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对于所有一元论的哲学建构而言，差异的确立都是根本性的困境。既然一切具体的存有都根源于统一的实体，那么，个体事物之间的差别又是如何出现的呢？这个问题对于儒家哲学尤为重要，因为强调人的灵性的独特性是儒家一贯的传统。早在孟子与告子有关人性善恶的辩论中，人物之别就已经成了辩论的焦点。
在北宋道学为儒家生活方式奠定哲学基础的努力中，天道之生生不已成为一切存有的根源，也成为人类社会道德价值的基础。但无论是张载的气本论还是二程的理本论，对于人与物的区别均未能给出有说服力的哲学解释。相关问题的讨论，直到朱子那里，才得到了真正的深化和发展。
朱子有关人与物区别的讨论，是在理气架构中展开的。在这一架构中，人与物都是理和气构成的。那么，人与物的差别，究竟是理不同，还是气的构成不同，就成了问题的关键。朱子对此问题的回答，是从不同的角度上立说的。从一切具体存有的统一性看，可以说人物之间的差别是气的差别。这显然是在维护其一元论的立场。而从万有的差异着眼，则气的构成反倒是相近的，理则绝不相同。
朱子所说的“理绝不同”，指的是具体存有的本质当中理的偏全之异。那么，究竟该如何理解朱子所说的“偏全或异”呢？
在程朱的理气论当中，理对应的是我们前面说到的形式，而气则对应质料。有相当的学者认为朱子的哲学是二元论的。我们认为这是一种根本的误解。朱子明确提出“理生气”的论断，并且批评张载的气本论。在朱子那里，天理是一切存有的根源，而且是无成毁的；而气以及由气构成的存有，则是有成毁的。可以说，有无永恒的质料，是程朱与张载的根本分歧所在。既然没有永恒质料，那么，朱子的哲学当然是理一元论的。
我们在前面的讨论中，特别强调质料是一个多余的哲学设定，质料其实只是被质料化了的形式。从这个角度来理解朱子的理气关系，以及理气关系所规定的人与物的区别，才能对此问题有一恰切的理解。
在前一章论述万物化生的问题时，我们用惰性的被动形式和能动的主动形式来区别无生命的存有和生命体。理本体在非生命体当中的具体实现，只是一种被动的自身同一性的维持，而且这种维持总是直接实现出来的。比如，一块石头。构成它的各个层级的形式要素在维持自身同一性的同时，又整体上维持着作为一块石头的形式。作为一个具体的存有，它的本质从始到终都是直接实现的。在肯定同时又否定的作用以及由此产生的变化的各个阶段，直接的现实性都是其存有的基本特征。而在一般的生命体那里，由于有了内与外的分别，有了维持自身同一性的主动选择，这种直接的现实性已经内化为某种本质的可能性。在这里，直接的现实性意味着单纯的被动性，意味着可以被最直接地否定为质料。而当自身同一性的维持开始内化为某种本质的可能性，而这种本质的可能性的实现需要通过主动的拒斥和接纳时，这种自主维持的自身同一性就已经不再能被最直接地否定为质料了。当一个生命体试图将另一生命体否定为质料时，比如狮子之于豺狼，这一否定过程是完全可以倒转过来的。生命体经由自主的分辨和选择来维持自身同一性，无疑比自身同一性的直接实现，更接近理本体的基本特性：其一，在肯定同时又不断否定当中创生出有分别的存有来；其二，永远无法直接实现出来，因为理本体是无限的，既不会终结也无法完成；其三，作为一切具体存有形式的形式，是无法被质料化的。所以我们可以说，理本体在有生命的存有中比在无生命的存有中体现得更完整和充分。我们将这理解为朱子所说的“偏全或异”的实质。
当然，我们这里真正要面对的还是人与其他生物的不同。与其他生命体一样，人当然要在自主选择中维持其自身同一性。但其他生命体只能外向地分辨和选择，而人则不仅能外向地肯定、否定、拒斥和接纳，而且能内向地对自己的选择做出分辨，进而对自己选择的内在根据做出分辨。心灵的自主部分，亦即与性相对的心，能对自己的本质倾向做出分辨，并在此分辨的基础上，检讨自己外向的肯定、否定、拒斥和接纳。
作为心灵的肯定同时又否定的赋予和创造的本质倾向的具体实现，心灵的自主部分不仅外向地肯定和否定，也内向的分辨和选择。它可以选择维持自身的同一性，也可以选择对这种自身同一性做出否定，当它认为有必要改变和调整自身的时候。它不仅可以把外在的一切降低为自己的质料，也可以把自己的内在质料化为控制和改造的对象。在它的直接实现中，总是包含着无法穷尽的尚未实现的可能性，所以，它距离自身同一性的直接实现是最远的。它甚至可以把外在的无限和内在的无限都否定为自己的质料，而自身却可以从根本上拒绝被质料化。比如，一个达到了孟子所说的“不动心”的人，你可以从存有的意义上消灭他，但无法将他质料化为任何意义的被动惰性的存有。心灵的无限性、创造性和无法被质料化的自主性，其实就是理本体在个体存有层面上的最高实现。人之所以有别于其他存有，恰在于他有把理本体在个体层面充分实现出来的可能性。在我看来，“性即理”强调的就是这样一种本质的可能性。