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司法改革是冲破利益羁绊的系统推进，其摒弃了以往的零敲碎打，不再是司法运行机制的修修补补，而是在调整利益格局基础上的根本制度改革，不仅有增量的创新，也有存量的改进，具有相当重要的价值。毫无疑问，任何深层次的变革都需要系统的配套制度与有效的贯彻落实，基于实证数据的分析，上海法院司改值得进一步完善之处包括以下几个方面。
“四五”改革纲要提出了员额管理应结合“经济社会发展状况、人口数量、案件数量等基础数据”。接下来的员额配置难点在于，上海地区33%员额不是一个恒定比例，上下级和同级法院、检察院之间应逐步打破编制造成的樊篱，根据实际的“工作量”更为合理地配置员额。简单地说，就是根据不同法院、检察院的案件数量、案件类型、繁简分流、难易程度、交通状况、队伍结构、业务素质、保障条件等因素敲定办案实际的承受工作量，而不是司法统计数据，进行员额配比的大样本定量分析。
法院进行分类管理将会有一部分不符合要求的法官分流、退出，如何界定未入额法官的身份，是审判人员还是辅助人员，是不是未入额的法官就“一刀切”地转任为法官助理，值得进一步推敲。毕竟人员分类管理后，法院的工作人员分为法官、审判辅助人员和司法行政人员三类，审判辅助人员包括法官助理、书记员、司法技术人员、司法警察等。未入额的审判员一律降格转任为法官助理，会遭遇一定阻力。
除了法官助理的配比既应考虑办案团队的构建，应为未来有序入额设计合理的规模。在此基础上，是否可以更进一步考虑“雇员制”的审判辅助岗位的设计，即不仅书记员等一般性辅助岗位可以采取“雇员制”，而且包括肩负诉讼保全、庭前听证、主持调解、事实查明、争点筛选、起草裁判文书等更多职责在内的法官助理，也可考虑引入“雇员制”，培养与分流“双轨制”并存，为法官遴选保留适当的法官助理比例即可。
司法责任应当坚持社会合理性，寻找社会自我防卫和个人权利发展的结合点；坚持责任的谦抑性，在可能和允许的范围内实施落实改革责任；坚持责任的比例性原则，过分地强调责任和过分地给予权力带来的后果是一样的，需要注意二者的平衡。对此应进一步理顺审判权、审判管理权和审判监督权之间的关系。事实上，司法权的“独立”行使不等于不要“监督”，“去行政化”不等于“去审判管理”，缺乏对审判权独立行使的监督制约可能会带来审判质效下滑，甚至会产生新的司法不公、司法腐败等问题。
进一步推动司改有赖于揭示更多改革背后潜在的更为深层次的难点和症结，比如，实证研究结果显示，“从优秀律师、法律学者中公开选拔法官D14”指标的制度满意度与制度落实情况均不是太高；“推动建立与法官单独职务序列配套的薪酬制度D16”指标的制度满意度较高，但制度落实情况不佳，这种情况相当程度上源于改革之前的不少局部地区补贴过度，导致改革之后的薪酬上升幅度不显著，甚至少数地区还有回落，让这部分原来的既得利益群体的改革获得感不强）。此外，健全完善“‘法官任职回避制度’和‘一方退出’机制D8”指标的制度满意度不是太高，但制度落实情况最佳等。
司法改革后法官的权力更大、责任更大，对法官的素质要求将更高。但在现有的法官队伍中，一些法官的素质及能力与其承担的法律赋予的司法职责和日益繁重的司法任务还有一定差距。入额法官和法官助理有部分相对从事司法经历较短、办案经验不足，仍亟待提升。需要进一步健全和完善法官的选拔、遴选和交流机制，健全和完善以培养法官的政治素质、法律素质、专业素质、职业操守等为重点的法官教育培养机制。
截至2016年7月27日，2016年新收超过2万件基层法院排名前十的法院中，上海地区法院占据3席，分别是第1位的上海浦东新区法院新收78472件、旧存11657件，总收案90129件；第6位的上海市闵行区法院新收33006件、旧存6041件，总收案39047件；第10位的上海市徐汇区法院新收31618件、旧存4489件，总收案36107件。以往的案多人少问题有待进一步寻找破解路径，目前存在的主要问题为：法官的精力牵扯过多，知识难以更新；片面追求高结案率、高调解率，案件的质量无法保障；大量的案件涌进法院，法院付出的司法成本日益沉重；长时间、高负荷工作，法官的身心健康受到损害。
