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马来西亚是君主立宪制联邦制国家，中央与地方的关系属于联邦政府的体制。在马来西亚的中央与地方权力划分中，中央的立法权、行政权、财政权和土地权大于地方。按照1963年“马来西亚联邦协定”和马来西亚宪法规定，东马两个州享有特殊的待遇，两州拥有更大的自治权。两州在移民事务、土地、宗教、财政、司法、官方语言、土著民族的地位、宪法修改、公共事务等方面均有自治权。马来西亚的政治体制在民主与威权之间寻求平衡，这一特点也体现在中央与地方的关系上。马来西亚联邦制与一般联邦制国家的不同之处在于，宪法赋予了各州自主权，规定各个州都有自己的宪法，但实际上这种自主权很薄弱，在立法、行政、财政和土地管理方面，各州仍受到联邦政府较强的控制。
（1）中央和地方的立法权限划分
中央和地方的立法范围和立法事项有明确的划分。首先，马来西亚联邦宪法划分了中央和地方立法的范围。中央和地方行使立法权时，国会为全联邦及其局部制定法律，所制定的法律在联邦内外均有效，各州立法议会为本州的全部或者局部制定法律。其次，马来西亚联邦宪法划分了中央与地方的立法事项。为区分联邦和各州的立法事项，马来西亚联邦宪法制定了联邦事务表、州事务表和共同事务表。国会可以就联邦事务表或者共同事务表规定的任何事项进行立法。为尊重和保护马来人以及东马两州的宗教和习俗，国会不能制定有关伊斯兰教、马来人习俗的法律，或者沙巴州和沙捞越州土著及习俗的法律；在咨询有关当事州政府之前，不能向国会任何一院提出立法的动议案。各州立法机关可以对州事务表和共同事务表规定的任何事项进行立法。
国会有权扩大各州立法权，各州拥有剩余立法权。国会可以授权各州立法机关就联邦事务表内的全部或部分事项制定法律，州立法机关需遵守国会设立的条件和限制。国会授权各州立法机关制定的州法律，在该法规定的范围内，可以对该法律制定之前（涉及该州）的联邦法律进行修改和废止。各州立法机关有权就立法事务表未予以列举并且非国会有权立法的事项进行立法。
对于限制河流使用的立法和共享立法权的行使也有明确规定。关于限制河流使用的立法，国会立法或者制定的规章，若要限制各州及其居民利用其州内河流航行灌溉的权利，除非获得该州立法议会全体成员多数的赞同决议，否则在该州不予生效。至于共享立法权的行使，当国会两院或者各州立法议会的议长认为一项法案或者修正案提议对有关共同事务表所列举事项的法律进行修改，或者对州事务表所列举而联邦有权行使职权的事项进行修改时，议长应当对该法案或者修正案进行认证。
东马两州在立法权的分配上比较特殊，其不仅拥有特定事项的立法权，还可以扩大立法权。联邦宪法对沙巴州和沙捞越州的事务表、共同事务表做了补充规定，补充的事项被视为州事务表的一部分或共同事务表的一部分，东马两州有权针对这些事项制定州法律。沙巴州和沙捞越州立法机关可以制定销售税的法律。最高元首可以颁布命令，授权沙巴州和沙捞越州的州立法机关根据国会扩大立法权的规定制定相关的法律。国会无权为东马两州制定有关土地和地方政府的统一立法。
（2）中央对地方的立法控制
首先，联邦法律高于地方法律。如果各州法律与联邦法律抵触，则联邦法律优先，各州法律在抵触的范围内无效。
其次，在特定情形下中央拥有为地方立法的权力。中央在下述情况下可以就州事务表规定的事项制定法律：为履行联邦和其他国家缔结的任何条约、协定或盟约，或者为履行联邦为成员国的国际组织的任何决议；为促进两州或两州以上的州法律的一致；应任何一州立法议会的请求。为了确保法律和政策的统一，国会可以制定有关土地保有，业主佃户关系，地契登记，土地转让、抵押、出租，地役权和其他有关权益，土地的强制征用和评估以及地方政府的有关法律。
