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对于一个致力于实现商法一体化的地区性组织来说，只是制定一套统一的商法规则还远远不够，还必须有一个共同的司法机构，来确保统一的商法规则得到统一的解释和适用，否则，如果任由成员国国内法院对这些统一的商法规则进行各自的解释和适用，法律一体化的目标就难以实现。非洲法郎区国家成立非洲商法协调组织就是为了解决本地区的法律和司法的不安全性问题，为此，这些国家在起草《非洲商法协调条约》时，就对非洲商法协调组织的司法机构进行过慎重的考虑和设计。可以说，司法与仲裁共同法院（La Cour Commune de Justice et d'Arbitrage，CCJA）是非洲商法协调组织中一个非常重要的、富有创新性的机构，它在非洲商法协调组织制度中处于核心地位。
司法与仲裁共同法院早在1996年7月22日就开始在科特迪瓦的阿比让筹备运行工作，并于次年4月4日正式开始运作。《非洲商法协调条约》第三章“与统一法的适用和解释有关的诉讼”和第四章“仲裁”分别对其职责作了相应规定。它在行使职责时应遵守1996年4月18日在恩贾梅纳（乍得）由部长委员会通过的《司法与仲裁共同法院程序规则》以及1999年3月11日在瓦加杜古（布基纳法索）通过的《司法与仲裁共同法院仲裁规则》。
司法与仲裁共同法院的总部设在阿比让。有人认为，这会给成员国当事人到该法院进行诉讼带来很大的不便利，特别是对于那些与科特迪瓦相距遥远的成员国的当事人来说。不过，根据《司法与仲裁共同法院程序规则》第19条，如果它认为必要，可在取得某一成员国事先同意，且不会给该国带来财政压力的情况下，在该成员国国内的任一地点召集会议，这可以在一定程度上减轻因距离遥远而给当事人带来的不便。
司法与仲裁共同法院由部长委员会通过秘密投票选举的9名法官组成，任期7年，不得连任。作为候选人的成员国国民必须具备下列条件：至少有15年职业经验且在各自国内担任高级司法职位的法官；或是某一成员国律师协会会员并有至少15年执业经验的律师；或至少有15年职业经验的法学教授。而且法院的9名法官中至少有三分之一的成员是律师和法学教授。
候选人名单由常务秘书根据成员国的提名拟定，每一成员国最多可以提名2个候选人，但同一成员国任何时候只能有1名候选人担任司法与仲裁共同法院的法官。法官根据部长委员会的绝对多数票当选。司法与仲裁共同法院的院长和2名副院长依次由法官选举产生，任期3年半，不得连任。选举之日剩余职务期限不足该期间的法官可以当选，履职至其任职期限届满之日。
法官一旦当选，其职位不得撤销，并且在任职期间，他们享有外交特权与豁免。他们不得行使政治或管理职能，如果他们希望参加其他可收取报酬的活动，就必须取得司法与仲裁共同法院的批准。这些规定旨在确保法官具有一定程度的独立性。另外，司法与仲裁共同法院所具有的超国家性质也是为了保证法官公正司法，无须为自己国家的利益而行事。
司法与仲裁共同法院有一个由书记官长负责的书记处。书记官长由司法与仲裁共同法院院长在征询该院的意见后，从成员国推荐的具有至少15年任职经历的书记官中任命。司法与仲裁共同法院院长在征询该院的意见后，还可任命该院的秘书长，以负责协助行使管理仲裁程序的职能。司法与仲裁共同法院院长还可根据书记官长和秘书长的建议，设立其他有关必要职位。
从司法与仲裁共同法院的名称上来看，它就兼有司法与仲裁的功能。实际上，根据《非洲商法协调条约》的规定，它也主要行使这两种职能。
就其司法职能而言，作为所有非洲商法协调组织成员国唯一的超国家法院，司法与仲裁共同法院一方面可以受理涉及统一法的诉讼，另一方面可以接受成员国或部长委员会的咨询请求，对《非洲商法协调条约》、统一法，或为实施条约而颁布的各类规章的适用做出统一的司法解释。因此，司法与仲裁共同法院的司法职能主要体现为诉讼职能和咨询职能。
根据《非洲商法协调条约》第14条第2款的规定，司法与仲裁共同法院可就下列事项发表咨询意见。
在统一法提交给部长委员会批准前对统一法草案发表咨询意见；
对任何成员国或部长委员会有关《非洲商法协调条约》、实施该条约的规章、统一法的适用或解释的任何问题发表咨询意见；
