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从发展的理论角度来看，当前中国乡村社会发展中所存在的以上这些问题，实际反映的是经济与社会发展、城市与农村发展、东部与中西部发展、效率与公平之间存在不和谐之处。之所以出现这些发展不和谐问题，除了客观上存在着生产力水平因素的影响外，主观方面的原因主要在于人们尚未很好地运用科学发展观的基本原则来规划和指导经济与社会的发展，一些部门和地区在规划、设计、指导方面，偏重于经济效益，忽视了社会、文化的协调发展，尚未意识到社会公平问题的重要性，从而导致在决策和规划当中的偏颇。
更为具体地来看，当前农村社会发展所面临的这些问题，主要与以下发展制约因素有着密切关系，这些因素包括：
第一，社会主义初级阶段农村较低的生产力水平。当前，中国仍处在社会主义发展的初级阶段。在这一阶段，社会生产力水平相对较低。首先，在生产方式上，多数地区的农业生产和农村经营，仍主要依赖于传统的、小规模的家户组织经营，生产经营的效率难以发生质的变化。然而在当前发展状态下，又不得不应用这样的经营模式。其次，虽然科技进步给农业和农村经济效率的提高奠定了基础，但由于农村要素配置结构的制约，经济效率提高的幅度仍然较为有限。
目前，中国农村人均GDP不超过1 000美元，与发达国家的人均GDP普遍在10 000美元以上相比，显然存在着较大的差距。农村生产力水平低下，是中国目前的基本国情，也是农村社会发展相对滞后的最根本的客观原因。没有繁荣的经济作基础，农村社会发展自然步履维艰。
此外，中国广大农村地区，范围广阔，人口众多，且各地区之间在地理环境、历史文化以及社会发展状况等方面，存在着各种各样的差异。一些地区自然条件极为恶劣，基础设施建设困难较大，成本极高，这在一定程度上制约了这些地区农村的社会发展。由于农村公共事业主要依赖当地基层政府的财政支持以及农村自身的资源，所以，在一些经济不发达的地区，基层政府的财政自身就很困难，难以扩大对农村基础设施和社会事业的发展的支持，同时，农村社会内部的资源又极度贫乏，因此，社会发展的基础条件极为落后，从而制约着农村社会发展和公共服务的发展。
从当前中国农村的实际情况也能看出，经济发展水平对社会发展水平的决定性影响。农村社会发展状况较好的地方，一般都是生产力水平提高较快的地区。一些地区的农村公共服务体系落后，社会事业欠发展，很重要的原因还是因为当地生产力水平和经济落后。
第二，发展的路径依赖。某种意义上说，中国乡村社会发展相对滞后的现状，是新中国成立初期所选择的具有中国特色工业化道路的路径依赖的结果之一。由于受特定的历史条件和国际政治经济环境的制约，起于20世纪50年代初的中国工业化，选择了一条具有中国特色的发展道路，其突出特点就是工业化与城市化的不同步。这一发展战略的本质就是依靠农村和广大农民群众的奉献，在一个一穷二白的国度里建立起自己的民族工业体系。为实现这一目标，国家通过指令性计划和工农产品价格“剪刀差”，从农民手里获取了低价粮食和原材料，同时又通过户籍制度将农民限定在农村。政府对农产品流通和价格的强制干预，实际上已经扭曲了农产品价格和农业劳动力的收益结构，从而制约了农村经济、社会和农民的发展。某种意义上说，农村和农民的发展现状，是农民为中国工业化战略做奉献的结果。如今，国家重视农村和农民的发展问题，可以说是对他们所作贡献的一种补偿。
改革开放以来，随着经济体制的改革，农村生产力得到一定程度的解放，生产力水平有了明显的提高。但是，原有的战略和体制仍具有惯性作用，农村经济与社会发展仍受到路径依赖的影响，因此，随着时间推移，改革初期的激励效应逐渐减小，农村社会和农民普遍面临收入增长减慢，负担不断加重的问题，一些地区从事粮食生产的农民处在亏本经营的状态。出现这种问题，根本原因在于原先的工农产品价格“剪刀差”的作用依然存在。
目前中国的这种“剪刀差”相当于发达国家的至少两倍以上，农产品的价格过低，不仅影响了农民的收入增长和生产积极性，也将影响农业在中国的基础地位，同时也制约了农村其他社会事业的发展。特别是在1998年以后，为了支持城市国有企业的改制，减轻城市下岗失业工人的生活负担，政府再次对粮食二级市场进行限制，从而导致粮食价格再度降低，使得种粮农民不得不再次为城市做出利益牺牲，城乡差距和地区差距进一步拉大。通过低价粮食供应，城市和工商业发达地区大大降低了发展成本，从而获得较高收益率，而种粮农民和以农为主的地区则面临着亏本经营的残酷现实。这一反差无疑会拉大城乡和地区之间的发展差距。直到2004年，随着这一政策的调整，粮食价格回升，种粮农民和产粮区的农村发展状况才逐渐好转。
2006年来，中央财政开始向农民种粮提供补贴，这在一定程度上促进了农民增收。但这样的政策可能是过渡性的，存在诸多不确定性，因而激励作用较为有限。而且，政策性的补贴可能只在短期发挥作用，对乡村和农民的长远发展并非只有积极的作用，也可能存在负面影响，因为补贴实际在保护和维续一种扭曲的农产品价格机制。
