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对于转型升级概念的理解偏差，以及对实现此战略的路径的误解，使中国经济结构调整和转型升级的实践出现了偏误，影响了转变发展方式的实际成效，是中国经济难以确立以质量、效益为中心的发展道路的重要原因之一。转型升级在实践中发生的偏向，概括起来主要体现在以下几个方面。
一是现在很多地方政府把转型升级的战略路径简单地理解为提高R&D占GDP的比重，认为这样就加快了技术进步，就进入到了以创新为主导的经济发展轨道。其实，这充其量只是提高了研究开发投入的比例，不仅离提高实际的科技产出还有很长的路要走，而且还要面临一系列的不确定性，即使有一定的产出，也要考虑投入产出的实际效果。研究开发投入规模的扩大，并不代表我们一定走上了以质量、效益为中心的经济发展道路。以这个指标反映转型升级的绩效对于实践有巨大的危害，因为它容易助长不计投入效果的浪费现象，也容易驱使地方和部门不断地、大规模地为这个指标造假。如把某些不属于研究开发的支出列入考核内容，某些地区要求那些只具有“世界工厂”性质的外资制造加工企业也设立研发中心，那么结果企业只好装模作样地设计一个仅仅用于应付检查和套取政府科研投入的假的研发中心办公室。
二是把转型升级的战略路径理解为政府主导的产业政策挑选“输家”和“赢家”的游戏，体现为政府的“上什么产业，下什么产业”的企图。按此理解，产业“新”，就是升级，就是转型；产业“旧”，就是维持旧的发展方式，就是转型升级不力。按此标准，转型升级就是要大力发展战略性新兴产业，鼓励企业发展高端产品，限制传统产业和传统商品。在实践中，往往是政府通过规划、补贴等方式引入若干新兴产业做大做强，实施结构调整。我们当然不能说发展战略性新兴产业不是转型升级，但是我们应该看到，在中国现在的发展阶段上，一些所谓“旧”的产业仍然应该是经济发展的支柱产业。如果对其进行一定的技术改造和信息网络化嫁接，那么其还有可能演化为有竞争力的新兴产业。另外，很多发达国家其实也仍然从事传统产业，它们同样有很强的竞争力和附加值，生态文明也搞得好。比如在国内“人人喊打”的PX，却是韩国对中国出口的主导产品，2013年中国从韩国的PX进口额达到惊人的500亿美元。从实践看，很多企业虽然从事新兴产业，但是如果竞争力不强，那么必然也只能处于产品低附加值、资源高能耗的经营状态。因此以战略性新兴产业占比等指标反映转型升级是有巨大的危害的，容易诱使或驱使企业不断地、大规模地丧失传统产业的优势。实践中简单推行提高战略性新兴产业比重的政策的后果是：（1）它使我们主动轻易地放弃了几十年来好不容易在全球化中获得的传统产业方面的竞争优势；（2）它使我们作为发展中国家快速地、直接地面对发达国家的竞争，遭遇到来自这些国家的全力以赴空前的打压，如以新能源、新材料为代表的战略性新兴产业的遭遇；（3）可能使我们丢失巨大的市场，并转向为全球少数高收入人口服务的狭窄市场。这将可能是巨大的失策。
三是把转型升级的战略路径理解为“增量调结构”，轻视“存量调结构”。近年来，很多地区加大投资力度，大力发展新兴产业，期望以“增量带动和稀释存量”对产业结构进行优化调整。但这并不一定适合我国经济发达地区经济总量大，尤其是实体经济比重大、技术改造迫切性强的客观情况。当前宏观层面存在库存压力大、产能过剩等问题，这也决定了今后一个阶段以“增量调结构”的方式实施转型升级的政策空间不大。立足“盘活存量”的政策思路，通过改善企业经营环境，将要素集中到优势企业，使存量资产产生经济效益，这将是我国发达地区产业结构调整和转型升级的主要方面。
