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1978年成立经济研究室，1986年改为经济研究所。2003年7月与青藏高原资源与环境经济研究所[成立于2000年3月，时任所长王恒生，副所长张伟（正处级），编制8名]合并，称经济研究所。历任所长于瑞厚、蒋家齐、王恒生、徐建龙、苏海红；副所长胡先来、祝宪民、张伟、苏海红、丁忠兵，现任所长杜青华。全所现有科研人员7名，其中研究员1名、副研究员2名、助理研究员2名、研究实习员2名；享受国务院特殊津贴专家1名、青海省“四个一批”优秀人才1名、青海省“高端创新人才千人计划”拔尖人才1名。
经济所主要从青海省经济建设实际出发，重点研究青海经济社会发展中的理论和重大现实问题，大力开展省情调查。主要研究领域涉及区域经济发展战略、区域产业布局、区域生态功能研究；国企改革、产业结构优化升级；生态农牧业、耕地草场流转、新型城镇化建设、实施乡村振兴战略研究；资源环境经济、民族经济、工业经济、人口经济、盐湖资源的综合开发利用等。建所至今，经济所先后出版专著（含参与）77部，主要著作有《青海经济发展战略问题的研究》《公有制经济与商品交换》《中国国情丛书——百县市经济社会调查·格尔木卷》《中国国情丛书——百县市经济社会调查·湟中卷》《中国社会主义经济思想史简编》《中国经济思想史丛书》《互助县经济社会发展战略研究》《青海盐湖经济问题》《社会主义工业企业民主管理》《青海百科全书》《青海高原老人》《人口控制学》《青海经济史》《青海产业结构及产品结构研究》《高耗电工业西移对青海经济和环境的影响》《青海湖区生态环境研究》《青海工业经济发展路径研究》《省外在青海固定资产投资研究》《青海民营经济研究》《中国藏区反贫困战略研究》《青海工业化道路的探索与实践》《青藏高原生态变迁》等。发表学术论文、调查研究报告1200余篇；完成国家社科基金项目23项，省级社科基金课题50余项，委托课题90余项。上述成果中，共有40余项成果获省部级以上奖励，其中一等奖5项，二等奖16项，三等奖20余项，获院厅级奖和省内外学术团体奖60余项，一项成果得到时任中共中央政治局常委、国务院副总理张高丽批示，有40余项研究成果获省部级领导肯定性批示。《中国三江源区生态价值及补偿机制研究》《中国藏区反贫困战略研究》《青海转变经济发展方式研究》《青海湖区生态环境研究》《青海藏区“河湟文明”的形成与民族和谐研究》《青藏地区经济一体化发展研究》《青海生态保护区生态移民后续产业发展研究》《青藏地区藏族和回族经济发展研究》《青海藏区生态移民后续产业发展问题研究》《祁连山生态环境综合治理对策研究》《八一冰川正遭受灭顶之灾》等研究成果在省内外学术界有较大影响。经济研究所多年来致力于为党政机关决策服务的同时加强学科建设，鉴于经济学分制学科众多而经济研究所人员流动大、科研人员少的情况，将本着小核心大外围，联合社会力量搞科研的思路，以本所为依托，课题为龙头，采取灵活多样的形式调动和组织社会有关专家学者共同开展经济研究。
成立于2004年5月，原名为法学研究所，2012年更名为政治与法学研究所。该所是青海省社会科学院研究地方政治与法学的专门机构。现任所长张立群。现有科研人员6名，其中教授1名，副研究员2名，助理研究员2名，实习研究员1名。