最后，国会约束各州宪法。如果国会认为某州经常不遵守联邦宪法和该州宪法的规定，国会可以制定法律以确保有关规定的遵行。如果州宪法未包含附件八第一章的规定（“本质条款”），或州宪法的规定不符合“本质条款”，国会可以制定法律令本质条款在该州生效，或者废除其违反本质条款的规定。各州所制定的法律，除非由国会提前废止，否则应当在根据该法律通过后新组成的立法议会决议确定的日期失效。
（1）中央和地方行政权限的划分
马来西亚联邦宪法对中央和地方的行政权限做出了明确的规定。联邦政府行政权的实施范围包括国会可以制定法律的所有事项，各州行政权的实施范围包括州立法机关可以制定法律的所有事项。联邦行政权的实施范围不包括州事务表列举的事项，除联邦和各州法律的规定外，联邦行政权的实施范围也不包括共同事务表列举的事务。在联邦和各州法律就共同事务表列举的事项授权联邦行政机关的范围内，联邦行政机关需排除各州行政机关而行使职权。联邦拥有土地保有，业主佃户关系，地契登记，土地转让、抵押、出租，地役权和其他有关权益，土地的强制征用和评估以及地方政府的有关法律的行政权，但需经过州立法议会决议同意，否则不得在该州实施。联邦和各州可以安排由一方行政机关代替另一方行使职权，并规定因此所产生各项费用的支付。根据联邦法律关于州的行政权可以扩展至对联邦法律任何特定条款的执行的规定，东马两州可以扩大州行政权以及州各机关的职权、职责。授权各州履行任何职权时，联邦应将联邦与该州协议支付的款项支付该州，如果无协议，则应由联邦法院首席大法官任命的裁判所裁决。
（2）中央对地方的行政控制
首先，各州对于联邦的义务。各州行政权的行使应当遵守联邦法律，不妨碍或者影响联邦行政权的行使。
其次，联邦可以调查州事务、拥有州事务的某些行政和立法权力以及可以检查州事务。第一，联邦拥有查询、调查和统计州事务的权力。联邦政府在认为恰当时，可以就州立法机关制定法律的事项进行查询，授权调查、收集和公布统计数据。各州政府及其官员、机构有义务协助联邦政府执行上述规定的权力，联邦认为有必要时可以发布指令。第二，联邦拥有州事务的某些行政和立法权力。联邦行政权包括：对州立法机关可以制定法律的任何事项进行研究，设立及维护试验和演示站，对各州提供建议和技术援助，向各州居民提供教育、宣传和演示；各州农、林业官员应当接受联邦向州政府提出的专业建议。联邦政府可以设立政府部门，行使州立法范围内事项的职权，该事项包括土地保护、地方政府和城镇乡村的规划等。第三，联邦拥有检查州事务的权力。获得联邦政府授权的官员在行使联邦行政权时，有权对州政府的任何部门和工作进行检查，并根据检查结果向联邦政府提交报告，若联邦政府下达指示，则通知州政府并递交州立法议会。
最后，设立全国地方政府理事会，协调各州、中央直辖区和地方政府的关系。全国地方政府理事会由一名联邦部长担任主任，由各州统治者或者首脑任命的代表以及联邦政府任命的若干代表组成。主任对全国地方政府理事会的任何问题进行投票，并可以投出关键性的一票。全国地方政府理事会每年举行一次会议，主任认为必要时可以随时召集。全国地方政府理事会的职责是，与联邦政府和州政府协商，促进、发展和规制联邦内地方政府的国家政策和执行此政策的各项法律；联邦政府和各州政府应当遵循所制定的政策。联邦政府和各州政府的职责是对拟定的有关地方政府的立法与全国地方政府理事会进行协商，全国地方政府理事会有就该事务向有关政府提出建议的职责。
（1）中央和地方财政权限的划分
在税收的征收方面，联邦政府和州政府受到马来西亚联邦宪法的制约。联邦和各州都有权征税，但如果没有法律的授权，联邦不得为联邦用途而征收任何国家税或地方税，不得由州或者为了州用途而征收任何税或者地方税。按照宪法规定，在各州辖区内征收的税捐费所得款项均归各州所有。按照联邦法律规定的条件，各州获得该州生产产品出口税中的10%或者法律规定的份额，以及该州生产的除锡以外的矿产品出口税中的规定份额。
