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继承人问题是蒙古各部持续内讧的诱因。蒙古各部没有实行中原王朝的嫡长子继承制，一直采纳的是诸子分封制。诸子分封制的好处是，要想成为草原诸部落的领袖，要想脱颖而出，就要经过战争的磨砺，并在战争中胜出。
1653年，准噶尔部领袖巴图尔去世，第五子僧格继承了统治权，僧格时年二十四岁。
巴图尔死前将自己的一半领地分给僧格，其余一半分给了其他八个儿子。巴图尔的做法使时人非常不解，因为这种做法太过于偏心。僧格的兄弟都认为自己受到了不公平的待遇，愤愤不平。
僧格同父异母的两个哥哥，长兄车臣台吉、二兄卓特巴巴图尔对此分配方案大为不满，伺机发动战事。僧格在部落内也有同盟者，他得到了叔父楚琥尔的全力支持。
准噶尔部兄弟不睦，卫拉特四部之一的和硕特部内部也有分歧，鄂齐尔图、阿巴赖兄弟之间因为家产分配而僵持。
鄂齐尔图是和硕特部领袖拜巴噶斯的长子，自从叔父顾实汗带领部分和硕特部进入青海后，鄂齐尔图留在了天山以北，成为未进入青海的和硕特部领袖，且是卫拉特四部的盟主，实力强大。鄂齐尔图将女儿阿努嫁给了僧格，故而全力支持僧格争霸。
阿巴赖则是拜巴噶斯的次子，参加过顾实汗组织的进军青海之役。1656年，阿巴赖曾护送俄国使臣巴伊阔夫进京，得到顺治帝的接见。因为对哥哥鄂齐尔图不满，阿巴赖坚定地加入了反对僧格一方的阵营。
说起来，和硕特部与准噶尔部之间，可谓亲上加亲。青海和硕特部首领顾实汗将自己的女儿阿敏尔兰嫁给了巴图尔。巴图尔的两个女儿分别嫁给了鄂齐尔图、阿巴赖。鄂齐尔图的女儿又嫁给了僧格，关系真是乱如麻。可这亲上加亲的两个部落、兄弟之间厮杀起来，却是毫不留情。
准噶尔部家族内部的分歧最终演变成卫拉特各部间的混战。1657年夏，双方在额敏河畔对峙，只是由于鄂齐尔图爱好和平的儿子噶勒达玛拼死阻拦，加上藏传佛教高僧出面加以调停，暂时阻止了战争的爆发。
到了1660年冬，僧格、鄂齐尔图联军三万人，远征阿巴赖台吉游牧地。阿巴赖台吉不甘示弱，也聚集了三万人对抗。
1661年夏季，双方于额敏河开战。额敏河发源于巍峨的高山之上，山水流淌而下，汇聚成河，由东向西穿越塔城盆地。河水流经之处，山峦叠翠，草场绵延。
在战场上，两军混战之中，僧格先是撞上了阿巴赖。就在阿巴赖摆开架势准备痛快厮杀一场时，僧格出人意料地主动下马行礼，让出了一条路。看着僧格这般举止，阿巴赖也没法拿僧格开刀，就带了死士，寻到哥哥鄂齐尔图。
兄弟相见，分外眼红，阿巴赖人多，将鄂齐尔图围住，奋力砍杀。一番苦战后，鄂齐尔图侥幸冲出重围，身边将领战死甚多。当夜阿巴赖大营严阵以待，以防止夜袭。至拂晓时分，僧格突然领兵从阿巴赖大营背后发起攻击，鄂齐尔图也下令全军出击。此时儿子噶勒达玛又来规劝，不要去和叔父厮杀。鄂齐尔图大骂儿子：“你这样的小孩子懂什么，住嘴。”
阿巴赖被两面夹击，不敌，就向额敏河入湖处逃跑，追兵也跟着进击。阿巴赖领了残兵败将逃跑，却不甘心失败。一行人逃到塔尔巴哈台（塔尔巴哈台，蒙古语为“多水獭”意）山顶时，阿巴赖使出了萨满教的法术，用马祭祀并诅咒对手。
塔尔巴哈台山中有阿巴赖修建的寺院，以寺院为中心，形成了一座坚固的堡垒。阿巴赖败走后，领了人马直奔“阿巴赖寺”，依靠险要固守。阿巴赖被围困后，他所统领的游牧地被鄂齐尔图派兵攻占，属民牲畜都被瓜分一空。
