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由于两条改革路径在性质上存在差异，所以改革战略必须解决先后次序的选择问题，即改革必须有阶段的意识和步骤设计。一般来说，改革的第一步或突破口是进行纵向关系尤其是涉及中央与地方的财税制度改革，在此基础上的进一步改革，才可能是纵向分权逐步向横向分权过渡，让权力在政府内部由少数人掌控转向由民间、市场、社会等众多人参与。
之所以要在时间上做上述战略选择，主要是因为，具有系统性、整体性、协同性的全面深化改革，其顶层设计必须遵循先易后难、重点突出的原则，首先解决如何选择改革的突破口、改革的技术路线和措施安排等问题。基于十八届三中全会决定所确定的基本改革判断和线路，着眼于经济、社会、文化、政治、生态“五位一体”联动改革的逻辑，结合我国目前社会经济发展中需要解决的突出问题，我们认为政府内部的纵向改革尤其是涉及政府间经济利益关系调整和重新分配的财税体制改革，才是全面深化改革的突破口和关键环节。
得出这样的结论首先与我们对政府与市场关系的理解有直接的联系。在现实中，这一经济体制改革的核心问题有两种基本的表现形式：一是一般意义上的政府与作为微观主体的企业之间的关系；二是中国体制背景下的中央与地方的经济关系。我们的基本判断是，在中国社会主义市场经济体制下，最重要的政府与市场的关系不是表现为政府与企业之间的关系，而是表现为中央与地方即政府内部的经济关系。
为什么政府内部的经济关系是另外一种最重要的“政府与市场之间的关系”？因为与西方经济学可以舍弃地方政府层次，直接研究中央政府及其机构与企业的关系不同，中国宏观经济研究必须纳入地方政府这个在经济领域中具有巨大发展功能和作用的中间层次。1993年之后，中国地方政府更像一个准公司，各省（市、自治区）的主要领导人像一个集团公司的董事长、总经理（省以下的市县区，党委与政府主要领导人的分工也是大致如此）。国外学者称之为地方法团主义。一般认为，地方政府之间就经济指标（如GDP、财政收入等）的经济竞争，是中国经济增长的主要动力来源。因此从中央的角度来看，地方政府更像一个企业集团，中央与各地区之间的经济关系更像是政府与市场之间的关系，与此同时，两者还分别对应全国市场与区域市场。
可以这样说，中央与地方的经济关系尤其是财税关系是当今中国经济体制的症结所在。如果全面深化改革战略不对地方政府这个“准公司”的经济行为尤其是财税行为进行深入的研究，那么就很难理解中国经济奇迹和其运行机理，也很难厘清改革的内在逻辑，很难找到改革的突破口和出路。这是我们在对中国特色社会主义和中国基本国情做了分析后所得出的基本理论判断和政策结论。我们认为，把解决中央与地方的经济关系，尤其是以财税关系为核心的经济利益关系作为推进治理体系改革的枢纽环节和优先选择，是全面深化改革战略必须审慎地进行顶层设计的最重要的内容之一。上文论述的内容是我们认为改革必须首先从纵向关系调整开始，通过财税利益关系重新调整校正地方政府行为，从而正确处理政府与市场关系的第一条依据。
改革的第一步或突破口必须选择纵向关系尤其是涉及中央与地方的财税制度改革，我们的第二条依据是，这种选择还与财政是国家治理的重要基础和支柱这个重要命题有关。深化财税体制改革，不仅是全面深化改革系统部署中的一个重要组成部分，而且还关系到“推进国家治理体系和治理能力现代化”的战略，具有特殊的枢纽地位。这主要是因为：其一，财政作为政府履行基本职能的经济基础，处于国家治理结构中的主体地位。财政收支活动就是作为国家治理主体的政府履行职能的活动，财税活动一方面是国家宏观经济运行的“调节器”和“稳定器”，另一方面又是各类企业和非企业机构的主要环境变量。只要我们抓住了财政这个“牛鼻子”，就等于抓住了实现政府治理职能、发挥市场和社会治理能力以及调节经济社会运转的几乎全部的关键问题和核心内容。其二，财税体制改革将会对“五位一体”的全面深化改革产生牵引效应。如环境问题看起来是在工业领域中出现的，但实质上却是由财政治理不当引起的。对财税总量的不当追求诱使地方政府对某些污染性重化工业青睐有加。生态功能分区、分类管理的办法，表面上看是一个国土和空间规划问题，实质上却是一个生态财税转移和财政补偿问题。再如过去我们在民生、社会发展和公共文化方面欠账太多，引起了现在比较严重的社会不公正、不平等和贫富差距大等问题，这主要是因为过去我国发展型财政把钱都用于搞经济建设了，所以解决中国社会、文化发展滞后等问题，必须首先弥补财政的上述缺陷，只有这样才能从根本上解决社会体制和公共文化的发展问题。还有，财政公开透明是政府透明化运作的主要内容和形式，是政治民主的基础和前提。一个政府如果不仅敢于实现财政透明，让民众知道钱从哪里来、都用到哪里去，为什么要花这些钱，而且敢于面对民众的质疑、不断纠正自己的行为，那么这个政府就一定是民主政府、阳光政府、法治政府和服务型政府。从“阳光财政”开始，中国的民主才有希望。
改革的第一步或突破口必须选择纵向关系改革，尤其是中央与地方财税关系改革，我们的第三条依据是来自实践方面的。我国现行的财税体制弊端是中国现实经济中几乎一切问题的根源。当今中国现实的经济问题可以概括为“六个失”，即“增长失速、结构失衡、货币失序、债务失当、产能失度、房价失控”。这些问题都有其内在的财税体制安排不当的原因。如房价失控的根本原因是地方政府的财政来源出了问题，并且其借助于房地产问题表现出来。产能失度问题背后的原因是在现行税制存在缺陷的前提下，地方政府过度追求财税利益。债务失当问题源于中国地方政府没有除信贷资金以外的、长期稳定的融资渠道，没有保证地方发展的资金来源。货币失序的问题是因为过量发行的货币被用于解救“僵尸企业”、填补政府投融资平台窟窿，以及房地产交易等，根本没有被用于促进实体经济的发展。这些问题最终表现为经济结构失衡和增长失速。