近年来，中国侵害法官权益情况频频出现，法官的权益保护保障制度仍未建立，法官权益保护情况不容乐观。实证研究显示侵害法官人身权益事件主要包括：①对法官精神的侵害。受访者表示，曾经遭遇当事人言语辱骂的，超过88%；骚扰、威胁的40%；跟踪的27%。②人格、名誉的侵害。侮辱、诽谤的73%，发布不实信息的63%，贬低法官名誉的63%，还存在向纪检部门不实举报情况。③对法官身体的侵害。推搡、围堵的52%；伤害、杀害的20%。④对法官住宅、隐私的侵害。非法获取、公布联系方式、住址等私密信息的30%；侵入住宅的10%。⑤对法庭秩序的损害（同时侵害法官公权力和私权利）。哄闹、冲击法庭的65%；携带危险物品进入法庭的20%。⑥妨碍法官执行公务（法院外调查、保全、执行等）。干扰、阻碍法官执行公务的近50%。⑦对法官财产和人身权益的侵害。案例中，存在利用虚假视频，意图敲诈勒索的情形。
对于司法地方保护主义的遏制，除了应继续朝地方司法机关在财政、人事上减少对同级权力系统依赖性的方向，寻求改革突破之路，还需要在现有体制格局之下，设法促进地方党委、政府认识到不只片面关注短期利益，而是着眼于区域的综合竞争力，为地方司法机关提供依法独立行使审判权和检察权的环境。因此，除了统筹推进时可在地方官员政绩考核中增加改善区域司法环境软实力的衡量标准，以后地方司改的难点在于，进一步探索地方法院、检察院的改革举措及司法标准反过来对区域司法环境，乃至区域发展软实力的影响空间。
前期上海试点中相当比例的法官助理无法跟踪全案，只是为数名法官、检察官提供“片断”事务辅助，乃至兼任书记员之职，导致他们相对缺乏办案大局观，自身的水平提高很慢。同时，法官、检察官助理试点的“于法无据”，法定职责的经常交叉造成未形成对自己职责的独立认识，又难以按量取酬而只能无差别同酬，加上绩效评估和职级晋升不太科学，导致法官、检察官助理的不确定性和职业倦怠感逐步增强。
上海司法人员在体制外另择高薪法律职业的替代性较强，试点以来流失的办案中坚力量环比明显增多，且情况还在加剧。同时，上海首次从律师和学者选任法官未实际达到预设目标，除了薪酬倒挂，客观上缺乏前期的职业同质化训练也导致了“畏难”。另外，员额制分流后，不少年龄较大、资格较老而学历又较低法官降为法官、检察官助理，同时还有沉淀到行政岗位的“闲置人员”，需要建立起平稳过渡机制，尽力降低他们的负面情绪可能会对改革带来的冲击。
相对检察机关而言，法院之间、审级之间独立性显著，因此法官遴选交由上级法院会产生审级异化，而交给权力机构或司法行政部门，又可能难以实现审判独立。所以，设立相对独立、多方参与乃至以竞争方式组成的第三方委员会，专司荐任法官，已逐步为越来越多的国家所接受。
不过，上海司改试点成立的遴选委员会的最大“短板”在于，在功能上只涉及初任员额的遴选和惩戒，缺少作为司法机构长远规划的智库和进行司法预算第三方评估等更多角色的担当；而在构成上则基本以顶层设计部门的代表或专家为主，缺少更多下级法院、检察院和非法律代表的参与。此外，员额改革之初遴选的差额竞争又略显保守，随着员额遴选的常态化需要加大力度。
诚然，上海试点的司改并未把司法责任停留于抽象化表面，而是充分考虑到了司法本身就具有的“可错性”，比如，审级和再审制度的设立本身就为了纠错。因此，上海前期的阶段性改革所设定的责任承担规则要点在于，除非违法或犯罪导致错案才予以追究，基于正常的理性不足和认知偏差导致的错误，绝大多数实行“责任豁免”，只列入绩效考核。但是，放权后的司法责任制除了理顺错综复杂的独任法官/独立检察官、合议庭/主任检察官办案团队、审委会/检委会等之间的权限划分和责任范围，还应以司法运行既定的荷载为切入点，配套构建起比较立体化的司法过错责任追究的相应制度和机制。
新一轮司改提出了“重大改革于法有据”的原则，它要求改革过程里：需修法的先修法，先立再改；需解释法律来解决的，先释后改；需废止法律的坚决废止，先废后改；对确需突破现行法律的改革试点，应先行取得“立法授权”。客观而言，“货真价实”贯彻中央改革意图的上海试点，在改革的法治边界上极为审慎，基本上没有招致僭越立法权和挑战法律权威的批评，相当程度上避免了“违法改革”问题。但是，下一阶段司法改革到底如何在寻找框架内的合法性与改革的试水性之间的最大公约数，并能继续在技术层面上体现出来，则仍是深水区体制改革面临的巨大挑战。