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在介绍道教形成、发展的历史之前，先略述一下前人对道学的分类。盖“道教”一语，虽早见于先秦古籍，原是“以道为教化”之意，并非指一种宗教。道教的名称是在南北朝时的佛道论争中逐渐形成的，如顾欢《夷夏论》讲“佛教文而博，道教质而精”；刘勰《灭惑论》云“佛法炼神，道教炼形”等。道教的名称形成后，亦仍然包括在道家的大范围内，并不区别道家和道教的概念，如《魏书·释老志》和葛洪《抱朴子》均是如此。因为在道家学者看来，道乃是中国人智慧的源头，道学为诸子百家所本，连儒家的祖师孔子，都是老子的学生，成都青羊宫八卦亭的抱龙柱上，有“西出函关佛子拜，东来鲁国圣人参”的楹联，突出了老子在中国传统文化中的权威地位。道学肇始于伏羲、女娲，宗祖于黄帝，集成于老子，推而为杨朱、詹何、魏牟，演而为关尹、列子、庄子，汇而为稷下黄老学派、《吕氏春秋》、《淮南子》，阴阳家、神仙家为其分支，法家、兵家、纵横家为其流变。道家用为谋略，则有鬼谷子、黄石公一派；用以治世，则有伊尹、姜太公、管仲、张良、陈平、汉文帝、诸葛亮、魏徵、李靖、刘伯温一派；用而为遁世，则有石门、接舆、桀溺、荷
丈人、商山四皓、郑朴、严遵、严光、孙登、郭文举、陶潜等山林隐逸；用而为玄学，则有何晏、王弼、向秀、郭象、竹林七贤等清谈名士。其他天文、律历、谶纬、五行、卜筮、占验、医药、金丹诸方技术数，莫不是由道学蜕变而来。道学如此博大精深，体用兼备，道教和丹道，更是道学的发展和演变。这是从横的方面看，道家是包罗万象、秉要执本的，道教是杂而多端、分层别类的。从纵的方面看，道家是一种哲学学派，观点上有别于儒家、墨家，道教是一种民族宗教，有别于佛教、回教。《庄子·大宗师》借孔子之口，将道家和儒家首先作了区分，称儒家为游方之内的学术，道家为游方之外的学术。梁朝的阮孝绪在《七录》中，又把道分为方内的道家和方外的道家。梁代刘勰则把道家分为上、中、下三品，北周道安亦以这三品来区分道教。
宋代马端临又将道教分为清静、炼养、服食、符箓、经典科教五类。近人梁启超将道家分为玄学正派、丹鼎派、符箓派、占验派四派之学。清儒纪晓岚在《四库全书总目提要》中说：“后世神怪之迹，多附于道家，道家亦自矜其异。如《神仙传》、《道教灵验记》是也。要其本始，则主于清净自持，而济以坚忍之力，以柔制刚，以退为进。故申子、韩子流为刑名之学，而《阴符经》可通于兵。其后长生之说，与神仙家合一，而服铒导引入之。房中一家，近于神仙者亦入之。《鸿宝》有书，烧炼入之。张鲁立教，符箓入之。北魏寇谦之等，又以斋醮入之。世所传述，大抵多后附之文，非其本旨。彼教亦不能自别，今亦无事于区分。然观其遗表，源流变迁之故，尚一一可稽也。”纪晓岚盖以为道教诸派皆依托道家，近世学者亦有以为道教借道家牌子立教，二者本皆毫不相关云云。此种道教依托道家之说本不足取，笔者前已述明道家和道教有着本质的联系，但纪晓岚所论道教形成和发展的过程大致是不错的。拙著在下面探讨道教发展历史的时候，采用道家、道教的术语，以区分其性质；采用早期道教、教会式宫观道教的术语，以区分其成熟的程度；采用神仙道教、民间道教的术语，以分其层次；用上清派、灵宝派、正一道、全真道的术语，以分其教派。丹道学包括外丹学与内丹学，本书称为丹道，在《道教篇》仅述其历史，后面有专篇详述。
先秦至西汉的方仙道，东汉的黄老道，以及秦汉以来民间和四夷流行的巫鬼道，实际上都是道教的前驱形式。
春秋时期以来的百家争鸣中，就有一派神仙家出现。《汉书·艺文志》云：“神仙者，所以保性命之真而游求于其外者也，聊以荡意平心，同死生之域，而无怵惕于胸中。”另有一派阴阳家，代表人物是齐国的方士驺衍。驺衍倡导阴阳五行学说，应用于政治地理之学，著书一百零五篇。驺衍及其弟子在齐、燕、赵、魏等国活动，备受尊崇，他又能预言天象，推往知来，研习神仙方术，著《重道延命方》，俨然是当世的活神仙。战国末期，神仙家和阴阳家、方术家合流，形成了“方仙道”，驺衍遂成了神仙方士的祖师。《史记·封禅书》云：“自齐威、宣之时，驺子之徒论著终始五德之运，及秦帝而齐人奏之，故始皇采用之。而宋毋忌、正伯矫、充尚、羡门高、最后皆燕人，为方仙道，形解销化，依于鬼神之事。”还有安期生、石生、卢生、侯生、徐福、韩终、聚谷等，都是方仙道著名方士。方仙道继承神仙家的长生久视之说和驺衍的方士之学，传播制造神仙说，研习各类神仙方术，在社会上形成了靠神仙方术谋生的职业集团。
秦汉时期，方仙道兴盛一时。据《汉书·郊祀志》载谷永上疏云：“秦始皇初并天下，甘心于神仙之道，遣徐福、韩终之属多赍童男女入海求仙采药”；“汉兴，新垣平、齐人少翁、公孙卿、栾大等，皆以仙人、黄冶、祭祠、事鬼、使物、入海、求神、采药贵幸，赏赐累千金”；“元鼎、元封之际，燕齐之间方士目扼腕，言有神仙、祭祀、致福之术者以万数。”可见当时方士阶层的人数非常庞大，一些著名方士已被尊奉为活神仙。著名仙人安期生本琅邪人，受学于河上丈人，卖药东海边，时人呼为千岁公。秦始皇统一天下后，接受了方仙道关于“黄帝封禅不死”和“渤海中有蓬莱、方丈、瀛洲三神山”的传说，遂封泰山而禅梁父，东游海上求神仙。据说他见到仙人安期生，与语三日三夜，赐其金帛，皆置之而去，声称“后数十年，求我蓬莱山下”。秦始皇派人入海去三神山见安期生求不死之药，未至，遇风而返。有人说望见了三神山，但船驶过，三神山如云雾般隐入水下，这实际上是方士们在海上观察到的海市蜃楼幻境。方士传言三神山中有仙人居住，上面云雾缭绕，鸟兽都是白色的，宫殿楼台皆以黄金白银铸造，内存不死之药。秦始皇派徐福带童男童女数千名入海寻药，据说飘流到东邻的日本未归，至今日本的和歌山县和青森县还有徐福飘海的传说。秦始皇多次亲自东游海上，考察方仙道传说的虚实，希望得到不死药，结果中途病死。汉武帝亦信方仙道，封方士齐少翁为文成将军，栾大为五利将军，并妻之以卫长公主，贵振天下。方士李少君以却老方见汉武帝，诱其炼制丹砂、黄金，并称“臣尝游海上，见安期生，安期生食巨枣，大如瓜”。于是汉武帝亲自祠灶炼丹作金，并派方士入海求仙。亳州方士谬忌献太一方，武帝又祭太一。公孙卿大谈黄帝铸宝鼎、泰山封禅、骑龙升天的传说，汉武帝听了形动于色，跃跃欲试地说：“吾诚得如黄帝，吾视去妻子如脱
耳。”这样，元封（前110）时终于举行了封禅大典，这是方仙道一次重大活动。
秦汉方仙道的活动，一是传播和制造长生不死的神仙说；二是方士们展开传道、授徒、著书的宗教活动；三是研习和发展古代巫史文化中流传下来的神仙方术。当时中国的古代神话大致可分为西方的昆仑山系统和东方的三神山系统。方仙道将这些古代神话改编为仙话，将西方的西王母和东方的黄帝都奉为神仙，将方仙道的方士安期生、羡门高、河上丈人，泰山老父等，包括武帝宠臣东方朔都尊为仙人，开辟了由方士修炼为仙人的途径。方仙道的方士都有师徒承传的道统和相互举荐的联络网。例如齐少翁和栾大同师，宽舒曾受李少君之方，河上丈人、安期生、黄石公、盖公亦有师承关系。又因墨家学派的侠士亦和方士合流，墨派中精于冶金制造行业的百工之士也加入方士集团，促进了方仙道中炼制丹砂和黄白变化之术的发展，墨派的帮会传统和严密的组织纪律也带进方仙道中，墨家鬼神思想和神仙信仰融汇到一起。公孙卿献给汉武帝的《札书》，亦为方仙道造作的道书。《汉书·艺文志》著录《封禅方说》十八篇，盖亦当时方仙道为封禅造的道书。淮南王刘安周围的方士，还造出一批烧炼金丹黄白术的书。当时方仙道的方术，大多来自古代原始宗教的巫术，门类甚多。战国时代，燕齐方仙道以服食仙药、炼制丹砂黄白为主，师承安期生、羡门高。秦晋一带方仙道传习房中御女之术，以为男女双修可以得气、驻颜、延寿，崇拜彭祖、容成公、玄女、素女。南方荆楚、吴越、巴蜀一带方士传行气、导引、吐纳、冥想之术，祖述王子乔、赤松子。秦汉以来方仙道逐步将三家方术融汇，皆宗承黄帝。黄帝不仅在首山采铜铸鼎炼丹，而且传习房中御女秘诀，还向广成子学行气、坐忘之术。金丹黄白术、男女合气术、行气坐忘术是中国神仙之学的三大支柱，后世仙家的地元灵丹、人元大丹、天元神丹之术实发轫于此。屈原的《楚辞·远游》篇，战国时文物《行气玉器铭》，马王堆帛书《天下至道谈》，说明方仙道的仙术已达到相当高的水平。据《史记·封禅书》所载，当时李少君有“祠灶”、“谷道”、“却老”方，言丹砂化黄金、食枣长寿、使物、却老，乃后世道教外丹黄白术、辟谷、服饵派的先驱。齐少翁献“鬼神方”，夜间在帷帐中以幻灯招鬼现形，又设坛祭祀请神，实为后世符箓派道士招神致鬼、厌胜辟恶的方术之预演。谬忌献“太一方”祭祀方仙道的最高神太一，迎合了汉武帝借宗教神化君权的需要。汉武帝按方在长安东南郊建太一坛，又在甘泉立泰畤，亲自郊祭太一，三年一次，以为定制。这样，方仙道的发展亦达到高峰。
汉元帝以后，朝廷中儒臣起而排摈方仙道。谷永上书云：“世有仙人服不终之药，遥兴轻举……黄冶变化，坚冰淖溺，化色五仓之术者，皆奸人惑众，挟左道，怀诈伪，以欺罔世主。”（《汉书·郊祀志》）成帝、哀帝之际，朝廷移甘泉泰于长安，由儒臣主祭，方仙道渐次衰落。方仙道为摆脱衰运，便利用当时的社会危机，散布“太平盛世”的迷梦，提出“再受命说”，冀延汉祚，谋求仙道复兴。方仙道的甘忠可造《天官历》、《包元太平经》十二卷，声言“汉家逢天地之大终，当更受命于天，天帝使真人赤精子下教我此道”（《汉书·李寻传》）。他死后，其弟子夏贺良、丁广世、郭昌等继续鼓吹，终于使汉哀帝宣布自己“再受命”，“以建平二年改为太初元将元年，号曰陈圣刘太平皇帝”。甘忠可造的《包元太平经》，便是后世早期道教典籍《太平经》的初本。
汉武帝推行“独尊儒术”的统治术，既使儒学禁锢在封建礼教的外壳内，演变为政治伦理的说教，又窒息了“百家争鸣”的学术繁荣局面，突出了家长制的宗法政治。到两汉之际的新莽时期，谶纬经学盛行一时，神仙思想亦发展到高峰。黄老之学自从被赶出政治殿堂之后，逐步和神仙养生之术融为一体。随着黄老之学的逐步宗教化，当时方仙道也以黄老为宗，方士们以清静无为的黄老之术为修炼思想，方仙道一变而为黄老道。后汉时儒生遇事必占易推步吉凶，连皇帝也信天象，讲灾异，学图谶，使整个社会笼罩着一种神秘的宗教气氛。黄老道亦在社会上盛行开来，黄帝、老子被奉为神仙，信徒们以祭祀黄老以求长生之福。《后汉书·楚王英传》记载，汉明帝时楚王英已奉事黄老道，他“诵黄老之微言”，“洁斋三月，与神为誓”。桓帝时皇宫中建祠祭祀黄老君，仅延熹八年（165）桓帝就三次遣使去苦县祠老子。这样，黄老道遂成了朝廷认可并推崇的宗教信仰，在社会上迅速传播开来。黄老道和方仙道皆以“中黄太一”为最高神，都有追求长生成仙的宗教理想，但黄老道比方仙道的宗教素质更高。方仙道以战国时流行的黄帝信仰为基础，以黄帝成仙的传说游说帝王，将研习各类方术作为主要内容。黄老道则不但神化黄帝，更热衷于神化老子，奉太上老君为教主，以养生方术解老子，在社会上传播“道”的信仰。
黄帝和老子，都是道家祖师，早在齐国稷下学宫中黄学和老学便被结合为黄老之学。汉世以来，从君人南面的黄老学，到养性卫生的黄老术，再到修真求仙的黄老道，一直给社会人心以巨大的影响。《史记·日者列传》载，司马季主在长安以卜筮教人，“通《易经》，术黄帝、老子，博闻远见。”汉成帝时，蜀郡严君平（本姓庄，名遵）“专精《大易》，耽于《老》、《庄》。常卜筮于市，假蓍龟以教”（《华阳国志》卷十）。严君平著的《老子指归》，便已将老子的道演义为人体修炼的心理体验，为道教仙家解老之学的前驱。黄老道盛行之后，老、庄的道家学说更被加以方术化、宗教化的改造，成为后世早期道教的理论支柱。汉章帝于建初七年（82）赐给东平宪王刘苍“秘书、列仙图、道术秘方”（《后汉书·光武十王列传》），说明当时黄老道中已有仙书及神灵图像，并被朝廷视为珍宝。章帝时王阜撰《老子圣母碑》，桓帝时边韶撰《老子铭》，说明东汉时老子已被黄老道奉为神仙，还有《老子河上公章句》等书问世，也说明《老子》一书被当成黄老道的道典。
后汉时，原来甘忠可等造的《包元太平经》，又被干吉再编成《太平青领书》，在黄老道中流传开来。顺帝、桓帝时，宫崇和襄楷又先后将《太平经》上给朝廷，未被采用，反而成了张角等道首布道的工具。墨家学派主张劳动、互助、兼爱、交利、尚同的思想，都隐含在《太平经》中，成为道首们以救灾、济贫、劝善、互助的口号组织民众道教结社的根据。本来中国的农民缺少群体的组织意识，很难成立脱离国家官僚机构的宗教组织。然而，墨派以手工业者为主，本有结成帮会的传统，而且墨派本来就是原始宗教组织，有严格的纪律、规则和天志、明鬼的宗教信仰。墨派在汉初融入方仙道后，这些特点又被后汉的黄老道继承，为早期民众道教结社的产生打下了组织基础。
汉代除了方仙道和黄老道在社会上层广为传播之外，在民间和边远地区还流行着巫鬼道。秦汉以来，巫的社会地位下降到底层，为士大夫所不齿，但社会上仍有信奉巫鬼道的风气。巫鬼道本是古代原始宗教的遗存，它和民间俗神信仰、家族祭祀、禳灾却祸、请神疗病、送葬求雨等民俗活动密切结合，在社会上根深蒂固。汉代开国已兴巫风，高祖于汉初下诏曰：“吾甚重祠而敬祭。今上帝之祭，及山川诸神当祠者，各以其时，礼祠之如故”。“长安置祠祝官、女巫。其梁巫祠天地、天社、天水、房中、堂上之属。晋巫祠五帝、东君、云中、司命、巫社、巫族人、先炊之属。秦巫祠社主、巫保、族累之属。荆巫祠堂下、巫先、司命、施糜之属。九天巫祠九天，皆以岁时祠宫中。其河巫祠河于临晋，而南山巫祠南山秦中。”（《汉书·郊祀志》）汉自高祖以来，全国各地都有大批巫觋以巫术活动谋生，他们能够出入王公大臣的家庭甚至参与朝廷的政治阴谋，汉武帝还因巫蛊之祸兴过大狱。巫鬼道经常在民间为人降神祈福祛灾，贵族祭祀先人也要请女巫歌舞作法。巫鬼道信仰“天帝”，供奉“黄越之神”，认为黄神是天帝的使者，又是巫鬼道的神师。近些年来，人们从东汉墓葬出土文物中发现一些镇墓瓶、镇墓文、铜印、封泥等，上面多有“天帝神师黄越章”、“黄神之印”、“天帝神师使者”、“黄神使者印章”、“黄神越章天地神之印”、“黄神越章”之类文字。这说明巫鬼道在东汉社会上有很深的群众基础，人死后安葬，也要请巫师禳解死者罪孽，加盖“黄神越章”之印，以驱鬼镇邪。北周道安《二教论》攻讦“三张之鬼法”十一事，谓“左道余气，墓门解除”，“造黄神越章，用持杀鬼”，“或畏鬼带符”，就是对张鲁五斗米道中残存有巫鬼道宗教仪式的指责。巴蜀等少数民族地区，正是巫鬼道最流行的地方。当地民众有信奉巫鬼的习俗，巫觋以祭祀和巫术装神弄鬼，四处布道，称天帝使者黄神为神师，收聚财物，发展巫鬼道徒。早期道教要在巴蜀等地创教发展，要在民间扎根传播，不和民间的巫鬼道融合是不行的。实际上，早期道教就是在改造民间巫鬼道的基础上发展起来的。
东汉顺帝之前是道教产生的准备阶段。这一阶段神仙思想充斥社会各个阶层，修仙的人日益增多，各类神仙方术亦大致完备，特别是出现了方仙道、黄老道、巫鬼道等前驱的道教组织，说明道教产生的准备阶段完成了。
秦汉大一统的家长制封建政权，加强了思想文化领域的专制，必然激起社会上相应的反抗意识，这种反抗意识也在方仙道、黄老道、巫鬼道中反映出来。早在秦始皇专制时期，方仙道就曾散布“亡秦者胡也”的谶言，招致焚书坑儒之祸。随之又制造陨石事件，“刻其石曰：‘始皇帝死而地分’”（《史记·秦始皇本纪》），这都反映了方仙道中的宗教反抗意识。然而陈胜、吴广领导的农民起义，却是以巫鬼道的号召发动的。《史记·陈涉世家》载：陈胜起事前，“乃行卜，卜者知其意，曰：‘足下事皆成，有功。然足下卜之鬼乎！’陈胜、吴广喜，念鬼，曰：‘此教我先威众耳’。”因之以“大楚兴，陈胜王”的谶言，借巫鬼道的宗教影响力发动了一次大规模的农民起义。汉世以来，方仙道、黄老道、巫鬼道仍不断制造政治谶言，齐人甘忠可托天帝、真人之神威宣扬太平道，被以“假鬼神罔上惑众”之罪逮捕，病死狱中。汉成帝时期爆发过五次农民起义，其领袖皆自称“将军”，利用宗教谶言号召民众，朝廷亦从宗教的观点将其视为“妖异”，载入《五行志》、《天文志》。绿林、赤眉起义，亦利用了宗教反抗意识，首领自称“将军”。王莽篡位、刘秀称帝，无一不利用宗教谶言。东汉以来，社会危机日深，黄老道和巫鬼道中宗教反抗意识加强。早在光武帝刘秀在位的建武十七年（41），就有“妖巫”维汜弟子李广起义，据《后汉书·马援传》载：“初，卷入维汜妖言称神，有弟子数百人，坐伏诛。后其弟子李广等宣言汜神化不死，以诳惑百姓。十七年，遂共聚会党徒，攻没皖城，杀皖侯刘闵，自称南岳大师。”李广死后，其弟子妖巫单臣、傅镇等再次起事，自称“将军”。这一重要的历史资料说明，早在公元41年，汉代社会上就有规模较大的民间前期道教结社存在，这在道教史上是一件大事。黄老道、巫鬼道中蕴藏的宗教反抗意识，在民众中有深厚基础，足以形成前期道教结社。维汜“妖言称神”，又被宣言“神化不死”，自称“南岳大师”，和后来天师道范长生被封为“天地太师”，张角兄弟号“将军”，孙恩“号其党曰长生人”，赴海自沉后称“水仙”，决非历史的巧合。人们不难看出，早期道教的根子早在东汉初年就在民众中扎下了。
汉安帝永初三年（109年），又有张伯路以海岛为基地率三千人起事，冠赤帻，服绛衣，称“使者”，渠帅皆称“将军”，“共朝谒伯路，伯路冠五梁冠，佩印绶，党众浸盛。”（《高雄传》）这比张陵入蜀于汉顺帝汉安元年（142）创立天师道仅早三十余年，可看作黄巾起义的先驱。“天帝使者”乃东汉巫鬼道的信仰，说明张伯路乃巫鬼道徒。他佩剑带印，和张陵天师道以剑印世代相传又前后呼应。汉顺帝以后，黄老道和巫鬼道中又传出“赤德气尽，黄德当兴”、“苍天已死，黄天当立”的谶言，制造改朝换代的政治舆论，为社会所接受。汉末社会危机激化，各种会社道派乘机兴起。当时朝政腐败，官吏贪残，灾异频仍，万民匮竭。太学生起而评议朝政，激起党锢之祸，朝廷为压制舆论，大肆制造冤狱，残杀士人，致使民心丧尽，国人思变。流行于社会上层的黄老道，本为朝廷信奉，可以公开布道，有较大的社会号召力。一些黄老道徒，不肯放过汉代社会这一历史机遇，便以未被朝廷接纳的道典《太平经》布道，创立了早期道教结社。
张陵于公元142年创立天师道，为时最早，后来又延续不衰，可以看作是中国道教创立之始。汉末早期道教除张陵的天师道外，还有张角的太平道和张修的五斗米道。据《三国志·张鲁传》注引《典略》记载：
