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部长委员会（le Conseil des Ministres）是非洲商法协调组织的一个重要机构。与其他国际组织的部长委员会相比，它在组成和职权范围方面显得独树一帜。
根据《非洲商法协调条约》第27条规定，非洲商法协调组织部长委员会由各个成员国的司法部长和财政部长组成。这样的混合构成方式十分独特，因为其他地区性国际组织的部长委员会一般都是由相同部门的部长组成。穆鲁先生认为，非洲商法协调组织部长委员会之所以采用这种混合型组成方式，可能是出于下列三种原因：一是历史原因。这是因为对非洲法郎区国家的商法进行协调的方案首先是由该地区各国的司法部长提出来的，然后这一方案又经过各国财政部长的讨论和修正，这样的工作需要双方的共同参与；二是与商法相关的各个领域的事项同时在经济和金融领域占据重要地位，所以商法事项的协调需要财政部门的配合；三是出于现实的考虑。财政部长们的参与可以使他们关注非洲商法协调组织的未来发展，以免该组织因可能的财政或金融困难而陷入瘫痪。因此，非洲商法协调组织部长委员会的这种混合型组成方式，表明了各成员国首脑试图将该组织建设成为一个技术完备和运行良好的一体化工具的政治意愿。“实际上，基于制定的各种统一法，部长委员会中司法部长的存在就是为人们尊重法律规范提供担保，如同财政部长的存在就是为了在经济和财政方面提供担保一样。”
综合《非洲商法协调条约》的所有相关规定来看，部长委员会在非洲商法协调组织中主要发挥两大职能：行政或监管职能以及立法职能。
部长委员会的行政或监管职能主要体现在下列各项职权中。
批准任何与实施《非洲商法统一条约》有关的规章；
请求司法与仲裁共同法院就有关《非洲商法协调条约》、统一法的事项发表咨询意见；
批准司法与仲裁共同法院的程序规则；
决定司法与仲裁共同法院的法官数量；
选举司法与仲裁共同法院的成员；
任命常设秘书处常务秘书及地区高等司法培训学校校长；
决定常设秘书处和地区高等司法培训学校的机构和职能等事项；
决定成员国缴纳的年金数额；
代表非洲商法协调组织接受馈赠和遗赠；
通过非洲商法协调组织的年度财政预算；
任命审计员对非洲商法协调组织的年度财务报表进行审计，并批准审计结果；
以及决定撤销非洲商法协调组织相关人员的外交特权与豁免。
部长委员会的立法职能主要体现在以下领域。
批准统一商法的年度规划方案；
审议并通过统一法草案；
决定将统一法草案列入部长委员会议事日程；
表决通过统一法最终草案文本；
批准对统一法的修改。
关于统一法的详细制定程序，在后文会有详细分析。
部长委员会会议由部长委员会主席主持。部长委员会主席由各个成员国按照国名字母顺序轮流担任，任期一年。常设秘书处协助部长委员会主席开展各项工作。对于后加入《非洲商法协调条约》的国家在第一次担任部长委员会主席时，应在该条约的最初签署国轮流担任完部长委员会主席后，按照它们的加入顺序来确定。如果某一成员国在规定的自己任期内无法担任主席一职，部长委员会会按照所规定的顺序指定排在其后的成员国担任部长委员会主席。对于部长委员会主席应由成员国的司法部长还是财政部长担任，条约没有做出明确规定。穆鲁先生认为，这一问题应由成员国根据实际情况来确定主席人选。如果会议的主题主要涉及法律问题，则可考虑由司法部长担任主席；如果会议的主题主要涉及经济或财政问题，则可考虑由财政部长担任主席。
部长委员会每年至少召开一次会议，会议根据部长委员会主席或三分之一成员国代表的提议召开。每次会议至少有三分之二的成员国代表出席，才是有效的。
每次会议的各项议程安排由部长委员会主席根据非洲商法协调组织常设秘书处的建议而定。
对于部长委员会的决议，每一成员国都有一票表决权。部长委员会做出的任何决定应获得出席会议并参与表决的成员国的多数票通过。
不过，对于统一法草案的表决，必须由出席会议并参与投票的所有成员国一致同意通过。