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1915年2月5日，召开第二次会议。会议一开始，日置益直接要求中国从速进行谈判，对“二十一条”要求提出总体意见。陆征祥发表中国政府对“二十一条”要求的总体意见，即第一、第二号可以商议，第三、第四、第五号不予商议，特别是坚持不议第五号。接着，又逐号逐款说明了中国的意见。在以后的谈判中，中国代表基本上以这次会议所提意见为参照，与日方代表展开一次又一次激烈的辩论。
陆征祥指出，现在商谈第一号第一款为时过早。第二款，在上次争论谈判程序时，中国代表已坚决拒绝商谈，所以他解释说，因为中国绝不愿以自己的土地或岛屿让与或租与他国，才在前次会议将此款删除。不过，现在急需说明的是，对于此款，中国政府拟另行提出一款作为补充。
第三款，烟台或龙口建造铁路之事，可以商议，但中国政府持不同意见。由于中国与德国关于烟潍铁路曾有成议在先，中日协议必须与此项成议不相抵触，才能商办。日置益追问中德关于烟潍铁路的成议内容是什么。陆征祥回答说，是中国建造烟潍铁路如借用外国资本之时，须先向德国商议。
陆征祥还说明第一号第四款亦可商议，但中国政府仍然另有意见。这些只不过是中国暂时的意见，一时是无法达成协议的。
对第二号各条款，陆征祥语气稍稍缓和了一些。在中国政府看来，日本人在南满洲已经具有特别地位，似乎无须订定条约，但既然日本政府已经提出条件，中国为两国“亲善”起见，将于无可设法之中酌筹办法。
日置益问道：“谓日人在南满洲已有特别地位，无法再行订约乎？”
陆征祥解释：“第二号之第一款为延长租借地期限事，本国政府多年以来受租借地之影响甚大，方冀期限一满，即行修改此项条件，本国政府仍为重视贵国政府之意思，可与磋商，但原约之期限系二十五年，又安奉铁路系十五年，南满铁路系三十六年，期限全然不同，将来讨论之时，尚当彼此细商。第二款，东部内蒙古因与南满洲毫无关系，拟提出另议。所云盖造工商业应用之房厂或为耕作云云，范围太大，又欲得土地之租借权及所有权，此与中国与贵国及中国与他国之条约不能无所抵触，因条约中除商埠外系不允杂居者，如能免除此种条约上抵触，未尝不可商议。”
曹汝霖强调，因东部内蒙古系另一问题，因此可以另行提议。陆征祥又补充说明对第三款的态度：“第三款删除东部内蒙古。本国政府对于此款之意见，与第二款略同。任便居住往来，即系内地杂居，此与条约大有关系。本国政府期于收回领事裁判权后，行内地杂居之制，贵国昔年曾亦如此。盖轻许日人任便居住往来，或恐他之外国人起而效尤。此款俟研究与条约不相抵触，再行商议。”
陆征祥提出，对各款都要商议。对第五款，他说明，这一款如果将东部内蒙古删除，也可以考虑商议，但第二项所说的各项税课，范围太广，中国政府另有意见，而且中国的盐税和海关税早已经作抵。对第六款，陆征祥同样坚持除东部内蒙古外可以商议。对第七款，陆提出：“查吉长铁路原系借用贵国政府之款所建造者，将来各项事业再向日本借款之事必多，若因该路系借日本之款，而不数年间，即以全路之管理权归之日本，恐于此后两国经济合办事业致有影响，中国资本家商人必皆闻而生畏，不敢再向日本借款矣。故为贵国政府设想，此款为不利益之举。”
陆征祥就第三号发表意见：“第三号汉冶萍公司事，该公司系商业之性质，外国政府对于商业公司均思设法保护，今中国政府不惟不保护之，而反以之与外国订约，殊觉为难。且现即定与贵国订约，日后商民若起反对，反无以对贵国政府，此节应请贵公使体察之。”
他强调：“碍难商议。本国政府对于汉冶萍公司已有种种为难情形，且该公司已借有日本之款，无订约之必要。”
无论日方如何逼问，陆征祥都表示没有磋商的余地。随后，陆征祥继续发表对第四号的意见，并表示：“第四号，本国政府碍难允商，因独立国绝无以沿岸港湾及岛屿让与他国之理，此节不便与他国约定。”
