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整个中世纪形而上学体系建构的原则可分为两种非常不同的方式，一种我们可以叫做“存在论的方式”，一种可以叫做“意志论的方式”
。存在论的方式是遵循亚里士多德的存在论的基本范畴去规定上帝的神性，上帝从哲学上被设定为“必然的存在”、“最完美的存在”、“最高的存在”、“最实在的存在”、“无限的存在”、“永恒的存在”、“自因的存在”等等；而意志论的方式是中世纪晚期唯名论者司各脱和奥卡姆所持有的作为绝对自由和绝对意志的上帝概念。存在论的上帝概念和意志论的上帝概念是性质非常不同的两种上帝的神性（即上帝的理智和上帝的意志）的规定，它们在被分裂之前一直被统一于一个上帝的名下，而对于希腊哲学来说，理智的神和意志的神的统一是不可想象的。
阿奎那以亚里士多德的各种存在论范畴来描述上帝及其神性，其所造成的思想史的效果是双重的：一方面使基督教神学思想冒着脱离圣经的见证以及教会教义的危险，脱离上帝的启示的权威和基督徒的信仰经验的危险，对基督教启示神学造成巨大的冲击；另一方面，作为造物主的上帝也给希腊的存在论带来了一种超越的形而上学视野，这一超越的视野远远超过了亚里士多德思考物理学和形而上学所能达到的领域，也超过了他在描述天体及其运动时所能达到的高度。正是由于造物主的上帝的出现，存在的各个范畴和各个领域才前所未有地被统一起来，被建构成一个统一的奠基性的知识体系。亚里士多德虽然提出了第一推动者的概念，但是在给世界以最初的推动之后，第一推动者就不再干预世界，世界保持其自身的永恒性。这意味着，在这个世界之中没有任何创世的行动，也没有基督教所信仰的奇迹。无疑，亚里士多德这种哲学立场与基督教的创世论是无法调和的。但是，阿奎那的确调和了亚里士多德的哲学和基督教的神学，他从基督教的前提出发，相信上帝创造了世界，并且，这个世界是善好的，与此同时，他将整个亚里士多德的存在论范畴用于描述上帝所创造的这个世界。
阿奎那之所以部分成功地调和了亚里士多德的形而上学和基督教的教义和神学，应该归功于他对圣经中上帝所做的存在论范畴的论证，并使“上帝的存在”成为上帝的第一属性，而“上帝的存在”在基督教的创世论的教义中是信仰的主题。于是，阿奎那通过将基督教的自然神学部分与希腊的自然哲学结合，进而将启示神学或神秘主义的上帝转化为自然神学视野中的上帝，将圣经中的上帝转化成存在论思辨中的上帝。对阿奎那的思想采取偏向于阿维罗伊主义的解释时，老奥古斯丁主义者们就正确地看到了他正冒着将信仰转化为知识并被人的自然理性和知识所取代的巨大危险。但是，阿奎那部分成功地将基督教神学建构为一个庞大的形而上学知识体系，是基于他从不同的方向上捍卫奥古斯丁和安瑟尔谟的“信仰寻求理解”的原则的信念，因为信仰只是信徒的入门，若没有理性所巩固的真理，则信仰会沦为迷信，启示会沦为虚妄；只有通过理性的论争，才能使信仰既成为理解的前提，也成为理性探求的归宿，这才是“信仰寻求理解”的真谛。
且不管阿奎那对于基督教神学的是非功过，至少从西方文明的效果历史来看，他部分成功地将上帝及其神性的神学范畴以哲学的方式进行了论证和检验，建构了整个形而上学知识体系。而按照冯肯斯坦(Amos Funkenstein)在《神学与科学的想像》中的观点，全在、全能与绝对意志（神意）的上帝也给哲学带来截然不同于希腊哲学的崭新视野.17世纪的现代物理学革命和历史意识革命的基本观念正是从基督教的上帝的全在、全能与绝对意志（神意）等自然神学概念所引发的思想张力而来：上帝的全在为现代物理学和时空观奠定了基础；上帝全能的力量为现代的逻辑必然性观念和科学规律的观念奠定了基础；上帝的神意为现代历史意识奠定了基础。
总之，没有基督教的自然神学所提供的思想张力，没有基督教的上帝概念所激发的想象，没有基督教的创世的概念所引发的“创造”的观念，就不可能全面引发17世纪的现代自然科学和政治科学中的革命。因此，相对于其他的基督教思想遗产，如意志、自由、人性、人格、精神等概念，中世纪经院哲学中的上帝概念乃是西方哲学和西方文明中影响最为深远的范畴。
