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在接下来的篇幅中，我们仅仅讨论政府职能改革和放松对市场管制的方法和途径问题。进行这种考虑主要是因为篇幅所限，另外就是我们认为，政府发起改革要革自己的命，这非常不容易，但是如果没有政府首先改革，那么就没有未来的全面深化改革。做出这种选择并不意味着对其他问题的讨论不重要。
让市场在资源配置中起决定作用的同时更好地发挥政府的作用需要重新确定政府的功能，使统治、管理型政府演变为服务型政府和法治型政府。其中最重要的问题主要可以概括为集权、分权、减权、放权、限权和监权几个方面。
第一，集权。即对需要往中央集权的地方，要坚决实施集权取向的改革。不仅仅分权是改革的需要，有时集权也是改革的内在需要。在社会改革转型的复杂年代，强大的中国必须要进行适度的集权。适度的中央集权是强大国家的基本特征。十八届三中全会要求在中共中央层面上建立两个不受部门和地方利益干扰的重要组织：首先是成立全面深化改革领导小组，负责改革的总体设计、统筹协调、整体推进、督促落实，它集中的是国家层面的经济改革和发展权力；其次是设立国家安全委员会，负责完善国家安全体制和国家安全战略，确保国家安全，它集中的是国家的非经济权力。这两个集中，无疑是中国人民的福音。
第二，分权。即对需要向地方分权的地方，要坚决实施分权取向的改革。一是对地方政府在职能和信息上具有管理优势的公共服务、市场监管、社会管理和环境保护等活动，一律要下放给地方和基层来管理；二是要在“财政是国家治理的基础和重要支柱”这一重要的理论命题的指导下，按照“完善立法、明确事权、改革税制、稳定税负、透明预算、提高效率”的要求，从改进预算管理制度、完善税收制度以及建立事权和支出责任相适应的制度三个方面，重点对现有财政体制进行改革，尽快建立现代财政制度。
第三，减权。即对于政府机构通过行政办法和行政手段做不好的事务，要坚决地从自己手中减掉，交给其他社会主体（如行业协会、各种基金会、咨询组织、法律服务机构、非政府组织等）承担。有时，某些事务虽然重要，但是往往具有十分强的专业性和时效性，对于追求稳定的政府来说，由自己独自承担十分不合适，往往弄巧成拙，造成比较大的社会矛盾甚至冲突，如重大项目的环境评估和检测等。这个时候应该发挥专业性生产者服务机构或社会服务机构的作用，让它们为政府排忧解难，而不需要事事都由政府出面。
第四，放权。即对该放权的地方坚决放权，最大限度地减少政府对微观事务的管理，减轻政府负担的同时大幅度提升微观企业、市场、个人的活力和创造力。在这方面，中央有关的决议用了许多像“一律由……”“一律取消”“一律下放”等明晰的、毫不含糊的、命令性的表述方式，表明了新一届政府减小经济权力的决心，如提出“市场机制能有效调节的经济活动，一律取消审批”，要“让一切劳动、知识、技术、管理、资本的活力迸发，让一切创造社会财富的源泉涌流”。放权既有上级向下级放权，也有政府向社会、民间、市场、企业、个人放权。显然，前一意义上的放权是政府内部的权力调整，不影响政府权力的总和；后一意义上的放权才是这次全面深化改革与过去历次改革的不同之处，它的主要方法就是实行彻底的“负面清单管理”，因而是比较彻底的改革。
第五，限权和监权。即限制权力的不适度扩张，把权力的范围和影响控制在监督体系可以介入的区间内。权力自身所具有的支配和被支配性质会使权力在运作过程中呈现出不断地脱离控制和自我扩张的倾向。尤其是在规则和法律模糊的地带，权力所带来的利益会驱使当事人铤而走险地攫取权力并为自己谋取私利。如果没有监督体系的介入，如果不建立明晰的规则限制模糊地带的权力的不适度扩张，那么权力当事人就会自我膨胀并会最终侵犯社会和民众的利益。我国地方政府、国有企业、高等学校等机构因内部治理结构的不完善，经常发生所谓的“一把手”贪腐无人监督的现象，这与权力结构下缺少限制权力的均衡力量有密切的关系。因此，针对“一把手”的“班长效应”必须形成制衡和监督，这是现代民主社会的基本要求，也是我国政府和政治制度改革的重点所在。
