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董仲舒政治思想的问题意识是围绕什么展开的？《史记·儒林列传》曰：
董仲舒，广川人也。以治《春秋》，孝景时为博士。下帷讲诵，弟子传以久次相受业，或莫见其面，盖三年董仲舒不观于舍园，其精如此。进退容止，非礼不行，学士皆师尊之。
董仲舒殚精覃思者，何也？去秦制。此实为秦汉以来儒者之共同志向。
秦之立国精神，在由余贡献于秦穆公之“一国之政犹一身之治”（《史记·秦本纪》），打破封建的多中心结构，抟聚万民为一体。自商君以来之法家，为达成此一政治目标提供了制度和技术，最终到秦始皇，建立了一套空前的绝对皇权政制：皇帝享有不受任何约束的权力，分布在郡县、乡里控制体系内的官吏，以刑律为手段，直接控制民众。
商鞅时虽禁止私学，但秦灭六国后，不能不重视东方之学术，故儒生也曾以博士身份进入政治过程，参与决策。比如，丞相绾、御史大夫劫、廷尉斯曾与博士共同商议，提出以“泰皇”为号的建议。《史记·封禅书》记载，秦始皇欲封禅泰山，曾征求众儒生意见。
于是征从齐鲁之儒生博士七十人，至乎泰山下。诸儒生或议曰：“古者封禅为蒲车，恶伤山之土石草木；扫地而祭，席用葅稭，言其易遵也。”始皇闻此议各乖异，难施用，由此绌儒生。
儒生与秦始皇发生冲突：儒生建议秦始皇采用封禅之古礼，旨在恢复古典祭祀之礼，使秦始皇敬天，土石草木皆为天所生，不敢伤土石草木便是敬天之意。
这一建议被秦始皇断然拒绝。至少自尧舜时代，历代王者均敬天，以为最为崇高的祭祀对象。然而，秦始皇不敬天，《史记·秦始皇本纪》所收秦始皇巡守各地所勒之铭，文中罕有“天”字，这与周代文献形成鲜明对比。而儒生敬天，故两者发生冲突。秦始皇最终采用“太祝之祀雍上帝所用”，也即坚持采用秦人之礼。
此后，儒生与秦制发生重大冲突，秦始皇三十四年（213年）：
始皇置酒咸阳宫，博士七十人前为寿。仆射周青臣进颂曰：“他时秦地不过千里，赖陛下神灵明圣，平定海内，放逐蛮夷，日月所照，莫不宾服。以诸侯为郡县，人人自安乐，无战争之患，传之万世。自上古不及陛下威德。”始皇悦。博士齐人淳于越进曰：“臣闻殷周之王千余岁，封子弟功臣，自为枝辅。今陛下有海内，而子弟为匹夫，卒有田常、六卿之臣，无辅拂，何以相救哉？事不师古而能长久者，非所闻也。今青臣又面谀以重陛下之过，非忠臣。”始皇下其议。（《史记·秦始皇本纪》）
周青臣认为，秦始皇之最伟大功业在于废封建，立郡县。而博士齐人淳于越认为，这恰恰不是“长久”之计。欲长久，不能不“师古”，也即复封建，回到三代。儒生在秦始皇时代就已提出此后一百年儒家思想展开之两大主题：复古更化，以求长久。
看得出来，秦始皇最初尚在这两种意见之间摇摆，李斯则断然反对复封建。针对儒生怀疑宪制之议论，李斯进而提出焚书之议。后又有坑儒之事。
至此，秦与儒生彻底决裂。孔子于礼崩乐坏之际“祖述尧舜，宪章文武”（《中庸》），删述六经，传之弟子。此为高度成熟的知识体系及立足于三代治道之儒家治理之道。任何治国者，为求秩序稳定，不能不用儒生之知识。秦扫灭六国之初，儒生也确实得以进入宪制结构中。但秦制与儒家治理之道相悖，身在秦制中的儒生，自然希望改造秦制，他们抓住各种机会，展开这一事业，却最终没能成功。《史记·儒林列传》谓：
及至秦之季世，焚《诗》《书》，坑术士，六艺从此缺焉。陈涉之王也，而鲁诸儒持孔氏之礼器往归陈王。于是孔甲为陈涉博士，卒与涉俱死。
此一事件可见儒生与秦制之间，势如水火。
不幸的是，“汉承秦制”，刘邦兴汉，重建秦制。儒生乃延续秦朝儒生之志业，继续推动复古更化。汉儒首揭此义者为陆贾。《史记·郦生陆贾列传》记载：
陆生时时前说称《诗》《书》。高帝骂之曰：“乃公居马上而得之，安事《诗》《书》？”陆生曰：“居马上得之，宁可以马上治之乎？且汤武逆取而以顺守之，文武并用，长久之术也。昔者吴王夫差、智伯极武而亡；秦任刑法不变，卒灭赵氏。向使秦已并天下，行仁义，法先圣，陛下安得而有之？”高帝不怿而有惭色，乃谓陆生曰：“试为我著秦所以失天下，吾所以得之者何，及古成败之国。”陆生乃粗述存亡之征，凡著十二篇。每奏一篇，高帝未尝不称善，左右呼万岁，号其书曰《新语》。
刘邦申明，自己的统治权以“打天下”方式取得。陆贾承认这一事实，但指出，治天下完全不同于打天下，马上固然可以打天下，却不能马上治天下。夫差、智伯迷信武力，试图以武力维持秩序；秦始皇迷信刑罚。这两者都是马上治天下：统治者单纯使用暴力，以被统治者对暴力的恐惧确保其服从。陆贾相信，此非“长久之术”。
