合，它不只是讲逐渐远去的近代史，而且也讲延续至今的现代史，始终从历史的发展中给学生提供启示。二是全程性线索与重点性事件相结合。这门课主要不是详细地全面介绍历史知识，而是着力掌握中国近现代史发展的总体进程，把握中国近现代史发展的基本规律和趋向，因此它提供的是历史发展的粗线条，同时也点缀着对若干重点事件的较为详细的述评。三是史论综合，以史带论。作为一门思想政治理论课，这门课虽然是一门历史课，但它不只是讲历史事实，还要讲历史价值观，对历史事件做出正确的阐释，从中得出政治上理论上的合理结论。
“思想道德修养和法律基础”由原有“思想道德修养”与“法律基础”两门课合并而成，综合性更强了。它首先体现为道德教育与法制教育的综合。道德与法律是维系社会的两种不同手段，是治理国家的两个不同的方略。由于二者明显不同的特点，人们往往易于把二者分离开来考虑。党中央“依法治国”和“以德治国”相结合的治国方略的提出，使人们越来越深刻地认识到道德与法律相辅相成、不可或缺的关系。把它们合而为一，虽然有些技术性问题需要进一步处理，但从根本上讲是具有长远意义的。同时，这门新的课程不仅要对学生进行马克思主义道德观和法制观教育，而且还要进行人生观、心理健康等方面的教育，是非常典型的综合性课程。
“马克思主义基本原理”课集中体现着从整体上把握马克思主义的要求。这门课基本内容的安排应该摆脱“理论拼盘”式的教学体系，突出马克思主义基本原理的整体性。
“马克思主义基本原理”教学体系设计的关键，在于如何把马克思主义三个主要组成部分即哲学、政治经济学和科学社会主义的内容整合起来，形成一个有机的体系。由于长期以来这三个部分都是分别加以研究和阐发的，因而每一个组成部分本身都形成了一个完整的理论系统，并形成比较稳定的教科书体系。至于这三个主要组成部分之间的关系，学术界虽然也有一些原则性的研究和阐述，但对如何实现三者内容的有机整合，形成统一的教学体系，还未有成熟的意见。
在这个问题上应该注意两个方面：一方面，无论是“马克思主义基本原理”的理论体系还是教学体系，都是以马克思主义三个主要组成部分及其关系为主体内容和总体架构的。不能抛开马克思主义三个主要组成部分去安排“马克思主义基本原理”的内容，不能抛开马克思主义三个主要组成部分之间的关系去设计“马克思主义基本原理”的体系架构。事实上，马克思主义三个主要组成部分之间的联系，已经预示或体现出“马克思主义基本原理”的粗略结构和体系轮廓，即辩证唯物主义和历史唯物主义作为世界观和方法论基础处在体系的前端，科学社会主义作为基本结论处在体系的后端，而政治经济学作为哲学指导下对资本主义的经济解剖和对社会主义的实际论证处在体系的中间。这样的体系架构是不可避免的，也符合马克思主义本身的历史和逻辑。另一方面，这样的顺序并不等于把原来形成的三个组成部分各自的体系照搬过来，并机械地拼接，形成一个理论拼盘，而应把三个主要组成部分的基本内容加以贯通地研究，打破每个组成部分自身原有的体系，从马克思主义整体构建的高度重新设计每一部分的内容及其表述方式。比如，在“马克思主义基本原理”中，哲学部分的内容究竟需要设计几章，哪章在前，哪章在后，不能依据哲学原理的体系，而应从照应马克思主义基本原理的要求出发。政治经济学部分的内容安排，也不应以原有的政治经济学体系为依据，而应从总体系需要出发，淡化政治经济学色彩，强化马克思主义对资本主义社会进行的分析研究及其历史结论。科学社会主义内容的安排，同样也是如此。
在“马克思主义基本原理”中，贯通三个主要组成部分的主题线索，就是马克思主义关于社会发展规律的理论。教学体系从外部世界的客观存在及其与人的相互关系入手，进入人类社会的发展一般规律和动力的内容，再转入资本主义社会及其发展规律的内容，再进入社会主义社会形成发展的内容，最后进入共产主义社会基本特征及实现必然性的内容。这是一个非常流畅的主线索，抓住了这一线索就掌握住了马克思主义基本原理体系展开的逻辑步骤。