对成员国国内法院审理涉及非洲商法统一组织立法的适用及解释的案件发表咨询意见的管辖权。
请求司法与仲裁共同法院出具咨询意见的申请应以书面形式提出，如有必要，请求方还必须附上所有相关文件，以有助于澄清所要解决的问题。如果是成员国或部长委员会请求该法院出具咨询意见，法院的书记官长在收到书面申请后会通知有关成员国，并在法院院长确定的期限内征求他们的意见。每一成员国做出的反馈意见都必须递交给其他国家，包括提出申请的成员国，从而可以在法院院长确定的期限内由申请国和其他提出反馈意见的国家就此进行讨论。在此期限内，如有必要，法院院长可以决定是否进行审理。如果是成员国的法院请求就涉及统一法适用的诉讼提供咨询意见，则司法与仲裁共同法院的书记官长在收到有关申请后，会通知诉讼当事方及有关成员国，以征求他们的意见，然后他必须着手处理来自于某一个成员国或部长委员会所提出的相关意见和要求。
司法与仲裁共同法院出具的咨询意见中必须包括下列内容：法院最终做出的某种指示；发布法律咨询意见的日期；参加制定法律咨询意见的所有法官及书记官的姓名；提出该法律咨询意见的各种理由；以及法院针对有关各方提出的问题所做出的解答。
司法与仲裁共同法院做出的咨询意见及解释不具有约束力。不过，实践中成员国国内法院不可能对这些意见置若罔闻。特别是，由于成员国国内法院做出的涉及该组织立法的判决可最终上诉至该法院，如果该判决与其意见相冲突，就可能被撤销。这是为了确保非洲商法协调组织立法能够得到正确、一致的适用。
（1）管辖权范围
根据《非洲商法统一条约》第14条的规定，司法与仲裁共同法院的诉讼管辖权是指，它对涉及非洲商法统一组织统一法调整的所有商事事项具有管辖权，涉及适用刑罚的事项除外，成员国国内法院对此仍有专属管辖权。
不过，它只能作为最高上诉机构行使管辖权。根据《非洲商法统一条约》第13条，涉及统一法实施的任何争议，应在各成员国国内法院的一审和普通上诉程序中处理。这样，司法与仲裁共同法院仅有权审理针对成员国上诉法院判决提起的上诉，或针对成员国低级法院做出的但不得提起普通上诉的判决提起的上诉。
这就意味着对于涉及非洲商法协调组织立法的争议，国内最高法院的管辖权被司法与仲裁共同法院的管辖权取代，但国内法院仍然保留了一审和普通上诉的管辖权，而且对于并不涉及非洲商法协调组织立法的事项，国内法院仍然有最高管辖权。因此，如果当事人在国内最高法院提起诉讼程序，在争议标的属司法与仲裁共同法院的管辖范围的情况下，国内最高法院必须对案件拒绝行使管辖，指示当事人到司法与仲裁共同法院提起诉讼，即使被告没有对它的管辖权提出异议。
（2）程序
可在下列三种任一情况下，向司法与仲裁共同法院提起诉讼。
由当事人直接提起，如果他希望对成员国国内上诉法院做出的涉及统一法适用的判决提起上诉。
当事人必须在收到国内上诉法院判决的2个月内，向司法与仲裁共同法院书记处提起上诉。
如果司法与仲裁共同法院推翻国内法院的判决，它就对案件实体问题进行重新审理；
由希望对国内上诉法院管辖权提出异议的当事人直接提起，如果他未能使该法院信服司法与仲裁共同法院对该案件有管辖权。
上诉必须在收到国内法院裁定通知的2个月内提出。如果司法与仲裁共同法院裁定国内法院没有管辖权，它就可宣告国内法院的裁定无效。如果司法与仲裁共同法院确认自己对该案没有管辖权，它应通知与诉讼相关的当事人及成员国的国内法院；
由成员国国内上诉法院移送的案件，如果由于案件涉及统一法的适用，它认为自己没有管辖权。
在这种情况下，成员国国内上诉法院的诉讼程序自动终止。但这并不妨碍处于上诉中的判决的执行。如果司法与仲裁共同法院查明自己无权审理该案，它就会将该案退给国内法院，该法院将恢复诉讼程序。
以上诉讼程序针对的只是与统一法相关的私方当事人之间的普通商事诉讼。此外，根据《非洲商法协调条约》第56条，司法与仲裁共同法院还可以受理成员国之间因本条约的解释或适用而产生的争议。对于此类争议的审理，该条约还规定了专案法官制度（ad hoc judge），即如果司法与仲裁共同法院在审理此类争议时，其中一位法官具有某一争议成员国的国籍，则其他争议成员国可以指定具有本国国籍的专案法官参与案件的审理。但专案法官也应满足《非洲商法协调条约》第31条规定的任职条件。