该所主要研究青海地方法治建设现实问题与党史党建相关问题。主要研究方向：一是青海地方法治建设研究；二是民族地区生态环境保护相关法律问题研究；三是少数民族民间法研究；四是党史党建研究。该所成立以来，先后发表多项优秀研究成果。截至2018年共发表学术论文、研究报告近200篇，主持或参与完成国家级课题7项，主持或参与完成省级课题10余项，主持完成相关部门委托课题或评估报告30余项。主要科研成果有《青海世居少数民族公民法律素质调查与研究》（著作）、《海西州党风廉政建设和反腐败工作评估报告》《青海省大众创业万众创新改革评估报告》《西部民族地区和谐社会的法制建设研究》《藏区维稳工作从应急状态向常态建设转变研究》《藏族习惯法与国家法的冲突与调适》《落实主体责任提升全面从严治党水平》《论党的群众路线的基本特征》等。科研成果中有10余项成果获省部级优秀成果一、三等奖，10项成果分获“西部法治论坛”一、二、三等奖，还有40余项成果获其他各类奖项。有10余项研究成果得到省部级领导的肯定性批示。
1982年成立塔尔寺文献研究室，1983年改称塔尔寺藏族历史文献研究所，与本院民族宗教研究所合署办公，1987年分署改为现称。历任所长：陈庆英、何峰、马林；历任副所长：张田友、何峰；现任副所长谢热。现有研究人员6名，其中研究员1人、副研究员3人、助理研究员2人。
该所主要研究方向为：一是藏族历史文献研究，主要进行古藏文文献、藏传佛教典籍的整理、翻译、研究；二是藏族传统文化的现代化转型与变迁重大理论与实践问题研究，重点探讨藏族传统文化的历史演进及其现代化变迁机制、路径及其模式；三是藏族历史研究，主要是藏族断代史、重要历史人物和重大历史事件、藏族与周边民族关系史，以及中央政权与各藏族地方政权关系史研究等；四是藏族经济社会发展研究包括运用文献资料和社会历史调查资料，研究历史上的藏族社会形态、社会制度，以及各藏区经济社会发展中有关政治、经济、宗教等重大现实问题研究；五是藏传佛教教义教理和藏传佛教寺庙研究；六是藏族语言文字即藏文语法、修辞、藏语文的规范化研究等。
截至目前，全所共出版学术专著、译著、工具书、古籍整理等60余部，发表论文、研究报告、译文等600余篇。主要成果有《蒙藏民族关系史略》、《塔尔寺概况》、《元朝帝师八思巴》、《青海藏传佛教寺院碑文集释》、《中国藏族部落》、《藏族部落制度研究》、《果洛藏族社会》、《〈格萨尔〉与藏族部落》、《历辈班禅年谱》、《藏传佛教与藏族社会》、《佛学基础原理》（藏文）、《历史的神奇与神奇的历史——五世达赖喇嘛传》、《藏族生态文化》《历辈达赖喇嘛形象历史》、《传统与变迁——藏族传统文化的历史演进及其现代化变迁模式》、《角斯部落发展史》（藏文）、《村落信仰仪式——河湟流域藏族民间信仰文化研究》、《热贡宁玛派教法史》（藏文）、《观念信仰与习俗——藏族招福观及其文化特征》（藏文待出版）。主要译著有《汉藏史集》《三世、四世达赖喇嘛传》《五世达赖喇嘛传》《章嘉若必多杰传》《东噶佛学大辞典·历史人物类》《夏琼寺志》《文艺复兴时期的三大伟人》《世界风貌》《话说地球》《藏族历代文学作品选》《当代藏族研究生论文精选》《金刚橛详解》《藏密医术文献汇编》。
建所至今，共承担完成国家社科基金立项课题约15项；获第四届中国藏学研究“珠峰奖”（国家级）一等奖、三等奖各1项、省部级优秀科研成果荣誉奖1项、二等奖5项、三等奖12项、鼓励奖5项，多项研究报告获省上主要领导的肯定性批示。目前每人均承担一项国家社科基金立项课题。
1978年10月成立民族宗教研究室，1996年6月改为现称。历任所长刘醒华、蒲文成、穆兴天、马连龙；副所长蒲文成、拉毛扎西、穆兴天、吕建福、拉毛措、马连龙、鄂崇荣。现任所长鄂崇荣。先后有25名研究人员在所内工作。现有人员6名，由汉、藏、土、蒙古、撒拉5个民族组成，其中研究员1人，副研究员1人，助理研究员4人。