初，熹平中，妖贼大起，三辅有骆曜。光和中，东方有张角，汉中有张修。骆曜教民缅匿法，角为太平道，修为五斗米道。太平道者，师持九节杖为符祝，教病人叩头思过，因以符水饮之。得病或日浅而愈者，则云此人信道；其或不愈，则为不信道。修法略与角同，加施静室，使病者处其中思过。又使人为奸令祭酒，祭酒主以老子五千文，使都习，号为奸令。为鬼吏，主为病者请祷。请祷之法，书病人姓名，说服罪之意，作三通，其一上之天，著山上；其一埋之地；其一沉之水，谓之三官手书。使病者家出五斗米，以为常，故号五斗米师也。实无益于疗病，但为淫妄，然小人昏愚，竟共事之。后角被诛，修亦亡。及鲁在汉中，因其民信行修业，遂增饰之。教使作义舍，以米肉置其中以止行人。又教使自隐，有小过者，当治道百步，则罪除。又依月令，春夏禁杀，又禁酒。流移寄在其地者，不敢不奉。
太平道的首领张角，冀州钜鹿（今河北平乡）人，原是黄老道徒。他接受了黄老道中承传的《太平经》，在汉灵帝建宁年间（168～171）开始布道，自称“大贤良师”，创立太平道。《资治通鉴·灵帝纪》云：“钜鹿张角奉事黄老，以妖术教授，号太平道。”所谓“以妖术教授”，是指张角打着黄老道的旗号以《太平经》布道，建立异端教团而言；所谓“异端”，也不过是说有异于朝廷尊崇的黄老道。盖汉代朝廷虽奉事黄老道，但没有接受《太平经》，这从宫崇、襄楷等屡上《太平经》而顺帝、桓帝不能行可知。然而黄老道既为朝廷认可，一些民间道首便以它为掩护组织异端教团或发动农民起义。质帝永嘉元年（145）九江马勉称“黄帝”，带玉印、鹿皮冠，穿黄衣。桓帝建和二年（148）长平陈景和南顿管伯领导的农民起义，陈景自称“黄帝子”，管伯号“真人”，都是利用黄老道谶言试图改朝换代。张角初立太平道，采用符水、咒语疗病的方式布道，奉信“中黄太乙”（即黄老道的太一神）为最高神，劝人行善信道，经营十余年，徒众达数十万人。据出土于安徽亳州曹操宗族墓中的32号墓砖，即有“但抟汝属，仓天乃死”的刻辞
，此墓砖入土在汉灵帝建宁三年（170），说明当时“汉行已尽，黄家当兴”的谶言早已深入人心。随着汉末社会危机的加深，张角遂遣弟子八人分使四方布道，青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八州之人纷纷响应，不少人弃卖家财，投奔张角。张角遂以准军事编制组建太平道教团，设三十六方统属之，大方万余人，小方六七千人，各立渠帅。张角自称“天公将军”，其弟张宝称“地公将军”，弟张梁称“人公将军”，并传出“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”的谶言和口号。道民皆著黄巾，约定于中平元年（甲子年，即184年）三月五日（甲子日）期会邺城，发动起义建立“黄天泰平”的世界。张角派弟子马元义赴京师，约中常侍封谞、徐奉为内应，却因叛徒唐周告密，马元义被朝廷车裂，千人被杀，迫使起义提前十多天爆发。声势浩大的道民黄巾起义很快席卷全国，州郡被攻占，官吏逃亡，京师震动。朝廷立即解除党禁，大赦天下党人，以收拾人心，并派皇甫嵩、朱俊、卢植等统兵镇压，各地的地主武装也被动员起来参加对农民阶级的战斗。张角的太平道虽为早期道教结社，但他的黄巾起义却是一场披着宗教外衣的农民起义，终究逃不脱“胜则为王，败则为寇”的命运，只能像封建社会所有农民起义一样充当改朝换代的工具。黄巾军此起彼伏地持续斗争了二十多年之久，终于被统治阶级的国家机器镇压下去，而东汉王朝也在黄巾农民革命风暴的冲击下覆灭了。
天师道与五斗米道没有遭受太平道那样的镇压，后来演变为中国道教的正宗。天师道是由张陵、张衡、张鲁祖孙三代创立的。张陵原为沛国（今江苏）丰人，自称是张良的九世孙，本为太学生，于汉安帝延光四年（125）始学道，得《黄帝九鼎丹经》及长生之术，广聚弟子，于汉顺帝朝入蜀，住鹤鸣山（今成都市大邑县内），著作道书二十四篇。据《三天内解经》、《汉天师世家》等书记载，张陵于顺帝汉安元年（142）声称在鹤鸣山受太上老君之命，封为天师之位，得新出“正一盟威之道”，遂率千余弟子，四处布道，建立祭酒道官制度管理道民，创立了天师道。天师道本为张陵教团的自称，因其传正一盟威之道，故后来亦名正一道。
汉末巴蜀地区本是巫鬼道盛行的地方。当时四川疠气大行，生民夭横，盗贼多有，淫祀风行，巫觋乘机装神弄鬼，以传播巫鬼道聚敛民财。张陵于汉安帝时学道，当时奉事黄老道，由其尊祀太上老君并习黄帝九鼎丹法可知。张陵及其弟子将中原的黄老道带进巴蜀之后，立即和巴蜀地区流行的巫鬼道发生冲突。张陵布道争取了巫觋赖以为衣食的巫鬼道信徒，当然会引起巫鬼道的反抗。道书中记载张天师在西川以太上老君的剑印和符箓同鬼兵大战的传说，便是这种冲突的反映。张陵创立的天师道，实际上也是以《太平经》布道的黄老道异端教团。据葛洪《神仙传》记载，张陵以符水疗病，传行气、导引、房中等方术，用太学里学官“祭酒”的名号设置道官，以太上老君为教主，以《三官手书》劝道民行善悔过，修桥铺路，并轮番供应米绢、器物、纸笔、樵薪、什物等。张天师创立与神明盟约的上章之法，制定禁科戒律，崇祀“太清玄元”之神，禁祀淫邪之鬼，并传出驱鬼杀鬼的法术，以改变道民信鬼怕鬼的心理。他以清约治民，使民知廉耻，不但救民疾病，又断绝淫祀淫盗，整饬社会风气，深得民心。道教在四川盛传，迫使当地巫鬼道的巫觋改换门庭，当了天师道的祭酒、道民，天师道在四川渐渐扎下了根。由于天师道的宗教素质远远高于当地的巫鬼道，致使天师道在四川影响深远，连“俗好鬼巫”的少数民族
人也纷纷信奉天师道。
张陵于桓帝永寿三年（157）去世（见《犹龙传》；一说为永寿二年升天，见《汉天师世家》），其子张衡行其道。张衡号称嗣师，志节高亮，隐习仙业，于灵帝光和二年（179）正月升仙（《云笈七签》卷二八引《张天师二十四治图》）。张衡死后，巫鬼道复兴，教权落入巴郡巫人张修之手。巴郡巫人张修大约是被张陵天师道收纳的当地巫觋，他将天师道的教法同巫鬼道结为一体，简化为五斗米道。从《后汉书·灵帝纪》注引的材料分析，称张修为“巴郡巫人”、“巴郡妖巫”，可知张修本为四川当地的巫鬼道首而入天师道者，他掌握教权后打出“五斗米道”的旗号，融天师道与巫鬼道一体，设“鬼吏”统鬼道道民，以《三官手书》为人祈祷治病，使病家出五斗米，故有五斗米道之称。五斗米道以巫鬼道为信仰之基础，道官称“鬼吏”，道徒称“鬼卒”，教令称“奸令”，简化了布道手续和道资，一律收米五斗，故亦被称为米巫、米贼。
汉灵帝中平元年（184）黄巾起义爆发，秋七月，张修率领他的鬼道兵卒呼应了中原的黄巾起义，其军队号称“五斗米师”，攻夺郡县。在中平五年（188）凉州黄巾军由马相率领，攻下绵竹、雒城、蜀郡、巴郡，自称天子，四川五斗米道亦乘机发展自己的宗教割据势力。《后汉书·南蛮传》云：“巴郡黄巾贼起，板楯蛮夷因此复叛”，《隶释·巴郡太守樊敏碑》云：“米巫凶虐，继续青羌，奸狡并起，陷附者众”，都是记载这种情势。益州牧刘焉于汉灵帝中平五年（188）入蜀，招抚张修，收编了张修的五斗米师，封张修为别部司马，仍统其道众。当时汉室大衰，天下豪杰并起，各霸一方，攻城略地，实行军阀割据，刘焉亦有异志，遂借口“米贼断道，不得复通”为名，不向朝廷纳贡。张衡之妻以道术养生，有少容，往来刘焉家布道，刘焉悦其姿色，遂任命其子张鲁为督义司马。刘焉命张鲁与别部司马张修将兵攻汉中太守苏固，张鲁与张修掩杀苏固后，遂断绝斜谷，杀使者，复袭杀张修，利用其祖、父两代在教民中的威信，兼并了张修的五斗米师，夺回了教权。刘焉死后，其子刘璋立，因张鲁不顺，遂杀鲁母家室。张鲁于是自立于汉中，按张陵的天师道法对张修的五斗米道作了增饰，仍称天师道，在汉中建立了一个道教王国，朝廷力不能征，便拜为镇夷中郎将，领汉宁太守。《三国志·张鲁传》云：
鲁遂据汉中，以鬼道教民，自号“师君”。其来学道者，初皆名“鬼卒”。受本道已信，号“祭酒”。各领部众，多者为“治头大祭酒”。皆教以诚信不欺诈，有病自首其过，大都与黄巾相似。诸祭酒皆作义舍，如今之亭传；又置义米肉，悬于义舍，行路者量腹取足，若过多，鬼道辄病之。犯法者，三原，然后乃行刑。不置长吏，皆以祭酒为治。民夷便乐之，雄踞巴蜀垂三十年。
张鲁的天师道沿袭了张修五斗米道的旧章法，加强了天师道的正统教义，因其仍有收五斗米的教规，故社会上仍然俗称之为五斗米道，甚至还有按张修时习惯呼其为“鬼道”的。盖因张陵死后，其子张衡隐修仙业，没有较大的道教活动，反而是本地道首张修成了道教领袖。张衡早死，张鲁由其母传授道法，后杀张修取得教权，遂尽力排摈张修在教中的影响，奉其祖张陵为天师，父张衡为嗣师，自号“师君”，又称系师，天师道遂以三张为师。史家后来追记三张及张修事迹未细区分，天师道、五斗米道、鬼道之名也混用，道书又故意神化三张，致使这段史实异词百出。今据史料厘正，使读者对天师道创教过程有一条清楚的线索。
张鲁的天师道既沿袭张修旧规，来学道者开始仍按习惯称为“鬼卒”，受道已信，才可升为张陵教阶中的“祭酒”，可统领道民；统领一方道民者为“治头大祭酒”。张鲁道教政权曾在教区内发行铜质“太平百钱”，背面有水波纹和龟纹，大约是一种宗教性的货币
。这也说明天师道和太平道的传播，都奉《太平经》为道典。张鲁利用自己在汉中的权力，将所辖地区变为政教合一的教区，并划分为二十四治，以治头大祭酒治民，实行建义舍、宽刑、禁杀、禁酒、收租米、编户著籍等项措施。张鲁又以《老子想尔注》教化道民，以保持张陵的黄老信仰，但教中仍保存了大量鬼道巫术。后张鲁于汉献帝建安二十年（215）降曹操，官拜镇南将军，封阆中侯。张鲁之弟张卫不肯降，战死，其子张盛夫妻流入东吴，隐居江西龙虎山修道。张鲁率道民随曹操北迁，次年（216）亡，谥原侯，葬邺城（今河北临漳）。张鲁五子及其臣僚阎圃、李休、庞德等迁入北方，备受尊崇，并和曹氏家族结为姻亲，五子皆封为列侯。这样，天师道遂脱却在四川早期道教结社的朴素形式，传播到中原的士族社会，其教名始显，鬼道及五斗米道之号渐不复用。在社会下层，大批五斗米道教民迁入中原，和中原的太平道教民融为一体，形成强劲的早期道教势力，壮大了天师道的力量，使天师道的影响遍及全国。
汉末三张的天师道（包括张修的五斗米道）、张角的太平道，统称之为早期道教。归纳起来，早期道教有以下几个特征：
（1）早期道教主要在社会下层的劳苦民众中传播，以治病消灾作为现实的教旨和布道手段，仅把长生成仙作为长远的目标和宗教理想。由于汉末数次疾疫流行，死者狼藉，国人流言鬼魅收杀人，学者也以戾气害人解释鬼神灾异之事为阴气、鬼气。太平道和早期天师道（五斗米道）都将《太平经》当作教典，《太平经》中就以这种气的理论作支柱。汉末三张还造出《老子想尔注》令教徒诵习，宣扬灾病皆由于“故气”作祟，应奉信“新出正一盟威之道”，用“道炁”取代“故炁”。
（2）早期道教都继承黄老道的传统，反对淫祀，以道教信仰取代民间俗神信仰。然而在修持方术上，仍保留有驱鬼祈鬼的巫术。早期道教大都同巫鬼道相融，其道官同民间巫祝处于既斗争又包容的状态。
（3）早期道教有较严密完整的宗教组织系统，而且这套组织系统是仿照汉代的国家行政制度建立起来的。例如张鲁早期天师道创立二十四治的教区制度，实际上是汉代郡、县、亭行政管理制度的宗教化，具有政教合一的特点。三张的道民命籍制度，也是用宗教手段托言神灵保护将汉代户籍制度恢复起来，其收信米五斗更是汉代课税制度的宗教化。甚至连令教徒习《老子想尔注》的教规，也是模仿汉制使天下诵《孝经》的旧法。这说明早期道教的宗教形式还处于朴素的状态，它是在汉末乱世的特定历史条件下才得以维持的。
（4）早期道教逐步形成了统一的教主、教义、戒律和初步的宗教仪式，有按道阶组织起来的宗教职业者，具备了伦理型宗教的一般特征。三张的《老子想尔注》极注意培养教徒的宗教感情，把宣扬“积善功”、“奉道诫”当作布道的首务。早期天师道（五斗米道）中还有大量教规科仪和涂炭斋等古朴斋法，具备了宗教的基本要素。
从汉顺帝汉安元年（142）至东汉末年，是中国道教的始创阶段，这一阶段的道教结社称早期道教。由于汉末的社会危机促使道教早熟，早期道教还没来得及充实和提高自己的宗教素质，就匆忙登上了社会政治的历史舞台。中国道教的政治活动失败后，道教的发展又进入低潮，不得不在魏晋时期从提高宗教素质方面重新补课。
还须特别说明，汉末早期道教虽由黄老道、巫鬼道演变而来，然中国之大，各地区文化发展并不平衡，不仅黄老道在社会上仍有流传，连方仙道和巫鬼道也没有销声匿迹。江南的吴越文化地区，不是早期道教活动的中心地带，黄老道的传播反而兴盛一时。汉末桓帝时会稽上虞人魏伯阳，将汉代黄老道中秘传的金丹服饵术、男女合炁术、行气养性术三者融汇为一，将黄老养性、阴阳易学、金丹炉火三家理论参同契合，建立起以日月为易的金丹仙学体系，写成《周易参同契》一书。《参同契》云：“大易情性，各如其度；黄老用究，较而可御；炉火之事，真有所据。三道由一，俱出径路。”说明此书是集中了易学思想、黄老之术、金丹炉火的烧炼经验而提出新的理论框架，以日月运行阴阳变易的规律描述男女合炁服食还丹的人体修持系统工程。这本书是以隐语写成的，秘传给青州徐从事，徐从事注解此书为阴阳相合之道，作《阴阳统略周易参同契》，又传给同郡淳于叔通。《参同契》的特色是借用外丹炉火之事的术语隐喻男女合炁的阴阳丹法，并给出日月变易的理论框架将行气、房中、服食（炉火）三术合参。这本书一直在黄老道中秘传，晋代葛洪《神仙传》中记载了魏伯阳的事迹，但断定此书为金丹术的著作。唐代《周易参同契》名声大著，被外丹家和内丹家奉为丹经之祖，有“万古丹经王”之称。直至宋代张伯端著《悟真篇》，揭示了《参同契》的丹法之秘，使之成为研究内丹仙学的经典著作。《周易参同契》一书的出现是道教史上的大事，魏伯阳是汉末黄老道的学者，他传出的长生秘术是对中国古代科学的一大贡献。
在道教史上，魏晋时期占据特殊的位置，恰是由汉末早期道教，向南北朝成熟的教会式宫观道教发展的过渡阶段。汉末黄巾起义失败后，统治阶级对中原的太平道恨之入骨，下令禁绝和屠杀，准军事编制的太平道无法公开布道，政教合一的五斗米道也被迫脱离开原来的教区。严峻的阶级斗争形势迫使早期道教必须改革自己的宗教形式，适应统治阶级的政权，否则便无法维持下去。天师道在魏晋时期传播到上层士族社会，士大夫入道后必然促使道教发生本质的变化，提高自己的宗教素质。在镇压黄巾起义中崛起的曹操、刘备、孙权三个统治集团，对社会上流传的道教组织采取了镇压、限制与利用、转化的两面政策。
曹操从这一利用和限制的政策出发，将一大批独立修道的方仙道、黄老道传人招到邺城来，聚而禁之。据史书记载，曹操招致的方士有王真、封君达、甘始、鲁女生、华佗、东郭延年、左慈、郗俭、蓟子训、费长房、冷寿光、唐虞、卜式、解奴辜等多人。这些人各自身怀异术，修炼有效，他们集中到魏国京城，造成很大社会影响，连曹操都向他们习炼养生补导之术，士族官僚更信者甚众。这些原来隐居山林的方士被集中到一起，客观上为他们切磋道术、传经授徒、组织道团提供了方便，促进了神仙道教的形成。
西蜀刘备，虽对道教限制甚严，但四川毕竟是道教的发源地，民众中有深厚的道教信仰，一些高道隐于山林，或沿江入吴继续布道。刘备伐吴，就曾请道士李意期预言胜负吉凶之事。刘备死后，少数民族首领高定无及益州大姓雍闿皆曾借五斗米道为号召发动叛乱。
直至后主刘禅信用宦官黄皓招亡国之祸，黄皓便是巫鬼道信徒，足见刘氏蜀汉政权终究没有摆脱四川道教势力的纠缠。
东吴孙权，本崇信神仙，结交方仙道和黄老道传人，曾给介象、姚光、葛玄以礼遇，使江南成了神仙道教滋生发展的中心地带。
魏晋时期，汉代的国家农业地主经济转化为门阀士族豪强的领主经济。门阀士族（累世公卿者又称世族）势力强大，使这个时代的政治、经济、文化（包括宗教）都具备了士族社会的特征。由于统治阶级对道教限制和利用的政策，促使魏晋社会的道教分化为上层神仙道教和下层民间道教两个较大的层次。魏晋社会在全国有代表性的道派仍是天师道，它也毫无例外地分化为上下两大层次。传播到上层士族社会的天师道，逐渐与神仙道教合流，建立了长生成仙的信仰。巫鬼道和民间道教相融汇，一般不再同士族神仙道教分庭抗礼，而是作为神仙道士的社会基础广泛传播着。魏初朝廷对民间巫鬼道的活动本有禁令，如果“妄为祷祝，违反常禁”，便要治罪。晋代开国，亦下诏禁断淫祀，限制民间道教特别是巫鬼道的活动。这些禁诏并不能真正禁断巫俗，却迫使民间道教普遍建立起长生成仙的神学信仰。张鲁降曹后，张天师家族的社会地位备受尊崇，其道徒阎圃、李休、庞德等亦受到礼遇，大批天师道民随之迁到许昌、关陇、洛阳、邺城等地，门阀士族子弟信奉天师道，使天师道名声大振，天师道之号获得社会承认。曹操班师回邺城，拨汉中数万户百姓以实长安、三辅；而后刘备攻占汉中，张郃又率吏民内徙，达八万余口，天师道的道民在北方居住生根，和当地的太平道迅速合流，北方的大量太平道信徒转入天师道的旗号之下，使中原地区成了道教发展的大本营。汉末的早期道教基本上是在乱世出现的“救人”的宗教，而魏晋时期的神仙道教却是一种“度人”的宗教，魏晋时期是道教由“救人”向“度人”转化的时期。魏晋社会是以门阀士族主宰政权为特征的，道教的发展当然也以士族道教为特征。
神仙道教是魏晋时期独具特色的道教形式，它是士族文化的产物，是由汉末早期道教通向南北朝成熟的教会式宫观道教之间的过渡桥梁。神仙道教继承了战国时期神仙家的传统，是秦汉以来方仙道和黄老道的演变，同时又是对早期道教的改造。神仙道教的形成改变了早期道教的发展方向，更多地体现了传统文化中道家隐逸的特色。神仙道教的道士是由方仙道和黄老道的方士以及山林隐逸与士族社会上层天师道的道士结合而成的，他们是隐居山林研习神仙方术的修道者。山林隐逸是中国家长制礼教社会中特有的文化现象，这个阶层的出现是古代知识分子在宗法伦理、强权政治的重压下自我解脱的结果。自父权家长制的礼教占据统治地位后，我国的士阶层一直保持着道家的隐逸传统，入山修道成了他们逃脱世网的一种选择。魏晋以来，天下多故，政风险恶，士族名士少有能自全者，致使山林隐逸阶层迅速扩大，神仙道士队伍的人数日益增多。神仙道教形成后，原来方仙道和黄老道的方士以及山林隐逸皆以神仙道士的身份修习道术，传经授徒，出入儒道之间和士族社会之中，受到世人的尊重。魏晋时期的神仙道教具有下列一些时代特征。
（1）神仙道教都坚信神仙实有、仙人可学、长生能致、方术有效，因而以长生成仙为教旨。魏晋时期神仙的特征，就是长生久视。在当时人们的心目中，神仙就是不老不死的人。社会上有久寿的老者，便被传为“千岁翁”，世人遂敬如神仙，因此流俗道士多虚报生年，以久寿惑世。神仙道教中特别推崇的是既可长生不死，又可在人间恣情享乐的“地仙”。这种地仙实际上是士族名士的现实生活在神仙世界里的延伸，是门阀士族的生活愿望在宗教理想中的投影。
（2）神仙道教的教团在组织上带有士族家庭的特色。这些教团一般是由布道者独立经营的，大都以家族成员和招收的弟子组成。神仙道教中的师徒关系是汉代儒家经师和弟子的师生关系的宗教化，徒弟的地位相当于士族社会里的“门生”，可供师长驱使劳动。这些道团多在山林中隐修，以传授和研习仙方作为修持方式。
