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现阶段我国的混合经济制度还在发展的过程中，“苏南模式”和“温州模式”在向混合经济制度发展的过程中也会面临很多挑战，如何正视当前的问题并加以妥善解决，是当前两种模式都必须要解决的关键问题。这其中既有苏南地区和温州地区特有的挑战，也有目前我国混合所有制发展中普遍存在的问题。具体而言，主要包括以下几个方面。
（1）苏南地区的很多大型企业集团公司层面的股权多元化改革止步不前。苏南地区目前的产业制度特征是民营经济、外资经济和股份制经济并重，但目前的股份制改革多集中在民营企业，很多国有企业的股份制改革进展缓慢，其中一个重要原因是大企业集团公司都被认为承担着重要的国家政策使命，不适合民资介入的股权多元化。由于国有企业的使命比较泛泛，现有的每家国有大型企业集团公司都会找到理由以承担国家使命为名保持国有独资进而寻求政策支持或者垄断保护，这构成了在国有大企业集团层面推进混合所有制改革的一个重要障碍。国有企业领导人的行政级别成为阻碍国企推进混合所有制改革的另外一个重要因素。按照现行的国有企业领导人管理制度，所有国有企业领导人都有一定的行政级别，国有企业领导人员在可以与国家党政干部交流任职的同时又享有市场化的工资水平，这不仅引起了一般公众的非议，而且即使是党政干部也对国有企业领导人市场化的高收入有很大抱怨。不仅如此，这种具有行政级别的国有企业领导人管理制度还使国有企业领导人无法成为职业经理人，从而也难以建立规范的现代企业制度和公司治理结构，进而影响国有企业向混合所有制方向改革。
（2）温州地区民营企业发展总体上还存在许多问题，这也制约了混合所有制企业的进一步发展。温州地区私营经济和个体经济较为发达，温州的民营企业经过三十多年的发展，已经出现了一大批大型现代企业，一些民营企业已成为上市公司，实现了由私人资本向资本社会化的转型。但是总体上看，温州地区的民营企业发展还存在三方面的问题：一是资本规模还较小，大型民营企业集团数量还较少，绝大多数民营企业还不具备参与国有企业股权多元化改革的实力，更难以与国外大型跨国公司抗衡；二是民营企业治理结构还不规范，即使是一些上市公司，企业家行为随意性也很大，公司治理的规范水平也有待提升，这不利于混合所有制企业的形成，即使组建了混合所有制企业，也难以形成规范的公司治理结构；三是民营企业家族式管理问题严重，企业管理现代化水平低，企业管理的科学化、现代化受到家族人员素质的严重制约。这使民营企业难以在公司管理方面与国有企业融合，可能导致管理冲突和文化冲突。
（3）支撑混合所有制经济发展的资本市场建设滞后。混合所有制企业作为一种资本组织形式，必须借助股份制来实现，而股权的生命在于流通，在没有股权交易平台的情况下，大规模推行混合所有制经济几乎是不可能的。2010—2012年，民营资本参与国有企业股权受让的交易有4 473宗，这些大宗交易是上市公司通过沪深证券交易所进行的，还有十几万家非上市国有企业无法参与此类交易。发展混合所有制经济，需要有一个为各种资本提供自由流动服务的市场，以方便资本、股权交易。场外股权交易市场专门为非上市企业提供股权托管、交易服务，国有企业进场挂牌能为股权流动提供便利条件，促进混合所有制经济的快速发展。我国场外股权交易市场历经多次关停，致使其发展严重滞后，至今仍处于探索阶段，除了中小企业股权转让系统外，大多数省份也开办了此类市场，但目前市场规模太小，挂牌的企业以民营创新企业为主，国有企业极少，发展场外股权交易市场的任务紧迫。