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15世纪末，西方列强处于原始资本积累时期，而马六甲以其独特的区位优势以及繁荣的经济贸易吸引了西方列强的目光。1509年葡萄牙海军将领雪奎拉（D.L.Sequeira）率领实力强劲的葡萄牙舰队首次抵达马六甲港并试图入侵马六甲王国，遭到了当时苏丹马哈穆德·沙军队的强力抵抗，最终葡萄牙舰队战败。但是，战败的葡萄牙并不甘心放弃马六甲这块风水宝地，于两年后卷土重来。战争初期，马六甲王国的军民齐心协力抵抗外敌，一度击退葡萄牙人，但半个月后，马六甲军队由于装备实力大不如船坚炮利的葡萄牙军队，最终落败，马六甲地区沦为葡萄牙人的殖民地。马六甲王国的苏丹马哈穆德·沙逃亡至柔佛、彭亨和廖内群岛建立了一个新的王国，号称“柔佛廖内王国”。
葡萄牙殖民马六甲地区时并未建立完善的政治制度，只采取了一系列措施，使葡萄牙人对马六甲的统治范围只局限于马六甲城以及近郊一带。葡萄牙当时在马六甲地区设立总督为该地区的最高长官，由大法官、市长、助教等人组成咨询委员会协助总督处理行政方面的事务。在军事方面由将军协助总督处理军事事务，将军是海陆军的最高统帅。葡萄牙人也委派一些当地人参与管理当地的政事，由7名民选成员组成的市政委员会负责税收、调节当地人民纠纷等。宗教方面，葡萄牙殖民者执行反对伊斯兰教、宣传基督教、拆除伊斯兰清真寺建立基督教堂的宗教政策。在经济贸易方面，葡萄牙实行高税收制度并对穆斯林商人和英国商人百般刁难，葡萄牙人对来港商船征收6%的税，后来增加到10%，有些甚至增加至20%，最终导致马六甲地区的贸易能力下降，16世纪后期其贸易中心的位置最终被苏门答腊的新兴强国亚齐所取代。
16世纪末葡萄牙的海军实力下降，荷兰作为新兴的海上强国开始崛起，试图侵占葡萄牙在马六甲地区的势力。1630年荷兰舰队开始封锁马六甲海峡，经过10年的封锁，荷兰最终取代葡萄牙占领马六甲。荷兰对马六甲的殖民统治长达150余年。在宗教方面，早在对马六甲殖民统治初期，荷兰为争取柔佛和亚齐两国的支持，允许伊斯兰教存在。但是在占领马六甲之后，其政策仍然有刁难异教徒的色彩。在经济制度方面，荷兰人继承了葡萄牙人的高税金制度，按规定，当地人从事贸易必须申领许可证，港口税更是高达20%，同时规定马六甲所有的香料、胡椒、锡等只能由荷兰东印度公司卖，这样具有高垄断性以及高额收费的贸易政策更加削弱了马六甲的经济发展速度。同时荷兰人采用软硬兼施的手段，不断扩大其殖民势力，但由于其对当地农民强制征收严苛的税负，也因此遭到了他们的激烈反抗。
经过三次英荷战争，荷兰缺乏维持扩张的资源，彻底丧失海上霸权，英国成为马来亚的殖民者。第二次世界大战之前，英国殖民政府主要将马来亚划分为三个行政区统治，即海峡殖民地、马来联邦以及马来属邦。
海峡殖民地包括槟榔屿、马六甲、新加坡三个地区，属于皇家殖民地，由英国殖民大臣指定的总督在行政、立法两个会议的协助下进行统治。行政会议包括财政司、律政司等高级官员以及数名非官方成员。立法会议除高级官员外，还有13名非官方议员，其中的两人由商会选出。在槟榔屿、新加坡和马六甲三地分别设辅政司，与市政委员会一同管理相关事务。