（3）在传教方式上，神仙道教往往采取师徒秘授的制度，仙方秘诀不肯轻易示人，传经前要对弟子严加考验，弟子接受道经仙方要履行宗教仪式并交纳财礼作信物。这种师徒秘授的布道方式，实际上也是汉儒授经传统的宗教化，后来受佛教影响才出现广泛布道的宣经方式。
（4）神仙道教具备了道团、道规、道经、道仪等一般宗教特征，但道士的修行方式比较自由，尚保留着汉代方士和隐士的生活态度。神仙道士可以儒道双修，可以参政做官和娶妻生子，尚无有出家道士和在家道士的严格区分。在宗教形式上，它受佛教影响并不大，基本保持着中华民族传统文化的风格。
（5）魏晋时期的神仙道教具有鲜明的统治阶级意识和士族观念。它汲取了儒家的伦理纲常作为修仙的条件，尽力将自己和家长制宗法国家的意识形态相融和。神仙道教在神学体系和宗教素质上都比民间道教高一个层次，它和社会上的巫鬼道相对立，反对巫鬼道的淫祀，又极力排斥民间道教。
为魏晋神仙道教奠定理论基础的道教学者，是晋代的葛洪。葛洪（284～344），字稚川，自号抱朴子，丹阳句容人。其从祖葛玄（字孝先）为东吴黄老道的著名道士，师事汉末左慈（字元放），得大批道经、方书及金丹术之传，弟子颇众。葛洪生在道教世家，又师事葛玄弟子郑隐（字思远），得金丹术、《灵宝五符经》、《三皇文》、《五皇真形图》等道书和仙术，写下了《抱朴子内篇》这一道教史上划时代的著作。葛洪神仙道教的思想来源，一是汉代方仙道和黄老道中流传下来的《黄帝九鼎神丹经》、《太清金液神丹经》等外丹黄白术道书；二是《三皇文》、《五岳真形图》等符箓；三是其家族世代相传的《灵宝经》。这些道书和仙方，大都是由左慈、葛玄、郑隐、鲍靓承传而来，成为葛洪写作《抱朴子内篇》的思想资料。葛洪著的《抱朴子内篇》，是秦汉以来方仙道和黄老道传统的继承和总结，同时又为新起的神仙道教奠定了神学体系和理论基础。他在书中提出“欲求仙者，要当以忠孝、和顺、仁信为本”的思想，调和了神仙道教和儒家礼教的关系，增强了道教的社会教化作用。葛洪的道教神学理论，冲破了方仙道中遗留下来的一些不合时宜的旧规矩，改革了其中的一些弊病，为士族道教向社会布道开辟了一条新路。这样，葛洪著的《抱朴子内篇》，实际上是一本集神仙思想之大成，适应道教发展的需要而出现的承前启后、继往开来的道教典籍。
魏晋时期，社会上影响最大、有代表性的道派，还是天师道。五斗米道团从四川迁到北方后，张鲁去世，整个教团失去了统一的教主，原来政教合一的组织形式也被打破。这时教团的特征，一是组织涣散、纲纪松弛，出现祭酒和道官各自为治、人人称教的混乱局面；二是教团继续发展，教徒遍布全国并传入上层士族社会，一些世家名门子弟纷纷入道，道教的社会影响迅速扩大，天师道的称号也得到社会认可。
针对天师道的祭酒各自立治，不按旧章法，甚至学奉异教，私立道官，以及腐败堕落的情况，天师道内部一些元老和旧道官愤而呼吁整顿道教，以恢复天师道在四川的旧制。《正一法文天师教诫科经》和《太上洞渊神咒经》假托天师张道陵之口，斥责天师道诸祭酒的腐败现象，表示要采取严厉措施予以整顿治理。据《正一法文天师教诫科经》云：“从建安、黄初元年以来，诸主者祭酒人人称教，各作一治，不复按旧道法。”“诸职男女官，昔所拜署，今在无几。自从太和五年（231）以来，诸职各各自置。”《三天内解经》亦云：“而今六天故事，渐渐杂错。师胤微弱，百姓杂治，祭酒互奉异法。”针对魏晋时天师道组织涣散，科律松弛，道官腐化的现象，《正一法文天师教诫科经》斥责说：“祭酒主者，男女老壮，各尔愦愦，与俗无别，口是心非，人头虫心，房事不节，纵恣淫情”，并借张道陵之口警告说，“吾不能复忍汝辈也！欲持汝辈应文书，颇知与不？”同时还声称太上老君推论旧事，“诸受任主者职治祭酒，十人之中诛其三、四，名还天曹，考掠其罪，汝其慎之！”然而这些治理腐败的措施和重申旧教义的威胁却收效甚微。历史事实证明，一个教团组织一旦体制过时，原定制度的弊端便已显露出来，出现日益腐败之势，靠这个教团的旧人作恢复初创时期生机的努力是徒劳的。天师道的教规失效和腐败之风，也不可能靠旧道官用宣扬老教条的办法来解决。天师道在魏晋时期，一直处于自发的自然发展的状态，直到南北朝时期才由寇谦之和陆修静因势适时地进行了革新，重建了新的天师道。
魏晋天师道的另一个趋向，是自发地向士族社会发展，沿着士族神仙道教的轨道演变。一些世家大族如琅邪王氏、义兴周氏、高平郗氏、吴郡杜氏、殷川庚氏、泰山羊氏、会稽孔氏、陈郡殷氏、吴兴沈氏、谯国桓氏、晋陵华氏、东海鲍氏、阳夏谢氏以及丹阳葛氏、陶氏、许氏，还有北方的清河崔氏、范阳卢氏、冯翊寇氏、京兆韦氏、天水尹氏等都世代信奉天师道，成为著名的天师道世家。晋王室司马氏也信奉天师道，服食养性，修长生术，和天师道徒往来不绝。天师道徒孙秀、步熊等便曾参与晋王室的政治斗争，是八王之乱的中心人物。天师道在门阀士族中间广泛传播开后，还出现了不少士族家庭自主经营的教团。这些士族天师道徒以自己的宅邸作治，自己管理道室，在家族中进行道教活动。例如钱塘杜明师经营的杜治，就是以士族家庭立治独立经营的天师道教团，在当时颇有影响。著名书法家王羲之一门世代奉道，其子王凝之便在自己家中设立道室进行道教活动。这些上层士族天师道徒，不仅沿袭天师道的那些上章、祈祷、服符水、读《道德经》等旧道法，而且还把神仙道教的采药、辟谷、服食养性等黄老之术融合进去。他们在名山筑宅清修，使天师道沿着神仙道教的轨道发展。
魏晋时期，上层天师道逐渐发展为士族神仙道教，下层天师道也在民间流传不息。五斗米道的发源地四川，在蜀汉灭亡之后，又出现了陈瑞领导的民间天师道教团。晋武帝咸宁二年（276），益州犍为道士陈瑞自号天师，传天师道，设祭酒诸道官。其道贵鲜洁，入道者用酒一斗，鱼一头，禁淫祀，徒众数千人，连巴郡太守唐定等在职官吏亦入道，兴盛一时，后被益州刺史王濬诛灭。晋惠帝太安元年（302），巴蜀地区又暴发了李特、李雄领导的流民起义，流民领袖多为张鲁天师道徒的后裔，以及世奉巫鬼道的少数民族首领，因之天师道成了这支流民军队的宗教信仰和旗帜。他们得到隐居青城山的道教领袖范长生的支持，竟于永兴元年（304）在蜀郡建立政权，国号大成。范长生在光熙元年（306）劝李雄称帝，被封之为“四时八节天地太师”，天师道遂成了成汉政权的国教。东晋永和三年（347）桓温伐蜀，成汉才亡，这是继张鲁之后四川出现的又一个延续了四十三年的道教王国。这说明巴蜀地区天师道在民间的影响力一直很大，直至《隋书·地理志》，仍记载汉中之人，好祀鬼神，“崇重道教，犹有张鲁之风焉。”
东晋时，钱塘杜氏世奉天师道，杜子恭（杜炅）为东晋天师道著名高道。杜子恭以道术通灵，江南子弟多奉事之，建立了多达万户的天师道道团。其家族中又有高道杜叔恭（杜昺），自称梦感张鲁亲授道法，以章书符水为人治病，能知人祸福，组成庞大天师道教团，世称杜明师。杜子恭善于符箓禁咒、跪拜首过之术，能知人善恶贵贱，后传道法于琅玡孙氏与吴兴沈氏。杜子恭去世后，教权落入琅玡孙氏手中。孙泰习养性之术，百姓敬之如神，遂不断扩大教团，结交王侯，私集徒众，声言晋祚将终，竟被司马道子所诛。其侄孙恩逃于海岛，纠合徒众数万人，于隆安三年（399）兴兵复仇，杀会稽内史王凝之，旬日之间四方应者众数十万；利用民间天师道组织了一场农民起义。孙恩于元兴元年（402）兵败赴海自沉后，其妹夫卢循又率众转攻广州。义熙七年（411）卢循和徐道覆率兵北上，后被刘裕击败。这场农民战争历时十三年，杀死了一些充任朝廷官吏的士族天师道徒，加速了晋王朝的灭亡，民间天师道亦因此一蹶不振。孙恩教团号其徒众曰“长生人”，投水而死者称“水仙”，这说明晋代民间天师道亦接受了神仙道教的长生成仙信仰。琅玡孙氏所传天师道虽遭镇压，但杜子恭后世子孙如杜道鞠、杜京产，仍为著名高道，世传天师道不绝。《正一法文天师教诫科经》中说天师道“自流徙以来，分布天下”（《大道家令戒》），即魏晋时天师道从四川到北方又到江南，传遍全国，直至六朝后期，“三吴及边海之际，信之逾甚”（《隋书·经籍志》）。
魏晋时期道教传播于士族社会，神仙道教形成，社会上层出现了不少神仙道士。北方高道王嘉隐修于终南山，能御六气，守三一，预知吉凶，曾被前秦苻坚和后秦姚苌所信用。神仙道士著名者除葛洪、孙登外，尚有董京、张忠、陶淡、孟钦、任敦、吴猛、许逊等，皆留名后世。孙登隐修避世，嵇康师事之，阮籍登山访道而不应，以冷默的态度不问政治。董京（字威辇）有辟谷服气之术，披发逍遥吟咏，放迹山林，以回归自然为乐。张忠在泰山修导养服气之术，与鸟兽为侣，依崇岩幽谷凿地为窟而居，以无言之教授徒。陶淡本陶侃之孙，隐于湘山修道，与白鹿为伴，终身不仕。任敦隐于茅山，服赤石脂，能为人治病。孟钦据传有隐形变化之术，役使鬼神，以幻术隐显世间。吴猛有孝行，修得神通，民间传其灵异。又有道士许逊，本南昌人，得吴猛留传之道术，修习有成，在民间影响甚大，被后世推崇为净明忠孝道的祖师。实际上，魏晋神仙道教是一种自由发展的宗教，后世诸家宗派包括张卫之子张盛开创的江西龙虎山正一道，都可追溯到魏晋时期。今将魏晋时期神仙道教的主要道派略为分述。
汉末左慈由北方南渡东吴，神仙道教的金丹派遂在江南承传下来。葛洪说：“余考览养性之书，鸠集久视之方，曾所披涉篇卷，以千计矣，莫不以还丹金液为大要者焉。然则此二事，盖仙道之极也。服此而不仙，则古来无仙矣。”（《抱朴子内篇·金丹》）金丹派的道士认为服食金液和还丹是由人升仙的根本途径。所谓金液，从当时流传的丹方看，是一种溶解金或药金（炼制的铜合金）的溶液或象征性的溶解了金的溶液。神仙道士认为这种“金液”在与金或药金的作用中本身已含有“金性”，因而服用之后人体自然也具备了金的不朽性质。还丹则是在炼丹炉中模拟宇宙时间反演而得的化合物，是一种固体化了的道，人服后自然可以返老还童，得道成仙了。因此，神仙道教金丹派道士皆以炼制金液还丹为终身大事，他们将金液、还丹之方看得极为尊秘，不肯轻易传人。汉末魏晋时期，金丹派道教流传并不广，社会上布道收徒的多数道首只知行气之术及服饵药方，多不懂金液还丹炼制之术。葛洪得金液、还丹之传，自认为已得仙家之秘，他晚年带领家族成员和弟子远赴广东罗浮山，便是为了取得丹砂炼制还丹。那时的主要丹方，基本上是《黄帝九鼎神丹经》和《太清金液神丹经》中的方子，炼丹的化学反应大致用火法（烧煅、升华等）和溶液中的水法反应两种。《道藏》中的《三十六水法》，亦为汉代出世的外丹古经，金液之方也是由水法反应而来。至于还丹的化学成分，主要是硫化汞（HgS）。葛洪《抱朴子·金丹》云：“凡草木烧之即烬，而丹砂烧之成水银，积变又还成丹砂，其去草木亦远矣，故能令人长生。”北周甄鸾《笑道论》云：“烧丹成水银，烧水银成丹，故曰还丹。”实际上丹砂加热后，升华为纯净结晶硫化汞，亦有的氧化为氧化汞。古人仅据颜色及外观形状辨认药物，有时不能区分硫化汞及氧化汞，服丹中毒者亦时有发生。至于黄白之术，则是制备铜合金，例如黄白家制备铜砷合金，由于铜和砷的比例不同合金的颜色不同，金黄色光泽者称药金，白色者为药银。魏晋时神仙道教金丹派的传人，著名的有阴长生、左慈、葛玄、郑隐、葛洪，还有狐刚子。狐刚子著有《五金诀》、《五金粉图》等书，据说亦是左慈弟子。
晋代还兴起以信奉和承传某一类道经而命名的道派，统称之为经箓派。当时的经箓派分三大经系，即《三皇经》系，《灵宝经》系，《上清经》系。魏晋时道教的发展走向上流士族社会和知识阶层，特别在东晋时期道教又呈现高峰发展期，增加了对新道经的需求，于是一个新的造作道经的高潮终于在东晋时期掀起。东晋中叶新造的道经，以三皇、灵宝、上清三组道经影响最大，这就是后世道教尊崇的三洞真经。经箓派的道士以承传三洞真经内容的不同分别称为三皇派、灵宝派、上清派。三皇派和灵宝派的传人主要是句容葛氏，上清派传人主要是丹阳许氏。
1.三皇派
《三皇经》、《五岳真形图》之类是召劾鬼神的符书，属于《道藏》洞神部的经典，在三洞真经中问世较早。三国时帛和入西城山师事仙人王方平，于石室中精思，见古人所刻《三皇天文大字》、《五岳真形图》，后经左慈逐代传到葛洪手中。帛和经左慈传下来的为《小有三皇文》，鲍靓在晋元康二年（292）于嵩山石室又得到《大有三皇文》，也传到葛洪手中。葛洪说：“道书之重者，莫过于《三皇内文》、《五岳真形图》也。古者仙官至人，尊秘此道，非有仙名者不可授也。”“家有《三皇文》，辟邪恶鬼，瘟疫气，横殃飞祸。”（《抱朴子内篇·遐览》）据传《三皇经》（即《三皇文》）有天、地、人三卷（《天皇文》、《地皇文》、《人皇文》），今皆佚，其形式如灵宝派的《真文赤书人鸟五符》（《元始五老赤书玉篇真文》），是状如人迹鸟形的篆文符书，《道藏》伤字号《洞神八帝妙精经》中亦可见其遗意。按以符箓召神劾鬼、消灾却祸，在张陵早期道教中已盛传。符箓之源出于古人对《河图》、《洛书》等文字崇拜，原始宗教中便有文字能召神劾鬼的观念。《后汉书·方术传·解奴辜传集解》引惠栋云：“古有劾鬼法，故《淮南本经》云：昔者仓颉作书，而天雨粟，鬼夜哭。高诱注云：鬼恐为书文所劾，故夜哭。”又《汉书·艺文志·杂占类》有《执不祥劾鬼物》八卷，其前后皆录战国时方士书，故此书亦战国人作。方仙道中死麹圣卿、费长房等，皆以习劾鬼的方术著称，而且有上古之时神荼、郁垒兄弟二人于桃树下执鬼的传说。这说明召神劾鬼之术，亦是原始宗教中巫术的遗存。《三皇经》在承传过程中，经文亦繁衍不一，至南朝陆修静整理编定，为十四卷，凡受此法箓者，即为洞神三皇派弟子。三皇派经书、法箓授受均需遵守严格的宗教仪式，该派宣称三皇文乃淳阳精气所化，遇急难可感通天神救度，信奉、佩带、书写三皇经文有呼风唤雨、所愿立克、延年益寿等无穷法力，传至唐代尚兴盛。唐贞观二十年（646）官府从吉州犯人刘绍略妻王氏衣笼中搜得《三皇经》，上有“凡诸侯有此文者，必为国王；大夫有此文者，为人父母；庶人有此文者，钱财自聚；妇人有此文者，必为皇后”字样，为朝廷所忌，敕令将道观及民间所存《三皇经》烧毁。后宋代虽仍有流行，亦渐式微，至元代忽必烈焚经，《三皇经》失传，三皇派亦衰竭矣。此为三皇派发展始末，后不复记。
《五岳真形图》原是秦汉方仙道为配合秦皇汉武封禅、祭五岳而画出的五岳简易导游图，后来演变为符箓，其形状依五岳山岭河谷盘曲高长、周旋委蛇的规矩和形状绘成，形似书字。《汉武帝内传》称此图由西王母传给汉武帝，可证确是武帝封禅时方士所绘，道士认为佩带此图可附着五岳神仙的灵气神威，足以辟凶除灾，防身营家，经行山川，百神来迎。《五岳真形图》在南北朝之后归入洞玄灵宝部，属灵宝派承传的法箓。
2.灵宝派
《灵宝经》分为东汉出世的《灵宝五符经》（即今《道藏》水字号《灵宝五符经序》三卷），及后来的《灵宝赤书五篇真文》（又称《元始五老赤书玉篇》）、《灵宝无量度人上品妙经》等。东汉袁康《越绝书》和葛洪《抱朴子内篇》，皆言《灵宝经》有《正机》、《平衡》、《飞龟授帙》三篇，乃大禹治水时所藏，实际上亦是古代原始宗教中巫术的演变。据史料分析，最早的《灵宝五符经》约于东汉时出世，曾传到天师道张陵手中，后来葛玄在天台山修道得到此经，于吴赤乌之年（238）在社会上传开。葛洪于东晋建元二年（344）三月三日在罗浮山去世，以此经传给侄子葛望、葛世。晋末葛洪从孙葛巢甫依托祖辈传下来的《灵宝五符》古经，大加增饰，造出一批新的《灵宝经》，传给道士任延庆、徐灵期之徒，使灵宝派门人日多，灵宝之教大行于世。
3.上清派
天师道北迁后传入上层士族社会，晋初又有许多江南士族大姓奉道。西晋司徒魏舒之女魏华存，本为天师道祭酒，得《黄庭经》存思身神修道之法，甚得效验，存神行气之术遂在道教中秘传。东晋时，道教信徒日增，新的造经高潮又兴起。世奉天师道的士族名士许谧（高道许迈之弟）伙同士族子弟华侨炮制新道经，因华侨泄秘而止。后有吴人杨羲，自幼奉道，性沉厚，美恣容，工书画，有灵性，同许谧结交。许谧及其子许翙便同杨羲以扶乩的方法，托言南岳夫人魏华存下降，在晋哀帝兴宁二年（364）造出《上清大洞真经》31卷和诸仙真传记及修行要诀。杨羲先以隶字写出，以经师的身份传许谧、许翙。直至东晋末年，王灵期受葛巢甫造传《灵宝经》的启发，从许翙之子许黄民处求得《上清经》，隐去其中的至要法言，又张开造制，增广润色，在社会上公开流传，形成了神仙道教上清派。上清派承《黄庭经》的遗意，以内视存思、行气通神为主，兼用符箓，宗教素质较高。上清派是一个以士族知识分子为主体形成的道派，开茅山宗一脉，历经隋唐，盛行不衰，其修炼方术亦为内丹学的前驱。
占验派由秦汉方仙道的术数家发展而来。《四库提要》云：“术数之兴，多在秦汉以后。要其旨，不出乎阴阳五行，生克制化，实《易》之支派，傅以杂说耳。”有汉一代，谶纬学盛行，连儒生亦习术数之学，方士之精于术数者更多。术数学包括京氏易、谶纬、天官、风角、星算、遁甲、六壬、三棋、九宫、太一、三元、望气、飞符、龟策等推步吉凶之术。汉代以来有任文公、郭宪、高获、谢夷吾、郭风、杨由、李南、李郃、樊英、杨厚、公孙穆、许曼、赵彦、管辂等人，其中管辂占验吉凶，其应如响，乃汉代中国知识界数百年致力于术数占验之学而开出的花朵。晋代神仙道教兴起，精于术数学的道士遂形成道教占验派，以占断吉凶布道。占验派道士以术数通神，在神仙道教中颇受重视。汉代以来朝廷修史，立《方术传》，史书中记载方技术数之士以占验派最多，《晋书》中亦载有陈训、戴洋、韩友、淳于智、郭璞、步熊、杜不愆、严卿、台产等人，尤以郭璞名重一时。后世道教突出斋醮、科仪和养生延年之术，不尚预测占验，遂将占验派道士排斥到民间道教中去。魏晋之后，民间流俗道士亦多以灼龟卜卦、推命看相、望云省气、占梦观星、堪舆风水之术谋生。
魏晋时期，除了遍布全国的天师道和隐居求仙的士族神仙道派以外，尚有多种民间道派在各地活动。这些庞杂林立的道派，大都同五斗米道、太平道等早期道教结社有某种间接的联系，或是因天师道的某些祭酒“各奉异法”创立起来的。干君道、帛家道、李家道、清水道等，是当时在社会上较有影响的教派。
帛和本为汉末著名道士，相传他曾入西城山师事仙人王方平，于石室中精思，见古人所刻《三皇天文大字》、《五岳真形图》，又曾传《太清中经神丹方》，另外和《太平经》的承传也有关系。后世道士遂托名帛和，称千岁翁，广收徒众，传帛家道，至晋尤盛。葛洪《抱朴子内篇·祛惑》云：“乃复有假托作前世有名之道士，如帛和者，传言已八千七百岁，时出俗间，忽然自去，不知所在。其洛中有道士，已博涉众事、洽炼术数者，以诸疑难咨问和，和寻声为论释，皆无疑碍，故为远识。人但不知其年寿，信能近千年不啻耳，后忽去，不知所在”。陶弘景《周氏冥通记》卷一注云：“周家本事俗神祷，俗称是帛家道。”晋世著名道徒如刘纲、许迈、华侨以及周子良的姨母和家族皆奉帛家道。这说明帛家道不仅流传于民间，而且传入士族社会。后来这些奉帛家道的士族子弟又多转入上清派。
