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蒋介石复职后，着手召开二届四中全会。会前，蔡元培、吴稚晖、李石曾等监察委员提议不准与广州事变有牵连的粤派中委出席二届四中全会。国民党中常会决定汪精卫、陈公博、甘乃光、顾孟余四人停止出席全会。1928年2月2～7日，二届四中全会在南京举行。这次全会是国共分家以后，国民党举行的首次中央委员全体会议，也是南京国民政府成立后举行的首次中央全会。大会由蒋介石主导。蒋以总司令兼军委会主席，会后又兼任国民党中央组织部部长、中央政治会议主席。大会改变了国民党在联俄容共时期所制定的方针政策，标志着国民党从思想理论和政策制度层面完成了从革命党向执政党的转型。
汪派的政治前程因广州事变而陷入谷底。但在二届四中全会上，蒋介石对汪派留有余地。全会重新推举中央执行委员会委员、国民政府委员、军事委员会委员，汪精卫均榜上有名。粤派委员中，陈公博、顾孟余、何香凝、甘乃光、王法勤、王乐平、陈树人等仍保持中委资格。
汪精卫出走海外后，在陈公博主导下，发起了一场声势浩大的以改组国民党为诉求的思想宣传运动。这场以左派激进面目出现的运动赢得了一大批“清党”之后处于苦闷、彷徨中的年轻国民党党员的支持。在理论宣导的基础上，陈公博等人于1928年冬正式成立了“中国国民党改组同志会”，其组织形态与政党无异，实际上是在国民党之外另立一党。当时人呼之为“改组派”。改组派制定了自己的纲领和会章，建立了独立于国民党组织系统之外的中央领导机构和地方组织，推举部分粤方委员（陈公博、顾孟余、王法勤、王乐平、潘云超、朱霁青等）执行中央职权。地方组织则循着国民党既有的地方党部组织发展，结果进展十分顺利。“改组派地方组织的负责人，也几乎都是南京国民党地方组织的负责人，并且还不少是主要负责人。”
陈公博是改组派的实际领袖，而置身海外的汪精卫则充当“精神领袖”。改组派属于汪派的一部分，但不能完全等同汪派，因汪派人物和粤方委员并未尽入改组派（下文中，视情况或称汪派，或称改组派）。汪精卫本人即始终不承认是改组派的成员，尽管他赞成该组织，并对之发号施令。因他想当国民党全党的领袖，不愿被人视为一派之首。
改组派对南京中央的态度，有一变化的过程。陈公博在谈到改组派成立之初的情形时说：“改组同志会当时以政策为对象，而不是以人为对象，在当日成立时候，还是在汪蒋合作时期，因此，改组同志会对于南京人物始终保持一种沉默静观的态度。”直到“后来第三次全国代表大会开会，南京坚持一切代表均由指派，而粤方委员则主张选举，由是改组同志会和南京始立于反对地位”。
实际上，汪派继二届四中全会失势后，1928年8月召开的二届五中全会，粤派委员出席问题再度成为各方反对的目标，陈公博、顾孟余等未能出席。值此之际，胡汉民、孙科等从法国致电南京，倡议开始训政，设立五院。蒋介石鉴于全国政治名义上虽已统一，但各军系势力仍各据一方，难以驾驭，乃赞同胡、孙建议，邀彼等回国，以期增加中央政治号召力量。二届五中全会后不久，胡汉民、孙科从海外回国。10月，国民党中央接纳胡汉民草拟的《训政大纲》和“五院制”提议，将国民政府改制为五院制度。以此为契机，蒋介石与胡汉民合作，蒋担任政府主席，胡担任立法院院长。与汪精卫的左倾立场相比，胡汉民的右倾立场与国民党“清党”和执政以后的保守趋向更相妥恰。蒋、胡既合作，蒋氏便无继续与汪派妥协的必要。汪派人物遂被摒弃于中枢之外，在五院中未能捞到一席之地，完全沦为在野派。汪派对蒋、胡操纵下的南京中央自然极表不满。
1928年底，东北易帜，国民党形式上统一了中国。然欲迈向实质性的统一政局，端视党权、军权能否归于一统。其具体办法即为实施军队编遣和召开国民党三全大会。而其结果，编遣会议加深了军人之间的相互疑忌，而国民党三全大会则促成了党人之间的相互敌视。
