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1634年，哈喇忽剌去世，长子巴图尔继承了父亲的遗产。此时的蒙古各部，不但内部陷入无休止的纷争厮杀，更面临着前所未有的强大敌人女真人。
草原是属于蒙古人的，在女真人崛起之前，无人能对他们的地位发起挑战。明代的女真分为海西女真、建州女真、野人女真三大部，分布在黑龙江、松花江流域，以游牧、渔业为生。三大部中，建州女真在明永乐元年被招抚，并设置建州卫，以牵制其他女真部。建州女真与明王朝保持贡属关系，女真定期进贡特产，明朝则给予赏赐。女真人骠勇善战，曾被明成祖征调北征，立下诸多军功。
在与女真各部、朝鲜李朝的频繁战事之中，建州女真的战斗力得到提升，已有雄霸辽东之势，此时女真所缺的就是一个雄才伟略的首领。适逢天运，时势造化，这位首领恰好出现了，并使女真此后能坐拥三百年江山，此人就是努尔哈赤。努尔哈赤以遗甲十三副、执戈之士百人起家，骤然之间崛起，以虎狼之姿，吞没女真各部。此后竟以区区数万人之众，威胁着拥兵百万、人口过亿的大明王朝。
1632年，后金进攻漠南察哈尔蒙古，继承了元朝衣钵的林丹汗败走，客死青海。后金继续出击，林丹汗之子投降，献出元朝传国玉玺，察哈尔蒙古遂依附于后金，其余漠南各部，相续被后金吞并。1636年，漠南蒙古十六部，共同承认皇太极为可汗，同年后金在盛京建立政权，国号“清”。皇太极将蒙古降兵合并为蒙古八旗，此后又建汉八旗。八旗军骁勇善战，“一闻攻战，无不欣然，攻则争先，战则奋勇。威如雷霆，势如风发，凡遇战阵，一鼓而胜”。
外有女真人的压力，内有兄弟部落的互相残杀，不想被骨肉相残者开始向外去寻找更广阔的天地。十七世纪三十年代，土尔扈特部联合和硕特、杜尔伯特的一部分，共五万帐，越过哈萨克大草原，迁徙到伏尔加河流域。和硕特部也开始寻觅新的栖身之地，向东南走到西海（青海旧称），进入青藏高原。
喀尔喀与卫拉特本是宿敌，交战多年。至十七世纪三十年代，喀尔喀蒙古分裂为扎萨克图汗、土谢图汗和车臣汗三大部，三大部又分为左、右两翼，互相厮杀。漠南察哈尔蒙古的林丹汗死去后，皇太极试图染指喀尔喀蒙古。
1638年，皇太极指责喀尔喀扎萨克图汗以正统蒙古大汗自居，又与他的杀父仇人卫拉特和好，命其归附。皇太极恩威并施，抛出诱饵，宣称如果归附，就可以到杀胡口互市，不然就要被大军讨伐。
皇太极甚至称，喀尔喀扎萨克图汗如果不服，可以约定地点交战。车臣汗和土谢图汗虽然未被直接威胁，但皇太极禁止他们与明朝互市，且诱使部落中人叛降，喀尔喀三部都深刻地感受到了威胁，卫拉特各部虽然未与清军直接对峙，但明显地感受到了杀机，在共同利益的驱使下，各部走到了一起。在卫拉特各部有着影响力的藏传佛教僧侣也想借助此次机会，确立藏传佛教为蒙古人唯一信仰的地位，同时排斥清朝的影响。
在藏传佛教传入之前，卫拉特各部一直信仰萨满教，崇拜超自然力量，信仰火神，将它视为家族的保护者。卫拉特人崇拜大地，祭山祭水，满怀虔诚，祈求长生天保佑，但最终卫拉特蒙古人还是与萨满教“分手”，投入藏传佛教的怀抱。
