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经济体制改革是全面深化改革的重点，核心是处理好政府与市场的关系，使市场在资源配置中起决定性作用和更好地发挥政府的作用。这个基本的改革原则使我们在面临千头万绪、牵一发而动全身的改革任务的情况下，仍然可以从改革的主体与客体之间的交互关系中，梳理出两条脉络清晰的基本改革路径：
一是政府内部的集权与分权、放权与收权、分散与集中等关系的纵向改革，主要是要在政令统一的前提下，对各种复杂的财权、事权和调控权进行对称化的配置和重新调整，通过权责利统一化、财权与事权的对称化，理顺上下级政府机构之间的“命令—执行”关系，达到提升行政效能和政府治理能力的目的。
二是政府与社会、民间、市场、企业、家庭、个人等之间关系的横向改革，主要是通过理顺政府与这些主体之间的“委托—代理”关系，让政府这个代理者更好地为作为公权来源的委托人服务，让委托人可以更好地行使公民权利，更好地监督代理人。改革的基本要求是：要把以往过于集中在封闭垂直系统下的各级政府手中的权力，向处于横向地位的各类主体进行适当的转移和分散，以提升社会民众对公共事务的知情度、参与度和监督度，增强其活力，体现公平和正义。
上述两条改革路径构成了我国全面深化改革的主要内容。十八届三中全会决议部署的336条具体的改革任务，都可以根据所涉及的主体，很清晰地把它们分别归入这两种不同的改革路径，如财税改革、纪检和司法改革等主要是纵向改革，而所有制改革、户籍制度改革等则主要是横向改革。总体来看，就中国未来面临的改革任务而言，横向改革是重点，横向改革的具体任务数量（和难度）都要大大多于（和高于）纵向改革。
但是这两类改革是相互补充的，缺一不可。缺少任何一个方面，都不可能真正实现“国家治理体系和治理能力现代化”的全面深化改革的总目标。原因很简单，从国家是江山（领土）、人民、社稷（典章制度）三合一的意义上来说
，国家概念大于政府概念，纵向改革路径解决的是构成国家的一个主体部分的政府内部的治理体系和政府治理能力的问题，并不是“国家治理体系和治理能力现代化”的全部内容，而横向改革路径所涉及的市场治理、社会治理、文化治理、环境治理等，才是全面深化改革的主体内容。例如，市场取向的改革所形成的市场体系和运用市场调节的能力，以及社会制度建设和社会公平正义等，都只是“国家治理体系和治理能力”总集合中的子集合。因此纵向改革路径要解决政府治理失衡以及由此引起的其他领域的急需解决的失衡问题，如增长失速、结构失衡等问题；横向改革路径要解决政府与社会、政府与企业、政府与个人等复杂的失衡问题，目的是完善社会制度和机制，以及完善市场治理机制等。由此不难看出，横向的改革才是全面深化改革的主要内容，也是涉及面广、最难进行的改革。
可以这样说，中国20世纪80年代前也有各种各样的改革，但是这些改革绝大多数只是局限于政府内部关系的纵向权力调整，或者局限于横向政府部门的分工或撤并，并不真正涉及“政府—社会（市场）”层面的改革。因此对整个社会来说，改革的游戏只是政府权力在内部的结构调整，并不真正发生权力在“政府—社会（市场）”之间的结构调整。在计划经济年代更为普遍的是，社会（市场）的权力空间被越压越小，选择度越来越低，政府的权力和规模却越来越大，社会活力越来越弱。
因此不难判断，1978年之后尤其是1992年邓小平南行之后，中国经济之所以出现了连续三十多年的超高速增长的世界奇迹，是因为进行了简政放权、市场取向的改革开放，其使政府内部的纵向权力调整开始向“政府—社会（市场）”层面的调整转变，由此激活和点燃了蕴藏于全社会的创业、创新、创优热情，各类创造社会财富的源泉充分涌流，各种生产要素的活力竞相迸发。