有权在成员国国内法院出庭的律师，也有权在司法与仲裁共同法院内出庭。不过，如果律师的居所不在阿比让，他的委托人在诉讼程序期间就必须在阿比让指定一个正式地址，以便法院文书的送达，这可以是阿比让当地某个律师或公证员的地址。
仲裁作为一种争议解决方式，很早就盛行于非洲的传统部落和社区之中，它并非西方的舶来品。非洲国家独立后，大多继续沿用殖民时期宗主国的仲裁法律制度。20世纪90年代以来，许多非洲国家为了改善国内法律环境，吸引外资，都以联合国国际贸易法委员会《国际商事仲裁示范法》为版本制定了新的仲裁法，同时设立了许多仲裁机构，对于推动仲裁解决争议发挥了重要作用。 [1] 非洲商法协调组织同样十分重视仲裁在解决商事争议中的地位和作用。《非洲商法协调条约》序文明确指出，推动仲裁作为解决合同争议的方式。为此，非洲商法协调组织内设立了两套仲裁体制。一种是《非洲商法协调条约》第四章所规定的在司法与仲裁共同法院主持下根据《司法与仲裁共同法院仲裁规则》而进行的机构仲裁，另一种是根据《仲裁统一法》而进行的仲裁。如果当事人在合同的仲裁条款中约定根据《非洲商法协调条约》或根据《司法与仲裁共同法院仲裁规则》进行仲裁，这就是在司法与仲裁共同法院主持下所进行的机构仲裁。如果当事人在某一成员国内的仲裁机构进行仲裁，则此类仲裁程序应根据《仲裁统一法》的规定进行。
只有在争议与成员国具有某种联系时，才可利用司法与仲裁共同法院的仲裁程序。《非洲商法协调条约》第21条规定，只有在下列情况下才可将合同争议提交司法与仲裁共同法院通过仲裁方式解决：当事人一方在某一成员国国内有住所或惯常居所，或合同的一部分或全部已在或将在某一成员国国内或多个成员国国内履行。该条约没有明确要求仲裁地必须在某一成员国国内，这样，同意提交司法与仲裁共同法院进行仲裁的合同当事人似乎也可以将其仲裁地设在成员国以外的其他国家。但从有关裁决撤销的实际考虑来看，此种做法不太可行。
在仲裁职能方面，司法与仲裁共同法院仅充当仲裁中心的角色，它自己并不解决当事人提交的争议，相关争议应由仲裁庭处理，它只是指定或确认仲裁员、听取仲裁程序进展情况及审查仲裁裁决等。
《非洲商法协调条约》对司法与仲裁共同法院的仲裁程序有具体的规定，同时《司法与仲裁共同法院仲裁规则》对条约中的规定作了进一步详细的补充。该《司法与仲裁共同法院仲裁规则》与国际商会仲裁院的仲裁规则非常相似，但在裁决的撤销和执行方面还存在巨大的不同。
根据《非洲商法协调组织条约》的规定，争议只能由独任仲裁员或三名仲裁员解决。如果当事人双方同意争议由独任仲裁员解决，他们可协商指定一名仲裁员，该仲裁员的指定还要获得司法与仲裁共同法院的批准。若双方当事人不能就独任仲裁员的指定达成一致意见，该法院可在此分歧发生后的30天内指定一名仲裁员。如果争议由三名仲裁员审理，则每一方当事人可指定一名仲裁员，当事人指定的仲裁员应得到司法与仲裁共同法院的批准。如果一方当事人拒绝指定仲裁员或不能做出指定，则法院应代其指定仲裁员。第三名仲裁员只能由法院指定，并作为仲裁主席。不过，如果双方当事人承诺他们之间可在给定的时间内选择第三名仲裁员，司法与仲裁共同法院只需对双方当事人选择的第三名仲裁员进行批准即可。如果双方当事人不能在给定的时间内选择第三名仲裁员，法院就会做出指定。
如果双方当事人不能就仲裁员人数达成一致意见，司法与仲裁共同法院应任命一名仲裁员审理争议，除非法院认为案件必须由三名仲裁员审理，在此情况下，每方当事人可在15天内指定一名仲裁员。仲裁员可从法院的仲裁员名单中进行选择，法院成员不列入仲裁员名单。法院可对任一方当事人对仲裁员提出的异议做出裁决。
仲裁员在对部分裁决或最终裁决签字前，必须首先将其提交给司法与仲裁共同法院进行审查，以防止出现一些形式上的错误。
裁决在每一成员国领域内都具有终局效力，经司法与仲裁共同法院院长签发执行令后它可在任一成员国领域内得到执行。但如果院长发现当事人之间不存在仲裁协议或仲裁协议无效、仲裁员越权裁决、对抗式程序原则没有得到尊重、裁决与国际公共政策相冲突，他就不会签发执行令。