该所以青海主要宗教和世居少数民族为研究对象，始终坚持马克思主义基本立场观点方法，通过文献研究、田野调查、统计分析等手段，对青海民族宗教问题进行多视角、多方位的基础理论和对策应用研究。多年来在民族历史、民族文化、民族理论与政策、藏传佛教、秘密佛教、伊斯兰教、民间信仰、宗教与现代社会相适应、民族团结进步创建等领域进行了大量的社会调查和科学研究工作。先后进行了我国藏区社会历史、宗教和藏传佛教教派、中国民族村寨调查、中国少数民族现状与发展调查研究、青海农牧区民间信仰与两个文明建设、青海宗教现状大调研、青海民族问题大调研、三江源区生态保护与建立生态补偿机制、青藏高原山水文化、青海民族团结进步创建活动评估等大型调研工作。
至2018年共承担国家基金课题13项，省部级课题12项，委托课题20项。共出版专著、译著45部，发表学术论文和调查报告300多篇，资料及其他成果17种，文字总量1000多万字。主要专著有《中国密教史》《觉囊派通论》《甘青藏传佛教寺院》《塔尔寺概况》《藏传佛教与藏族社会》《历辈达赖喇嘛与中央政府关系研究》《藏文化与藏族人》《大日经研究》《批判精神》《章嘉国师传》《藏密溯源》《青海民间信仰》《土族民间信仰解读》等；合作编写《青海少数民族》《藏文古体诗格举例汇编》《青海藏传佛教寺院明鉴》《历代达赖喇嘛与班禅额尔德尼年谱》《邓小平民族理论与实践》《藏族生态文化》《镜鉴——青海民族工作若干重大历史事件回顾》《佛教二百题》《中国百县市调查湟中县》《中国少数民族现状与发展研究丛书·玛沁县·藏族卷》《中国少数民族现状与发展研究丛书·互助县·土族卷》《青海藏族人口》《守望精神家园》《青海藏区社会稳定研究》等；主要译著有《七世达赖喇嘛传》《六世班禅洛桑巴丹益希传》《佑宁寺志》《如意宝树史》《西藏简明通史》《夏琼寺志》等；参加了《中国各民族宗教与神话大辞典》《东噶藏学大辞典·历史人物卷》《青海百科全书》《青海百科大辞典》《藏族大辞典》等工具书的撰写翻译工作。
共有30多项成果获省部级以上奖励，其中获中宣部“五个一工程”的入选作品奖1项，入选中央组织部、中央宣传部、中央党校、中央文献研究室、中央党史研究室、教育部、中国社会科学院、解放军总政治部等八部门组织为纪念中国共产党成立90周年理论研讨会论文集1篇。获省部级优秀科研成果二等奖9项、三等奖8项、鼓励奖8项。主持完成的国家社科基金西部项目《藏传佛教文化在港澳台地区的传播与发展态势研究》结项等级为优秀，国家社科基金一般项目《多元文化背景下多民族民间信仰互动共享与变迁研究——以青海地区为例》，国家社科基金西部项目《青海蒙古语地名研究》《藏区多元宗教共存历史与现状研究》等的结项鉴定结果均为良好等级。
多年来该所完成的诸多现实问题研究成果，为青海经济社会发展和青海省委省政府决策提供了智力支持。从2000年至今，共有20余项成果获得省委省政府领导批示肯定。其中穆兴天同志执笔撰写的《关于信教群众宗教负担的调研报告》，获得青海省委主要领导的批示肯定，为青海省社科院建院以来获得的省委主要领导的第一次批示，该文同时被中央统战部相关资政平台全文转载；参看加同志完成的《新形势下藏传佛教现代高僧培养问题的解决之道》一文获时任中央政治局委员、中央统战部部长孙春兰批示。