正是中世纪经院哲学发展出存在论的上帝概念的全部复杂性，激发了中世纪在形而上学上对单义性、同质性、统一性、必然性、可能性、偶然性、无限性、终极因、实体性、形式化、个体性等重要哲学范畴的深刻思考，这些哲学范畴很难直接从希腊哲学中直接引出来，它们乃是中世纪形而上学的伟大成就。上帝的概念以及创世论学说给西方思想带来希腊哲学闻所未闻的新思维方式。看似枯燥空洞的经院哲学的辩证法和逻辑学，看似对上帝的神性的抽象思辨，却激发了西方哲学最重要的那些概念和观念。没有这些基本概念和观念，就不可能有17世纪物理学和自然科学的革命，就不可能有整个近现代西方哲学的那些基本范畴。中世纪的基督教大一统的教会体制及其意识形态在启蒙运动之后已被视为历史的垃圾，但是，人们往往也因此而忽视了中世纪形而上学对于现代哲学的意义。人们经常说，笛卡尔的形而上学沉思、帕斯卡的沉思、马勒伯朗士的直观上帝、莱布尼茨的神义论、康德的实践理性的公设等仍然深受基督教思想的深刻影响，并以此论证中世纪哲学对近代哲学的影响，这种论证方式与其说是证明中世纪思想的深刻影响，不如说是反倒证明了整个近现代西方哲学是一个清除中世纪形而上学残余的过程。但是，如果采取布鲁门伯格的《近代的正当性》和冯肯斯坦的《神学与科学的想像》那种思想史的考察方式，我们就会看到中世纪思想是15世纪至17世纪西方近代哲学和近代自然科学的思想源头，近代哲学和科学在很大的意义上是对经院哲学的理性主义和科学主义的态度以及中世纪晚期唯名论思想的彻底推进，而不是全然断裂。
存在论上和意志论上的上帝概念是中世纪形而上学体系的顶端，也是其核心。整个中世纪形而上学体系都是围绕上帝及其神性而建构起来的。从存在论来说，上帝是整个存在秩序的根据、基础和目的。根据形式或实体的等级，整个存在的链条就分为上帝、自然（或世界）和人（及其社会）三个不同的领域或层次，其中上帝是统一人与自然的基础，而整个形而上学体系就相应地分为神学、自然哲学和人类学三部分，其中神学乃是体系最重要的部分，而神学中最重要的部分又是以存在论论证的创世的上帝概念。
存在论的上帝概念是希腊哲学中也有的，但是，创造世界的上帝概念却是希腊哲学所未曾设想的。柏拉图的《蒂迈欧篇》(28c,41a c)中的上帝的确是一个造物主，但是，他更接近于一个工匠，因为他是一个理念的神，而且他也不是独一的神。亚里士多德的《物理学》（Ⅷ，6)中的上帝不限于工匠的上帝，他是一个“不动的推动者”，但是，也是“纯粹的实现”、“思想的思想”，是一个纯粹的思想中的神或纯粹思想的神，是一个使存在之为存在的神。只有犹太民族确立了“我们的主只有一个”（《旧约·申命记》，6:4)的原则，并确立了“我是自有永有者”（《旧约·出埃及记》，3:14)的上帝概念。用哲学的话来说，他就是自因的上帝，他就是存在本身。只有在这一上帝概念之上才能建立起整个存在秩序的形而上学体系，而以纯粹思想的“善的理念”和“存在之为存在”则无法建立人与自然、地上与天体之间统一的存在秩序，因为在这些分立的领域之间缺少一个能统一它们的超越性的根基和目的。
司各脱在《论第一原理》
中将作为存在本身的上帝概念视为基督教的“第一原理”。作为存在本身的上帝是最完整、最完满、最完全、最完美的存在，没有任何的虚无或非存在，也没有任何生成和事件，也没有任何潜能和未实现的，因此是纯粹的存在和纯粹的实现。上帝的“自有”或自在性(aseity)决定了上帝就是自因的存在。只有在上帝之中，本质和存在或根据与存在才是合一的，上帝自身存在就是他的本质或根据。上帝就像是柏拉图在《会饮篇》中所描述的理念的大海一样，至大无外，至小无内，他完满地呈现他自己，成为普遍的存在和无限的存在。由此可见，从作为“自在”的上帝的概念也可以推出“无限”的上帝的概念。
对于希腊哲学来说，无限是不完满的，因为没有限度和不确定的事物只能是虚空，完满都是在封闭的有限的空间中实现的，就像在一个封闭的球体或一个封闭的城邦一样。希腊哲学无法设想“存在”高于“善的理念”，其根本原因就在于希腊哲学中的存在概念是一个有限的存在，一个在其有限中实现其完满的目的的存在。基督教的创世的上帝概念完全突破了有限性的观念，带来了“无限”和“超越性”这样的崭新的哲学观念，也带来了存在的统一性的新观念。亚里士多德只能在一种类比的意义上设想“存在的统一性”，但是，基督教的上帝概念却可以在创世、存在本身、至善和无限这些意义上建立存在的统一性。