负面清单管理是解决政府与市场关系问题、更好地发挥政府作用的一种重要方式和措施。从地方政府转变职能的改革要求来看，最起码要列出以下几张清单。
第一，政府行政审批目录清单。政府简政放权，审批制度改革是“当头炮”。政府行政审批目录清单需要明确的是：凡是与投资、创业、就业密切相关的，以取消和下放为主，以激发主体的活力；凡是直接面向民生和社会事务的，以下放为主，与群众服务越贴近越好；凡是需要保留的，尽量把前置审批改为取消审批或后置审批，如把工商登记前置审批改为后置审批，非保留不可的，也要理顺关系、优化流程、从严监管，让权力在阳光下运行。经过这样的调整和改革，今后凡未列入政府行政审批目录清单的行政审批事项，将不再由政府审批，真正实现“目录之外无审批”。
第二，政府行政权力清单。弄清楚各级政府究竟有多少权力，是简政放权的基础性工作。只有把这个底摸清了，才能真正做到“清单之外无权力”和“法无授权不可为”。公布和晒出权力清单并不是一件容易做到的事。这其中除了有权力系统自身的抵制因素外，还与人们对相关文件的理解有关。有时，文件对权力的规定可能并不十分明晰，即使界定是清晰的，也可能有新的办法避开或者绕过去。堵住这些漏洞可能需要行使新的权力。
第三，投资审批负面清单。过去，企业大多是国有的，国有企业进行投资，作为政府似乎应该对其进行一定的审批和控制，以抑制其投资冲动和可能的低效率行为。现在，非公有制企业处于“三分天下有其二”的状态，即使是国有企业，也要按照现代企业治理制度由其独立自主决策，因此下放投资决策权就是一项很自然也很紧迫的工作。况且，对于企业的资金投向哪、市场前景如何、经济效益好不好，企业比政府更关心、更懂行，市场比政府更敏感，完全应该交给它们自主审查和决策。政府的职责是做好前期服务和后续市场监管工作，项目核准机关不能干预企业的投资自主权。根据上海自贸区的负面清单管理经验，我国各地应该尽早梳理禁止和限制内外资企业进入的投资领域的负面清单，保证清单之外领域的各类市场主体可依法平等进入。
第四，政府部门专项资金管理清单。现在各级政府有权部门的各个处室都拥有直接向企业拨付资金的权力。这不仅会导致有限资金的分散化使用和胡乱拨款，而且会导致普遍的寻租性腐败。改革的基本方向是最大限度地减少省级纵向部门直接向企业拨款的权力。同时，根据中央有关财政改革要缩减专项转移支付资金的要求，财政部门要将专项资金改为一般转移支付，推行“因素分配法”，即把原来专项资金直接拨付企业的方法，改为将专项资金定向投入某一领域的方法，由省级以下政府自主决定投到该领域的哪些项目上去。这一资金转移方法的重要转变具有巨大的改革价值。这不仅可以提高一般转移支付资金使用的绩效，而且可以大幅度减少可能由专项资金分配引发的腐败。
第五，行政事业性收费目录清单。行政性收费指根据法律、法规等有关规定，在履行政府行政管理职能时，向公民、法人和其他组织收取的费用。事业性收费指根据法律、法规等有关规定，在向公民、法人和其他组织提供特定服务时收取的费用。名目繁多的收费目前依然是民众和企业不小的负担。行政事业性收费属于非税收入，现在主要的问题是“政出多门”，不仅名目繁多，而且存在乱收费、高收费的问题。要减轻企业的不合理收费负担就要求对行政事业性收费进行全面清理，取消不合法、不合理的收费项目，并及时将收费目录清单向社会公布并实施，做到“目录之外无收费”。
保证上述清单顺利执行，还需要建立受到民众、企业和社会监督的保障平台。