此外，本所科研人员撰写的《应关注新一代宗教界代表人士的培养》《中国共产党处理藏传佛教问题的探索与启示》《维护青海藏区稳定的一些思考》《近年来青海省藏传佛教青年僧侣思想动态研究》《青海对蒙古、俄罗斯涉藏工作对策研究》《青海“平安寺院”建设评价及有关建议》《青海藏区杰钦修丹信仰分歧对策思考》均得到时任省委主要领导的高度评价或批示肯定。另外，本所科研人员主持或参与完成的三江源区生态环境建设和生态补偿机制、民族宗教工作、构建和谐民族关系、构建积极健康的宗教关系、发展民族文化旅游、培养宗教上层人士以及积极引导宗教与社会主义社会相适应等方面的研究成果，引起省委省政府的重视，部分成果被采纳应用到相关部门和地方实践当中。
所内除长期坚持立足地方风格、民族特色研究专长之外，还与时俱进，把握时代脉搏，加强海内外学术交流。除积极邀请地方知名学者、海内外著名学者到所内进行学术合作和学术讲座外，本所科研人员先后还利用各种渠道和平台，就“藏传佛教在全球传播发展研究”“藏传佛教在港澳台地区的传播与发展态势研究”等各类课题到印度、蒙古和我国港台地区进行考察调研，参加蒙古科学院和蒙古国立大学联合承办的“第13届国际藏学研讨会”等国际和全国学术会议39余次。本所科研人员参加全国性和全省性学术团体共20多个，并兼任部分学术团体副会长、副主任、常务理事、理事等职。
2000年3月由原历史研究所与原文学研究所合并而成。原历史研究所成立于1978年10月，时称地方史研究室，1984年更名为历史研究室，与青海地方志编纂委员会办公室（成立于1983年12月）合署，1986年分署改名，历任所长有王昱、崔永红、马进虎，先后有18人在该所工作。原文学研究所成立于1986年3月，历任所长赵秉理、副所长拉毛扎西，先后有6人在该所工作。文史研究所现有研究人员7名，其中研究员2名、副研究员4名、助理研究员1名，学历构成较高，其中博士2人、硕士4人、本科1人。
文史研究所属青海社科院具有地方特色的优长学科研究机构之一。其中原历史研究所的研究方向是中国历史，重点是青海地方历史，多年来在青海通史、断代史、沿革地理、经济史、民族史的研究方面以及古籍整理、新方志编纂、史学普及领域取得了丰硕的成果，出版了《青海方志资料类编（上、下）》《青海历代建置研究》《青海简史》《青海经济史》《南凉志》《方志理论与新志编纂》《盐业志》《中国国情丛书——百县市经济社会调查·格尔木卷》《中国国情丛书——百县市经济社会调查·湟中卷》《黄河上游地区历史与文物》《当代青海简史》《马步芳在青海1931～1949》《青海近代社会史》《青海通史》等论著，曾筹办全省性学术研讨会3次，协办全省性爱国主义的知识竞赛和电视大奖赛。原文学研究所坚持以研究青海地方民族文学为方向，以研究藏族史诗《格萨尔》为重点，兼顾研究中国文学的重大理论与实际问题，先后开展格萨尔、蒙古族文学、土族文学、毛泽东文艺思想、邓小平文艺理论等领域的研究，编著有《格萨尔学集成》《格学散论》等，先后参加了第一、二、三、四届《格萨（斯）尔》国际学术讨论会及青海省第一、二届《格萨尔》学术讨论会。
文史研究所成立以来，以青海地方历史、青海民族民间文学为重点研究对象，同时兼顾文化青海建设战略、文化产业、非物质文化遗产研究、人才发展等应用对策研究，推出了《青海省志·建置沿革志》、《青海史话》（共两辑）、《明代以来黄河上游生态环境与社会发展变迁研究》、《唐蕃古道与文成公主》、《两河之聚——文明激荡的河湟回民社会交往》《国家与社会关系视野下的明清河湟土司与区域社会》、《土族社会现状调查研究》、《中华民族全书·中国土族》《青海省情丛书·青海历史》《元代以来藏传佛教寺院管理研究》、《丝绸之路青海道志》等一批有较高学术质量的科研成果。