“长久”这个词触动了汉高祖，略有责任感的开国者，无不希望统治长久。陆贾首先指出秦未能长久的原因，进而指出儒家能够提供长久之术。儒家固然无助于打天下，但一旦治天下而欲长久，就不能不回归儒家。
陆贾提出的长久之术是“行仁义，法先圣”。两者都在于去秦制。但对于具体如何做，陆贾似乎没有完整的方案。其后，叔孙通为汉家制礼仪，稍稍恢复了礼乐。
其后又贾谊著《过秦论》，其主旨与陆贾相同，谓扫灭六国之后：
秦王怀贪鄙之心，行自奋之智，不信功臣，不亲士民，废王道，立私权，禁文书而酷刑法，先诈力而后仁义，以暴虐为天下始。夫并兼者高诈力，安危者贵顺权，此言取与守不同术也。秦离战国而王天下，其道不易，其政不改，是其所以取之守之者[无]异也。孤独而有之，故其亡可立而待。借使秦王计上世之事，并殷周之迹，以制御其政，后虽有淫骄之主而未有倾危之患也。（《史记·秦始皇本纪》）
秦固可以诈力取天下，但得天下之后，即当易道、改政，论上世之事，也即复古，行仁义，方能长久。而秦没有这样做，故而不能长久。
贾谊指出，汉立国二十余年，也没有完成这种转型，故贾谊忧心忡忡，并提出完整的复古更化方案：
贾生以为汉兴至孝文二十余年，天下和洽，而固当改正朔，易服色，法制度，定官名，兴礼乐，乃悉草具其事仪法，色尚黄，数用五，为官名，悉更秦之法。孝文帝初即位，谦让未遑也。诸律令所更定，及列侯悉就国，其说皆自贾生发之。于是天子议以为贾生任公卿之位。绛、灌、东阳侯、冯敬之属尽害之，乃短贾生曰：“洛阳之人，年少初学，专欲擅权，纷乱诸事。”于是天子后亦疏之，不用其议，乃以贾生为长沙王太傅。（《史记·屈原贾生列传》）
贾谊主张改制，提出系统方案，“悉更秦之法”，复殷周之迹象，其所重者在礼制。贾谊之学在礼学。然而，贾谊之方案，亦告失败。
再后，汉武帝初即位，年幼的天子也尝试改制，但立即遭到以窦太后为首的实权派弹压，同样失败。所以，改制仍是汉代政治需要解决的问题。
董仲舒思考之问题，仍然是去秦制。这从对武帝策中可以看得非常清楚。董仲舒的基本命题是“王者承天意以从事，故任德教而不任刑”（《汉书·董仲舒传》），并据此分析秦制之失：
圣王之继乱世也，扫除其迹而悉去之，复修教化而崇起之。教化已明，习俗已成，子孙循之，行五六百岁尚未败也。至周之末世，大为亡道，以失天下。秦继其后，独不能改，又益甚之，重禁文学，不得挟书，弃捐礼谊而恶闻之，其心欲尽灭先王之道，而专为自恣苟简之治，故立为天子十四岁而国破亡矣。自古以来，未尝有以乱济乱，大败天下之民如秦者也。其遗毒余烈，至今未灭，使习俗薄恶，人民嚚顽，抵冒殊扞，孰烂如此之甚者也。孔子曰：“腐朽之木不可雕也，粪土之墙不可圬也。”（《汉书·董仲舒传》）
汉初儒家，包括董仲舒，见证了专任刑罚的秦制之现实运转效果。可悲的是，汉初仍沿用秦制：
今汉继秦之后，如朽木粪墙矣，虽欲善治之，亡可奈何。法出而奸生，令下而诈起，如以汤止沸，抱薪救火，愈甚亡益也。窃譬之琴瑟不调，甚者必解而更张之，乃可鼓也；为政而不行，甚者必变而更化之，乃可理也。当更张而不更张，虽有良工不能善调也；当更化而不更化，虽有大贤不能善治也。故汉得天下以来，常欲善治而至今不可善治者，失之于当更化而不更化也。（《汉书·董仲舒传》）
在秦制下，刑法之强制力似乎还借助恐惧感控制着人心。秦亡之后，汉承秦制，却缺乏秦之强制力，其结果便是无耻之心普遍爆发。社会上下均争逐于物质利益，主要包括权力、金钱。在这种情况下，政令总是会被官吏、民众转用来牟利。董仲舒指出，终结这种局面，不能不立刻“更化”：
古人有言曰：“临渊羡鱼，不如退而结网。”今临政而愿治七十余岁矣，不如退而更化，更化则可善治，善治则灾害日去，福禄日来。《诗》云：“宜民宜人，受禄于天。”为政而宜于民者，固当受禄于天。夫仁谊礼知信五常之道，王者所当修饬也；五者修饬，故受天之祐，而享鬼神之灵，德施于方外，延及群生也。（《汉书·董仲舒传》）
董仲舒之全部政治主张，就是更化。不更化，则社会难以稳定，统治难以长久。更化，则可有善治。
董仲舒思想之贡献就在于，以《春秋》公羊学之思想想象力，突破改制之观念藩篱，而提出更为灵活因而可行的更化方案。更化不同于改制，更化看起来更为柔性，但实则有助于国家精神与治理模式之全面转换，社会治理模式从“任刑罚”转向修饬“仁谊礼知信五常之道”，并致力于重组社会领导群体，以此重构制度。
更化以去秦制，达致善治，此即董仲舒思考之出发点。历史事实是，董仲舒之方案，或更广泛而言《春秋》公羊学之更化方案，为武帝所采纳，且持续发挥作用，最终颇有成就，塑造出一种全新的制度。这固然因为时运恰当，也因为董仲舒之思考方式及其义理体系更有力量。