蒙古各部皈依藏传佛教的原因很复杂。卫拉特各部彼此争雄，多数不具备黄金家族的身份，在争雄中要获得正统地位，就要从合法性上寻找突破。以往蒙古大汗的权力来自长生天，萨满教巫师则扮演了长生天代言人的角色，赋予大汗权力。为了获得萨满巫师的支持，首领们必须用大量金钱填满巫师的贪婪的胃口。仅仅贪财还不是问题，如果萨满巫师利用自己的地位呼风唤雨，与首领们争夺权力，那就是大患了。蒙古各部头领对萨满巫师往往抱着利用与戒备的态度。
信奉藏传佛教则没有这个忧虑，远在雪域高原的藏传佛教领袖的势力还渗透不到草原上来，自然不具威胁；再者，藏传佛教内部分裂，彼此争斗，有求于蒙古部，也无心无力干涉蒙古内部事务；在合法性上，藏传佛教又满足了蒙古领袖们的需要。卫拉特、喀尔喀各部首领，分别被达赖授予“护教”“奉经法王”等称号，披上了一层光环，获得了正统地位。
从经济角度上考虑，信奉藏传佛教更划算。萨满教的祭祀活动需要宰杀大量牲畜，消耗巨额财富，对于长年征战、物资匮乏的蒙古各部来说，这就陷入了两难境地：要祈求战争取胜，就要献出祭品；献出了大量祭品，则后勤补给产生困难，难打胜仗。藏传佛教则劝告好生戒杀，不要求以牲畜作为祭祀用品，通过祈祷、法事等形式，满足各部首领祈福求胜的心理需求。此外，藏传佛教领袖一直致力于调解蒙古各部的纷争，博得了各部首领的好感。
1640年秋，塔尔巴哈台大帐云集。在喀尔喀扎萨克图汗的召集下，是年九月，卫拉特、喀尔喀蒙古各部三位呼图克图、二十七位首领聚集于此，已远迁伏尔加河的土尔扈特部也派了代表，不远万里与会。
会上各部达成共识，要结成同盟，结束无休止的内部混战，抵制咄咄逼人的女真。为了约束各方，树立藏传佛教的正统地位，制定《喀尔喀-卫拉特法典》。这部法典共一百二十一条，所有与会部落头领宣布遵守法典，违背者将被重罚。
法典规定，藏传佛教是蒙古各部同信仰的宗教，禁止用言语与行动侮辱僧侣，凡十人中，必须有一人献身于佛。王公与高级僧侣享有特权，贵族与平民之间划分了明确的界限。为了确保团结，法典规定，如果有部落擅自发动战争，所有喀尔喀、卫拉特部落要联合起来，惩戒发动战争者。禁止王公掠夺已加入同盟的地区，面对外敌时应共同对敌。
《喀尔喀-卫拉特法典》虽是各部抱团取暖的产物，但不意味着蒙古人要联合起来挑战女真人，将其打回辽东，在白山黑水间求生。法典制定后，蒙古部与清朝保持了良好的关系。会盟之后，各部暂时也保持了和平，当俄国人挑拨准噶尔攻打土尔扈特部时，准噶尔部头领巴图尔就表示，自己与各部都不会攻打自己的亲人。
内部的团结使巴图尔可以腾出手来攻打哈萨克、柯尔克孜等敌人。早在1635年巴图尔就曾击败哈萨克，俘虏了哈萨克王子扬吉尔。扬吉尔成功出逃之后，继续与卫拉特为敌。1643年，巴图尔联合和硕特部、土尔扈特部，出兵两万五千人，攻打扬吉尔。扬吉尔只有六百人，但他利用大峡谷的曲折地形，凭借哈萨克人精准的射箭功夫，成功地阻止了蒙古人的精兵。此后经过多次战争，巴图尔迫使哈萨克等部落服从于他的马鞭。
巴图尔崛起后，自称“珲台吉”（汉语“皇太子”的谐音），凭借自己的强大实力，调解蒙古各部纠纷，使蒙古各部皈依藏传佛教，参与对青海的用兵，拓展蒙古部的活动空间，成为卫拉特蒙古发展史上最为关键之人。