第五号是对中国主权侵害最为严重的。中国方面对第五号完全持否定和拒绝谈判的态度。外交次长曹汝霖曾记述袁世凯对第五号的意见：
日使辞出后，总统即对我说，日本觉书（指“二十一条”——引者注），留在我这里，容我细阅。余即回部。翌晨即召集外长孙宝琦、秘书长梁士诒、政事堂左丞杨士琦及余四人到府面谕。总统说，日本这次提出的觉书，意义很深，他们趁欧战方酣，各国无暇东顾，见我国是已定，隐怀疑忌，故提此觉书，意在控制我国，不可轻视。至觉书第五项，意以朝鲜视我国，万万不可与他商议。又说，容我细阅后再交部。各人唯唯，听命而散。……越日召我入府，他说我已逐条细阅批示，你与子兴（指接替孙宝琦任外长的陆征祥——引者注）即照此商议。觉书分五项……总统逐条用朱笔批示，极其详细，现只能记其大意，并嘱开议时，应逐项逐条商议，不可笼统并商。
在第二次会议上，发表完对第四号的意见，陆征祥问日置益，第五号，日本方面称是劝告性质的，是否需要发表意见？日置益要求中国仍需发表意见。陆征祥便表明中国的态度：“第五号中于本国主权有关系之事件甚多，不能商议，如聘请顾问买办军火之类，中国政府本可自行斟酌办理。第一次会议时业经谈及，现如郑永昌为盐务顾问，郑永邦为咨议，中国政府遇有必要之时，未尝不聘请顾问，但无受外国强迫之理。所幸此次贵国政府系劝告之意，如能取消，最为希望。”
日置益对这一说法不满，要求陆详加解释，并逐条发表意见。陆征祥指出：“第二条土地所有权，为中国之领土关系。第三条警察权，系一种之行政权，为中国之内政关系。第四条军械，为一国重要之物，且事实上中国距贵国最近，将来必须购买之时，如果价廉物美，自然向贵国采办。第五条铁路事，多系借款办理，无以建造权许与外国之理。第六条军港船厂，关系最大。第七条布教之事，民国以来人民有信教之自由，贵国教士来华布教，自亦欢迎，然无规定之必要。”
日置益迫不及待地打断陆征祥的话，并问陆征祥所说的教士，是否指日本僧侣而言。曹汝霖肯定地回答说，是专指日本僧侣而言。日置益问，为何美国、法国传教士可随意前往中国内地传教？陆征祥回答说：“此节应请贵公使见谅，因从前教案最为繁多，青岛租借地之事，即因教案而起，言之最为痛心。中国前以传教之事订入条约之中，亦系为外国所强迫，不得已而为之。现因教案过多，明白大势，不愿再以此事订之约中，且希望改正前之条约。贵国从前亦曾受传教之影响；谅已鉴及。贵国与我国同一佛教，自无反对之意，惟不欲订入约中耳。现在虽无成约，日本僧侣亦未尝无来华传教之事实。思中国与贵国之间，向无教案之交涉，是为一大幸事。教徒彼此互换学问，未始不可，若必欲订入约中，则因之生出教案交涉，是反多事矣。认为不必要。”
日置益要求陆征祥从第五号第一条开始，做一详细表态说明。陆征祥表态如下：
第一条聘请顾问之事，“中国政府拟自行斟酌办理，不必订约，即于必要之时随意聘请，如聘请有贺博士为顾问之类”。
第二条土地所有权之事，“此为中国领土权之关系，难以商议。虽无成文之规定，而事实上学校病院等已有永租办法，如大和俱乐部小学校及同仁医院等，即系如此办理”。
第三条警察之事，“警察为中国之行政权，碍难允议。凡一国之警察，可被外国干涉，惟南非洲摩罗哥一国，他国无有也”。
第四条军械事，分为二种，日本提出的要求是：一由日本采办军械，一在中国设立军械厂，聘用日本技师，并采买日本材料。“此二者均难商议”。
第五条铁路建造权，“此条碍难商议。一因日本一国欲有中国数省之铁路建造权；一因中国曾与他国订有成约，不无冲突之虞，盖有两种之困难也”。
对铁路建造权，日置益强调，建造权如改为借款修造，似乎与其他国家没什么关系。陆征祥则强调，借款修造，固无不可，但既然与外国有约在先，路线会存在冲突，仍难允议。
对第六条，陆征祥解释说，路矿海口船厂均包括在内，如果日本如此，则其他各国也将起而效尤，那中国将无法应付。