联邦议会通过立法，可以把联邦政府征收的税种或联邦法律批准征收的归各州使用的税种分配给各州负责征收，可以把联邦政府税收的全部或者部分收入分配给各州使用。联邦的一切税收和款项存入联邦统一基金。除了伊斯兰教义捐、开斋节施舍、伊斯兰教财务机关或类似性质的伊斯兰教税收需要存入一项特别基金，州的其他税收和款项存入各州统一基金。
联邦分配给各州的税种有：棕榈酒商店的税收；由土地、矿产和森林所征收的税款；除自来水供应和服务、机动车、发电设备和商业登记以外的许可税款；娱乐税；联邦法院之外的法院诉讼费；州政府部门提供特别服务的规费和收入；市政局、市议会、乡村会议等地方当局的收入，但不包括按照自治市条例设立的市机关的收入，市政局、市议会、乡村委员会、地方议会等地方当局按照成文法有权保留其收入和控制的支出；有关原水的收入；州公产租金；州盈余的利息；土地和州公产销售的收益；联邦法院以及法院的罚款和没收；伊斯兰教义捐、开斋节施舍、伊斯兰教财务机关或类似性质的伊斯兰教收入；埋葬物。
联邦分配给东马两州的附加税种有：石油产品进口税和出产税；木材和其他林木制品出口税；如果对缴纳出口税的矿物（不包括锡，但包括石油）征收的特许税以其价格计算不足10%，则各州享有矿物出口税或部分出口税；对沙巴州，如果医药和卫生仍作为共同事务表的项目，享有关税收入的30%；州销售税；除联邦港口和码头外的港口和码头的收费；自来水供应和服务的收入，包括水费；与自来水供应和服务有关的许可收入。
联邦和各州的财政负担有明确的划分。联邦和各州应合理分担共同事务表所规定事务的法律和行政措施的财政支出，如果该项开支是联邦承付款项，或者按照联邦政策由联邦政府特别批准的州承付款项，该项开支的承担者为联邦；如果该项开支是州承付款项，那么该项开支的承担者为州。统治者的皇室费用、立法议会议长的薪金、州的所有债务以及任何法院和法庭判决应当由州偿还的款项由州统一基金担负。
（2）中央对地方的财政控制
联邦政府掌握主要收入来源，联邦政府的拨款是州政府的重要收入来源。中央政府统管重要的税收项目，分配给各州的税收项目收入较少，如果仅靠自身的收入，各州政府无法正常运转，因此联邦政府的拨款成为各州收入的重要来源。各州的收入中来自联邦政府的拨款主要有：按人口拨给的人口补助金；按各州公路千米数拨给的州公路补助金；拨给人均收入低于全国平均水平的州的平衡补助金；当年收入超过10%时拨给各州的收入增长补助金；从州储备金中提取的补助金；有条件地拨给的补助金、矿物出口税份额。
向各州拨款时，联邦政府通常设置了一定的条件，如规定州政府必须将收入增长补助金用于专门的发展计划。
联邦政府控制州政府的财政支出。州政府的基本日常开支受联邦政府统管，只有经过联邦政府的同意，各州政府才可以增加编制数量和提高工作人员的薪金标准。州政府的发展计划受联邦政府的控制，由于财力有限，要发展大的项目往往需要争取贷款。州政府的贷款也受联邦政府的严格控制，须向联邦政府贷款，若向其他财源贷款，须经过联邦政府的批准。
联邦设立国家财政委员会，协调处理联邦与各州的财政关系。国家财政委员会由总理、总理指定的部长若干人以及各州统治者或州元首委任的代表各一名组成。联邦政府应就涉及各州的财政事项征询国家财政委员会的意见，包括：联邦拨给各州的补助金；将任何联邦税收或收费的全部或部分收入分配给各州；联邦与各州每年的借款需要及联邦与各州对借款权的行使；贷款给任何一州；制订国家发展计划；制定有关法律。
（1）中央和地方土地权限的划分