“清党”以来，蒋介石的新领导地位及其对党的路线所做的大幅度的修正，始终没有得到全党的正式认可，故对他而言，召开一次新的全国代表大会实有其必要。也因为此，蒋氏亟欲完全掌控三全大会的政治方向和人事安排。1929年3月15日，第三次全国代表大会在南京开幕。这次大会是国民党执掌全国政权后首次召开的全代会。按照国民党党章的规定，全代会将产生新一届中央执监委员会。这意味着党的最高权力资源将重新分配，自为党内各派所瞩目。大会代表如何产生，首先成为党内关注的焦点。法理上，大会代表应由各省党员选举产生。但南京中央以党员总登记未完成，多数省区尚未成立正式党部为由，决定大会代表以中央指定为主，地方选举为辅的办法产生。当时地方党部的政治态度和派系立场十分复杂，有拥蒋派、拥汪派、拥胡派及西山会议派等。其中以拥汪派力量最为雄厚。特别是陈公博的改组派理论在地方党部和基层党员中产生了巨大影响。对于这一局面，蒋介石自然亦了然于胸。如果完全采取自由选举的办法，南京中央难免失控。
当南京中央公布“三大”代表产生办法后，各地反对声浪四起。江、浙、鲁、皖、豫、冀以及京、沪、平、津等省市党部均通电声言不能接受。但地方党部的反对声浪在某种程度上更坚定了南京中央指派和圈定的决心。据统计，实际出席“三大”的代表有358人，其中直接选举产生者80人，仅占22.4%；由地方党部选出加倍人数，由中央圈定者105人，占29.3%；由中央指派者173人，占48.3%。
大会代表产生后，以陈公博为首的改组派以党内民主为诉求，严词攻诋，指认大会代表指派比例占到96%以上，“实在算不得什么代表大会，只配说蒋先生个人的御用会议”。
大会开幕前夕，汪精卫、陈公博、顾孟余、何香凝、王乐平、甘乃光、王法勤等粤派委员发表宣言，强烈反对南京召开第三次全国代表大会。宣言发表后，立刻得到十余个省市党部的响应。他们在上海成立“中国国民党各省市党部海外总支部联合办事处”，并发表通电，拒绝接受南京中央的领导，拟由“二届中委”另行召集“合法的第三次全国代表大会”，推翻南京的“伪中央”。在改组派的推波助澜下，迅速在全国范围内，尤其是中下层党部和党员中，展开了一场激烈的反三全大会运动。号称有13个省党部、5个市党部和5个海外党部参加了这个办事处。
如此声势浩大的下级反抗上级、地方围攻中央的举动，在国民党历史上空前绝后。
各地党部的反三全大会运动，使南京中央大为困窘，也凸显了南京中央无法驾驭中下级党部的事实。但改组派除了通电宣言外，缺乏更有力的抗争武器。国民党三全大会仍如期召开。大会追认了“清党”以来的新路线和以蒋氏为首的新党中央。汪派代表人物则受到严厉的整肃：陈公博、甘乃光被“永远开除党籍”，顾孟余被开除党籍3年，汪精卫则受到书面警告。汪派与南京中央彻底破裂。
“三大”产生新一届中央执行委员36人，候补执行委员24人，监察委员12人，候补监察委员8人。内中蒋派占绝对优势。据当时人观察，在80名中央委员中，蒋派占了44人。会后，蒋介石以中央常委兼组织部部长，而以其亲信陈果夫兼组织部副部长，陈立夫任中央党部秘书长。陈氏兄弟执掌国民党中央组织大权后，在全国各地迅速凝聚一股以国民党地方党务干部为基础的政治派系势力。人称CC系。
第三届中委中，汪派和西山会议派基本上被排斥出局。地方军系中，阎锡山、冯玉祥首次当选，而桂系因出兵湖南逼迫湖南省主席鲁涤平去职，受到大会处分，李宗仁、李济深、白崇禧等被“永远开除党籍”。这一权力资源分配的新格局，埋下了日后左翼之汪派、右翼之西山会议派与地方军系联手反蒋之伏笔。
依据1928年10月国民党中央常会通过的《训政纲领》，“中华民国于训政时期，由中国国民党全国代表大会代表国民大会领导国民行使政权”。
国民党“三大”追认了这一《训政纲领》。这意味着国民党全国代表大会由党的最高权力机关，提升为国家的最高权力机关。径以党的全代会代行国民大会的职权，以党魁遗教代行国家之宪法，
充分体现其浓烈的党治特色。
与前两次全代会相比，国民党“三大”通过的决议案不再囿限于党务，还包括政治、外交、军事、经济、教育等一系列重要决议案。这些决议案被视为国民党训政时期国家施政的基本准绳。
国民党“三大”对党章做了大幅度的修正：一是实行预备党员制度；二是加强党纪，如规定党员不得加入其他政党，不得有小组织；已开除党籍之党员，不得在政府机关服务等；三是废除“党团”制度。此外，全国代表大会会期，由一年改为两年。