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本研究在分析国家自主创新示范区建设背景、发展进展的基础上，从发展策略、创新资源、创新机制、创新能力等多角度、多层面出发，对国家自创区建设发展情况进行综合比较，进而剖析国家自创区在建设发展中的共性特征、发展趋势与特色优势，建立国家自创区创新能力综合评估模型，以郑洛新国家自创区为实证研究案例，对郑洛新国家自创区创新能力进行定量评估，并结合国家自创区比较研究结论和经验启示，在剖析郑洛新国家自创区建设发展现状、问题挑战的基础上，提出加快推进郑洛新国家自创区发展的对策建议，以期对推动国家自创区高质量发展有所启示和提供参考借鉴。
文献资料法。主要是收集整理各方的文献资料和数据信息，对各个国家自主创新示范区的基本情况进行梳理，并对实证分析对象——郑洛新国家自主创新示范区的相关资料进行深度整理和分析，充分挖掘各种文献资料中的有效信息，为自创区比较研究提供支撑。
比较分析法。从总体情况、发展策略、创新资源、创新机制等多角度、多层次对国家自主创新示范区建设发展展开比较分析，揭示国家自主创新示范区建设中的趋势特征、现实问题和特色差异等。
定量分析法。综合运用层次分析法、加权综合评价法等定量分析方法，探讨国家自主创新示范区在现状成效、创新能力以及分类特征等方面的量化评估情况，揭示主要研究结论，为对策建议提供定量依据和支持。
实证分析法。聚焦各国家自创区建设发展现状，一方面立足各自创区发展实际，系统比较并深入剖析各国家自创区的现状特点，总结建设发展经验启示；另一方面以郑洛新国家自创区为重点实证案例，系统比较并研究郑洛新国家自创区与其他国家自创区建设发展中的特色、优势与不足，进而在分析郑洛新国家自创区发展现状、问题挑战的基础上提出其发展重点及对策建议等。