四是在空间上，把转型升级的战略路径形象地比喻为“腾笼换鸟”。在经济发展过程中，把现有传统的制造业“转移出去”，再把先进生产力“转移进来”，以达到经济转型升级的目的。这样的战略与政策，好处可能是提升了产业层次，提高了单位国土面积的投资强度，更高效率地利用了珍贵的土地等要素资源。“腾笼换鸟”的策略显示了政府产业结构调整的决心，但可能会存在两个重要的问题：一是短期内产业转移过快会对当地的产业和就业形成较大冲击。比如，江苏省昆山市的笔记本电脑2010年产量达到峰值1.2亿台，2013年已经“跌落”6 500万台，而重庆的笔记本电脑产能基本都是昆山转移过去的，目前产量已经和昆山相当。这在短期中对江苏省的外贸和生产的冲击就相当大。二是把“腾笼换鸟”作为一种结构调整的方式，并不能长期地持续。可能会存在“鸟飞走了，笼子还空着”的情况，而且企业竞争力是动态变化的，新入驻的企业的效益也会下降，而“腾笼换鸟”并不能周而复始。
鉴于转型升级的“腾笼换鸟”战略深入人心，很多地区把其作为基本的转型升级措施，其影响和危害也大，所以我们再进行详细一些的分析。
第一，“腾笼换鸟”政策很可能人为地撕裂宛如“生物链”那样呈集聚状态的大中小企业之间已存在的完整的产业链。如在长三角、珠三角地区的企业结构中，往往有人做重型机器设备，这样就必然有人做配套的螺丝。我们绝对不可能因为看到做设备的赚钱多，做螺丝的赚钱少，就把生产螺丝的企业迁移走。
第二，“腾笼换鸟”需要政府花巨额的迁移企业成本。一是迁移这些企业往往要对其占用的未到期土地支付高额的使用费，这对地方政府来说，主要体现为对新引进的企业给什么样的土地使用政策的问题。如果出于发展高新技术产业的需要，则往往以极度优惠的方式吸引其进入。因此“腾笼换鸟”前后地方政府仅这一块就会产生巨额的支出。二是这些需要人为搬迁的厂房绝大多数是在20世纪90年代中后期以及中国加入WTO后建设的，对这些厂房推倒重建或改建是极其严重的浪费。三是迁入地为了竞相吸引这些转移出来的企业，也要付出巨大代价，如代付迁移费、免费建设厂房、极度优惠的税收政策、代招工等。四是这些腾出来的厂房，会有那么多的高新产业进来使用吗？就算是有，这些厂房能够符合那些高新产业的要求吗？
第三，众所周知的是，产业的转移可能带来污染的转移。“腾笼换鸟”会将一些高污染的工业转移出去，这些高污染的工业会被转移到相对落后的欠发达地区。这样，这些地方又会像长三角和珠三角地区一样被污染，然后需要再花钱来治污。
第四，产业集聚在沿海地区主要是因为这些产业大多是出口导向型的，国际贸易的地理效应运用的是交通运输成本优势。如果这些产业被转移到内陆地区，那么由于其高昂的运输成本和交易成本，产品必然缺乏竞争力，如果仅仅依靠地方政府补贴和税收优惠政策来扶持，那么肯定难以持久。
第五，现在沿海地区的一些传统企业，面临前所未有的要素价格上涨趋势，还有劳动成本增加和利率水平不断攀升、市场萎缩、订单减少、产能相对过剩等诸多问题。这种情况下挽救企业的最佳方式是采取降低土地和厂房租金、减税让利、提供金融支援等手段，而不是运用“腾笼换鸟”的发展思路要企业远距离“转移”和迁徙，这会加速企业的死亡。
由此可见，转型升级战略的正确性，并不能保证其实现路径和机制是正确的。但是如果没有符合国情的、科学合理的实现路径和机制作为保障，那么转型升级战略就是一句空话，有时甚至有害。