干吉为汉末著名道士，是早期道教典籍《太平经》的传人，后世道书中或讹为于吉。《后汉书·襄楷传》云：“初，顺帝时，琅邪宫崇诣阙上其师于吉于曲阳泉水上所得神书百七十卷，皆缥白素，朱介，青首，朱目，号《太平青领书》。”《仙苑编珠》卷中引《神仙传》佚文云：“吉受之乃《太平经》也。行之疾愈。乃于上虞钓台乡高峰之上，演此经成一百七十卷。今太平山干谿在焉。”《三国志·孙策传》注引《江表传》亦称“时有道士琅邪于吉，先寓居东方，往来吴会，立精舍，烧香，读道书，制作符水以治病，吴会人多事之。”可知后世道士，托名干吉，广传干君道，其道以烧香、读道书、以符水治病为宗教内容，可能是太平道的流变。干君道于三国时流传于东吴地区。
李家道发源于四川，由三国时著名道士李阿所创。李阿号称李八百，善辟谷，能预知吉凶。《云笈七签》卷二十八《二十四治》中的“平冈治”和“昌利治”，则注有“昔蜀郡人李阿于此学道得仙”；“昔蜀郡李八百初学道处”。《神仙传·李意期》记载：“刘玄德欲伐吴，报关羽之死，使迎意期，意期到，甚敬之”，“意期少言，人有所问，略不对答。蜀人有忧患往问之，凶吉自有常候。但占其颜色。”葛洪《抱朴子内篇·道意》云：“吴大帝时，蜀中有李阿者，穴居不食，传世见之，号为八百岁公。人往往问事，阿无所言，但占阿颜色。若颜色欣然，则事皆吉；若颜容惨戚，则事皆凶；若阿含笑者，则有大庆；若微叹者，即有深忧。如此之候，未曾一失也。后一旦忽去，不知所在。后有一人姓李名宽，到吴而蜀语，能祝水治病颇愈，于是远近翕然，谓宽为李阿，因共呼之为李八百，而实非也。”“于是避役之吏民，依宽为弟子者恒近千人”，“宽弟子转相教授，布满江表，动有千计”。可知李宽托李八百之名，在晋代将李家道传入江东。李家道教人导引行气，以符水疗病，设静庐斋戒，并以“无为”为教旨，有一套宗教活动的制度和礼仪。葛洪说：“又诸妖道百余种，皆血煞生食。独有李家道无为为小差。然虽不屠宰，每供福食，无有限剂……复未纯为清省也。”（《道意》）可知晋代之民间道教，数有百余种，李家道为当时尤为兴盛者，李宽布道时，自公卿以下，莫不云集其门。而后，李家道中流传开“老君当治，李弘应出”的谶言，不断有号称李八百的道士传道，亦不断有称名“李弘”的人借道教组织农民造反。《太上洞渊神咒经》亦和李家道有关系。自西晋至南北朝，称名李弘（或曰李洪、李脱、李辰）的农民起义有十多次。直至唐宋间，民间仍盛传着李八百的神话乃至发生以“李弘”为领袖号召农民起事反抗朝廷。
《三天内解经》云：“今有奉五斗米道者，又有奉无为幡花之道及佛道者，又有奉清水道者。”“老君使中国人奉无为大道，胡人奉佛道，楚越阴阳气薄，奉清约大道。”“其清明求愿之日，无有道屋厨覆，章符
仪，惟向一瓮清水而烧香礼拜，谓道在水中。”清水道托言为张道陵家奴所创，亦和天师道有联系。东晋时清水道传入晋皇室，为简文帝所奉。释室唱《比丘尼传·道容尼》记载：“简文帝先事清水道，道师即京都王濮阳也。”王濮阳亦称濮阳，据《道学传》记载：“濮阳者，不知何许人也，事道专心，祈请即验。郑女脚患跛躄，就阳清水濯足，余以灌庭中枣树，枣树即生，脚亦随差。晋简文既废世子，而无后息。阳时在第，密为祈请。三更中有黄气起自西南，迳坠室。尔夜李太后即怀孝武，冥道之力。”（《三洞珠囊》卷一引）晋孝武帝是否为清水道师祈祷而降生虽无确证，然清水道的宗教活动为祝水治病大致可明。
总起来说，道教在魏晋时期有以下几个特征。
（1）魏晋社会国家基本上处于分裂的状态，不可能形成全国性的统一的道教组织。因之，这个时期是由分散在全国各地的道首独立布道，各自组织教团，不同教派自由发展的时期。另外，这个时期的君权一般也不直接控制道教，给道教各教派自由创教提供了宽松的历史条件，使魏晋时期成为后世许多教派的开创时期。当时一些道徒进入上层士族社会，组织起一些有士族特色的教团，如上清派、灵宝派等；一些教徒遁入山林，以神仙方术修真养性，如金丹派、炼养派等；一些道徒继续在民间活动，或同巫祝合流或被农民起事所利用。后世一些有影响的道派，如楼观派、龙虎山正一派、奉许逊为教祖的净明道等，都可以追溯到这个时期。
（2）从整体上看，魏晋时期在全国最有代表性的道派还是天师道，其他道派大都和天师道有直接或间接的联系。由于天师道形成较早，在群众中有较厚的基础和较大的影响力，它的创始人张陵也成了全国公认的教祖，对道徒有较强的号召力。因此，天师道自张鲁去世后虽然失去了统一的教主，但仍能在张天师的旗帜下继续蓬勃发展。天师道发展的趋势，一是逐步传播到全国，二是从下层民众传播到上层士族社会。
（3）在道教史上，魏晋时期是早期道教产生分化和上层神仙道教逐步形成的时期，神仙道教凝聚着道教在这个时代的特点。从这个时候起，上层神仙道教和下层民间道教开始分手，士族神仙道士和民间流俗道士、巫祝的对立加深，上层道教的社会政治属性越来越强，直至沦为统治者进行“三纲五常”等社会教化，维护封建秩序的工具。
（4）从整个道教史看，魏晋时期是继汉末道教发展高潮之后的低潮时期，又是汉末早期道教到南北朝成熟的教会式宫观道教之间的过渡阶段。在这个阶段，早期道教分化为上层士族神仙道教和下层民间道教，神仙道教成了由早期道教通往成熟的宫观道教的桥梁。魏晋时期道教在全国范围内都产生了分化和变革，接受了中国家长制封建宗法统治的意识形态的控制，然而这种变革仍是南北朝道教改革的准备阶段。因之，魏晋社会的道教发展在道教史上具有承前启后的特点。
从东晋后期到南北朝，全国性的道教改革终于普遍展开，一大批新道派相继出现，中国道教的发展又进入高潮。北朝寇谦之假托太上老君之命清整道教，重建了新的天师道。他改变了天师道早期模仿汉制的古朴组织形式，调整和封建政权的关系，向教会式的宫观道教过渡。南朝的陆修静和陶弘景，先是沿袭天师道的改革，继而总括三洞经书，把灵宝派和上清派发展到成熟的教会式宫观道教水平。
寇谦之（365～448）生于关中冯翊士族家庭，亦为天师道世家子弟，早年慕道，修长生术，姚秦时随仙人成公兴入嵩山修炼，隐居石室，服食采药。七年后成公兴尸解飞升，寇谦之仍精修不懈。至姚秦弘始十七年（415），忽称感召太上老君降临山顶，授寇 谦之天师之位并赐《云中音诵新科之戒》二十卷，命他“宣吾新科，清整道教，除去三张伪法，租米钱税及男女合气之术。大道清虚，岂有斯事？专以礼度为首，而加之以服食闭炼”（《魏书·释老志》）。寇谦之托名老君降授而造作的《云中音诵新科之戒》，即今《道藏》力字号的《老君音诵诫经》，现仅残存一卷。寇谦之据此大规模地改革天师道，革除了天师道中道官的世袭制，以“简贤授明”的师徒制取代，既保留了世袭制护教的好处，又避免了因教主、道官子孙愚劣“使道教不显”的弊端。同时，他还废除了道官在北方仍承用蜀土二十四治之号的旧例，治理了道官祭酒任意取人金银财帛，滥上章表，诈造图书仙方的混乱现象，将天师道引向神仙道教的轨道。寇谦之的新教义最重视的是奉守道诫，增加了不少道教戒律，将天师道的道诫和儒家的伦理规范统一起来，使之成为朝廷维持封建秩序的工具。另外，寇谦之反对滥传房中术助长教内淫风败坏道教声誉的做法，加强了斋醮礼拜等宗教实践活动，规定了详细的礼仪程序，从而提高了天师道的宗教素质。
当天师道的改革初见成效之后，寇谦之又于北魏明元帝泰常八年（423）托称感召老君之玄孙、牧土上师李谱文降临嵩岳，将寇谦之名列仙班，授予《图录真经》六十余卷，使之辅佐北方太平真君。寇谦之在《图录真经》（今已佚）中重新编造了道教神仙的谱系，对诸神的坛位、衣冠、礼拜仪式也作了等级规定，这实际上是将世俗的士族等级制投影到神仙世界，加强了道教的封建伦理化。同时，他还吸收了“劫运”说等佛教思想，制造谶语，推进道教的国教化。他否定了三张的“租米钱税”之制以后，建立由士族和朝廷提供资助的道馆，使天师道的经济来源发生变化，向朝廷敕给馆户（即为道馆服役的隶户）设“道正”管理的官方道教过渡。道馆北方亦称为观，大者为宫，道士先在山洞旁建馆舍，后又建道观于都市，造成南北朝时期“馆舍盈于林薮”的局面，发展为后世的教会式宫观道教。
寇谦之为了推进天师道的国教化，达到其“为帝王师”的愿望，便于当年下山携《图录真经》投靠新即位的魏太武帝拓跋焘。寇谦之初见太武帝未受重视，朝野之士对其言亦半信半疑。随之他结交了儒学世家的官僚崔浩，崔浩上疏为寇谦之鼓吹，迎合了拓跋焘借神化《图录真经》的符命入主中原的野心，遂崇奉寇天师，起天师道场于京城东南，显扬《图录真经》，依寇天师新制大兴道教。当魏太武帝欲进兵大夏（426），进行统一北方的战争时，掌兵权的大臣畏难不肯，而寇谦之却替太武帝预测曰“必克”，使魏太武帝坚定信心率鲜卑铁骑相次剪灭大夏、北燕、北凉、仇池等割据政权，统一北方，结束了五胡十六国的纷争局面。在战争中崔浩和寇谦之随军赞画有功，北魏拓跋焘也称本族为黄帝之后，锐意学习汉文化，拉拢世家大族的汉人，遂大力发展天师道。公元440年，寇谦之又为拓跋焘祈福感通太上授之以“太平真君”之号，促使太武帝改为太平真君元年，并备法驾按天师道的仪式亲至道坛受道教的符箓。寇谦之及其以后的天师道对道士受箓的仪式很重视，“箓”便是道士证书，道徒在受箓前要先受道教的戒律和护身符等，才能成为正式的天师道徒。从此之后，天师道在北魏大行，皇帝即位受道教符箓也成定例，并供奉元始天尊和诸仙的神像。天师道在北方上层社会的地位巩固下来。
道教的兴盛，加剧了同佛教的矛盾。
本来佛教初入中国，借方仙道神仙之学而传。魏晋南北朝时，北方佛教依附于神仙道教，南方佛教依附于玄学。佛图澄之传教，亦能念咒驱鬼，行法术占验，号曰神僧，实形同神仙道士。而后佛经大量翻译，南北高僧日多，佛教的本来面目渐为人知。北方五胡乱华，佛教遂在少数民族中间传开。后赵时石虎倾心事佛图澄，大力推行佛教，汉人大量出家，寺院亦遍布国中。石虎等少数民族国主奉佛，大约也有借佛教抵制汉文化的心理，他们认为“朕本胡人，佛是胡神”，因之崇佛便顺理成章。
佛教盛传，因此也遭到北方代表汉文化的儒学世家的嫉恨。崔浩出生于儒学士族，对佛教异俗尤为深恶痛绝。魏太武帝拓跋焘对佛教初无恶感，后经寇谦之和崔浩的鼓煽，崇道日笃，在统一战争中，又屡与帮助割据政权的僧侣矛盾，对佛教渐生恶感。崔浩亦乘机鼓动太武帝灭佛，太武帝终于在太平真君七年（446）下诏灭佛。魏太武帝欲入主中原，崇尚汉文化，鲜卑族以正统的黄帝后代自居，正要向天下表明“朕非胡人，不事胡神”的观念，因之灭佛之举也顺理成章。
灭佛之举遭到奉信佛教的鲜卑贵族的痛恨，拓跋氏政权内部矛盾激烈。寇谦之并不赞成屠杀僧人，他死前已预料到天师道以后因受政治斗争的影响转衰。寇谦之死后，崔浩也因被鲜卑贵族忌恨处死。不久，太武帝亦于公元452年被弑身死，后世皇帝皆佞信佛教，天师道转衰。特别是在齐文帝高洋时，于天保六年（555）又下诏废道，使寇谦之的天师道教团一蹶不振。
陆修静（406～477），字元德，吴兴东迁（今浙江吴兴）人，为江南著名士族吴郡陆氏，东吴丞相陆凯之后。少慕神仙道教，精修不辍，功力颇高；又云游名山仙洞，搜寻道书，元嘉末（453）得宋文帝宣召，声名大著，后因朝廷动乱去庐山隐修；宋明帝太始三年（467）又奉诏于崇虚馆整理道书，弘扬道教。陆修静为葛洪之后著名道教学者，一生著述甚丰，对道教发展贡献甚大。
晋宋之际，三皇派、灵宝派、上清派的经书日益增多，真伪混杂，优劣不等。考察道教史，发现道教的发展变化往往受佛教刺激。东晋南北朝道士大造道经，其原因也和当时佛经的翻译突增有关（梁武帝时译佛经已达五千四百卷）。道经造作繁多，亟须统一整理。陆修静居崇虚馆，得到朝廷收藏的杨羲、许谧手书《上清经》真迹和收集到的《三皇经》、《灵宝经》道书，首以三洞（洞真部、洞玄部、洞神部）分类，自称“三洞弟子”，编出《三洞经书目录》。陆修静不仅将洞真上清经、洞玄灵 宝经、洞神三皇经考其源流，删正增修，甄别条理，而且还为经书的传授立成仪轨，借以提高道教的宗教素质。梁初，又有孟智周法师撰《玉纬七部经书目》，继承陆修静的道书分类方法，在三洞之外又加四辅（太玄部辅洞真，太平部辅洞玄，太清部辅洞神，正一部总辅三洞），使“三洞四辅十二类”的道书分类法，沿用至今。道书的整理和分类是道教史上的大事，对道教的发展影响颇巨。
佛教是一种宗教形式完善的世界宗教，为中国的民族宗教提供了一个可供模仿的样板。中国道教要提高自己的宗教素质，必须汲取佛教的宗教形式并加以民族化，这个步骤是在南北朝时期完成的。首先，陆修静删定的《灵宝经》中，佛教三世轮回、因果报应之说被吸收过来，强调积德行善、济世度人。《灵宝度人经》等大量道书，讲因缘业报、轮转五道、天堂地狱，采用了很多佛教用语。其他如《老君说一百八十戒》以及五戒、八戒、二十七戒等，和佛教戒律也甚相似。所不同者，说法者为元始天尊或太上老君，戒律同中国儒家的“三纲五常”等礼教规范相一致。教义中劝善度人的社会伦理思想被突出出来，这是中国道教思想的一个大变化，是道教日益成熟的标志。同时，陆修静还为道教制定和完善了大量斋醮仪式，充实了道教的科仪。陆修静认为斋仪可以检束道士的身、口、心“三业”，以身礼拜，以口诵经，以心思神，则身、口、心皆归于道，内寇外贼俱不能入。他综合天师道、上清、灵宝诸派斋法，以灵宝斋（以有为为宗）的金箓、黄箓、明真、三元、八节、自然等斋法为主，加之三皇斋、太一斋、指教斋、涂炭斋等古老的旧斋法和上清斋以无为为宗的坐忘、心斋二法，称为“九斋十二法”。这样，斋仪既成了道士传经受戒、日常修行和宗教节日的功课，又成为他们在社会上作祈禳超度的法事和行道布道等宗教活动的内容。道教宗教活动的规范化显然也是道教成熟的标志之一。
当时南朝的天师道祭酒制度，也像北朝一样混乱不堪。陆修静曾著《陆先生道门科略》，按三张旧法对天师道进行整顿，然收效不大。后来他居掌朝廷崇虚馆时，俨然成为全国的道教领袖。他针对南朝在孙恩起义失败后民间天师道衰落，士族神仙道教的上层天师道发达的事实，结合天师道亦属于符箓道教的特点，利用自己的威望和著述将上层天师道和南方盛传的经箓派道教（三皇派、灵宝派、上清派）融汇到一起，并区分修行次第，形成了一种按道阶修行的统一的天师道经箓道教。陆修静的这项道教改革是道教史上的大事，前人绝少论述。在陆修静改革后的经箓派道教中，天师道按经箓划分属正一派（由张道陵《正一盟威》道书而来），派内设正一弟子（或盟威弟子）、正一道士、正一法师（即原天师道的祭酒）等道阶，在经箓派道教中品级最低。庶人学道，先作正一弟子，受正一派经箓，依次再升为三皇弟子、灵宝弟子，最后授以最高的上清派经箓。陆修静所修斋仪，也是将正一派的旨教斋、涂炭斋和三皇斋、灵宝斋、上清斋融汇在一起分别品位的。这种融汇三洞经箓、统一区分道阶的改革对后世道教影响很大，为唐代的道阶和经箓授受制度乃至明代正一派统一三山符箓（龙虎山正一派、茅山上清派、
皂山灵宝派）开了先河。另外，陆修静还根据南朝士族天师道设置静室、道馆进行宗教活动的现状，推行道馆制度，建立成熟的宗教组织形式。这些道馆已不同于旧天师道的道治，经济来源不再向道民征租米，而是依赖官僚贵族的布施、朝廷的敕赐和免役、自己隶属的田产和馆户等，道士按道阶在道馆中进行宗教活动，和佛教的寺院制度相当。这样，教会式的宫观道教便形成了。
陆修静主持崇虚馆时，深得朝廷敬重，又在泰始七年（471）为明帝建三元露斋，感堂前黄气升天，明帝病瘳，以为嘉祥。“先生乃大敞法门，深弘典奥，朝野注意，道俗归心。道教之兴，于斯为盛”。陆修静于元徽五年（477）去世，谥“简寂先生”，其弟子著名者有孙游岳、李果之等。南朝高道，如顾欢、孟景翼、宋文明、褚伯玉、刘法先等，皆于道教发展有过贡献，其中最著名的，为孙游岳的弟子陶弘景。
陶弘景（456～536），字通明，丹阳秣陵（今江苏南京）人，生于士族诗书之家。少喜道术，从师孙游岳，后因宦途不得意，遂隐居句曲山（今江苏茅山），自号华阳隐居，率弟子建华阳馆。齐梁禅代时，派弟子奉表支持萧衍，援引图谶，选定国号，和梁武帝萧衍书问不绝，时人谓之“山中宰相”。朝廷王侯公卿名士拜在陶弘景门下者有徐勉、江淹、沈约、萧子云等多人，名重一时。陶弘景多才多艺，精于天文、历算、医药、金丹、经学、地理、博物、文学艺术，著述80余种，现保存下来的《真诰》、《登真隐诀》、《真灵位业图》、《养生延命录》、《本草集注》、《补阙肘后百一方》、《华阳陶隐居集》等，都是道教史和科技史上的重要著作。陶弘景隐居茅山45年，门徒众多，享年81岁，谥贞白先生。
陶弘景在道教史上最大的贡献，就是承传上清经箓，创立茅山宗。他著的《真诰》，就是在顾欢《真迹经》的基础上，整理杨羲、许谧的上清经诀，记述上清派历史、方术、教义的重要著作。《登真隐诀》则记述《上清经》中的符箓、存思、内视、导引、服气诸升仙之法。茅山以汉代三茅真君（茅盈、茅固、茅衷）修仙而得名，为六朝神仙道教圣地。陶弘景率弟子在茅山披荆斩棘，历时七年，修塘垦田，建设道馆，组成了上清派道团。从此，茅山宗成为上清派的中心，自南北朝至隋唐，茅山派代有人出，在道教史上产生了深远的影响。茅山上清派基本上是一个知识分子组成的道团，注重个人文化修养和经典的研习，道士多精于诗赋、书法，有文才，属于经箓派道教的最上一层，著名高道较多。
陶弘景博学多能，诗词文章、棋琴书画、养生医药、金丹冶炼、卜筮占候，无一不通。他的《养生延命录》总结了道教养生学关于养神、炼形、行气、房中术等多种方法。在医药学上首创按药物品种（玉石、草木、虫、兽、果、菜、米、实等）进行分类的方法，丰富了道教医药学的体系。特别是他继葛洪之后发展了金丹派道教，发现了硝石（KNO 3 ）的火焰鉴别法。
陶弘景还对道教的神仙体系进行了整理，著《真灵位业图》，确立了以元始天尊为首的神仙尊卑等级秩序。道教最高神（元始天尊）的确定和神仙谱系的等级化，既是道教维护封建等级制度的必然反映，也是道教神学成熟的标志。南朝的道教，经过陆修静和陶弘景的改革和发展，从内容到形式都变为成熟的教会式宫观道教。
南北朝时期正是中国传统文化中儒、道、释三教鼎立的格局逐步被确认的时期，在这个格局形成的过程中，中外文化的冲突显得特别激烈。南北朝时期佛经大批译为中文，寺院经济日益强大，僧人遍于国中，实力超过道教，于是便急于脱掉原来依附神仙方术和玄学的外衣，争夺独立的正宗文化地位。三教之争首先在儒、释之间展开，如刘宋元嘉九年（432）天文家、数学家何承天作《报应问》，批判佛教因果报应说，佛教徒宗炳作《答何衡阳书》予以辩解。从鬼神之有无，报应之虚实，逐渐深入到人死灵魂有无即精神和肉体的关系上，导致梁代范缜著《神灭论》的斗争。佛教初入中国，为布道的需要，根据司马迁《史记·老子传》关于老聃出关西去，“莫知其所终”的记载，东汉末以来造出老子西“入夷狄为浮屠”之说，以和中国文化认同。后有《老子化胡经》出（传为西晋道士王浮造），据此说认定老子西入流沙化胡人成佛，将佛陀视为老子和关尹弟子。南北朝而后，佛教徒围绕《老子化胡经》的真伪屡兴大波，攻击道教，争论两教高下。道教徒亦联合儒教，提出“夷夏之辩”，沙门应否敬王者等问题，排斥佛教。佛教则极力依附中国的君权，接受“忠孝”的伦理观念，逐步中国化。