“马克思主义基本原理”课中，在绪论部分就需要对马克思主义的本质特征做出集中的概括，简要说明马克思主义是什么。这对于大学生一开始就大体上了解马克思主义的总体特征，并进而为以后全面学习基本原理打下一个基础是很必要的。
那么，怎样概括马克思主义理论的本质特征呢？2003年7月1日，胡锦涛同志《在“三个代表”重要思想理论研讨会上的讲话》中，从四个方面做了概括：“辩证唯物主义和历史唯物主义的世界观和方法论，是马克思主义最根本的理论特征”；“实现物质财富极大丰富、人民精神境界极大提高、每个人自由而全面发展的共产主义社会，是马克思主义最崇高的社会理想”；“马克思主义政党的一切理论和奋斗都应致力于实现最广大人民的根本利益，这是马克思主义最鲜明的政治立场”；“坚持一切从实际出发，理论联系实际，实事求是，在实践中检验真理和发展真理，是马克思主义最重要的理论品质”。这种概括是马克思主义整体研究的重要成果，对于我们帮助大学生从整体上掌握马克思主义具有重要的指导意义。胡锦涛同志概括的马克思主义四个特点，应该成为绪论中的重点内容。
广大教师应深入学习和领会这一理论概括，把它运用到教学过程中去。在这个过程中，可以重点把握四个环节：一是马克思主义的价值追求，二是马克思主义的科学体系，三是马克思主义的实践品格，四是马克思主义的开放特性。首先应让学生了解马克思主义是干什么的，这就要讲马克思主义的价值追求。从这个方面来说，马克思主义是为工人阶级和广大劳动群众的解放服务的，以为人民群众服务为政治立场的，以全人类的解放和人的全面而自由的发展为价值目标的，以实现共产主义社会制度为最终理想的思想体系。其次，应让学生了解，马克思主义不只是一种利益愿望的表达和意识形态诉求，而是具有坚实的科学基础、合理的科学内容和严整的科学体系。在这里应该向学生讲清马克思主义的科学性质，并简略介绍马克思主义理论体系的构成。再次，让学生了解马克思主义不只是一种科学的理论和价值追求，还是一种改造世界、变革现实的实践力量。停留在书斋中，仅仅在理论中打圈子，回避现实，维护现状，就不是真正的马克思主义。向学生讲清马克思主义的实践性，讲明理论与实践的结合是马克思主义的突出特点。最后，还要让学生了解马克思主义是随实践而不断发展的，与时俱进是马克思主义的理论品格。
在讲授马克思主义本质特征时，最重要的就是在科学性与价值性（或革命性）的统一中把握马克思主义，使学生理解二者的内在统一是马克思主义最本质的特征。
马克思主义的整体性还表现在其历史过程和历史形态上。马克思主义产生于19世纪40年代，到现在一个半世纪多了。它从产生时起，就处在传播和发展中。它经历了在外国的发展，也经历了在中国的发展。而且在不同的发展阶段，在与各国具体实际相结合的过程中，形成了不同的理论形态。从整体上把握马克思主义的发展过程和发展阶段，了解马克思主义在不同发展阶段上的理论成果及其相互关系，总结马克思主义历史发展的基本特点和规律，是从整体上把握马克思主义的非常重要的一个方面。
新的课程设置方案较明显地突出了马克思主义发展的整体性及其教育。首先，在“马克思主义基本原理”课程中，在绪论中有对马克思主义产生和发展过程的总体描绘，有对马克思主义几个大的发展阶段基本内容的介绍。其次，在“毛泽东思想、邓小平理论和‘三个代表’重要思想概论”课中，突出地体现出马克思主义与中国实际相结合的总体过程，体现出马克思主义中国化三大理论成果之间的内在联系。最后，“中国近现代史纲要”课程也为马克思主义在中国的传播和发展提供了历史的背景。这几个课程相互结合，共同提供了马克思主义历史发展的完整画面，特别是马克思主义在中国运用和发展的更为详细的画面。