联邦政府有权为联邦用途征用土地。如果联邦政府认为一州尚未分配的土地必须为联邦用途而使用，则联邦政府与州政府协商后，可以要求州政府将联邦政府所指定的土地授予联邦或者联邦政府指定的机关。除非确认出于国家利益，否则联邦政府不得要求州政府授予保留为各州用途的土地。联邦政府要求州政府永久性让与土地时，州政府不能限制所让与土地的用途，联邦政府应每年向州政府支付适当的租税以及与土地市场市值等值的补偿金。当联邦政府要求州政府让与土地的其他权益时，应州政府的请求，联邦政府应每年向该州支付合理的地租和补偿金。但在保留作为联邦用途期间，该土地因改良而增值，则增值部分不计入该土地的市场值、地租或者补偿金。如果联邦政府请求州政府让与土地，但该土地已经拟定用于州用途，则州可以征用其他土地替代前述土地，如果前述土地的征用费用超过规定的支付费用，联邦应当就费用超出部分向该州支付适当的款项。对于已经分配的土地，当联邦要求让与土地时，州政府应该遵从联邦的要求，以协商或者强制的方式征用该土地的权益，州政府征用土地产生的任何费用应该由联邦偿付。
州政府有责任让与作为联邦用途而保留的土地。凡州土地保留作为联邦用途，联邦政府可以要求州政府将土地不限制用途地永久让与联邦政府，联邦政府应该支付适当的补偿金和适当的年度租金。凡作为联邦用途保留的州的土地，联邦政府可以将其让与州，但州必须向联邦支付土地市值和土地为联邦所用时土地改良的市值，如果州政府接受，则保留即予终止。作为联邦用途而保留的州土地不得终止保留，所有保留土地由联邦政府管理。联邦政府可以将土地的一部分或者全部的占有、控制和管理权转让或者租赁、租借给任何人。
联邦与各州对马来保留地的权限划分。马来保留地指保留作为分配给马来人或者土地所在州原住民的土地。首先，马来保留地的变更须得到州立法议会和国会的批准。在马来西亚独立之前为马来保留地的州土地，继续为马来保留地，直到另有法令规定为止。变更马来保留地的法令，只有州立法议会、国会的全体议员以多数和到会并投票议员的2/3多数通过，才得以生效。其次，当时未成为马来保留地，且未经开发或者开垦的州土地，可以根据该法律宣告为马来保留地。宣告州土地为马来保留地的，应当提供该州内未经开发和开垦的相同面积土地供统一分配。宣布成为马来保留地的州土地，其面积不论在任何时候均不超过该州供统一分配的土地总面积。最后，根据现行法律，各州政府可以将州政府以协议的方式征用的土地，以及经业主申请，并得到所有享有土地权益者同意的其他土地划为马来保留地。此外，对森美兰州、马六甲州习俗地和丁加奴州马来人保有地有特别规定。宪法的规定均不影响对森美兰州、马六甲州习俗地及其土地权益的转让、租赁进行限制的法律的效力。丁加奴州有关马来人保有地的法律继续有效，直至该州立法机关通过新的法令为止。
（2）中央对地方的土地控制
联邦设立国家土地委员会，各州政府必须遵守执行国家委员会所制定的政策。国家土地委员会由部长担任主任，其成员由各州统治者或者州首脑任命的代表、联邦政府任命的若干代表组成，联邦政府的代表不能超过10人。国家土地委员会每年开会一次，主任认为有必要时随时召集国家土地委员会会议。国家土地委员会负责的职责是，制定促进和规制全联邦土地用于矿业、农业、林业或其他用途的国家政策，并执行有关国家政策的法律。联邦政府和各州政府应遵循国家土地委员会所制定的政策。联邦政府和各州政府可以就任何土地利用事务、土地立法的拟定和实施与国家土地委员会进行协商，国家土地委员会应当就上述事务向政府提出建议。