南朝宋齐之际名道士顾欢著《夷夏论》，褒道教为圣教，贬佛教为戎法，受到佛教徒的围攻。后又有道士托南齐士族张融之名，著《三破论》，谓佛教有悖于礼教伦理，“入国破国，入家破家，入身破身”。又根据“老子化胡说”称老子因“胡人粗犷，欲断其恶种，故令男不娶妻，女不嫁夫，一国伏法，自然灭尽”，以侮辱佛教。佛教徒也造出《老子大权菩萨经》、《清净法行经》等不少伪经反诬道教和儒教，提出“佛陀派三弟子入华教化说”，谓“摩诃迦叶，彼称老子”，儒童菩萨即孔丘，光净菩萨是颜渊。后来三教对骂之言，愈出愈劣，而三教调和之论，则愈来愈兴。梁武帝萧衍为解除因禅位造成的心理压力，欲借佛教消除罪业，使佛教在南朝大兴，三教融和之风亦大行。天台宗三祖慧思禅师著《誓愿文》，称“愿诸贤圣佐助我，得好芝草及神丹”，“借外丹力修内丹，欲安众生先自安”，为援道入佛之例。陶弘景“曾梦佛授其菩提记，名为胜力菩萨”，“自誓授五大戒”，并授净土宗始祖昙鸾以道术，又为佛道双修之例。
北朝的佛道之争，同南朝的文字辩对不同，有帝王的利害关系参与其中，往往酿成灭佛或废道事件。除了前述魏太武帝灭佛之事，又发生了北周武帝宇文邕灭佛兼废道的事件。北周武帝是一个励精图治的英主，尊信道教、儒教而不好佛教。当时佛教经济恶性膨胀，僧徒、庙佃户、寺庙遍于州郡，影响了国家的财政。于是北周武帝多次组织三教辩论会，定三教优劣，为废佛制造舆论。甄鸾上《笑道论》，诋毁道教，道安作《二教论》，崇佛抑道。道士也作《道笑论》以反驳。经过几年辩论，武帝不得已于建德三年（574）下诏同时废佛道二教，令沙门、道士还俗，“三宝福财，散给臣下，寺观塔庙，赐给王公”。不久又敕建通道观，选道士、僧人入观习《老子》、《庄子》、《周易》，名为通道观学士，并在通道观高道的协助下撰写了道书《无上秘要》，为道教史上重要的综合性道教类书。
古楼观台，在今陕西省西安市南的终南山北麓，传为周时关尹子的故宅。《汉书·艺文志》注关尹“名喜，为关吏，老子过关，喜去吏而从之”，后世仙传则称其为关令尹喜。关陇士族天水尹氏羡其名，其子弟入道者多居楼观，称尹喜之后。魏晋神仙道教的道士梁堪居楼观修行，得郑法师和仙人尹轨（山西太原人，武当山神仙道士）亲传神仙方术，于晋元帝大兴元年（318）仙去。其弟子王嘉，字子年，陕西安阳人，为著名高道，甚得苻坚和姚苌礼遇，著有《拾遗记》和《牵三歌谶》传世。王嘉传孙彻，孙彻传马俭，形成楼观道团。北魏太武帝时，楼观道渐兴盛，有高道尹通，其侄尹法兴，弟子牛文侯、王道义等，皆居楼观，购置道经，增建房产，广施功德，扩大教团。魏孝文帝时，王道义弟子陈宝炽，常诵《上清大洞真经》，有未兆先知之术，其徒李顺兴、侯楷及侯楷弟子严达，皆有异术，名重一时。北周武帝宇文邕废佛道二教时，特召严达、王延、苏道标、程法明、周化生、王真微、史道乐、于长文、张法成、伏道崇十人入通道观修道，世号“田谷十老。”至隋唐时期，楼观道更趋兴盛。
楼观道士尊太上老君，宗尹喜，习《道德经》《老子西升经》等，为神仙道教和北方新天师道的结合体。后来，南方陆修静和陶弘景的经箓派道法通过华山道士陆景、焦旷、韦节等传到楼观，楼观道士王延亦在华山修道，故南北朝后期楼观派道法成了南北道教的融汇。楼观道士不仅习《老子》、《庄子》、《列子》、《周易》，而且修上清经法，在隋唐仍很兴盛，一直流传到宋代。
隋唐时代是中国封建社会最兴盛的时代，唐朝国力强大，思想开放，地域辽阔，是亚洲的经济、文化中心，和世界上许多国家有文化和贸易联系。唐代经济繁荣，科学和文化发达，民族政策平等，儒、道、释三教繁荣，外来的宗教如祆教（亦称拜火教，由波斯传来，即琐罗亚斯德教）、景教（即唐代传入的基督教聂斯脱利派）、摩尼教（即明教，伊朗古宗教）、回教（即伊斯兰教，由大食国传入）均在唐代入中国，在朝廷的支持下自由布道。这样的社会环境必然导致道教的繁荣。另外，唐代虽然是中国历史上少有的强盛和对外开放的时期，但中国的封建宗法制社会传统并没改变。在君权专制的社会里，政治一直被放在最突出的位置，国家政权干预科学、文化（包括哲学和宗教）、艺术的发展是常有的事。宗教如果脱离了君权的支持，也难以在社会上获得适宜的政治、经济条件。因此，外国来中国布道的宗教家不仅是面向民众，首要是面向君主，要在中国传播某种思想文化都要尽力讨取君主的支持。南北朝时期的著名佛教徒道安看透了国情的这个特点，他说：“今遭凶年，不依国主，则法事难立。又教化之体，宜令广布。”（《高僧传》）为了使佛教在中国站稳脚跟和广泛流布，道安派弟子分头游说南北朝的君主。隋唐五代时期，道士为了阐弘道教，也极力争取君主的支持，终于获得成功，促成了道教的国教化。在中国的社会历史条件下，一种宗教在君权的支持下经历一次国教化的阶段，是发展为有社会历史影响的大教的重要条件。道教经过唐代的国教化，成为中国政治、经济、文化系统中的要素之一，历代皇帝再也无法忽略它的存在了。唐代道教组织和道阶制度的正规化、道经的整理、道教哲学和教义的深化、科仪和经戒法箓授受程序的完善、各种修炼方术的蓬勃发展、道教文学艺术水平的提高，都是前所未有的，这使隋唐五代的道教成了中国道教史上重要的环节。
周武帝宇文邕死后，曾帮助他兴道灭佛的道士张宾、焦子顺推知国家将变，杨坚将行禅代之事，便向杨坚密告符命，预言他当为天子。隋文帝杨坚践阼，依道教经典中的“开皇”为年号，复兴道教，封赏楼观派道士，为王延、严达、焦子顺、吕师、孙昂、孟静素、仇岳等道士修建宫观。因杨坚幼年乃女尼智仙养大，自称“我兴由佛法”，故隋初定三教次序佛先、道次、儒末，后更信佛、道、鬼神，开皇二十年（600）下诏禁毁佛、道像，“沙门坏佛像，道士坏天尊者，以恶逆论”（《隋书·高帝纪》）。隋炀帝杨广，崇信道士徐则及上清派茅山高道王远知，并迷信金丹仙药。隋末豪强并起，逐鹿中原，道士遂在群雄中预选未来的帝王。当时社会上广泛流传着“杨氏将灭，李氏将兴”，“天道将改，当有老君子孙治世”的道教谶言，加剧了社会动乱，农民起义军首领李密、李轨等皆宣称自己应谶当为帝王。然而道教中的一些著名高道，则多将政治谶言应在李渊和李世民身上，称他们为老君的子孙，当为天子，大兴道教。道士张宾、焦子顺见隋朝大势已去，亦云李渊“当为天子”，茅山道士王远知亦曾向李渊密传符命，并预言秦王李世民当作“太平天子”。隋大业十三年（617），李渊起兵于晋阳（今山西太原西南），楼观派宗师岐晖以资粮相助，及李渊兵至蒲津关，岐晖又预言李渊“必平定四方”，改名“平定”以应之，并发道士八十余人向关应接，并编造霍山神奉太上老君之命助唐军取胜的传说。岐平定本为通道观法师苏道标弟子，受三洞经法，据说他在大业七年（611）隋炀帝征辽东时就预言“天道将改”。著名医药学家、道士孙思邈甚至在隋初就预言“过五十年，当有圣人出。”还有著名的占验派道士李淳风，大业十三年（617）亦称终南山老君降显，言“唐公当受天命”。李唐建国后，称太上老君为唐帝之祖，在羊角山等地降显的政治神话就更多了。唐朝王室公然尊老子为“圣祖”，自称是老子的后裔，一是为借符命谶言论证李氏称帝的合理性，用以神化君权；二是在重士族门第的社会环境中，攀附老子的声望，以抬高唐宗室的社会地位。唐高祖在老君显灵的羊角山等地修建宫观和老君庙，扶植道教，并亲谒楼观，称：“朕之远祖，亲来降此，朕为社稷主，其可无兴建乎？”于是诏改楼观为宗圣观，赐以米帛田产并加封岐平定等有功道士。武德八年（625），国内已混一，唐高祖确定了道先、儒次、佛末的三教次序，宣布了尊道的国策。武德九年（626）“玄武门之变”，佛教徒以法琳为首支持太子李建成，道教徒以王远知为首支持秦王李世民，结果李世民杀死建成，称帝为唐太宗。唐太宗于贞观十一年（637）下诏论定佛道优劣，重申崇道抑佛的政策。至唐高宗时，又亲至亳州谒太上老君庙，追封老子为“太上玄元皇帝”，下诏以《道德经》为上经，命百官和贡举人诵习，又敕道士隶属管理宗室事务的宗正寺，以此抬高道教。
道教既然已被道士和帝王拴到朝廷的战车上，则道教的兴衰不得不和唐朝的政治命运密切相关。隋代北周后，一反北周灭佛抑道的政策，尊佛扶道，得到佛道信徒的支持，但佛教大量剃度僧尼和收敛民财，远非道教可比，佛教过分膨胀和与国争利必然危害国家。唐高祖和太宗的崇道抑佛政策，实则不过是借用道教的力量限制佛教恶性发展，是国家政治的需要。唐初佛道之争亦甚激烈，太史令傅奕在唐开国时就曾上《废省佛僧表》，提出废佛之议，僧法琳作《辩正论》诋毁道教，僧智实抗表反对道先佛后，结果被朝廷施以刑法。当时不仅皇帝在佛道之争中主张道先佛后，孔颖达等儒家学者也支持道教，道教遂占明显优势。武则天以周代唐，为了削弱唐宗室的政治影响，也从贬低老子，崇佛抑道入手，自称弥勒佛化生，规定佛先道后，佛教势力又过分膨胀。唐玄宗执政，又一改武则天、韦后崇佛抑道危害李唐王朝的政策，采取了一系列崇道抑佛措施，使唐代道教发展到高峰。直到安史之乱发生，唐朝衰落，道教也跟着一度衰落。这都说明，道教和唐代的政治相关。
唐玄宗下诏规定道教在儒、释之上，老子在孔子和释迦牟尼之上，限制佛教的发展，并一再给老子上尊号。他还亲自注释《道德经》，令士庶诵习，并令天下诸州郡遍建玄元皇帝庙，绘老子像颁布全国，祀老子，封庄子为南华真人，文子为通玄真人，列子为冲虚真人，庚桑子为洞灵真人，改四子书皆称真经。同时又设崇虚馆，以“四子真经”开科取士，贡举人加试老子策，建立“道举”制度。他还亲受道士法箓，经常召见著名高道，如司马承祯、王希夷、张果、李含光、吴筠等，颁布多种崇道法令，组织编集道教典籍，仿佛藏称《一切道经》，实为《道藏》编集之始。唐玄宗还努力发展道教文学艺术，亲制道教音乐，提倡炼丹、斋醮等宗教活动，发展和繁荣道教。唐代一些公主出家为女冠，朝中大臣如贺知章等请度为道士，说明道士、女冠的社会地位是很高的。唐代道教以尊祀老子为核心，社会上流传着许多老子灵迹的神话，这给唐人社会心理上播下了修道求仙的意识，并反映在大诗人李白、杜甫、白居易等人的诗中，使道教在唐代进入全盛时期。
唐代后期皇帝亦多崇道，尊奉老子，服食金丹，直至唐僖宗时，因黄巢起义而逃至成都，仍编造太上老君在青羊宫显灵的神迹。其中最重要的，是会昌四年（844）至会昌五年（845）唐武宗的灭佛，拆毁寺庙4600余所，勒令僧尼还俗26万多人，收田地数千万顷，收奴婢为两税户15万人，使佛教一蹶不振。
五代时期，梁太祖朱晃灭唐后降低老子地位，后唐庄宗李存勖即位又尊崇老子和道教。后周世宗柴荣，为英明之主，即位后又崇道废佛，存佛寺2649所，废30336所，并以铜佛像铸钱。历史上魏太武帝、周武帝、唐武宗和周世宗的废佛事件，佛教称为“三武一宗法难”。实则这些皇帝虽都好道教，但废佛之举，多是由于国家的经济和政治原因。
五代十国，亦有不少高道得到君主崇信。如周世宗礼敬华山道士陈抟；前蜀王建重用道士杜光庭；吴王杨行密崇信道士聂师道；吴越王钱
拜访闾丘方远；燕主刘守光以道士刘海蟾为相。还有道士谭峭，亦为五代时高道。
唐代的道教，来源有二，其一是继承魏晋神仙道教的传统，其二是魏晋天师道的流变。例如唐代专门从事外丹黄白术的金丹派道士和以各类气法修炼，兼服食药物养生的炼养派道士，则是继承方仙道传统的神仙道教流派。上清派、灵宝派、正一派等经箓派道教，实际上是魏晋天师道在神仙道教影响下的流变，中间经过陆修静的整顿，在唐代经箓派盛传，宋代以后统一为正一派天师道。再有原楼观派（唐初改楼观为宗圣观）道士以终南山为中心，形成终南山道团，宗老子和关尹子，习《老》、《庄》，实为神仙道教和经箓派道教的融汇。隋唐时道观遍于全国名山大邑，以茅山和终南山最显，唐代这些由天师道演化而来的经箓道教重道阶而不重道派，继承陆修静统一经箓道教的传统，道士出家，先受初真戒。经箓道教中以正一派最低，依次为三皇派、高玄派（授习《道德经》、《老子西升经》等）、升玄派（授《升玄内教经》）、灵宝派、上清派。其中上清派是经箓道教中品级最高的道派，以茅山为本山，师徒授受分明，高道辈出，是隋唐五代影响最大的道派。自陶弘景以来传授次第为：
潘师正（585～682）师事王远知，居嵩山，为唐高宗和武则天所敬重。司马承祯（647～735），字子微，居天台山，唐玄宗时著名高道，和陈子昂、李白、孟浩然、宋之问、王维、贺知章等交游，道功甚高，著《坐忘论》、《天隐子》、《服气精义论》、《道体论》等书，其学精取老、庄，合会禅法，为内丹学的兴起作了理论准备。吴筠（？～778）本为儒生，后入嵩山师事潘师正传上清经法，著《玄纲论》、《神仙可学论》、《形神可固论》、《心目论》，谈仙道之理和养性之术，是道教哲学的重要著作。李含光（683～769）纂修上清经法，唐玄宗亲受上清经箓，著有《仙学传记》、《周易义略》、《老庄学记》等书。
又太极左仙公葛玄传《灵宝经》的故事，葛洪未详记，唐人始盛传，称太上授葛玄《灵宝经》及太极祭炼三箓七品斋法，流传于
皂福地。故
皂山灵宝派，当兴起于唐代。升玄派实即灵宝派的支派。
自张鲁之侄张盛（盛为张鲁之弟张卫之子，张卫不降曹被杀，盛遂隐于吴）居江西龙虎山传天师道正一派以来，历魏晋南北朝正一派不显。
唐玄宗时太清观道士张万福整理三洞经戒法箓，使正一法门中符箓的佩带、传授、箓法的品位形成完整的体系，经戒的内容和授受程序也大为改观，在民众中造成很大影响。张天师正一派推重符箓咒术，行斋醮祭炼、消灾除病之法，广收教外男生、女生、弟子入道，成为民间经箓派道教大宗。至五代时杜光庭著《道门科范大全》，闾丘方远诠释《太平经》，更促进了正一派道教的发展。唐代天师道上清、灵宝、正一这三派中，上清派在社会上层传播，正一派则主要在民间传播。
楼观派终南山道团，在国都长安附近，又尊奉老子和无上真人尹喜，适应唐李王朝认老子为祖的政治需要，故十分兴旺。隋唐道士，讲经以善说《老》、《庄》著称，杂以三洞经戒科仪，终南山宗圣观道团，似以传高玄派经戒为主。王延和严达，为周隋之际著名高道。唐代则有岐晖、巨国珍、田仕文、尹文操等。尹文操为唐高宗时终南山楼观道士，也参与制造太上老君神迹的活动，并撰修《玄元皇帝圣纪》。唐玄宗时，曾于楼观山谷间得太上老君玉像，以为祥瑞，乃于楼观立碑记其事。楼观终南道团在唐宋两代流传不绝，至金代遭战祸，焚毁殆尽，元初全真教尹志平礼谒祖宫，委托道士李志柔主持修复楼观，并入全真道。
唐代经箓道教还有洞渊派，乃晋末马迹山道士王纂得《洞渊神咒经》而传。唐代道士韦善俊、叶法善、尹愔等，传洞渊派。洞渊道士受洞渊三昧法箓，其法上辟飞天之魔，中治五气，下绝万妖。叶法善（616～720）有摄养、占卜之术，善符箓醮祭，能厌劾鬼神，寿过百岁，甚得朝廷礼遇。
唐代另有北帝派，道士邓紫阳，诵天蓬咒，感北帝授剑法，见重于唐玄宗，传其子邓德成。后有邓延康、黄洞元、瞿童、何元通等传其术。北帝派是上清别派，传《北帝经》，行辟邪禳祸之事。
唐代道教经箓派中，人才甚多，如王玄览著《玄珠录》；李筌传《阴符经》，著《太白阴经》；张志和著《玄真子》；谭峭著《化书》等，皆为道教史上的重要著作。
唐代道教除天师道演化之经箓道教之外，神仙道教亦甚活跃，神仙道教之金丹派、炼养派、占验派皆发展到高峰。唐以前之金丹派，以奉《黄帝九鼎神丹经》和《太清金液神丹经》为本，药物虽有隐名，但不用《周易参同契》阴阳、五行、四象、八卦、龙虎、铅汞之说。唐代神仙道教内丹和外丹并行，皆以《参同契》为丹经之祖，取其阴阳八卦龙虎铅汞之说。唐代外丹和黄白术皆兴盛，所用药物和炼制金丹名称可见梅彪《石药尔雅》。唐代神仙道教金丹派既重《参同契》，由于对《参同契》丹法的理解不同又分成多种丹派。以硫汞说解《参同契》的道士，则以硫和汞反应制硫化汞（HgS）；以铅汞说解《参同契》的道士，则制成氧化汞（HgO）和氧化铅（PbO）的混合物。当时受到皇帝宠信的道士柳泌、赵归真，皆主铅汞说。《列仙谭录》云：“赵归真探赜元机，以铅制汞，见之者无不竦敬。”韩愈《故太学博士李君墓志铭》述柳泌丹法，“其法以铅满一鼎，按中为空，实以水银，盖封四际，烧为丹砂云”。这就是照文字表面曲解《参同契》而来的丹法，生成汞和铅的氧化物皆有大毒，致使唐诸帝中毒而死。按唐太宗李世民本来斥责秦始皇、汉武帝求仙药为虚妄，后竟服胡僧药而死。唐宪宗初亦怀疑丹药，后服柳泌丹药致疾。其子唐穆宗诛杀柳泌，不久亦饵丹药。敬宗、武宗皆饵丹药，崇信道士赵归真的斋醮之术，不得善终。唐宣宗诛杀赵归真，自称“虽少翁、栾大复生，不能相惑”，后又服丹药毒死。唐代宫廷炼丹师（供奉山人）所制铅汞派丹药究竟是什么成分，致使唐诸帝冒死而服？考察这些宫廷金丹的性质，大致是一些催淫的春药，杂以铅、汞、砷的氧化物。而铅、汞、砷剂进入人体引起慢性中毒可使毛细血管舒张和轻微发炎，亦有催淫的作用。是以凡服金丹者，则阳必暴举，御女多多益善，甚觉壮健美快，故唐帝虽多聪明，亦不悟而服之。总之唐代的金丹，一为硫化物，有天然丹砂和人工制的硫化汞，有镇静健脑的作用，属于硫汞说一派。二为铅、汞、砷的氧化物，有大毒，属于铅汞说一派。三为汞的氯化物，亦为唐代丹药之一。道士陈少微、张果，主张炼制和服食丹砂（HgS），有多种金丹著作传世。张果为中条山（在今山西西南部）道士，有变化不测的法术，曾著《阴符经玄解》，又撰《气诀》、《神仙得道灵药经》、《丹砂诀》献给唐玄宗。唐玄宗想将玉真公主嫁给他，他大笑谢绝，后辞归恒山。张果老是后世所传八仙之一。
神仙道教的炼养派，以修炼各类气法为主。盖唐代亦有如现代所谓“气功热”，当时内丹术虽已产生，但和诸家气法并存（《云笈七签》中诸家气法，多为唐代书），以导引、行气、服气、存思、按摩、房中术相配合，求养生延年之效。炼养派道士除行气、导引外，多兼通医术。著名医药学家孙思邈（541～682年），有养生长寿之术，著有《千金要方》、《千金翼方》、《摄养枕中方》、《福禄论》、《保生铭》、《存神炼气铭》，又注《老子》、《庄子》，被后世尊为“药王”，影响甚大。唐末五代时期道教内丹派兴起，有著名道士钟离权、吕洞宾、陈抟、刘操、施肩吾、彭晓等，传内丹学，于丹道章再详述。
唐代神仙道教之占验派，继承汉魏术数学的传统，有很大发展。李淳风精于天文、历算、阴阳之学，为太史令，占候吉凶，若合符契，有《乙巳占》传世。袁天纲精于相术，亦知名于隋唐之时，言无不中。李虚中以人出生时间的干支，推人贵贱寿夭，百不失一，韩愈曾为作《墓志铭》记其事。五代时徐子平将其推演为四柱推命术，宋明以来朝野文人多习之，为算命术之正宗。唐代道教术数之书，对后世影响甚大，预言国家政治命运的谶书《推背图》，便托名李淳风、袁天纲而作。