为了能从历史发展的整体上讲授马克思主义，广大教师和理论工作者还应该努力对马克思主义发展史进行研究，努力研究马克思主义发展的特点和规律。比如，马克思主义理论的发展与其在空间上的传播相互促进；马克思主义与各国具体实际结合而在创造性运用中实现自身的发展；马克思主义的发展是在与错误思潮和反马克思主义思潮斗争中实现的；马克思主义的发展是与社会主义实践的推进相联系的过程；马克思主义的发展伴随着某种分化和综合的过程；马克思主义发展的高潮与低潮的交替；等等。
课程建设需要学科建设作为依托，综合性的思想政治理论课程需要综合性的学科支撑。马克思主义理论一级学科的设立就解决了这一问题，具有重要的意义。《中共中央宣传部教育部关于进一步加强和改进高等学校思想政治理论课的意见》提出：“学科建设是加强和改进思想政治理论课的基础。思想政治理论课教育教学所依托的学科是我国特有的一门政治性、科学性和实践性很强的学科，只能加强，不能削弱。设立马克思主义一级学科，开展马克思主义理论体系研究，开展马克思主义发展史、马克思主义中国化研究，开展思想政治教育研究，为推进党的思想理论建设和巩固马克思主义在高等学校教育教学中的指导地位，为加强高校思想政治理论课建设，培养思想政治教育工作队伍提供有力的学科支撑。”
值得注意的是，这门马克思主义理论一级学科具有突出的综合性。它不是简单地把原来哲学一级学科下的马克思主义哲学、经济学一级学科下的马克思主义政治经济学以及政治学一级学科下的科学社会主义拢在一起，构成一个一级学科，而是重新设置一个全新的综合性的学科，旨在对马克思主义进行综合性的研究。在这个一级学科下面，二级学科不再是对马克思主义哲学、政治经济学和科学社会主义的分门别类的研究，而是从综合性上考虑，重新设置几个综合性的新的二级学科，比如马克思主义基本原理、马克思主义发展史、马克思主义中国化研究、国外马克思主义研究、思想政治教育等。这样的学科设置和学科建设，对于加强对马克思主义的综合性整体性研究，对于培养具有马克思主义理论综合素质的骨干教师和各类人才，对于确保新的课程方案的高效实施和课程建设长效机制的形成，帮助学生从总体上、精神实质上学习马克思主义，具有非常重要的意义。
新的思想政治理论课各门课程的建设，必须全面依托新设立的马克思主义理论一级学科。加强对马克思主义基本原理的综合性研究，全面学习和掌握马克思主义哲学、政治经济学和科学社会主义的基本内容，把握马克思主义的科学体系；加强对马克思主义发展史的研究，系统学习马克思主义发展的历史过程，努力概括马克思主义发展的基本特点和一般规律，不断总结马克思主义发展中的经验教训；加强对马克思主义中国化过程和规律的研究，使学生能够更好地理解毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想一脉相承又与时俱进的关系；加强对国外马克思主义现状的跟踪研究，把马克思主义中国化过程放在马克思主义世界性发展的大背景下，考察这一过程的特点和规律，更好地使学生从世界性视野学习掌握中国化的马克思主义；加强对思想政治教育的研究，使马克思主义理论研究与马克思主义理论的教育结合起来，把研究成果运用转化于对大学生的教育之中，使大学生树立马克思主义的科学世界观、人生观和价值观。
当然，新四门思想政治理论课的建设除了马克思主义理论一级学科之外，同时还要依托作为独立二级学科的马克思主义哲学、政治经济学、科学社会主义与国际共产主义运动等，依托作为历史学科的中国近代史和中国现代史等，以及一些间接的相关学科，所有这些学科依托都会综合性地发挥作用，促进思想政治理论课的建设和发展。