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总体而言，笔者认为，在中国特殊的人地关系之下，独立经营的农户不可避免地要应付三对矛盾：一是小农户与大市场的矛盾；二是小农户与大生产的矛盾；三是小农户与大金融的矛盾。这些矛盾的相互纠缠是新时期中国的农户经济不能获得进一步发展的主要原因，也是我们认识中国特色小农经济所不能忽视的真实前提。
以上矛盾包含在一个完整的农业生产周期中，互相渗透、互相影响。农户经营的规模越小，体现得越明显。
小农户与大市场的矛盾，主要发生在产前和产后阶段，尤其是在购买生产资料和销售农产品方面。因为无法掌握市场行情和供销信息，小农大多盲目地生产和销售；因为没有可靠、廉价的供货渠道，农户有时甚至会买到假冒伪劣的农资产品，造成重大损失；因为不掌握产品定价权，小农难以在产品销售方面维护自身利益；因为生产同种产品的农户多而分散，在产品集中上市的时候，小农容易相互压价，形成恶性竞争。
小农户与大生产的矛盾，主要发生在产中阶段。由于小农缺乏现代农业所需要的知识结构和科学手段，化学肥料和化学农药在中国的使用极不合理，非但未能达到预期的增产效果，反而导致水源和土壤被污染，建立具有可持续性的生产体系（比如病虫害生态防治措施）更是无从谈起。小农经济下，农户无力进行大规模的农田基础设施建设，原有的大中型设施得不到合理的使用和最起码的维护，使旱涝更易成灾。小农也无法使用高效率的现代农业机械，导致耕作和收割质量、复种指数长期不能提高。
小农户与大金融的矛盾，主要发生在产前和产后阶段。金融是现代经济的血液，农业作为现代经济必不可少的组成部分，自然也需要金融的支持。一些经济效益较好的种植、养殖项目，在农产品的加工、存储、包装、运输设备，产品的营销、品牌打造等方面都需要较大规模的资本投入。对于进入农业和农村的城市资本、工商企业来说，由于具备雄厚的实力，享受政府提供的各种优待，在使用现代金融工具方面不存在大的困难。但分散的小农要获得金融服务，则存在三个无法克服的障碍：①在广大农村，绝大多数农民的土地、山林、房屋都无法在正规金融机构用作贷款抵押品；②可贷款的规模小，成本高；③借贷双方的信息严重不对称，风险大。故此，部分贷款无门又急需资金的农民只好求助于民间高利贷。
以上三对矛盾的解决思路不止一种。但为了保证农业可持续发展、有效配置生产要素，也为了维持起码的社会公平、减少两极分化，提高农民组织化程度、以农民间的互助合作为主的办法最为适宜。
需要指出的是，笔者在此使用“新矛盾”一词，原因在于这些矛盾是随着改革开放的发生和深化而逐渐浮现出来的，并非历来就如此。它们为何在改革开放前不存在？什么因素导致它们出现？在新时期它们又是如何逐步形成的？这些都是本书要回答的问题。