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各国家自创区在实施方案、发展规划或规划纲要中均明确提出了自身的发展目标，从对各国家自创区发展目标的比较分析来看，具有以下较为突出的共性。一是各自创区基本上明确了自身的近期、中长期乃至远期发展目标，将其作为区域努力方向并围绕目标制定实施路径和工作重点。根据各国家自创区获批成立的时间不同，其规划期的设置也不同，但是基本上包含对2020年发展目标的描述，这也是出于保持自创区发展目标与“十三五”规划、决胜全面建成小康社会目标以及其他区域经济社会发展规划相互衔接的考虑。二是各国家自创区的发展目标既包含定量指标，也包含定性指标，既有对指标数值的明确，也有对状态或水平的描述，定量目标与定性目标相结合是各国家自创区制定发展目标的共同特征。三是各国家自创区的发展目标基本上包含总量的目标值以及创新产业发展目标、创新投入目标、创新人才等创新资源方面的目标。由于考虑目标的精确性和可比性，本研究对各国家自创区发展目标中的定量指标进行了收集汇总和比较分析，主要情况如表3-4所示。
表3-4 国家自主创新示范区主要发展目标比较（2020年）
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需要说明的是，表3-4仅对各国家自创区发展目标中有具体量化数值的指标进行了汇总比较，指标数据来源为目前课题组收集到的各国家自创区公开发布的实施意见、发展规划或规划纲要等对相关内容的表述；其中，福厦泉国家自创区的发展目标中，只有对2020年福州、厦门、泉州3个高新区的目标指标的量化表述，未见对福厦泉国家自创区整体发展目标的表述，在2025年发展目标中有对福厦泉国家自创区总体目标值的表述，所以表中列出的指标值为2025年的目标值；兰白国家自创区的发展目标中列出的是2022年的指标数值，所以表中列出的指标值均为该自创区到2022年的目标。
从表3-4中对各国家自创区发展目标的比较来看，主要表现出五个特点。
从表3-4中所列国家自创区总体发展目标的指标值来看，不少国家自创区都明确提出要打造万亿级发展区，例如天津、武汉东湖、长株潭、西安、成都等国家自创区都提出了总收入或总产值到2020年达到万亿级以上的发展目标。保持一定的发展体量是国家自创区提升综合实力和竞争力的必然要求，一方面体现着国家自创区的建设发展增速加快，另一方面也是国家自创区发挥引领、辐射、带动区域创新发展作用的必要条件。
大多数国家自创区提出到2020年研发经费占生产总值比重目标值集中在3%～5%，此外，北京中关村国家自创区提出到2020年，企业R＆D经费支出占GDP比重要达到12%；上海张江国家自创区提出企业R＆D经费占销售收入比例要达到6%，西安国家自创区提出企业研发经费支出占比达到6%以上。综合来看，基本上各国家自创区提出的研发经费占生产总值比重目标都远高于全国平均水平。在国家统计局2017年10月公布的《2016年全国科技经费投入统计公报》中，2016年全国研究与试验发展（R＆D）经费投入强度（与国内生产总值之比）为2.11%，比上年提高0.05个百分点。应该说近年来我国研发经费投入强度一直都保持了稳步增长的态势，这既得益于我国经济社会发展的稳步上升，也得益于创新驱动发展战略日益受到重视和持续深入推进。与国际水平比较，经合组织36国的研发经费投入强度平均水平达到2.4%，比我国高了约0.3个百分点；但是与欧盟15国的平均水平相比，欧盟15国的平均水平比我国低了0.03个百分点。从上述分析可以看出，我国研发经费投入强度与发达国家的差距正在逐步缩小，这也为我国努力提升自主创新能力和水平提供了有力支撑。具体到国家自创区来看，作为肩负引领创新发展使命的特殊区域，国家自创区的研发经费投入强度高于全国平均水平是自创区引领创新发展的必然要求，同时作为创新资源、创新活动的聚集区和密集区，这也是其现实选择。
从表3-4中可以看到，各国家自创区普遍对高新技术产业和高新技术企业的发展提出了明确的目标。从相关指标的选择来看，既包括结构性指标，也包括总量性指标。在高新技术产业发展的目标指标中，较多采纳了如高新技术产业产值占规模以上工业产值的比重等结构性指标，以便综合体现高新技术产业的规模增长和整个工业结构的优化升级。在高新技术企业发展的目标指标中，则较多采纳了高新技术企业数这一总量指标，并通过销售收入、创新竞争力等对企业的类型进行了界定，以便充分体现区域高新技术企业的发展特点和实际需求。
从表3-4所展示的自创区人才引育、团队培养等人才相关指标目标的情况来看，首先是结构性指标和总量性指标并存，既有提出人才总体数量目标值的，也有提出人才所占比重目标值的；其次是人才指标普遍体现出强烈的开放视野，如北京中关村国家自创区、杭州国家自创区、珠三角国家自创区等均提出要引进一定数量的海外高层次人才或留学归国人才；再次是人才发展目标普遍与创新创业指标相通，如天津国家自创区、杭州国家自创区、合芜蚌国家自创区等在明确提出人才发展目标的同时，提出了众创空间、孵化器、创新平台等创新创业平台载体相关目标指标值。
发明专利授权量和拥有量作为含金量高，体现着科技研发产出能力和市场化水平的重要指标，是衡量一个区域自主创新能力的主要表征，已经被纳入五年发展规划指标之中。
从发展目标的比较分析来看，虽然该部分比较分析只是汇总了部分国家自创区提出的目标指标，而且只对明确了具体数值的量化指标进行汇总、比较，但是依然可以从比较中发现几个值得关注的方面。
国家自创区在区域发展中的创新高地、创新标杆等功能作用在目标中充分体现，无论是从各国家自创区提出的生产总值目标、总收入目标，或是科技进步贡献率目标来看，国家自创区在创新驱动区域发展的能力与水平上都居于领先地位、引领地位。
这一点在结构性指标上体现的更为突出，如合芜蚌国家自创区、珠三角国家自创区、西安国家自创区、杭州国家自创区等的战略性新兴产业或高新技术产业占比目标值都达到50%以上，郑洛新国家自创区和山东半岛国家自创区提出高新技术产业产值占规模以上工业总产值的比重分别达到65%、75%以上。
从研发投入上看，到2020年，国家自创区的科技研发投入水平即将达到甚至超过先进国家水平，大多数国家自创区提出的相关目标值中，研发经费投入占生产总值的比重为3%～5%，接近甚至超过日本（3.49%）、韩国（4.23%）、以色列（4.25%）等创新型国家，创新投入水平的不断提高，为国家自创区率先探索创新引领之路提供了有力支撑。
从研发活动产出来看，各国家自创区提出的万人发明专利拥有量目标值存在一定差异，最高值与最低值之间存在较大差距。但是与全国平均水平和非国家自创区相比，国家自创区在研发活动产出上还是处于领先水平。同时也要看到，与发达国家相比，国家自创区在科研产出质量和市场应用水平上依然具有一定的提升空间。
比如北京中关村国家自创区、天津国家自创区和西安国家自创区都提出了要培育具有全球影响力的创新型企业，引进海外高层次创新人才，北京中关村国家自创区和上海张江国家自创区还提出了国际专利方面的目标值。
从各国家自创区发展目标的比较分析中也发现一个较为突出的问题，就是各国家自创区在发展目标中选取的指标各不相同，当然这不影响对相关领域发展目标的体现，但是不利于各国家自创区之间的横向比较，也不利于更加精准地掌握各国家自创区发展水平演进及其差异所在。