中国道教经过唐代的国教化阶段，道教同国家的上层建筑融为一体，成为国家机器的有机组成部分。隋唐道教经戒法箓的传授制度日趋完备，科律的严整，斋醮仪式的健全，体现了教会式宫观道教的特点。“重玄”哲学的流行，将道教哲学推向一个高层次。其他道经的编集，道教文学艺术的发展，极大地提高了道教的宗教素质。另外，自南北朝至唐代，贵族女子出家为道渐多，是一个值得注意的社会现象。中唐时杨贵妃入道号太真，又造成宫廷女性出为道士的风气。女冠李冶、鱼玄机、卢媚娘、卓英英、杨监真、郭修真等，皆能诗能文，色艺双绝，名重一时。中唐之世朝野名流学者和女道士交往唱酬，载入文学作品，增加了唐代道教的浪漫气息。
据《一切道经音义妙门由起》，唐代道教的道士有七阶：一者天真道士，体合自然，内外清净；二者神仙道士，变化不测，超离凡界；三者幽逸道士，含光藏辉，不拘世累；四者山居道士，幽潜默遁，仁智自安；五者出家道士，舍诸爱欲，脱落嚣尘；六者在家道士，和光同尘，抱道怀德；七者祭酒道士，屈己下凡，救度色苦。《三洞奉道科诫》将幽逸道士和山居道士合并为一，分为六阶。实际上古代真正的高道，多为超脱世俗、隐姓埋名的隐士，他们既不奉承权贵，又不以灵异惑人，是以不著于道史。道教传记，侈谈灵异，混称神仙，年月不明，真伪莫辨，反而使道教史实不彰。古来隐于深山野林中的高道不知几千百人，不幸不为世所知，以微末道行干谒帝王而贻羞后世者，反著于道史，其事迹又人神杂糅，诚为古代道教传记一大弊病。隋唐时期国家统一，道教作为国家宗教亦日趋统一。因而唐代道教继承陆修静融合经箓道派的传统，天师道各派别之间并无不可逾越的界限，但有严格的道阶品位制度。各道派之中亦按传授经戒法箓品位的高低来区分道阶品次、道位职称。以天师道为代表的经箓道教各道派亦有阶次之高低，这样全国的道派和道士便形成统一的阶次。初学道者，男号箓生弟子，女号南生弟子（按指定箓君、南岳魏夫人，属上清家法），已婚者夫为清真弟子，妻为清信弟子。授初真戒者，称太上初真弟子，号白简道士。然后可请受正一盟威法箓和经戒，称正一盟威弟子，可以为人上章斋醮。在每一道派中，亦由受经戒法箓的品位不同而道阶高低不同，如正一派中就有弟子、真人、法师的道阶。自正一派再受洞神法箓，便称太上洞神法师。修洞神经戒有功再迁授高玄法箓，称太上紫虚高玄弟子、高玄法师，修《道德经》和《老子西升经》。自高玄部迁授升玄法箓，称灵宝升玄内教弟子。由升玄部再迁升太上灵宝洞玄弟子、无上洞玄法师。而后再逐次升为洞真法师、三洞法师、大洞法师，达到道教最高一级法师的职位。洞渊道士，称三昧法师，行洞渊三昧法。北帝太玄道士，称上清北帝太玄弟子，受北帝箓。隋唐各派道士因修行功力不同，职称亦不同，有弟子、真人、法师、威仪师、律师、炼师等名号。另外，隋朝设立都观，整理道教之义，编成《玄门大义》，唐玄宗编集《一切道经》，都是道教史上的大事。
隋唐五代时期人才辈出，朝廷无力容纳，加之道教繁荣，因之后妃公主出家入道，宦官王公舍宅为观，贵人名士遁入山林，高士才子养生修仙，成为一时风尚。唐末五代，动乱不止，高人逸士避世者更多，这些都极大地促进了道教理论的发展。由于唐朝尊崇老子，学士纷纷注释《老子》、《庄子》，仅道士注疏笺解《老子》即近三十家。这使唐代道教哲学又向老庄复归。唐代道教虽尊奉老子，元始天尊仍为至上神，道士特别重视经典文献的研习和经戒承传，以为尊戒修行才能得福应，这种观念也和以方术求长生的魏晋道士不同。道士讲经说法，皆以《老子》为本，次讲《庄子》、《灵宝经》、《升玄内教经》等。当时道教哲学发展和深化的标志，是“重玄”哲学的兴起。注《老子》以“重玄”为宗，始于晋隐士孙登，后来，梁道士孟智周、臧矜，陈道士诸柔，隋道士刘进喜，唐道士成玄英、蔡子晃、黄玄颐、李荣、车玄弼、张惠超、黎元兴、杜光庭、王玄览等，皆明重玄之义。其中以王玄览（626～697）的《玄珠录》，成玄英疏解《老子》、《庄子》，李荣的《道德真经注》，杜光庭（849～933）的《道德真经广圣义》，较为著名。唐玄宗的《御注道德真经》，亦采“重玄”之说。此外，唐代还有《太上老君说常清静妙经》、《太上老君内观经》、《太上老君了心经》、《洞玄灵宝定观经》等，皆明“重玄”之旨。“重玄”哲学在本体论、认识论、辩证思维、修持理论上融汇贯通，相当细致，为后世心性论哲学和内丹学的完善打下理论基础，使道教哲学发展到一个新层次。
南北朝时，随着道观的建设，已渐塑道像供奉。隋唐时期，随着宫观建筑艺术的发展，道教雕塑、绘画艺术亦因而兴盛。唐玄宗命全国道观塑老子像，道教神仙的画像亦盛行。吴道子所画老子像的刻石，敦煌道教壁画，流传至今。唐玄宗所制道教音乐《霓裳羽衣曲》等，具有很高的艺术水平。唐代记述道士、仙人的传奇小说，诗人求仙慕道的诗篇，形成了道教文学的传统。道教文学艺术的繁荣对提高道教的宗教素质有不可低估的作用，这也使中国传统的思想文化都融汇进了道教的精神。
宋辽金元（960～1368）四百多年，道教进入一个不断繁衍、创新的发展阶段。这个时期道教发展的重大变化，一是神仙道教中金丹派（外丹黄白术）的衰落和内丹学的兴起，二是全真道的创建和流行全国。这种变化的出现，道教本身演变的规律和趋势为其因，异族统治国破家亡的社会现实是其缘。金元时期的新道派，就是在民族矛盾尖锐的条件下创建的。老的经箓派道教的繁衍和新道派的出现，融摄佛、儒二家之学，带有革新道教的性质。相对于国家统一社会安定的盛唐时期，这段历史时期是属于民族矛盾和阶级矛盾激化，人民在精神上感到屈辱和压抑的年代，道教的精神历来和中华民族的命运息息相通，宋辽金元时期出现的新道派都带有这个时代的特征。
在中国的具体国情下，儒、道、释三教如果不经过国教化的阶段，便难以发展成熟并和国家的上层建筑融为一体。但反过来说，一种宗教或学派过分依赖君权，也会变质和腐化。特别是作为儒、道、释三教文化核心的哲学、伦理学等学术部分更是如此。因为学问一旦入于利禄之途，必然流于虚伪。例如儒家学说在先秦本有以仁学改造礼教，矫正时弊的作用，其中何尝不是融汇了中华民族传统的优良道德？然而自汉武帝罢黜百家，独尊儒术之后，终止了百家争鸣的学术气氛，既压抑了百家之学，也异化了儒学。《礼记·儒行》中提倡的那种学者应有的气节、风骨渐渐隐退，曲学阿世、枉道从权、卖身求荣、盗名欺世之徒多有。道家和道教学者也是如此，金元时全真道兴起于乱世危难之时，创教者以清节苦行获得世人尊崇，教团迅速发展，后来受到皇室支持贵盛一时，教团则日趋腐化和衰落。至于北宋王朝对天师道经箓派道教的一系列崇道活动，也只是助长了这些道派的腐化变质倾向而已，最后仅龙虎山正一派道教压倒各派成为天师道的代表。
宋太祖赵匡胤夺天下于幼儿寡妇之手，需要道士的符命来神化自己为真命天子；宋太宗赵匡义弟继兄位，也需要制造玉皇大帝的辅臣“翊圣”降言的神话来平息社会上“烛影斧声”的私议。宋真宗赵恒（998～1023）对符箓道派尊崇备至。他畏惧辽国之兵，主动纳币屈辱求和，后深以此事为耻，又知辽国君臣素有畏天敬神之欲，遂利用道教假造天书行封禅之事以“镇服四海，夸示戎狄”。大臣王钦若给宋真宗出主意，说人造的天瑞可以与真无异，真宗于是谎称于半夜时见到神人，告知他当降天书三篇。而后王钦若便伙同一些会武术轻功和法术的道士，将黄帛飘到承天门的屋顶上，以为天书祥瑞。宋真宗得到天书，遂改元大中祥符（1008），祭告天地，请辽国使臣陪祭，大肆庆贺。在初见成效之后，宋真宗和王钦若诸君臣又在众目睽睽之下表演了两次天书下降事件，四月降天书于皇宫，六月降天书于泰山，至十月，宋真宗就奉天书率群臣去泰山举行封禅大典了。宋真宗不仅模仿汉武帝之封禅，还模仿唐高祖尊老子为祖宗的做法，尊黄帝为赵氏始祖。大中祥符五年（1012），宋真宗又称于梦中得玉皇大帝之命，编造了个道教神仙赵玄朗为自己的祖宗，并大建道教宫观，在道观中塑赵玄朗像（赵玄朗称为轩辕黄帝的化身），还将天书和圣祖降临的日期全规定为节日。自此，全国掀起一场崇道狂热。在宋之前，玉皇虽为道教尊神，地位在三清之下，宋代屡给玉帝上尊号；称“昊天玉皇大帝”，谓即是黄帝（轩辕氏），也是赵氏的圣祖，玉皇大帝的地位被突出出来。
宋真宗在位时，多次接见和赏赐以辟谷服气养生有效的名道士，其中陈抟之徒张无梦亦被召见。张无梦精于《老》、《庄》、《易》，有内丹术，著《还元篇》，其弟子陈景元亦有道术。信州龙虎山道士张正随，亦受召见，赐号“虚静先生”，立上清观和田产，自大中祥符八年（1015）第二十四代天师张正随得道教最高封号起，天师道正一派道教始昌，逐步成为天师道各经箓道派的代表。
宋徽宗赵佶（1101～1125在位），为历史上著名的崇道皇帝，本人信奉道教，兼任全国的教主，自号教主道君皇帝。他多次下诏搜寻著名道士，茅山第二十五代宗师刘混康、泰州道士徐神翁（名守信）、王老志和王仔昔、林灵素、张虚白、王文卿等，以及龙虎山第三十代天师张继先，皆受到宋徽宗的宠遇。林灵素本为传雷法的神霄派道士，编造说宋徽宗乃上帝之长子神霄玉清王转世，他宠幸的奸臣蔡京、童贯之流也是仙伯、仙吏，宠妃刘氏也是九华玉真安妃转世，自己原是仙卿。宋徽宗听后大喜，令林灵素宣谕其事，于是林灵素和宋徽宗的宠臣、宠妃全是天神下凡，道教自然成为国教了。
宋徽宗之崇道和历代帝王不同，他是以道教教主的身份治理道教的。他下诏在全国大建道观，增立道教神仙封号和节日，着手培训道士，建立道学制度和道学博士，以考试成绩授以道官（有元士、高士、上士、良士、方士、居士等名号），相当于朝廷的五品至九品官。他还下诏令各宫观道士和郡县官员以客礼相见，借以抬高道士的社会地位，道官中最高的称“金门羽客”，可以带金牌出入宫禁。宋徽宗又御注《道德经》，令太学、辟雍置习《黄帝内经》、《道德经》、《庄子》、《列子》的博士，使儒、道学制度合一，培养儒道兼通的人作官。宋徽宗还设置道阶制度，组织编写《道史》、《道典》和《仙史》，泡制道经、道法，作步虚词、青词等。宋徽宗还贬毁佛教，侵占寺院田产，迫和尚为道士，甚至一度改佛号为大觉金仙，僧人为德士，寺院为宫观，换为道教的名号。佛教徒则干脆在寺院中供奉三清、孔子和玉帝神像，但以释迦牟尼居中，并以此作水陆道场行祈禳之事，混淆三教，被徽宗明令禁止。宋徽宗崇道，处处模仿唐玄宗，然唐玄宗崇道在国家强盛社会安定之时，宋徽宗则在国家贫弱社会动荡之后，故比唐代之安史之乱更等而下之，在道士郭京之辈靠斋醮和六甲神术抗御金兵不灵时，便身着道袍作了金人的俘虏。
北宋灭亡后，偏安的南宋王朝君臣和学士又崇尚二程、朱熹的理学，终日空谈心性之说。理学家兴起于北宋，面对宋徽宗、钦宗父子的昏庸，他们竟无一人犯颜诤谏，仅在国家危亡之际谋官、静坐、讲学而已。理学本是以儒教融汇佛道二教，进一步神化三纲五常，高度宗教化了的学说，和道教文化本有渊源。宋理宗既崇理学，又好道教。宋理宗所崇道教为江南天师道经箓派道教，他召见正一道第三十五代天师张可大，命其提举三山（龙虎山、茅山、
皂山）符箓，使正一道成为江南天师道经箓道教的领袖。宋理宗不但利用经箓派道士设斋醮为国祈祥，还大肆推荐、刊印、宣扬道教善书《太上感应篇》。南宋君臣和会三教，以《太上感应篇》宣扬忠君孝亲之义，散布善恶报应思想，实是为了维护封建礼教。
金人铁骑南下，入主中原，南宋朝廷称臣议和，北方汉人眼见复国无望，国破家亡的隐痛促使他们到宗教中寻求慰藉。于是，沧州刘德仁的“大道教”，卫州萧抱珍的“太一教”应运而生，很快得到金王朝的承认，萧抱珍和刘德仁分别于皇统八年（1148）和正隆六年（1161）得到金国皇帝的召见。金人利用道教，无非是用以麻痹汉人缓和民族矛盾。
金世宗时，王喆又创全真道，其弟子刘处玄和丘处机先后掌教期间，得到金廷承认，金世宗并召请王处一进宫传道。金元交替之际，丘处机审时度势，看破了金与南宋必为蒙古人所灭的政治趋势，不奉南宋和金人之诏，而奉了远征西域的成吉思汗之诏。邱处机以七十余岁高龄，率十八弟子，跋涉数万里，历时四年，经数十国，在西域雪山行营见到成吉思汗。丘处机以道教清心爱民之旨劝谕成吉思汗戒杀，深得成吉思汗敬重，尊之为“丘神仙”，使中国民众减少了蒙古铁骑屠城流血之祸。丘处机回燕京后，住长春宫（后合并为北京白云观），他从成吉思汗那里得到了掌管道教、自由收徒布道、敕免差役赋税的权利。《元史·释老志》载：“时国兵（元兵）践蹂中原，河南北尤甚。民罹俘戮，无所逃命。处机还燕，使其徒持牒，召求于战伐之余。由是为人奴者，得复为良，与滨死而得更生者，毋虑二三万人。中州人至今称道之。”在那灾难深重的年月，人们纷纷逃入全真门下避祸修道。《云山集》载全真道士诗云：“中原狼虎怒垂涎，幸有桃源隐洞天，流水落花依然在，请君乘取断头船！”全真道团迅速扩大，随着元朝统一，全真道传向全国。
早在元朝灭宋之先，元世祖忽必烈便曾遣使入龙虎山密访第三十五代天师张可大，张可大以“后二十年，天下当混一”的政治预言报之。元朝统一天下后，忽必烈于至元十三年（1276）召见张可大之子第三十六代天师张宗演，赐银印，命主领江南道教。后又几次入朝，元世祖命他取其祖张道陵所传玉印、宝剑观之，叹息说“朝代更易已不知其几，而天师剑、印传子若孙，尚至今日。其果有神明之相矣乎？”第三十八代天师张与材，以术劾治潮患有功，于大德八年（1304）被封为正一道教主，主领三山符箓。元皇室的政治目的是借正一道收拢人心，并控制江南经箓派道教的活动。
中国战乱的年代，游牧民族皇帝入主中原，农民起义领袖攻占京城，虽说有促进民族融合或推进改朝换代作用，但由于他们缺少文化教养，士兵又野蛮成性，往往使中华民族苦苦积累起来的古代文物、图书、艺术品乃至宫庭园林建筑遭大劫难。古代秦始皇之焚书，项羽之火烧秦宫，董卓及其部下摧残汉室，南北朝五胡乱华，乃至后世清兵之烧杀抢掠，直到八国联军之火烧圆明园，都在世界文明史上留下了罪恶的记录。金世宗大定四年（1164）曾下诏保存北宋《政和道藏》经版，后又搜访遗经，由天长观提点孙明道主持，于金章宗时完成《大金玄都宝藏》。元兵入侵中原，大肆烧杀，《道藏》残缺，丘处机嘱其徒宋德方，会同宋弟子秦志安等于乃马真皇后称制三年（1244）完成《玄都宝藏》，有道经7800余卷。后元宪宗蒙哥执政，笃信西藏密宗的喇嘛教。元人素来信佛，及其入主中原，番僧亦甚猖獗，强夺民财，庇护盗贼，出入宫室，淫乱妇女，无人敢问。元世祖忽必烈即位，封其师番僧八思巴为国师，藏传佛教为国教，僧人气焰更嚣张，他于1280～1281年，先后两次下令焚毁《道藏》及其经版，声称除老子《道德经》外尽是伪经。如今《道藏》中古经残缺不全，皆由元代焚经之祸而来。忽必烈分天下人为十等，行民族压迫政策，又纵僧害民，《辍耕录》：“至元间释氏豪横，改宫观为寺，削道士为髡，各处陵墓，发掘殆尽。”可知其野蛮骄横。故忽必烈焚经之举，多是出于其野蛮的习性、信佛崇僧的宗教偏见和歧视汉人的民族压迫政策。
忽必烈还从其收拢人心的政治需要出发，拉拢在江南民间颇有影响的正一道，并将说话投合他心意的正一道士张留孙、吴全节师徒留在身边，封为“玄教宗师”，替他管领北方的道教。张留孙、吴全节师徒会符箓、懂斋醮，善占卜，极投合元帝的需要，高官厚禄，荣耀无比。张留孙（1248～1321）见重元室五十余年，历事十一帝，在朝中德高望重，以占卜为元帝决疑，广交大臣，死后仁宗追封“真君”号。吴全节先为“玄教嗣师”，后继其师为“玄教大宗师”，曾代皇帝祀岳渎，沿途察访政情，并为元室推荐儒臣，宣扬汉文化，尊荣一时。吴全节亦总摄元代江淮荆襄等处道教，知集贤院道教事，封上卿。张留孙、吴全节及其道徒，不过是为元室掌管道教事务的道官而已。他们的活动加强了正一道统领各派经箓道教的地位。
宋辽金元时期，儒、道、释三教融合的思想已占上风，其道派大致分四类。其一是由神仙道教和禅宗融合而成的内丹派，即是全真道南宗和北宗。其二是传统的天师道经箓派道教，即是龙虎山（正一道）、
皂山（灵宝派）、茅山（上清派）三山符箓。其三是由经箓派和内丹派融合而成的雷法诸道，包括神霄派、清微派、武当派、天心派等。其四是以儒家学派和道教融合产生的新道派，如净明派以及北方新创的太一道、真大道等。另有旧道派繁衍出来的新派，如东华派等。
外丹术在唐代失败，失去宗教诱惑力后，内丹家应运而起。内丹派兴起于唐末的神仙道教，其奠基人为钟离权和吕洞宾。钟离权和吕洞宾为当时著名的神仙道士，修内丹有成，开发了人体潜能，获百岁以上高寿，隐显世间传道度人，屡有灵异，被世人传为活神仙。当时还有一批内丹家，如崔希范、陈朴、施肩吾、彭晓、麻衣道者、陈抟、刘海蟾诸人，使神仙道教内丹派发展到成熟阶段。神仙道教内丹派多以内丹的观点解《周易参同契》，汲取其中以日月运行规律描述炼丹过程的理论框架和套用其龙虎铅汞的术语，故尊《参同契》为丹经之祖。张伯端（987～1082），又名用成，字平叔，号紫阳，天台人。初为儒生，后作胥吏，因犯火烧文书律遣戍，随陆诜入成都，遇刘海蟾，授以金液还丹之诀，晚年得道，著《悟真篇》、《青华秘文》、《金丹四百字》等。张伯端传石泰（号杏林），石泰传薛道光（法号紫贤），薛道光传陈楠（号翠虚，人称陈泥丸），陈楠传白玉蟾（号海琼子，封紫清真人），被后人尊为南宗五祖。刘操，号海蟾子，字玄英，曾事燕主刘守光为相，得钟离权、吕洞宾丹诀，著《还丹赋》，传张伯端、王庭扬、蓝元道、晁迥等多人。张伯端又传石泰、马自然、刘奉真、刘永年等。石泰（1022～1158）撰《还源篇》，陈楠（？～1213）撰有《翠虚篇》，陈楠又得神霄派雷法，以内炼金丹外用符箓相结合，呼风唤雨，役使鬼神。白玉蟾（1194～？）之丹法重禅道融合，兼传雷法，徒众增多，形成教团，其徒以萧廷芝、王金蟾、彭耜、留元长、洪知常、桃源子、林自然等较著名。石泰、陈楠一系，专主清修，而刘永年、翁葆光、若一子等丹系，则主同类阴阳双修。吕洞宾、张伯端皆老年才得道，有同类阴阳丹法之传亦合情理。王金蟾弟子李道纯，著《中和集》，在元代又开中派丹法。
宋代神仙道教内丹派，不止南宗一系，如麻衣道者传陈抟，陈抟传张无梦，亦形成一派丹系。明初道士张三丰，受传于火龙真人，开隐仙派一系龙虎丹法，即属于陈抟丹系。宋徽宗时女冠曹道冲，封文逸真人，著《灵源大道歌》，属女子内丹派系。五代宋元时期，神仙道教中内丹大师辈出，丹派多有。
内丹派南宗，主要活动于南宋时期，属于神仙道教派系，南宗之名是世人比照北方传内丹的全真道而来。南宗和全真道内丹皆祖述钟、吕，元代全真道南传，势力贵盛，陈致虚自称得南北二宗真传，力主在全真道名义下合并南北二宗，被两宗普遍接受，内丹派南宗遂归并入全真道。