第三，倾斜的投资布局。在中国经济快速增长的过程中，固定资产的投资规模也在迅速扩大。但是，这些不断扩大的投资在乡村和落后地区的增量和增速都是相当有限的。越来越多的投资集中在发达的大城市和东南沿海发达地区，这样一种倾斜的投资格局必然带来经济与社会发展的城乡差距和地区间的不均衡发展。投资的倾斜并非全是市场选择的结果，在中国受倾斜性投资政策影响较大，因为国有资产的投入仍由政府主导的。投资的不均衡带来经济的不均衡发展，经济发展的滞后又将严重制约这些地区的社会发展。
农村社会发展需要大量的投入，社会发展方面的投入与经济方面的投资不同，社会发展投入的回报和收益是隐性的、长期的，而经济投资则可能有直接的经济收入和回报。长期以来，由于政府的投资一般向大城市和东部地区倾斜，因此农村特别是西部地区农村在社会发展和公共服务方面所得到的投入量非常小。
此外，一些地区由于固定资产投入较少，经济发展状况不理想，公共财政收入受到严重限制，因此，地方政府不得不进一步压缩在社会事业发展方面的投入。与此同时，随着农村集体经济体制的解体，农村社会公共发展在村级水平上缺乏了资金投入，再加上乡镇财政实行了包干制，影响着基层政府在农村社会事业和公共服务方面的投入积极性和投入能力，特别是在一些基层政府财政困难的地区，有限的财政能力自然导致基层政府难以顾及农村公共服务体系的建设。目前，由于一些地区的农民收入水平不高，制约了农民在公共服务方面的支付能力。一些乡村用于公共事业方面的公积金、公益金和基本建设基金难以征收，且这些公共基金的使用效率较为低下，在基层公共事业发展方面的投入明显不足。由于这些投入方面因素的影响，使得农村社会发展缺乏有力的资金支撑，致使农村在基础公共服务体系建设和社会事业发展方面，处于较为落后的状态。
第四，二元分割的制度安排。农村社会发展中存在的城乡差距、地区差距以及供给不足和有效需求不足同时并存等不协调发展问题，与已有的体制和运行机制有着密切关系。城乡二元的经济与社会管理体制，导致政府在公共品投入方面的倾斜，城市的投入较为集中，而农村的投入极小。长期以来，城市社会或公共事业的发展主要由各级政府承担，而各级各地政府的公共事业发展项目，较少延伸到乡村。而且在制度安排上，各种分割的体制不断建构。二元分割的制度安排最集中的体现就是将社会成员分割为城市和农村户口的户籍制度。
这样一种人为的、制度性的划分，难免将一个社会的整体发展分割开来，形成二元分立的发展格局。与此同时，也就难以避免城市与乡村、地区与地区之间的发展差距。
到目前为止，农村除了在诸如水利等生产性基础设施建设方面得到相对较多投入之外，各级政府对农村基础性公共服务体系的投入很少，农村公共交通、通信以及其他生活设施较为滞后，特别是在一些经济不够发达且较为偏僻地区，无论是中央财政还是地方财政，给予公共服务体系建设和在社会发展的支持力度都很低。
此外，城乡分割的管理体制，束缚了人、财、物的合理配置，限制了农村和农民的发展空间。例如，在实践中，农村人口在城市获得体制内的资源相当困难，这在一定程度上也就制约了农村劳动力的有序转移。当前拖欠农民工工资之所以成为较为突出的社会矛盾，从形式上看，主要是建设行业的资金问题。但更进一步去分析，我们不禁要问：为何拖欠的都是农民工的工资呢？这其中就反映出了体制上的矛盾，反映了城乡二分的户口管理体制对农村劳动力向城市转化的排斥。
第五，不合理的财政政策和不均衡的公共支出结构。在农村社会发展的财政支出政策方面，由于政策的不完备，从而出现了事权与财权的不对称。例如，在一些地方所实行的地方财政包干政策中，上级政府要求基层政府完成教育以及其他各种公共服务体系建设与维护的任务，但是，由于基层政府的财政是有限的，特别是纯农业及其他一些贫困地区，地方财政的来源极为狭窄，很难支付所要承担的社会发展所需要的费用。所以，在没有统一的财政支出支持和中央财政转移支付的情况下，有些地区的社会发展就会出现资金缺乏，乃至出现发展滞后的问题。
受二元化财政支出体制的影响，政府为了把有限的财政收入集中用于发展城镇，这就不可避免导致农村发展中公共支出缺失。所以，政府尤其是落后地区的地方政府在农村社会发展方面长期以来基本处于职能缺位状态，他们没有在公共服务体系建设和社会事业发展发挥应有的主导作用，从而使得一些地区农村社会发展严重滞后，城乡差距、地区差距进一步拉大。
从政府职能的履行情况来看，政府的主要职能在于促进公共服务和社会事业的发展。在资源和财力有限的情况下，仍需要政府提高效率，把有限资源充分利用，积极发挥有限资源在促进农村社会发展的作用。但是，基层政府一般倾向于把有限资源投入到经营项目上，因为这可能增加财政收入。所以，在这种情况下，社会发展出现恶性循环局面，越是贫困的地区对社会发展的需求越高，但越是受到轻视，发展水平越低。