曾于2008年7月承办“第十一届全国文学所所长联席会暨地域文化多样性与和谐社会建设研讨会”，于2017年12月承办唐蕃古道联合申遗前期研究第二次协调工作会议，受到与会者的好评。截至2018年7月，先后出版学术专著（含参与）58部，发表学术和撰写研究报告论文544篇，完成工具书、译著、综述、文学评论、散文等114项，承担完成国家级、省级课题25项，总成果量2250万字。先后有38项科研成果获省部级优秀成果一、二、三等奖，《青海历史文化的内涵及其在现代旅游中的开发利用》（王昱主持）、《近百年来柴达木盆地的开发与生态环境变迁研究》（王昱主持）、《明代以来黄河上游生态环境与社会发展变迁研究》（崔永红主持）等3项国家社科基金项目获“优秀”结项等级，《青海简史》《青海通史》《青海经济史》《青海省志·建置沿革志》《格萨尔学集成》等著作在省内学术界有较大影响。
社会学研究所原名为哲学研究室，成立于1978年10月，1980年5月更名为马列主义毛泽东思想研究室，1986年6月更名为哲学研究所，1990年9月改为哲学社会学研究所，2013年改为现名，是青海省社会科学院社会学研究的专门机构。先后有30余名研究人员在所内工作。历任所长：隋儒时、魏兴、朱玉坤；历任副所长：陈依元、邢海宁、徐明、拉毛措、刘成明。现任所长拉毛措。现有研究人员6名，其中研究员2名、副研究员1名、助理研究员3名；硕士4名，本科2名。
长期以来，社会学所坚持理论联系实际的原则，以马列主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观和习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，立足本省，以马列主义毛泽东思想、邓小平理论、科学技术哲学、党史党建、民族社会学、宗教社会学、妇女社会学、人口社会学及应用社会学为重点研究学科，主要研究青海省经济社会发展和社会转型过程中重大社会热点难点问题，同时，总结科学技术的新发展探索社会主义市场经济条件下的物质文明和精神文明建设问题；进行美学、科技哲学、观念变革和人的素质研究；进行社会心理学、社会文化学、应用社会学和民族宗教社会学方面的调查研究，先后推出了一批高质量的科研成果。截至2017年底，出版学术专著（含参与）25部，论文集3部，教材10部，工具书5部，发表学术论文800余篇，调研报告100余篇；承担国家社科基金项目《藏传佛教和伊斯兰教文化圈女性价值观比较研究》《青藏地区基层宗教组织与社会稳定的社会学研究》《青藏地区加强创新社会管理研究》《青藏地区城镇化进程中青年就业问题的调查研究》等14项，省级项目《青海省世居少数民族妇女问题研究》《促进青海区域基本公共服务均衡研究》等5项，委托项目10余项。主要专著有《走向系统、控制、信息时代》《交通事故透析》《新时期毛泽东思想发展研究》《走向毒品王国》《青海人论》《刘少奇经济思想研究》《藏族妇女问题研究》《青海回族史》《青海伊斯兰教》《青海回族历史与文化》《撒拉族人口》《藏族妇女文论》《青海妇女社会地位研究》、《科学发展观与西部和谐社会建设》等。