马来联邦包括彭亨、雪兰莪、霹雳以及森美兰四个州，是英国政府的保护国，设总驻扎官，后称为“联邦辅政司”，向海峡殖民地总督负责。殖民初期，英国在各邦设立州务会议讨论马来人的宗教与风俗问题，因此削弱了各邦苏丹的权力。为缓和此矛盾，1909年英国又设联邦会议，苏丹可与英国驻扎官以及商人代表们共同讨论财政立法的相关事宜，但是苏丹并没有决定权与否定权。1927年联邦会议改组，苏丹不再参加，苏丹权力被完全剥夺，引起马来苏丹激烈的反对和抗议。直到1926年塞西尔·金文泰任海峡殖民地总督时，部分财政权以及立法权被下放到以苏丹为主席的州务会议，各州苏丹的权力才有一定的回升。
马来属邦包括玻璃市、吉打、吉兰丹、丁加奴以及柔佛五州府，与马来联邦一样是英国政府的保护国，同属于海峡殖民地总督管辖。马来属邦的相关统治事宜也要听从英国驻扎官的意见，但与马来联邦不同的是，其各州苏丹权力较大。马来属邦没有统一的立法会议，只有各邦设立的以苏丹为首的州务会议。
综上所述，英国在马来亚殖民时期，马来亚主要有三大民族即当地马来人、印度人和华人。英国一直采用一种分而治之的统治手法，使马来亚长期处于分裂状态。
为了达成与马来封建贵族的合作，进而巩固殖民统治，英国殖民政府曾与各邦苏丹签署协议，各马来苏丹可以保持自己的宫廷结构并对当地的马来人有直接统治权，但殖民地总督和各级驻扎官对殖民地和保护国等重大问题始终有绝对的保护权。殖民政府承认马来人是当地主人，承认和维护马来人在政治、经济和文化方面的特权。政治上，任用马来人为当地官员；经济上，规定非马来人不得占领马来人的保留地；文化教育上，拨款建立许多马来学校。此外，通过各种舆论手段宣扬马来人优先的观念，一方面淡化了马来人的反抗精神，另一方面助长了“大马来主义”思想的滋生，为日后马来西亚不断出现的“排华”观念埋下了罪恶的种子。
对于华人，英国殖民统治者最初设立甲必丹（头人）制度，即由华人自己担任甲必丹管理华人事务。后来英国殖民统治者正式成立中华护卫司署，专门管理华人相关事务，统治马来亚当地的华人。经济上，让华人当矿工、中间商等，华人在中下层工商业中自由发展。而对马来亚当地的印度人，殖民政府主要通过其移民机构进行管理，经济上让印度人担任各个橡胶园的胶工。
由此可以看出，英国人让马来人处于马来亚社会阶级的上层，华人处于马来亚阶级的中下层，印度人处于马来亚社会阶级的底层，致使马来亚三大民族极少往来，各自在其经济、文化领域中生活，也使得这三大民族在随后爆发的反对英国殖民运动的政治活动中具有明显的分散性、种族性、外向性，同时削弱了马来亚三大民族反抗殖民统治的能力。
1904～1926年，马来人受埃及和土耳其改革运动的影响发起宗教改革。1926年海峡殖民地的马来人注意到其经济落后的社会问题，成立了“马来人协会”，各州府成立了许多马来人协会，并将矛头直指在马来亚的华人以及印度人，保护马来人政治经济权益。在印尼民族的支持下，虽然有些马来人建立了“马来亚青年联盟”，抨击英国的殖民统治，但是由于没有深厚的群众基础，最终反响平平。
华人的政治运动主要是围绕中国的政治运动展开，马来亚是东南亚华人华侨抗日救亡的中心，虽然也有些华人议员在立法会议争取华人的政治经济权益，但是由于人数少、力量弱以及英国殖民政府政策影响，未形成大规模的华人反殖民活动。印度人的政治运动影响相对微弱，虽在印度民族主义影响下，成立了一些小型协会以维护印度人的经济利益，但收效甚微，直至1941年，才在雪兰莪出现了较大的罢工和骚动。
由上述三大民族的政治活动可以看出，并没有很多的政治活动是反对帝国主义和英国殖民政府的。因此，英国在马来亚“分而治之”的殖民政策是较为成功的，其统治基础也是较为稳固的。