全真教祖王喆（1112～1170），字知明，道号重阳子，咸阳人，幼习儒术，长入府学，曾应武举，形质魁伟，任气好侠，轻财重义，年47岁，犹不得志，于正隆四年（1159）在甘河镇遇异人授丹诀，并饮以神水，自此内修金丹，外佯狂垢污，自号“王害疯”（关中话称发狂为“害疯”）。他先弃家入南时村掘地为穴，称为“活死人墓”，居内修炼三年，于大定七年（1167）焚居东游传道，往来于山东半岛登州、莱州之间。他先后收马珏、谭处端、王处一、郝大通、丘处机、刘处玄、孙不二等七大弟子，并在宁海周伯通家创立金莲会，劝人诵《道德经》、《般若心经》、《孝经》。全真道提倡三教合一，宣扬“教虽分三，道则唯一”、“天下无二道，圣人不两心”，其修持大略以识心见性，除情去欲，忍耻含垢，苦己利人为宗。重阳祖师去世后，七弟子分别掌教、传教，全真道逐渐兴盛，后世尊全真七子为北七真，创内丹派北宗。北七真又在丹功上各立门户。丹阳真人马珏（1123～1183），创遇山派；长真真人谭处端（1123～1185），开南无派；长生真人刘处玄（1147～1203），开随山派；长春真人丘处机（1148～1227），开龙门派；玉阳真人王处一（1142～1217），开嵛山派；广宁真人郝大通（1140～1212），开华山派；清净散人孙不二（1119～1182），开清净派。丘处机掌教期间，全真道大盛，龙门派丹法亦显。全真道有严格的出家住庵制度，宗教素质较高，其教融摄儒释，建立了一套完整的教义教制，成为中国道教的大宗。
正一道自张正随于北宋朝受到宋真宗召见赐“先生”号，正一道成了龙虎山、
皂山、茅山三派经箓道教的领袖，至元代仍有统领天师道符箓诸派的地位。正一派著名高道，为第三十代天师张继先（1092～1127）。张继先除传正一派原有的符箓咒语、斋醮祭炼之术外，还传南宗刘海蟾之内丹术，否定天师道承传的房中术，又行神霄派王文卿传的雷法。这些改革丰富了天师道的内容，将正一派提高到上清派和灵宝派之上，增强了经箓道教的社会影响。
上清派自唐代而后，高道渐少，地位下降。宋代茅山宗中著名高道，为第二十五代宗师刘混康（1037～1108），现茅山元符宫就是宋帝为他兴建的。还有朱自英、任元阜见重于宋，许道杞、王道孟因祈雨驱蝗有功，受元朝赏赐。刘大彬撰《茅山志》33卷，为元代遗留下的重要道教史料。茅山派道士杜道坚（1237～1318）主领湖州计筹山报德观及杭州宗阳宫，著《道德原旨发挥》；茅山高道张雨著《外史山世集》、《碧岩会玄录》等，皆精通玄理，能诗善文，具有上清派道士传统学问之长。
灵宝派在宋元间以
皂山为本山，主要在民间活动。
皂山万寿崇真宫第四十六代宗师杨伯，元代曾被封为“太玄崇德翊教真人”。宋元间有林灵真编《灵宝领教济度金书》，金允中编《上清灵宝大法》等道书传世。宋元间名士郑所南为超度南宋抗元亡魂，亦撰有《太极祭炼内法议略》三卷。宋元间灵宝派虽仍主于符咒斋醮和度亡祭炼之术，但亦掺和进雷法和内丹功。
雷法为内丹和符箓结合而成的道派，主张内炼成丹，外用成法。宋徽宗好符箓道教，有侍宸九人，包括林灵素、王允诚、徐知常、董南运、李得柔、王冲道、王文卿、张虚白诸人。王文卿（1093～1153），江西南丰人，和林灵素俱得神霄雷法之传；后林灵素之传不显，王文卿之徒甚盛。王文卿弟子著名者有朱智卿、熊山人、平敬宗、袁庭植，另有南丰邹铁壁、新城高子羽，亦得王氏雷书。此后邹铁壁传沈震雷、莫起炎、王继华、潘无涯、金善信、张善渊、步宗浩、周玄真等，成一系统。高子羽一系则有徐次举、聂天锡、谭悟真、罗虚舟、萧雨轩、胡道玄等。其中尤以莫起炎（月鼎）、谭悟真（五雷）、胡道玄（神霄野客），名重一时。神霄派雷法多以南宗内丹功法为根基，认为雷法以符箓召摄的雷将，实即自身五脏之精气感应而来，故需以丹功为体，以符箓为用。北宋末萨守坚，得张继先、林灵素、王文卿雷法之传，寓于泉州，以道术名世，从之游者数百辈，称西河派，乃神霄支派。
清微派亦以雷法显于宋元之际，据《清微仙谱》云此派创自于唐昭宗时祖舒（广西零陵人），经郭玉隆、朱洞元、李少微等，九传而至南毕道（眉山人），佐宋理宗，数谏不从，后传雷法于黄舜申（舟山人）。黄舜申曾得宋理宗和元朝封号，对清微派雷法作了综合发展，门徒甚众。得其传者，北有武当山张道贵，南有西山熊道辉（真息），熊真息又传彭汝砺、曾贵宽、赵宜真等。清微派和神霄派之雷法符箓不同，亦以内炼为本。
张道贵本为武当山全真道士，得清微派雷法后又与叶云莱、刘洞阳开武当派。武当派雷法实为全真道和清微派之结合体，其门徒有张守清、彭通微、单道安等。
正一道中还繁衍出一雷法新派，传“天心正法”，为“天心派”。天心派雷法以北极星为主神，存思日、月、星三光，内炼神气，外用符印，可以降妖捉鬼，炼度亡魂。《南唐书·谭紫霄传》谓道士陈守元，得张氏符箓，学于谭紫霄，尽通之，“遂自言得张氏天心正法，今言天心正法者祖之”。王太初、廖守真、路时中等，皆以行天心正法召神驱邪名世，又有雷守声，亦行天心法有应验。
净明道是由儒学和道教合流而成的道派。唐代或更早，江西玉隆山一带就有许逊信仰及关于他的种种传说。唐代已有许逊、吴猛的传记（吴猛《晋书》有传，许逊见于《搜神记》，皆不详），谓晋代许、吴二真君得谌母之道，后许逊道成，传十二真君，开玉隆山道派，以道术济世利民，后升仙。南宋初，周真公称得许逊净明灵宝秘法，传净明忠孝之教，兴起一时，旋又无闻。此派本传符箓劾治之术，又有《铜符铁卷》，言炼养之法。元初，复有隐士刘玉（1257～1308），称得许逊诸仙人真传，以江西西山为本山开净明道，后传黄元吉、徐异、赵宜真、刘渊然等，形成传法系统，并集成《净明忠孝全书》。净明道教人正心诚意，忠君孝亲，灭尽人欲，使心性净明，达到极端符合封建伦理纲常的境界。净明道士无论在家出家，均要先尽人事，内修正念，外用符箓，行祈禳祭炼之法。该派亦属于天师道之经箓派道教。
东华派亦属灵宝派分化出的支派。北宋末道士宁全真（1101～1181）有通灵之异，以内丹、雷法融汇灵宝派斋醮祭炼之术，广收门徒，八传而至林灵真（1237～1302），在宋元之际，绍开东华之教，为一代真师，以济生度死为己任，主持温州天庆观，门徒甚众，亦属天师道之符箓道派。
在北方，金元时期创建的新道教，除全真道外，尚有刘德真创的“大道教”（元代称“真大道”）和萧抱珍创立的太一教。
“大道教”教主刘德仁（1122～1180），沧州乐陵人，于金皇统二年（1142）创立“大道教”。大道教以无为清净为宗，真常慈俭为宝，苦节危行为要，以仁为心，恤困苦，去纷争，无私邪，守本分，自力耕桑以足衣食，恬淡静修，无求于人。其教能为人除邪治病，以烧香向虚空默祝为法事；有劾召之术，其教规教义多本老子《道德经》，以见素抱朴，少思寡欲，虚心实腹，守气养神为修炼，有墨家精神和儒家的道德。传至五祖郦希成，“大道教”分裂为以天宝宫为首的一派（以郦希成为五祖）和以玉虚宫为首的一派（以李希安为五祖）。后郦希成一派道门隆盛，取得正统地位，遂更名为“真大道”，以和假道门区分。时值元朝立国，郦希成屡遭磨难，因有法术威灵，甚得时人崇敬。著名高道有八祖岳德文，九祖张清志等。
太一教于金熙宗天眷（1138～1140）年间由卫州道士萧抱珍所创，传太一三元法箓之术，内重清修，外用符箓，疗病去灾，有奇效，其道大传，继任教祖皆以萧为姓。元灭金，杀人盈城，太一教四祖萧辅道，收遗骨而葬之，俗呼堆金冢，甚得众望，其教亦采礼教伦理纲常以劝世教化。王恽《秋涧集》多记其事迹；至元末史料无考。太一教世人多以符箓道派视之，然近年忽有太一教之支派元极道秘传的《元极秘箓》出世，足证其为内丹和符箓结合的道派，盖金元时内丹盛行，新创道派必有其秘传的丹功，才能开发人体潜能，以灵异吸引道徒。
宋辽金元之际，道派繁衍甚多，还有毗庐道、康禅教（七祖康禅之教，乃佛道之融汇）、混元教等，因史料不足，殊难阐明。宋宁宗时道士雷时中，得混元六天如意法，云传自路真君（托为汉末路大安），以《度人经》为主，博采儒释，混为一教，“弟子分东南、西蜀二派，卢、李二师行于蜀，南康查泰宇行于东南，混元之教大行”。另有符箓道教酆岳派，亦甚盛行。北京白云观藏有《诸真宗派总簿》，载有86个道派。要之，这段时期道教繁衍的趋势和特点，其一为道、儒、释三教文化融汇，其二为新道派突破天师道的旧传统而使道教鼎新。新创的道派，多是融汇诸教之长而来。
宋辽金元时期，道教史上最大的事，就是内丹学的创立和成熟。随之内丹学成了道教主要的修持方法，道教面貌为之一变，宗教素质有了根本提高。由此创立的一些新道派，几乎无丹不成道，道派和丹派逐渐合一，这种趋势不仅产生了内丹和符箓合一的雷法诸派，而且迫使老的天师道经箓道派也研习内丹。
外丹黄白术衰微，内丹学兴起，同时也带来道教修炼观念的变化。魏晋时《抱朴子内篇》诸道书把老子的长生久视之说解释为不老不死。而宋元一代的内丹家，则以为“长生”就是延长生命，提供修道的时间，只有炼成永存之元神，与道融为一体，才是修炼的目标。因而张伯端说：“世人根性迷钝，执其有身而恶死悦生，故卒难了悟。黄老悲其贪着，乃以修生之术顺其所欲，渐次导之”。（《禅宗诗偈》）王重阳《立教十五论》亦云：“离凡世者，非身离也，言心地也。身如藕根，心似莲花，根在泥而身在虚空矣，得道之人，身在凡而心在仙境矣。今之人欲永不死而离凡世者，大愚不达道理也。”丘处机《长春祖师语录》说：“吾宗所以不言长生者，非不长生，超之也。”姬志真《云山集·长生》诗云：“长生岂论幻形骸，数尽归元土里埋，唯有本真谁会得？古今无去亦无来。”这样，传统的修生延年炼养之术只不过是引人入道的舟楫，长生不是形生死，惟有元神万古春，只有超脱生死，才能体道合真，开发出心灵潜能，使修炼的法身达到仙人境界。这个修炼观念的变化是道教教义的根本性转变，这使金元全真道的面目同以前宣扬肉身不死信仰的道教有了本质的不同。
宋元时期的道教鼎新，来源于当时三教融合的趋势。张伯端之南宗内丹学，即已和禅宗融合，他在《悟真篇》的《后序》中说：“故此《悟真篇》者，先以神仙命脉诱其修炼，次以诸佛妙用广其神通，终以真如觉性遣其幻妄，而归于究竟空寂之本源矣。”全真道北宗的出世色彩更浓，他们把成仙的信仰建立在修炼自己的真性（法身）上，以识心见性为先，并据唐代重玄家的理论认为修行之士，只有无心无念，内外清净，澄如虚空，达到寂无所寂，玄之又玄的境界，才能明心见性。在宋元时期的内丹学中，有先性后命和先命后性之分，有男女栽接同类阴阳之术和自身阴阳清静丹法之别，但最后炼成凝聚不坏的阳神，调神出壳飞升仙界的目标是一致的。这样，道教内丹学又不同于禅宗等佛教流派，它在融摄三教汲取诸家之长后保留了道教性命双修的特色，并使道教的面貌为之一新。
内丹学的兴起，也使旧的符箓道派逐渐解脱了原始巫术的束缚，以内炼成丹、外用成法为指导思想，加强修炼本性元神的功夫。雷法派实际上是以天人感应作理论基础，最大限度地开发人体生命潜能，以实现道教的法术。萨守坚《内天罡诀法》云：“一点灵光便是符，时人枉费墨和朱，上士得之勤秘守，飞仙也只在工夫。”这体现了符箓派革新的思想。
宋元时期不仅天师道旧经箓道派吸收了内丹修炼的思想，连宣扬儒家伦理纲常的净明道也强调内炼功夫。刘玉《净明忠孝全书》中说：“惩忿则心火下降，窒欲则肾水上升，明理不昧则元神日壮，福德日增，水上火下，精神既济，中有真土为之主宰，只此便是正心修身之学，真忠至孝之道。”这样将忠孝当丹功修炼，道教便呈现了一派新面貌。
明清时期（1368～1911）五百多年，是中国封建社会走向没落的阶段。这个时代的封建政权在政治上采取了高度专制的形式，在意识形态上崇尚融合了佛道二教的儒家理学和心学，在外交上采取闭关锁国的政策。在锁国愚民的强权政治下，国内无法兴起新的阶级力量，国外又难以输入进异质的社会动力，因此在封闭的社会系统中出现了停滞和腐败的趋势。明代虽有繁华的封建市民社会，有发达的商品经济和所谓资本主义的萌芽，但阶级剥削和压迫相当残酷，人民只能在屈辱和困苦中挣扎。清帝国的建立推迟了中国历史的进程，统治者更需要利用儒家思想来强化专制政权和调整民族矛盾、阶级矛盾，社会的文化也呈现出保守的特色。这样，道教和佛教在明清两代迅速地衰落下去，教团的发展也呈现出停滞和腐败的趋势。
明太祖朱元璋是依靠白莲教、摩尼教（明教）之类民间宗教组织的农民起义上台的，因之深知其中利害，对宗教活动采取了严格限制的政策。朱元璋尽力强化由君主绝对专制的政治体制，将中国变成除他一人之外，人人为奴的社会。他崇尚程朱理学，以八股文开科取士，加强了包括文化教育诸方面对知识分子和劳动人民的全面专政。洪武元年（1368）第四十二代天师张正常入朝，朱元璋革其天师号，改授正一嗣教真人。洪武十五年（1382）在京师置道录司，掌管天下道士；在府置道纪司、州置道正司、县置道会司分掌其事，后来又禁止40岁以下的人出家，并由政府统一发放度牒。他还怕僧、道组织民众造反，因之对僧、道严加防范，不准僧道与民相混；限制州县寺观数量，不许私自修建；各府、州县只准存一所宫观，将僧道集中住宿，集中管理，对杂处于外的僧道治以重罪。洪武二十七年（1394）又下诏，“每大观道士编成班次，每班一年高者率之，余僧道俱不许奔走于外，及交结有司”。“其一、二人于崇山深谷修禅及学全真者听，三、四人勿许”。前代抑裁佛道、控制宗教活动，向无明代如此严格。不仅如此，朱元璋还对宗教素质较高的佛教禅宗、道教全真派加意压制，而热衷于民间和尚、道士祈禳祭炼的法事。洪武七年朱元璋命道士编成统一的《大明玄教立成斋醮仪》，并在御制序文中说：“朕观释、道之教，各有二徒，僧有禅有教，道有正一有全真。禅与全真务以修身养性独为自己而已；教与正一专以超脱，特为孝子慈亲之设，益人伦，厚风俗，其功大矣哉！”朱明王朝提倡儒教，压制佛道的政策加速了佛道二教的衰落；其扬正一而抑全真的态度又推进了道教的民间化和世俗化。
朱元璋出身农民，起自民间，又当过和尚，起兵时任用有道术的刘伯温，和刘伯温之师黄楚望、铁冠道人张中、周颠仙，以及名道士刘渊然、冷谦、张三丰等人皆有交往。朱元璋曾利用道教为自己称帝制造神异，自己又信仰民间道教，称帝后还亲行祈祷斋醮之术。朱元璋之后的明诸帝，亦经常建醮设斋，扶乩降仙，喜方书丹药及卜筮、房中等术。这样，明代正一道日趋贵盛，成了明朝道教的代表。明代皇帝仅把道教作为祈晴止雨、去病禳灾、求生皇子、相面卜事、养生送死等满足现世利益的方术，社会上的市民阶层也为此请道士斋醮作法，降乩请仙，这都助长了道教的民间化和世俗化的趋势，使民间道士挟医、卜、星、相诸方技及祈禳、斋醮、符水之术在社会上四处活动。特别是明代扶乩请仙之术风行，朝臣、名儒亦信鸾仙，《道藏》中的许多丹方道书多由扶乩而来，这也是值得注意的现象。朱元璋力倡节俭勤朴，而其子孙称帝则骄奢淫逸无所不至。按照中国官场上行下效的规律，明代社会腐败之风日炽，这种腐败之风也波及道教，特别是贵盛一时的正一道。例如第四十六代天师张元吉，便“夺良家子女，逼取人财物，家置狱，前后杀四十余人”，成为凶顽不法的恶霸。民间的正一道士，“甚至饮酒食肉，游荡荒淫，略无顾忌。又有无知愚民妄称道人，一概蛊惑，男女杂处无别，败坏风化”。明代以来，道教的道派分化停滞，由于缺少特色而统归于正一、全真两大派系之下。道教的教义、科仪陈陈相因，不见发展；教团腐化，威信日低；粗浅的长生不死说和召神劾鬼、祈禳禁咒杂术又充斥教门；民间俗神信仰融入道教；道士们为满足帝王及市民的低级现世利益而开展宗教活动，表现出明代道教加速世俗化和走向衰落的特点。
明世宗朱厚熜之崇道，在明代较为典型，他对正一道士邵元节和陶仲文的宠幸无以复加。邵元节以符法祷治蒙宠任，赐真人号，统领全国道教，一家荣显。嘉靖十八年（1539）邵元节死前又荐陶仲文，以符水治妖祟获世宗宠信。明世宗之朝，宫中斋醮无虚日，后妃宫嫔皆羽衣黄冠诵法念咒，陶仲文为帝祈皇嗣，治庄敬太子病有功，更蒙异宠，显贵无比。陶仲文和大学士严嵩结党，权势熏天，加少保、少傅、少师，一人而总三孤，乃明代开国勋戚名臣向所未有者。明成祖时，曾多次下诏寻访神仙道士张三丰，并在武当山营造宫观，费以数百万计，赐名太和山，祀真武大帝。这是因为张三丰为元明之际社会上公认的活神仙，曾在武当山修炼，明成祖朱棣建宫观以待与真仙相见；并祀真武大帝（即玄武，主北方）为自己的保护神，甚至暗示自己为“真武转世”欺世惑人，借以消除他自北京起兵篡位的不安心理和社会物议。明世宗三十一年（1552），武当山真武殿竣工，陶仲文受命在武当山建大醮，夜间灯火如昼，观者如云。
明代的皇帝、大臣、富商、豪门生活极为腐化奢侈，御女纵淫及变态性狂者甚多。明宪宗朱见深，宠万贵妃，习房中术，一些大臣、道士、僧人争献房中秘方，备受宠信。明武宗朱厚照荒淫尤甚，宦官刘瑾搜罗俳优声色，在宫中游戏无度，并和番僧习房中术，后服淫药，日淫妇女以十数。明世宗崇信道教，亦以道教方术助房中秘戏之用。当时社会上的纵欲好淫之风，不仅促进了房中术的研习和发展，还影响了道教外丹术和内丹术的特征。明代道教金丹术，改而以制造红铅和秋石为主。红铅是以少女的首次月经，以清水漂过，加以丹砂、没药、童便等炼制而成。秋石则是以童便制成的男子性激素结晶体。红铅和秋石对刺激人的内分泌，增强性功能，确有实效。另外道教内丹术亦和房中术结合，创造出一种采阴补阳，借少女为外鼎而结丹的闺丹，亦称泥水丹法，既助淫乐，又望长寿，世人焉得不趋之若鹜？因之明代之富家稍有力者，即采道教方药以助阳行淫，帝王更易入其陷阱。明世宗不仅喜红铅，又用秋石，陶仲文和朝中大臣、道士屡进献之。嘉靖三十一年（1552）冬，选处女年8～14岁者300人入京，三十四年（1555）秋又选10岁以下处女160人入京，前者供帝王习闺丹作外鼎用，后者炼药制红铅用。时人又进献龙涎香，以为闻香心动，可助淫兴。同类阴阳之彼家丹法在明代日趋完善，《金瓶梅》、《肉蒲团》等小说出在明季，良有因矣。
明代社会出现了庞大的市民阶层，商品经济亦较发达，富商大贾和官僚地主聚资百万，妻妾奴仆成群，生活骄奢淫逸，皇帝则是官僚地主中最典型的代表。这种社会现实带来人们价值观念的变化，人们都在为谋取现实的社会利益而孜孜追求。反映到宗教文化观念上，那种钻研经书义理、清修苦行的风气为之一变，儒生仅热衷于以八股文通过科举考试猎取官禄，僧人则用简单的三界轮回、因果报应等劝善说教化取布施，道士则只有以占卜推命、疗病禳灾、黄白丹药之类方技术数谋生了。明代社会趋利如鹜的风气和商品经济的价值观，扭曲了传统文化的结构，使人们高雅的情操被淹没，转而追求极端享乐和肉体刺激，道教的世俗化便反映了这一时代的特征。世情小说《金瓶梅词话》中描述了官僚富商西门庆的家庭生活及一些道士、尼姑、和尚的活动，则反映了明代市民阶层的社会相和宗教观念，道士们以占卜、推命、看相、斋醮之类方术谋生的事实被描写得活灵活现。当时的市民阶层也不甚分别道教、佛教、民间宗教信仰的不同，道教和佛教也相互混融并深入到民间世俗生活中去了。另外，人们不能不注意到，自明代以来，中国的宗教不仅是佛、道二教，还有融合儒、释、道三教的民间宗教兴起，朱元璋靠民间宗教取得帝位，得天下后对白莲教、明教等严加取缔，使民间宗教呈秘密宗教的形式。民间宗教的传播反过来又影响了佛、道二教的形态，关圣帝君、城隍神、五通神、吕祖、王灵官、萨真君、真武帝等多种神灵融入道教，道教八仙的神话故事在民间盛传，并建庙祭祀。道士们主要活动在民间，利用民间信仰以诵经拜忏、画符施术为业，成了世俗社会上的宗教职业者。
