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如前所言，监狱史学一般认为清末以来的狱制转型，完全取鉴于外。通过如上考述，已知其非。不独如此，从社会、经济以及思想等各个层面，清代自新所的创立和复建都有着中国本土狱制发展的内在理路。
在清代，对于死刑以下的其他人犯，主要是实施身体刑（笞杖刑）、劳役刑（徒刑）以及流放刑。以前这些既定刑罚的一个根本性困境在于，缺乏对刑犯身体的有效羁束和管控，从而失去刑罚应有的惩戒效力。尤其是对惯犯，无论是“一息尚存唯偷窃是计”的窃盗惯犯，还是怙恶不悛的盗匪之辈，既定刑罚都显得无力应对。至乾隆年间，生齿繁而货物寡的结构性问题日益凸显，彼时社会矛盾丛集，法令滋彰而盗贼多有，一些怙恶不悛的惯犯与日俱增。此时，无论是帝王本身还是身处一线的执法官员，都深感既有刑罚之缺陷。正因如此，乾隆年间，出现以“自新所”来羁束和管控轻微惯犯以及以“永远枷号”
来羁束“下死罪一等”之惯犯，实非偶然。初羁窃盗惯犯的自新所首度出现在江浙一带，亦有其内在缘由。江浙一带发达的商品经济以及“湖海交错”的地理环境，使得窃盗惯犯问题相较别地更加严重，而乾隆初期苏州边邻地带灾害频发导致大量流民涌入，更加剧了当地窃盗惯犯问题的严峻性。晚清自新所能突破江南一隅而散播全国，一个重要的原因即在于，传统监狱及刑罚已普遍不能适应日渐严峻的社会形势所需，突出问题如既有刑罚及配所不能有效约束军流徒等惯犯，因而亟待改弦更张。
在清朝务实的官员看来，身体管控只能是起点而非终点，只是末用而非本体。因为非死罪之一干惯犯，原则上都要回归社会。而如何使其在回归社会时迁恶为良，一来须教习其技艺，二来须教化其思想，前者使其具备谋生之道，后者使其远离为恶之念，两者不可偏废。因此，清人笔下的“养教兼施”之“教”字，实具有“技艺之教”和“思想之教”的双重内涵。
而彼时无论是“技艺之教”，还是“思想之教”，都具有本土的内在驱动和资源。江浙地区相对发达的手工业及商品经济，无疑成为自新所在江浙初创时，得以推行诸般习艺迁善措施（如制草鞋、绳索、纺棉等）的动力及前提条件。晚清之际，工业的渐趋普遍化发展，亦成为以教习犯人技艺相标榜的自新所在全国广泛落地生根的动力和前提。
晚清外来新式狱理及文明刑罚观的不断输入，诱引和激逼地方士贤竭力发掘本土狱制思想资源，以做回应。西方新式监狱在教化刑犯的思想时，多借助于基督教中的忏悔思想，而清代自新所中除发犯人刑书、圣谕广训之外，还教化一些佛教的悔过思想，尤其是儒家的性善及仁孝等观念。晚清之际，时贤多以传统儒家话语，从自新所的设立者和受押者两个角度，来阐释自新所所内含的良法美意。郑观应征引曾子所言，论证设立自新所乃为一项仁政，其曰“‘上失其道，民散久矣。如得其情，则哀矜而勿喜。’哀痛恻怛，诚仁人之用心也”。
晚清时贤更多的是从被押者的处境、本性等出发，来论证自新所存在的合理性。
首先，他们力图将轻罪犯的犯罪原因家庭化、社会化，以说明轻罪刑犯应当补受教化。光绪九年（1883年）浙江巡抚刘秉璋对此言称：“若辈既无衣食之资，又无父兄之教，一日不讹索偷盗，即一日不能得生，邪僻之为由无恒产所致，其人虽甚可恨，其情亦殊堪悯。”
郑观应同样言及：“盖人生不幸，父母失教，既无恒业以资事畜，复无技艺以给饔，贫困无聊，流入匪类。致罹法网，横被官刑……夫莠民犯法，半迫饥寒。” 清人宋邦僡亦持此论，认为鼠窃盗贼是“迫于饥寒，偶罹法网”，
这些言论，旨在淡化犯罪者的个人因素，突出个人犯罪者的家庭原因和社会原因，以说明失教之犯人不应当承担全部罪责，以此作为减轻犯人罪刑并对其重新补行教化的内在依据。
其次，他们还援引儒家性本善的理论为据，以证明轻罪刑犯可以被成功教化。前述清末浙江省南浔镇在设“洗心迁善局”一事，有“锢其身足，发其天良”
一语，足证天良本具人心。翰林院学士黄思永在北京倡设迁善所，羁押“近于邪僻者”，以“去其旧染之污，复其固有之善”，
亦是对人性本有善端笃信不疑。光绪十一年高邮州署将原先专羁窃犯及无赖游民的处所——“邪公所”，
易名为“自新所”，颇能折显官方理念的转变，即深信可用教化手段促使犯人由“邪公”而为“新民”。王凤生曾言及：“鼠窃之辈，总由饥寒所迫，当其初犯时，羞恶之心未尽泯灭，何尝不可化诲。”
清人宋邦僡更是明确提及：“惩处之余，尤贵深其训诫。人苟悔罪，虽恶人许其自新，所贵吾至诚恻怛，有以感动之耳。凡人具有天良，鲜有不可以劝化者，勿概以若辈为不屑教诲也。”
在时人眼中，自新所实施“养教兼施”的举措，可以有效防止犯人故态复萌、重罹法网，如郑观应论及自新所时所言，“拘禁而生理益穷，释放而依然赤手，欲须臾缓死，必故态复萌。若不预为代筹，罪满仍无生路……所食每日足敷糊口，留其所馀，于罚满发放日，按名计数发给，俾得谋生。始治以应得之罪，终予以迁善之资”。
凡此上述，时贤均借助于“教养兼施”、“性善论”、“仁政思想”等传统儒家资源，来论证自新所的合理性和合法性。