接着，日置益要求商议第五号。但陆征祥毅然回答，第五号全部不能商议。他指出：“今第五号之大意，业经遵贵公使之意思，详细告知。贵国政府所注意者，系订立条约一部分之事，本国政府对于条约一部分之事，提出意见，愿与商议。现拟逐条讨论，以期进行。”
日置益最后要求中国提出整体修正案，以利日方比较研究。陆征祥解释说，中国要费很多时日才能全部提出，又因有条约的关系，不能不详细研究，一时难以办到。
1915年2月9日，中国外交部提出第一次修正案。修正案中宣布：第四号由中国政府自行宣言，无修正案；第五号碍难商议。
日置益对中国修正案颇为不满，并大发雷霆。又经几次交涉，外交部做出让步，同意将第三、第四号列入讨论范围。
中国之所以敢于坚持第五号不予商议，是因为日本政府做贼心虚。当日，曹汝霖电告陆宗舆有关情况：根据俄国公使的密告，日本已通告俄国大使及俄国政府，但通告内没有提到第五号各条，第二号内也没提到税租不得抵押一款。加藤还称，第二号内满蒙内地杂居，似乎也较难办理。而且，日本公使提出此次提案时，曾声明一二两号绸缪订约，三四两号互换文书，五号系劝告性质，希望实行等语。既然日本政府不承认事实上提出的第五号要求，中国完全有理由予以拒绝。
在日本的陆宗舆此时断定日本一时没有向中国开战的动向，他在11日给外交部的电文中说：日本朝野均无与中国启衅之意，故而，坚决要求拒绝开议第五号，同时毋须声明理由，以免日本乘机寻找战争借口。
日本一再逼迫商议第五号，并表示不议第五号则不能继续开议。中国则始终坚持不允商议第五号。外交部令陆宗舆向日本外相重申中国的态度。
1915年2月12日，陆宗舆访晤日本外相加藤，再三说明中国政府同意商谈前四号，已是让步达于极点，万难再议第五号。
加藤说，第五号中有多条中国现在都与各国实行，为何独止于日本？如警察欲聘瑞典顾问，何独不聘日人？ 陆宗舆回答说，因中国与各国的亲善关系，诚有实行之事，而对于日本实行的则更多，如果与一国专门订立条件，则丧失国权自由，万难允议。加藤说第五号为中国政府任意实行，不为明约亦可，但决不能全体拒绝。他还说：五号三铁路，两为旧议，何妨实议。三号以日资所在，政府如不见谅，当以实力保护。四号则全为保全中国领土起见，日本并无所利。二号除开东蒙之议，万难照允。对满蒙条件，他说，中国实际上已将外蒙送出给俄国，而青岛乃是日本战胜而得，中国没有要还之权利。若日本另为中日关系起见，或尚有相当之考量，但看中政府应允程度如何。
两人反复辩论，加藤甚至多次使用迫胁之词。但陆宗舆在致外交部的电文中仍提出自己的意见，请求坚持不议第五号，而宁愿再议其他各号。
在中国北京，日置益不断逼迫中国外交部就第五号进行商议，外交部始终不予松口。2月17日，外交部将这一情形告知陆宗舆，要他再次向加藤说明中国的为难处境和所持态度。
昨日日公使奉训来称：中国政府不能商议第五号理由，日政府殊难了解，力请对于第五号中国政府允以可与商议云云。答以第五号碍难商议各情，业已一再详细说明，此次条件，日政府力催速议，我以条款纷繁，逐条分期讨论，以期议一条得一条之结果，贵使力请先发表大体意旨，当即勉从。贵使又请先将一二号区别愿议者，同时提出修正案，再议，又照办。嗣贵政府尚不满意，力请再加考量，中国又于困难中顾念力求亲善之意，允将三号为主义上之商议，并言明第四号之办法，实于五号之中已允商四号，让步不可谓不多。第五号各条中亦有业已实行者，惟不便预为约定，致近束缚政府自由之行动。万一他国效尤，尤为彼我之不利。此次会议，贵使来访一次，即与商一次之效果，谈判一次，即有一次之让步。中国诚实友好之意，谅贵使所洞悉，此次务请转达贵政府，原谅中国政府实在为难情形，勿过坚持，益征我亲善互让之意，盼望早日开议等语。希本此意，婉告日外郡。
2月18日，陆宗舆致电外交部，告知加藤以为中国完全拒绝商议第五号，日本政府将非常难堪，体面全无，他也将因此视中国政府为毫无诚意。
几经折冲，时至22日第三次会议，日方代表才勉强将中国关于第一、二、三号的修正案收下，转达东京。