独立、合作和参与的26项成果分获青海省哲学社会科学优秀成果荣誉奖和一、二、三等奖，2项成果获国家七部委入选奖，其中《邓小平及党的第三代领导集体的宗教观分析》《试析抗日战争时期延安廉政建设的历史经验》荣获全国七部委研讨会入选奖、青海省第七届和第九届哲学社会科学优秀成果荣誉奖；《青海多元民俗文化圈研究》《青海加强和创新社会建设与社会管理研究》获青海省第十次哲学社会科学优秀成果专著类和论文调研报告类一等奖；《刘少奇经济思想研究》获中国社会主义经济思想研究中心首届优秀成果一等奖；《现阶段中国西部与青海观念变革的若干思考》获全国社会主义初级阶段理论研讨会优秀论文奖；《西宁市毒祸之患的调查与思考》获21世纪中国经济社会与社会学的历史使命全国理论研讨会二等奖；《青海省城镇各社会阶层状况调研报告》《青海回族史》《关于打造“西宁毛”品牌，加快申报国家农产品地理标志的调研报告》《中国西部城镇化发展模式研究》《当前青海伊斯兰教事务管理工作中需关注的几个问题》分获青海省第八、九、十一次哲学社会科学优秀成果二等奖。9篇调研报告获得省部级领导批示。
为了开阔研究视野，提升研究能力，该所注重对外交流，提倡“走出去，请进来”的交流模式，全体科研人员曾赴甘肃兰州大学进行了集中学习培训，接纳美国弗吉尼亚大学宗教系邵云东博士为该所访问学者，实现了与国外学者的直接交流，成功举办“全国社科院系统中国特色社会主义理论体系研究中心第十五届年会暨理论研讨会”，举办地方特色文化系列学术讲座，邀请相关省内专家学者来所进行交流等，增进了了解，开阔了视野，业务知识和能力得到进一步提升；同时，科研人员通过参加“西部之光”访问学者等，取得了良好效果。
在新时代，全所科研人员通过自学、参加业务培训、提高学历、加强交流等措施，进一步提升了业务素质；通过合作完成集体项目等方式，逐步打造一些具有一定影响力的科研成果；通过参与国内外学术交流等方式，广纳学术信息，开阔学术眼界，进一步融入国内外学术领域并逐步提升科研人员在本领域的影响力；强化“深入基层，深入调研”，及时掌握第一手资料，为青海省经济社会发展和省委省政府决策提供高质量高品质的咨政服务和智力支持。
生态环境研究所成立于2014年12月，研究方向定位于生态文明、生态环境保护与建设、体制机制和自然保护地建设。研究领域包括：自然资源保护和利用、自然环境保护和治理、生态产业发展、绿色循环经济发展与布局、生态城市和生态农村建设、青藏高原生态安全、生态文明建设的空间结构、青藏高原生态区划和生态系统评价。
本所现有职工5人。其中，副研究员2名，助理研究员2名；博士2名，硕士1名。现任负责人为毛江晖。
成立以来，本所即主动适应青海经济社会发展新常态，紧扣青海生态文明建设大局，积极承担并完成了多项课题的研究任务。其中，国家社科基金项目2项，即《青藏高原城市化发展与生态环境耦合协调发展研究》《青藏高寒农业区贫困与生态安全问题研究》；省级课题1项，即《生态文明背景下青海藏区绿色发展水平评价及其路径研究》。院级重点课题6项，主要有《以生态保护优先理念协调推进经济社会发展研究——以海北州为例》和《2020年青海实现基本公共服务均等化的标准与路径研究》；院级一般课题10项，主要有《青海生态文明先行区建设综合评价和比较研究》和《生态文明视角下青海生态文化建构研究》；在国家中文核心期刊发表文章5篇。此外，还完成了《青海生态文明先行区建设综合评价与比较研究》《生态文明视角下青海生态文化建构研究》《三江源国家公园体制试点第三方评估报告》《三江源区生态保护红线社会稳定风险评估》《青海省生态保护红线社会稳定风险评估》等应用性研究项目。
本所将秉持“格物求是、创新敦行”的发展理念，力争经过一定时间的建设和发展，形成更加稳定和成熟的研究团队和方向，并整合各方人力资源和建设平台，通过一定时间的持续积累，大幅度提升本所的学术竞争，力争五年到十年使其学术影响力在省内具有较高知名度。