被困于寺院中一个半月后，由于疾病流行，人畜大量死亡，阿巴赖损失惨重，就让自己的母亲，也就是鄂齐尔图的继母从寺中走出求和。鄂齐尔图对继母表示：“阿巴赖做了错事，我没错。我听你的话。”鄂齐尔图的儿子噶勒达玛对于打仗毫无兴趣，和阿巴赖的儿子在两军阵前下起棋来。鄂齐尔图、阿巴赖兄弟二人约了时间、地点见面谈判，鄂齐尔图接受了阿巴赖的投降。当鄂齐尔图的儿子噶勒达玛带了四五个人，没有携带武器进入寺院时，被围困多日的民众都大叫：“欢乐的太阳升起来了。”
战胜之后，僧格、鄂齐尔图联军进驻阿巴赖寺，举行了隆重的庆功会。对于如何处置阿巴赖的领地，双方意见不一，最后决定邀请深有影响的高僧咱雅班第达来主持会议。
咱雅班第达到了后，主张将阿巴赖的领地交还给他，“至少不能使他受苦”。僧格等人同意了咱雅班第达的意见，原封不动地归还了阿巴赖的全部领地及被夺走的财产与俘虏。由于阿巴赖在战争中损失很大，咱雅班第达特意派人给他送了一些马驼，以帮他渡过难关。战败后，阿巴赖丢了脸面，就带了人马离开原先的游牧地，转向乌拉尔河流域发展，与早迁至此处的土尔扈特部爆发冲突。1672年，阿巴赖战败后被俘，被交给俄国人处置，部落中的逃归者则投奔了准噶尔部。鄂齐尔图对于弟弟还是有所关心的，派使者去土尔扈特部索要阿巴赖，但此时阿巴赖已死在莫斯科。
击败阿巴赖后，僧格的力量得以增强，地位更加稳固。僧格接连出击，东击喀尔喀，南征叶尔羌，西战哈萨克。在击败和托辉特部（喀尔喀蒙古扎萨克图汗下属部）阿勒坦汗之后，僧格将阿勒坦汗的右手齐腕斩断，并往他的喉咙里塞狗肉，加以凌辱。阿勒坦汗侥幸未死，后来成功出逃，投奔清朝。1665年，在接见俄国使者时，僧格自信地说：“我父亲死后，现在我僧格掌握了全部部落（兀鲁斯）。”
远在西藏的五世达赖对准噶尔内部的纠纷很是忧虑，他特意派出代表前往准噶尔部调解纠纷，在准噶尔一待就是十二年。当僧格占尽上风，囚禁了卓特巴巴图尔夫妇之后，达赖的代表前来调停。僧格答应：“从监狱中释放卓特巴巴图尔夫妇，分给他们五十来户属民，让他平安驻牧。只要卓特巴巴图尔等人保证不做危害僧格的事，可以分出三分之一的部落给他。”
在僧格的强大军力面前，两位兄长车臣台吉、卓特巴巴图尔掩饰住内心的不满，在僧格面前屈膝。怨恨被巧言所掩饰，杀机沉浸于美酒之中。1670年，放下戒心的僧格死在了兄长们手中。对于僧格的死因，据留传下来的历史文献记载，僧格夜间熟睡后，被车臣台吉谋杀。俄国使者在报告中却说：“僧格是1670年被杀，凶手是他的胞兄卓特巴巴图尔，僧格于睡梦中被杀。”清人梁份的《秦边纪略》对此事有简略记载：“于是七清（车臣）杀僧格，并其众，收其妻妾，释黄台吉称汗。”虽然各方记载不一，但僧格之死必然与两个兄长有关。不过梁份的记录也有误，谋杀僧格之后，车臣、卓特巴巴图尔没有“并其众，收其妻妾”。
僧格被杀后，车臣台吉、卓特巴巴图尔没有立刻去攻击他的领地。这样，僧格的妻子阿努有了时间去给鄂齐尔图报信，僧格三个年幼的儿子策妄阿喇布坦、索诺木阿喇布坦、丹津俄木布得以存活。
僧格死后，一个光彩夺目兼具宗教权威与世俗魅力的人物走上前台，他将一统卫拉特，征战天山南北，挑战大清王朝，他就是噶尔丹。而此时的大清王朝正忙于内乱，无暇他顾。