联邦政府制订统一的国家发展计划，根据国家发展计划，如最高元首在征询国家财政委员会、国家土地委员会及有关州政府的意见后，确认在某一州或某几州的任何地区推行发展计划对国家有利，可宣布该地区为发展区。在发展区内，联邦政府可随时为发展计划的需要，指定一定范围内的土地为私人使用土地，其余为联邦政府统一规划、开发。联邦实施发展计划所得全部收入，必须用于：提供发展计划所需要资金及其支付其工作费用；归还联邦因推行该计划所担负的任何支出；剩余的收入，则交归发展区所在的州。有关土地利用、地方政府发展等国家计划不包括沙巴州和沙捞越州，未获得州首脑的同意，沙巴州和沙捞越州土地不得被宣布为任何开发规划用途的开发区。
西马11个州中，除了马六甲、槟城两州，剩下的9个州是所谓马来州。这9个州各有一名世袭的统治者，其中森美兰州和玻璃市州的统治者分别称为“严端”（Yang di-Pertuan Besar或Yamtuan Besar）、“拉惹”（Raja），其余7个州的统治者是苏丹。这9位统治者有资格选举和被选举为国家正、副元首。若某州的统治者当选为最高元首，则其在任期间不再统治本州，而委托摄政王代行其职权。
州统治者应根据建议行使职权。州统治者根据州宪法和法律，或者作为统治者会议成员身份行使职权时，应当根据行政议会或其成员以行政议会名义提出的建议采取行动。州统治者有权要求获得行政议会所有的有关州政府的信息。州统治者的职权主要有：任命州务大臣；不同意解散州议会的请求；请求召集统治者会议讨论关于统治者特权、地位、名誉和尊严，或者宗教行为、礼仪或典礼等事项；作为伊斯兰教首领或者担任有关马来人习俗的职务；任命其嗣子、配偶、摄政王或摄政会议；册封马来人世袭爵位、头衔、荣誉和尊严及委任有关职务；制定皇家宫廷法规。
马六甲、槟榔屿设州首脑一名，称为州元首或州长。州首脑由最高元首在咨询首席部长后自行任命。非公民或者归化成为公民，或者根据宪法登记为公民者，不得被任命为州首脑。州首脑不得担任任何领薪公职，且不得积极参与商业活动。州首脑任期四年，可随时以书面形式向最高元首提出辞呈，最高元首根据最高立法议会全体议员2/3以上多数通过的决议而免除州首脑的职务。州首脑因疾病、缺位或者其他原因不能视事时，州立法机关可以立法授权最高元首在与首席部长协商后任命一人代行其职权，行使职权期间可以代替州首脑作为统治者会议的成员，但此人应具有担任州首脑资格，否则不得任命。州首脑的薪金由立法机关通过法律规定，并由统一基金担负，在其任职期间不得减少。州首脑的职权大体与州统治者相同。马六甲和槟榔屿的州首脑没有最高元首选举权和被选举权。
州统治者与州首脑享有尊崇的地位。各州苏丹是州最高统治者，居住在金碧辉煌的皇宫里，他们的服饰、用具和日常用品都为金黄色，因为金黄色代表高贵，是专属于皇宫的颜色。每年苏丹的诞辰日都是全州的大事，属于全州的公共假日，而州政府还要为苏丹举行隆重的庆祝仪式。
州统治者和州首脑享有居于他人之上的尊崇地位，各州统治者和州首脑在本州享有优先于他州统治者和州首脑的尊崇地位。州统治者的尊崇地位优于州首脑。州统治者之间应当根据其就职的日期，州首脑之间应当按照其被任命为州首脑的日期确定其尊崇地位次序，如果州首脑同日任命，则年长者的尊崇地位优先。
州立法议会实行一院制，和州统治者组成州立法机关。州立法议会的主要职能是制定州的法律，讨论州财政预算案和土地等问题。
州立法议会由若干议员组成，设一名议长。议员和议长由选举产生，任期5年。年满21周岁居住于该州的公民均有该州立法议会议员的当选资格，任何人不能同时成为跨选区的州立法议会议员，任何辞去州立法议会议员身份的人，自辞职生效之日起5年内，丧失州议会议员的当选资格。如果议员被委任为联邦内阁的部长，上任前必须辞去立法议会议员的职务。州立法议会可推荐2名议员成为上议院议员，参加联邦上议院的工作，任期3年。议长须是议员或者具有议员当选资格。非议员选举为议长者，必须是因为其职务而成为立法议会当选议员之外的议员。当议长空缺时，立法议会除选举议长外不得进行其他事务。