按照亚里士多德的概念来说，上帝就是没有任何潜能的纯粹的实现，是包含一切内容的纯粹形式，是超越一切有限的无限，因而也是超越一切不完美的完善、完满和完美。安瑟尔谟在《宣讲》中以及笛卡尔在第三沉思和第五沉思中的上帝存在的论证，实际上都隐含着这样一个基督教原理，即上帝的存在本身就是无限完美的存在，只有上帝才能称得上是所有完美的存在中最完美的，因此，能从我们内心具有完美性这一上帝的观念推出上帝的存在。
要想摧毁这一存在论的论证，就要像康德在《纯粹理性批判》中所做的那样，首先摧毁“无限完美性”的观念，其次还要摧毁唯实论的存在概念，将“存在”彻底唯名论化和物质实体化，将其仅仅视为时空中的纯粹知性范畴。也就是说，存在的秩序应该完全局限于时空框架之内，基督教世界所信仰的“存在的秩序”完全超乎人的知性能力限度之外，只能作为理性所要求的调节性的理念而存在，即作为人的实践理性的公设而存在。我们必须将康德这种批判视为牛顿物理学革命所导致的自然与人的世界的二元论的结果，而在此之前，古典世界完全有充分的理由将自然与人的世界视为以作为存在本身的上帝为核心的包括上帝、自然和人在内的整个“存在的伟大链条”上前后连续的一部分。这一存在的秩序的观念就已经包含在“上帝作为存在本身，上帝作为无限的完满的存在，上帝作为必然的存在”这些概念之中了。
在阿奎那看来，安瑟尔谟以上帝的完满性观念证明上帝存在实际上只是一个归纳式的证明，而不是一个演绎的证明；只是一个先天的证明，而不是一个后天的证明。它既不能证明上帝的存在必然包含于上帝的完满性观念之中，而且也不适用于那些内心没有这种观念的人。要理解安瑟尔谟这种奥古斯丁式证明的缺陷，我们就必须揭示出他们自认为已充分论证的信心中所隐含的前提。在安瑟尔谟的论证中所依赖的前提就是，上帝作为存在本身是自在的，也是自明的，其存在是我们能够理解任何事物存在的前提，因为所有的事物都在上帝之中有其存在的根据和本质。如果不是由于作为存在本身的上帝的存在，所有的事物就不能存在，而如果不借助作为存在本身的上帝之光，我们也不能理解任何存在。安瑟尔谟关于上帝的存在的论证与其说是要证明上帝在世界中的必然存在，毋宁说是要证明如何认识上帝作为最完满的存在的神性。要理解这些哲学论证的意义，我们看重的不是其逻辑论证的荒谬或不合法，而是要从思想史的视角揭示其论证和判断的观念前提和文化信念，也就是揭示出设定这些哲学问题的“前理解的语境”，揭示出这些哲学问题赖以成立的基本概念和基本观念及其整个知识体系的原则。
阿奎那的上帝的存在的论证与安瑟尔谟的论证方式颇为不同，他的上帝的存在的证明恰好将安瑟尔谟的论证所隐含的那些内涵和前提一一澄清出来。阿奎那的五个论证（第一论证的推动因，第二论证的动力因，第三论证的自因，第四论证的最完善性，第五论证的目的因）都采取了亚里士多德的存在论的论证方式，但却有着完全不同于亚里士多德的神学内容，即上帝的创世。第一论证看起来用的是亚里士多德“第一推动者”的论证，实际上表达的却是基督教“以爱推动世界”的上帝。“以爱推动世界”的推动者其推动因乃是目的因，而不是亚里士多德哲学中的动力因。第二论证的第一动力因论证的是，上帝是万物的创造者，因而是万物存在的根据。第三论证从必然存在者推出自因的存在者。第四个论证是通过高级事物是低级事物的根据和原因的原理论证了最完满的上帝是所有事物的原因。因此，自因的上帝也是万物存在的目的，即趋于最完满的存在。
我们可以看到，安瑟尔谟的论证的前提仅仅相当于阿奎那的第四个论证，即最完美的上帝是整个存在的等级秩序中的核心和顶端，而康德在《纯粹理性批判》中对上帝存在的存在论证明的批判则彻底否定了完满性概念，也即一个按照事物的完满性等级排列的有目的的存在秩序。希腊的自然的目的论已经在现代自然科学的冲击下崩溃了，自然更多地被机械论地看待，自然科学的各种基本概念和规律已经彻底清除自然中的目的论残余。康德的批判表明他是牛顿革命的继承人。对于阿奎那而言，这个存在的等级秩序之所以具有目的性，并非是自然目的，而是因为上帝创造了这个世界，上帝作为世间万物的目的。上帝创世的目的论并非就象征的意义上而言，对于整个中世纪来说，它都是实在的。阿奎那的论证与其说是从自然和世界的宇宙论维度中论证超越于世界的上帝的存在，毋宁说是从存在论的维度论证了对上帝作为造物主的创世行动的信仰。无疑，这一信仰在整个希腊哲学那里闻所未闻，它是基督教思想带给西方文明最深远持久影响的要素。