明代道教的一大趋向，是道教劝善书《太上感应篇》、《文昌帝君阴骘文》、《吕祖功过格》等盛行。这些劝善书不少是托名神仙扶乩降授的，其内容本于道教行善积德的伦理观念，加之儒家封建道德及佛教因果报应之说，以通俗的形式在民间流行，其影响远远超过正统的儒家理学。这样，儒臣和文士便大力推行，如钱塘汪静虚在洪武年间刊刻《太上感应篇》达万册，明儒高攀龙、李贽等都曾为《太上感应篇》作序。大臣王鏊、申时行则曾奉崇《阴骘文》。至清朝之后，这个趋向更为明显。《关帝觉世真经》、《文帝孝经》连同《阴骘文》、《功过格》等被收入《道藏辑要》。清咸丰年间又有文昌帝君乩降《玉定金科》，被清代儒臣重视，李鸿章奏请敕入《道藏》。清儒惠栋、俞樾等又为《太上感应篇》作序，惠栋因母病注疏《太上感应篇》，广为印行。这是垂亡的明清封建政权，以神道设教的方式借道书神化封建伦理教条的风潮。
明代道教影响于社会的另一趋向，是文学作品中道教体裁和神魔思想的流行，这反映了明代以来道教观念已和人们的世俗生活融为一体。明初的神魔小说《平妖传》，是宣扬道教法术的，其中对修炼雷法的过程及请神召将的故事描写得栩栩如生，反映了当时道士在社会上传播法术的一些历史实况。其他如《西游记》、《三宝太监西洋记》、《吕纯阳飞剑记》《韩湘子传》等，亦多道教故事。明代著名内丹学家陆西星著的《封神演义》，为道教制造了一套神仙谱系，倡三教合一思想，直接影响了道教的神仙信仰。明相李春芳隐名编撰的《西游记》以内丹思想为纲，寓道教修炼之意。鲁迅《中国小说史略》称道教神魔小说，为“明代小说两大主潮之一”。清代小说承袭这一趋向，《红楼梦》中亦不乏道教思想。
道教思想及内丹修炼之术，明代以来为知识分子所接受。明儒研习内丹，注疏道书者多有，如焦竑、吕坤、王文禄注《阴符经》，王文禄疏《参同契》，林兆恩注《清静经》，王清一著《化书新声》。王阳明之祖先和元代高道赵缘督有交往，他受家庭影响自幼好神仙养生之学，16岁新婚之夕尚入道观铁柱宫访道士。王阳明后来虽怀疑内丹术，但由于长期行静坐、导引之术引发了自身的心灵潜能，出现预知现象。他还曾向名道士蔡蓬头殷勤问道。明儒好道之风流于清代，则有王夫之作《愚鼓词》，清儒刘沅的习内丹。清儒之好道，主要好内丹学。
明代道教史上的大事，是明《正统道藏》和《万历续道藏》的刊行，为保存道教文化的一大功业。
清朝贵族本信仰藏传佛教，入关以后，基本上沿袭了明代对道教限制、管理、保护的政策，道教衰落和世俗化的趋势，仍继续下去。清代除阶级矛盾而外，又有激烈的民族矛盾，因之对知识分子的思想控制甚严，屡兴文字狱。这样，清政府虽扶植儒家理学以维护统治，但由于政治上的专制，儒、释、道三教之学在清初皆呈衰势。宋明新儒家的理学和心学，自王阳明之后，已如强弩之末，渐趋败落。佛教禅宗亦多流于口头禅，缺少真参实证的高僧。在明代贵盛一时的道教正一派，很快衰落下去。《清朝野史大观》载康熙皇帝诗云：“颓波日下岂能回，二氏于今自可哀，何必辟邪犹泥古，留资画景与诗材。”这就是说，释氏和老氏之教皆已无可逆转地衰落下去，不必像前代那样采取灭佛、废道之类的措施了，留着些宫观寺院作为风景区和诗画中的点缀吧！清代严酷的政治形势迫使儒、道、释三教之学转变了形态，出现了复古而趋新的动向。儒教由空谈心性的理学和心学转而效法汉学，搞训诂考据，以整理古书为业。清代朴学之兴，实由一些有民族气节，不甘心入清朝以八股文开科取士之圈套的知识分子所倡，竟成一代学风。佛教禅宗，亦从口头禅返回坐禅习定之路，苦修苦行。全真道由于又遇到了王重阳创教时国破家亡的政治气候，使一些不愿受清朝剃发易服之辱的明遗民愤而涌入道教，再呈中兴之象。这样，明代崇正一道，压抑全真和佛教禅宗的倾向为之一变，清代正一道衰落，佛教禅宗中的临济宗，全真道中的龙门派兴盛起来，有“临济、龙门半天下”之说。
有清一代最棘手的社会问题，是民间秘密宗教和秘密会党的兴起。所谓民间宗教，其渊源实即汉魏以来的民间道教。佛教盛传后，由民间道教和佛教混融，声言老君转世，弥勒佛降生，李弘传教，制造谶言，发动农民造反，屡被朝廷称作“妖贼”而镇压之。明代以来，白莲教、罗祖教、混元教等流行起来，传“真空家乡，无生父母”八字真言，低层劳苦民众归之如潮，其声势超过正宗的佛、道二教，造成“末运法弱魔强”的局面。至于秘密会党，实亦源自古代乱世出现的民众秘密结社，历史上隋末谯郡有“黑社”、“白社”，宋代耀州李甲聚党号称“没命社”，章丘民众聚结“霸五社”，扬州民间有“亡命社”。盖明清王朝乃使中国传统的“家天下”的专制政治体制发展到极限，对知识分子的思想控制过严，对劳苦民众施行愚民政策和镇压措施又过于彻底，人民感到透不过气来，新起的民间宗教及结社在暴力镇压的政策下不能不采取秘密的组织形式，遂在下层形成秘密社会。特别是清朝，对知识分子大兴文字狱，有抄家、灭族之刑，对劳苦民众的民间宗教信徒亦大肆围剿、屠杀、凌迟、流徙，无所不用其极。野蛮的统治终于招来野蛮的反抗，粗俗的民间宗教正好适应受愚民政策之害的劳苦民众的思想文化水平，他们纷纷涌入民间宗教。八卦教、黄天教、红阳教、罗教、三一教、大乘教、青莲教、黄崖教等愈禁愈盛，形成了对封建政权的异己力量。特别是清朝中叶以来，土地高度兼并，人口爆炸性增长，流民日众，盗贼遍起，大农业封建帝国的基础失去平衡，成群结伙地走到多种行业苦谋生计的人产生了组织结社的需要。根据中国第一历史档案馆记载，清代民间秘密宗教达215种之多，天地会、哥老会（后为红帮）、青帮（由信罗教的漕运水手发起）等秘密会党亦流行全国。这些秘密宗教和会党在全国星罗棋布，枝蔓相连，构成了一个地下秘密王国，极具破坏力的黑社会组织使奉行野蛮的镇压和愚民政策的专制政权自食劣果。
秘密宗教和会党是中国同人民对立的专制主义政权留下的社会病，又是这种政治制度的晴雨表，它们盛世则隐，乱世则显，和封建专制制度相始终。明清以来正宗的道教走向衰落，也同民间宗教争夺去民众，占据了地盘有关。清初屡下诏禁断白莲、焚香、混元、龙元、红阳、圆通等“邪教”，而对道教仍加保护，但《大清律》严禁巫师、道士“跳神驱鬼逐邪”，“聚众拈香”，“聚会念经”，清帝亦不请道士入宫行斋醮之事，使正一道士难以开展宗教活动，更促进了正一道的衰落。
清帝未入关时，已有范文程教之以道家治国之术。康熙帝向满族王公大臣颁发《老子》一书，其外示儒术，内用黄老，对道教较优待，曾召见第五十四代天师张继宗等，并褒封龙门律宗道士王常月。雍正帝以禅宗大宗师的身份，倡三教一体之说，并为张紫阳《悟真篇》作序，推崇备至。他还封赐正一道士娄近垣，并赐银修龙虎山宫观。乾隆帝崇儒，贬抑佛道二教，于乾隆四年（1739）一度禁止正一真人传度，以后又不许朝觐，乾隆十七年（1752）又将其由二品降为五品。但乾隆帝对全真道似较优待，曾于乾隆三十年（1765）敕修北京白云观，晚年还行幸白云观题诗书碑等。全真道龙门律宗第七代律师王常月于清初公开传戒，得到顺治帝的支持，使清代全真道龙门派呈中兴之势，出现了一批龙门派高道。至清末，教风日下，仅靠香火谋生，白云观第二十代住持高仁峒得宠于慈禧太后，交通宫禁，行势弄权，但在教理发展上毫无建树。
元代而后，儒、道、释三教合一之说日盛，道教内部亦出现诸道派相互混融的趋势。至明清时期，道派的繁衍分化渐渐停滞，而诸道派渐汇集于正一、全真两大派系之下。正一道为符箓诸道派的代表，全真道则为内丹炼养道派的总汇。
明清时期天师道诸符箓道派虽在社会上皆被称为正一道，但就其内部的师徒承传系统而论，则仍有正乙、灵宝、上清、净明的师承之分。明代正一道由于受到朱明王朝的扶持较为显赫，但教团内的腐败之风亦使其渐渐在民众中失去信仰。明代正一道中较著名者，为第四十三代天师张宇初，著有《道门十规》、《度人经通义》、《龙虎山志》等。张宇初之道教思想，乃适应当时流行的三教一家说，吸收全真教风之长，改造正一道。他在《道门十规》中说：“近世以禅宗为性宗，道为命宗，全真为性命双修，正一则唯习科教。孰知学道之本，非性命二事而何？虽科教之设，亦惟性命之学而已。”继而以内丹学作为斋醮、雷法的根本，以为只有先炼成内丹，以自己的真阳点化鬼魂的阴魄，才能令彼获超度，雷法亦是以自己的元神为主宰。他同时强调道士修道须恪守清规，以戒行为先，试图抑止正一道的腐败之风。张宇初之后的各代天师，在明代亦袭封大真人，掌天下道教，为符箓派领袖，然无著名高道。《明史》载：“张氏自正常以来，无他神异，专恃符箓祈雨驱鬼，间有小验。顾代相传袭，阅世既久，卒莫废去云。”
正一道净明派道士赵宜真，及其高徒刘渊然，再传弟子邵以正等，亦以道术名世。赵宜真善符箓祈禳，又传全真道北派内丹和清微派雷法，高行伟操，为时所推。他著有《原阳子法语》、《灵宝归空诀》等。《原阳子法语》传先性后命的内丹学，先重炼性，以摄情归性入手，以“忘”字为诀，促生元精，炼而成丹，还归虚空，最后粉碎虚空，脱凡入仙。《灵宝归空诀》叙人在濒临死亡时寻求解脱的密法，陈兵在《中国道教史》（上海人民出版社，1990）中谓“其说与藏传佛教密宗中的中阴法相类，可能渊源于元代传入内地的藏传佛教密法。”
永乐年间正一道士孙碧云住持武当山，开武当山一派。孙碧云亦为明代高道，传张三丰一脉龙虎丹法，所开武当本山派亦名榔梅派，奉祀真武帝。
清代正一道式微，以道术显者有雍正朝道士娄近垣。娄近垣亦倡三教同源之说，既习符箓，又学禅宗，还修内丹。他整理刊印《黄箓科仪》十卷，是记述清代道士行符箓斋醮的科仪书。据《诸真宗派总簿》，清代正一、茅山、净明、灵宝、神霄、清微等派皆有承传，正一、清微等派还有分支。明清以来，东南沿海地区兴起妈祖信仰，建天后宫，形成新道派，并传入台湾。
明代全真一系道士多高隐深遁，修习内丹，促进了内丹学的继续发展。明初全真一系道士以武当山张三丰声望最高。张三丰，名君宝，又名全一，号张邋遢，曾与其徒居武当山，预言“此山异日必大兴”，后云游天下，明帝屡访不遇。张三丰道功甚高，有神异，又享高寿，其在道教中的影响可比于吕洞宾，而后社会上的武术家、内丹家，以及讲房中术、导引健身术的江湖术士，皆称张三丰为祖师。内丹学中，亦添武当山三丰派，称传自陈抟一系的火龙真人，清代李西月编有《张三丰先生全书》。张三丰派门人号其内丹为隐仙派，修道尚高隐，但不尚出家，其《无根树·道情》云：“无根树，花正微，树老将新接嫩枝。梅寄柳，桑接梨，传与修真作样儿”，亦行同类阴阳栽接之术。张三丰派丹法虽云阴阳双修，但斥责淫欲，主张修丹时不生淫念，为三家相见的龙虎丹法。此派还传陈抟的“蛰龙法”，乃是一种以卧式行气的内丹睡功。
明代在丘处机的龙门派下，有龙门律宗以戒律密传，由赵道坚以次递传张德纯、陈通微、周玄朴。周玄朴分传张静定、沈静圆二支派。张静定传赵真嵩，赵真嵩传王常月。王常月（1522～1680）号昆阳子，山西潞安人，为龙门第七代律师，于清初公开传初真、中极、天仙“三坛大戒”，大阐宗风，主讲于白云观，度弟子千余人，遍及全国。其徒众将其语录编成《龙门心法》（又称《碧宛坛经》）二卷，主命在性中，以见性为修炼之本。沈静圆一系经卫真定传至沈常敬（1523～1653），号太和子，居茅山乾元观，传孙守一（名玉阳）、黄守圆（名赤阳），门徒渐盛，分派增多。尔后，龙门派弟子在各地开山授戒，形成很多龙门支派。
明万历时，有扬州兴化县陆西星（1520～1606），字长庚，号潜虚。陆长庚早年儒冠，九试不第而为道士，暮年又习佛教密宗，融三教于一身。陆长庚以扶乩托言吕祖降其草堂，亲授丹诀，将其《参同契测疏》、《悟真篇注》、《金丹就正篇》、《七破论》、《玄肤论》等十余种丹经编为《方壶外史丛编》，又著《南华副墨》和《楞严经述旨》等书。陆氏内丹主张男女双修，开内丹学东派。
沈常敬一系的龙门律宗金盖山云巢支派道士闵小艮（1758～1836），派名一得，从高东篱（1621～1768）受戒，又得沈一炳（1708～1786）丹诀，撰《金盖心灯》，又编成《古书隐楼藏书》，收内丹等道书28种。闵小艮丹法倡虚空阴阳功夫，主元气循脊前心后的黄道直上直下运行，称中黄直透。后人亦将其丹法归入元代道士李道纯的中派。清末道士黄元吉撰《乐育堂语录》、《道德经注释》，以守中为炼丹之道，亦属中派。
云南鸡足山，另有月支国人黄守中（原名野怛婆阇，自印度来华，由王常月授戒），号鸡足道者，传“龙门西竺心宗”。该派习诵咒，有神通，闵小艮亦从学斗法秘术。其弟子有管太清、王太原，后传王清楚、白马李、云大辫、李赤脚、章大亨、郭阳晓、张蓬头等。
江西吉安人伍守阳（1565～1644），号冲虚子，得王常月传戒，受由虎皮张静虚真人经李虚庵至曹常化所传丹法，著有《天仙正理直论》、《仙佛合宗语录》。清代僧人柳华阳撰《金仙证论》、《慧命经》发挥伍守阳之内丹学，世称伍柳派。伍柳派内丹属先性后命的北派清静丹法，佛教色彩较浓。
清道光年间，又有四川乐山人李西月，号涵虚，自称曾从张三丰真人受丹法，编《张三丰先生全书》，又称遇吕洞宾授以丹诀，编《吕祖年谱》。李西月以陆西星后身自居，著《三车秘旨》、《道窍谈》、《后天串述》、《无根树词解》等，创西派丹法。此派丹法先以清静立基，后以同类阴阳双修成丹，乃沿袭东派双修丹功加以发展而来。
全真门下谭处端所传南无派，传于第二十代宗师刘名瑞（1839～1931），号盼蟾子，有《盼蟾子道书三种》传世，阐述南无派内丹。
明嘉靖时，崂山道士孙玄清（1517～1569），字金山，创龙门支派金山派，其丹诀代有传人。崂山太清宫匡常修道长，属金山派传人。金山派丹功为清静丹法，由聚光止念入手。
龙门派第十一代道士刘一明（1734～1821），号悟元子，在甘肃修道，著《道书十二种》，其丹法融汇理学，从炼性入手，循序渐修。称内药了性，外药了命，内药为自身元性，外药为虚空中真一之炁（元命），又分丹功为上、中、下三等。
又有道教居士傅金铨，编著《道书十七种》，力主同类阴阳择鼎铸剑的栽接丹法，其《丹经示读》，讲以双修观点理解丹经的方法。另有《性命圭旨》，称尹志平弟子撰；《唱道真言》，由扶乩降授，皆为重要丹经。
清代龙门支派甚多，如吕守璞开苏州冠山支派；陶靖庵开湖州金盖山云巢支派；郭守贞传沈阳太清宫道团；徐守诚传江南西山万寿宫道团；曾一贯传广东罗浮山冲虚古观道团；齐守本创金辉派，张宗璇创霍山派，不一而足。
鲁迅先生曾有“中国根柢全在道教”之论，以为从道学的研究可以揭开中国历史的帷幕，看清中国社会的底蕴和中国人的内心世界。以上我们已描述了道教产生和发展的整个历史，虽受篇幅限制未及细节，但筋骨已备，从中可发现一些规律性的东西。
道教本来是对中国社会制度的一些缺陷在社会心理上的补充，又是人们的生活愿望在信仰世界里的延续。然而封建社会统治者把自己的阶级意志贯彻到道教的教义之中，致使道教兴衰的历史和整个封建社会的发展过程同步。大凡一种政治体制或政策，即使是适应历史潮流产生的“好”的制度，在实施过程中都要产生正、负两种社会效应。新的制度和政策往往开始产生正的社会效应，受到人民欢迎；但随着时间推移，负效应逐渐积累，弊端显露出来，制度日趋僵化和腐朽，于是走向衰落，需要重新加以调整和革新。中国大一统的宗法社会也是顺应历史发展趋势形成的，对民族的发展和国家的稳定未尝没起过好的作用，然而历朝历代通过强化君权的方式去完善它，明清时期君权专制的家长制政体达到无以复加的程度，末日也随之临近了。明清时期在社会底层形成了对专制政体具有强大破坏力的民间秘密宗教和会党，这种秘密社会犹如锄不尽的野草，虽遭残酷镇压，仍顽强地遍处丛生。这说明无论多么专制的社会也是必须给老百姓留下适当的自由度的。当时的佛道二教已失去了对苦难民众的吸引力，因为它们的过分正统化和受官方严格控制使寻求精神寄托和避难所的人难以接受，而社会上其他宣泄意志、疏导情绪、谋取生路的渠道也全被堵死，便只有到秘密社会中寻找出路了。因之，民间宗教实际上是道教向自己初始形态的回复，是历史的反演。在国家机器的社会结构日益老化和逐渐失控之时，社会上便由各种关系网形成一种自我调控的“隐结构”，黑社会组织和秘密会社便是末世社会结构的癌变，它无法根除，而是社会控制结构亟待变革的信号。统治者往往靠残酷镇压消灭秘密会社，殊不知此类在刀刃上讨生活的秘密会社之发展动力却恰恰来自这种难以承受的巨大压力之中。民间秘密会社乱世则显，盛世则隐，是社会压迫的一种隐性调节机制。正宗道教衰落并世俗化，民间宗教盛行，是明清道教史的一个特点。所谓民间宗教，皆为当时三教合一的产物。
实际上，道教的世俗化也是道教发展的题中应有之义，因为世俗化的过程使道教和整个社会结构凝为一体，成为民众世俗生活中不可或缺的组成部分。同时，由于中国民众受愚民政策所害而文化层次甚低，无法接受高深的教义和修持方式，迫使宗教素质较高的宗教被世俗化以便于在社会底层传播，这也是由中国的国情、民情决定的。鲁迅先生说：“耶稣教传入中国，教徒自以为信教，而教外的小百姓却叫他们是‘吃教’的。这两个字，真是提出了教徒的‘精神’。”（《准风月谈·吃教》）连基督教这种典型的世界宗教移植到中国的文化氛围里，也要适应中国的国情、民情被世俗化，何况中国土生土长的道教呢！
明清道教史上还有一重大特点，是当时“三教一家”思想的盛行。明清时代的“三教合一”、“三教同门”之论，和晋唐人的三教融合、相互汲取的观念不尽相同，是要进一步打破三教的界限。这是因为宋明理学已在心性论的基础上完成了三教合一，前代激烈的佛道之争已不多见，民间百姓祀神祈祷不别僧道、不问寺观，僧人行斋建醮，道士口诵佛号，皆已习见，实际上佛道二教已逐步合流了。在教理上，明清时人多讲三教同出一门，云“儒曰存心，仙曰修心，佛曰明心”，标榜在心学的基础上统一三教。李道纯《中和集》中《炼虚歌》云“为仙为佛与为儒，三教单传一个虚”；王道渊填《沁园春》词，亦讲“三教一理”。福建林兆恩，自称三教先生，主张以儒家融统佛道。他以“艮背”方法给人治病，皆具道教色彩，是主“三教一家”说最有力者。在这种思潮下，不仅模糊了儒、道、释三教的界线，道教内部正一、全真的界限也模糊了。这种思潮影响到民间，就出现了许多杂取三教信仰混合为一的民间宗教。明代道教内部道派的相互融混，亦是时代的特征。
清代以后，道教教团的经济基础被社会革命所摧毁，道教遂一蹶不振。近世道教教团在台湾仍较活跃，在大陆也有残存，道教的思想正在向世界各地扩散。道教发展的历史暴露出我国传统的宗法社会制度的种种弊端，并伴随着这种社会的兴衰而演变。我们通过对道教发展史的研究，对于道教今后的发展前景和社会各阶层的人们，总能提供某种借鉴吧！