统治者应当随时召集州立法议会，前后两个会期之间的期限不超过6个月。州立法议会闭会和解散由统治者下令。除非立法议会提前解散，否则其自首次集会起满5年后解散。立法议会解散后应当在60日内举行全州大选，新议会应当自解散之日起120日内召集。根据宪法，假如在森美兰州议会解散的60天内，全国仍未进行大选，临时政府仍可延长30天管理期。一旦30天后还没举行大选，将由森美兰州最高统治者委任新的州政府。选举委员会确认州立法议会有缺位时，应当在60日内予以补选。
立法机关立法权的行使，由立法议会通过法案，并由统治者签署。除州行政议会成员外，不得在议会提出和动议涉及由州统一基金担负开支的法案或者修正案。统治者一般在法案呈交之后的30日内签署，法案经统治者签署后成为法律。如果统治者未在期限内签署，则法案在所规定期限届满后自动成为法律。法律予以公布之后生效，但不妨碍立法机关推迟法律的施行或者制定涉及既往的法律。
州立法议会有权制定州宪法，但必须以联邦宪法的原则为基础，不能与联邦宪法相抵触，否则无效。有关统治者王位的继承、统治者的地位和马来族传统职位的类似规定，州立法机关不得修改。任何修改州宪法法案的行为，均应获得州立法议会全体议员2/3以上的投票赞同，否则不能通过。对任何州所制定的法律，除非由国会提前废除，否则应当在根据该法律通过后重新组成的立法议会决议的确定的日期失效。
州行政议会是州最高行政机关，领导人是州务大臣或首席部长。西马各州中，由统治者领导的州设州务大臣，由州首脑领导的州设首席部长。州务大臣或首席部长在州议会选举之后产生，获得过半席位的政党成为执政党，该政党的领导人也就成为该州的州务大臣或首席部长。州务大臣或首席部长须从州议员中提名4～8名议员组成行政议会。尽管州宪法规定归化或者按照联邦宪法登记为公民者，不得被任命为州务大臣，但统治者可以自行决定免除选择州务大臣的约束。如果统治者在州立法议会解散时进行任命，则可以任命上届议会议员，其任期至下届州立法议会首次召集时为止，除非其本人依然为新一届议会议员。行政议会集体对立法议会负责。如果州务大臣或首席部长失去立法议会多数议员的信任，除非统治者根据请求解散州立法议会，否则其应该提出辞呈。除州务大臣或首席部长之外的行政议会成员需要依循统治者的旨意行使职权，可以随时提出辞职。
州行政议会统管州的一切行政事务，主要职权有：土地的买卖、开放和利用，领导县、乡政府的工作，办理地方性公务，举办和管理社会公益福利和服务事业等。州行政议会成员不得从事与本人职责和本部门有关的营业、经营和职业，当其从事有关的营业、经营和职业时，不得参与行政议会中关于该项营业、经营和职业的决定，或者参与做出可能影响其经济利益的决定。
西马的下级法院包括头人法院、地方法院和推事法院。最低一级的法院是头人法院，其可对处25林吉特（合8.3美元）以下罚金的轻微罪行进行审判，有权判决诉讼标的不超过50林吉特（合16.6美元）的民事诉讼。其次一级的法院是地方法院。地方法院具有初审及民事管辖权，其权限大小根据主持法官是一级地方法官还是二级地方法官而定。一级地方法官有权预审有关可控罪行的指控，有权审判可处3年以下徒刑的罪行，以及诉讼标的不超过1000林吉特（合333美元）的民事案件。不服头人法院判决，可向一级地方法院上诉。二级地方法官可判1年以下徒刑或处以罚金的罪行。最高一级的法院是推事法院。推事法院有权审判可处7年以下徒刑的罪行以及某些特殊的罪行，可以对可控罪行的指控进行预审。推事法院一般有权审判诉讼标的不超过2000林吉特（合660美元）的民事案件。不服地方法院的判决可向高等法院上诉，不服推事法院的判决可向高等法院上诉。
州赦免委员会，由联邦总检察长、州统治者或州首脑及其他不超过3人的成员组成。州赦免委员会成员任期3年，可以连任，也可以随时辞职。联邦下议院议员和州立法议会的议员不得兼任州赦免委员会委员职务。州统治者、州首脑均拥有司法赦免权，对本州境内的一切犯罪拥有赦免、减刑及缓刑的权力。当他们行使赦免权时，应根据州赦免委员会所提出的建议行事。赦免委员会必须在州统治者或州首脑的参加并主持下举行会议。在对任何案件提出赦免建议之前，应考虑总检察长对案件提出的书面意见。在马六甲、槟榔屿两州，州首脑没有伊斯兰教首领的身份，只要涉及对伊斯兰法庭做出判决的罪犯的赦免权，只能由最高元首代替行使。
西马各州，州以下行政建制为县和乡。县设县长一名，县长和县委会成员由州行政议会委任。县长除了主持县行政管理外，名义上还兼任地方法官一职。县设土地公署，由县长领导。各县均再划分为若干乡，由乡长管理。在各乡中，乡长是县长的代表。乡设乡发展和安全委员会，由乡长领导。乡长之下有村长，传统上他是不支薪的。
东马两州各设一名州首脑，由最高元首任命。州首脑由于不是世袭的，所以没有最高元首选举权和被选举权。东马两州州首脑的资格、薪金、职权、地位等与马六甲州、槟榔屿州相同。
东马两州都设立法议会，立法议会行使州宪法和法律的权力，议员由地方直接选举产生，任期5年。立法议会解散后应在90日内举行全州大选。
东马两州的行政机构被称为州内阁，类似于联邦的内阁制。州内阁的首长称为首席部长，并设若干名副首席部长协助其工作。首席部长下设若干部，各部由部长和副部长领导。首席部长由取得州立法议会多数席位的政党领袖担任。
东马两州的法院包括低级法院和土著法院。与西马的下级法院不同，东马两州不设推事法院。东马两州的低级法院由三个级别的地方法官法院组成，分别是一级、二级、三级地方法官法院，很多地方法官由县长兼任。土著法院是东马两州特有的司法机构，它们主要审理违反本地法律和习俗（包括伊斯兰法及其习俗）的案件，诉讼当事人一般是土著居民。东马两州均设驻扎官土著法院、土著上诉法院，土著上诉法院由一名高等法院法官、有关省的驻扎官及一名土著头人组成，高等法院法官主持。在沙捞越州，土著法院分为三级，不服其判决的可向驻扎官土著法院上诉，有些案件可向土著上诉法院上诉。在沙巴州，经土著法院受理的初审案件可向县长上诉，有些案件可向土著上诉法院上诉。
东马两州州以下的行政建制为区或省。沙巴州划分为4个驻扎区，各由一名驻扎官管理。各驻扎区划分为若干县，也设有副县长管辖的区。在村一级，土著头人对县长负责，村长在土著头人的领导下从事地方行政工作。沙捞越州划分为5个省，各由一名驻扎官担任行政首长。各省划分为若干县，大多数的县再划分为若干区，区由沙捞越行政局的1名成员管理。
东马两州的首脑均有赦免权，并成立由州首脑主持的赦免委员会。联邦总检察长是该委员会的成员，州赦免委员会进行任何咨询、讨论前均须尊重总检察长的书面意见。但对于伊斯兰法庭做出判决的罪犯的赦免权，应由最高元首行使。
马来西亚有三个联邦直辖区，即吉隆坡联邦直辖区、纳闽联邦直辖区，以及2001年2月1日成立的新行政首都布城联邦直辖区，其行政首长均称市长，由内阁联邦直辖区部委任，并接受其领导和指示。联邦直辖区设立赦免委员会，由最高元首、总检察长和掌管直辖区事务的部长委任的委员组成，最高元首参加并主持赦免委员会会议，行使对伊斯兰法庭做出判决的罪犯的赦免权。
马来西亚城市一般设市政委员会。市政委员会由市长1人和委员会若干人组成，由州政府任命。由于未设独立的立法机构，市政委员会没有立法的权力。除立法权外，市政委员会财政自理，不依赖中央和州政府。各市根据财政收入制定本市的发展计划，并自行招募人员。在城市规划、地方预算、公共工程、住房、卫生等方面，各市政委员会拥有行政自主权。